JAL-3048 remove TODOs

JAL-3048 File->VCF load refactored

JAL-3048 attempt to catch Object(NaN) … probably doesn’t work!

JAL-3048 don’t execute dialog runner after dialog shown in js

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into Jalview-BH/JAL-3048_dialogs

JAL-3026 Transpiler take 2

JAL-3048 todo for export SVG/PNG/EPS

JAL-3048 AlignFrame -> Save dialog refactored - patched ‘File exists - Overwrite ?’ dialog to be ignored in javascript

JAL-3048 allow a chain of responses for a particular response code (needed when intermediate dialogs are raised which determine if rest of chain executes)

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 GX#75 Stockholm

transpiler and runtime

fixes  for(char c : Character[] ca) and related conversion syntaxes

JAL-3026 reinstated deleted file

JAL-3032 JTable work; JSUtil.jQuery object; drag-drop;
reflect.Constructor; adds core:"NONE" to {project}/template.html

fixes drag-drop for first call in Firefox/win
fixes java.lang.reflect.Constructor for Integer

Remove the core:"NONE" if you do not want to see all the core files
separately.

JAL-3048 use FileParse to transfer File to NewickFile parser

JAL-1551 JAL-3048 formatting

JAL-3048 AlignFrame->File->Load Tree adapted for js

JAL-3048 refactored Desktop->File->Open to use jalview.utils.dialogrunner.DialogRunner

JAL-3048 jalview.utils.dialogrunner.DialogRunner allows sequences of runnable methods to be sequentially triggered according to response codes from a dialog.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 JvOptionPane summary of issues with boilerplate modal dialogs.

90 cases no issue; 5 works.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3048_dialogs' into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 JAL-1551 formatting

JAL-3048 TODOs for refactoring JalviewFileChooser pattern
JAL-3026 disable browser select dialog for default browser in javasript

JAL-3048 TODOs for refactoring JalviewFileChooser pattern

JAL-3032 avoid use of lambda expression or BasicArrowButton

JAL-3048 todo and JAL-3026 disable VCF support

JAL-3032 SwingJS-site.zip for wrong case in filename in site/

FileAsBytes

Dialogs JAL-3032

JAL-3032 FileChooser missing correct call to JSToolkit.getFileAsBytes$

JAL-3032 GD#46 menu buttons not fully disabling

JAL-3032 fix for Array.sort

JAL-3032 GD#70 internalFrameClosed event not fired

JAL-3032 DND enabled; additional io changes for File vs. String

JAL-3032 support for JDesktop Drag and Drop

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

transpiler fix for arr[Integer]

JAL-3032  explicit Integer.intValue() conversion for safety

JAL-3026 FileParser for JFileChooser results as ByteArrayInputStream;
does not imply text.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 just the changes pulled already

JAL-3032 Dialogs Color picker -- untested commit

JAL-3032 comments only - starting work on dialogs

JAL-3032 part2 local file reading by JFileChooser

This commit adds the ALignFrame changes for handling the
JalviewFileChooser callback.

Consensus LOGO done

Consensus LOGO done

JAL-3032 fixes missing ToolTip

JAL-3033 tarball from site

Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026

Merge branch 'task/JAL-3042_remove_SimpleDocument_dependency' into develop

JAL-3042 remove mention of adjustable search box history length from docs

JAL-3042 don't allow user to change default history length for an input box

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3035 removed jdas in libs documentation and noted spring modules as candidates for removal

JAL-3032 don't draw AlphaComposite.Clear on background

JAL-3033 JAL-3035 remove jdas.jar from  .classpath.js

Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 documentation in 2.11 release notes (and 2.11 fictional release date)

JAL-3035 remove DAS UI documentation

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3035 - jalview-das is no more !
 - jsdas lib removed
 - DAS settings panel deleted (Feature settings pane has no tabs now)
 - all code for wrapping DAS sources and retrieving sequences and features from them is gone
 - test methods/main methods have been de-dasified or removed if their only purpose was to test DAS source discovery
 - fancy sorting code to account for DAS sequence source names has been removed

JAL-3035 (unrelated) random XML error in nbbuild.xml

JAL-3032 updateOverviewImage on construction

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into task/JAL-3033_jalviewjs_ant

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3033 force overwrite for .classpath from .classpath.js

synchronize fixed

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into task/JAL-3033_jalviewjs_ant

JAL-3033 fail if the transpiler isn’t updated from swingjs/…

JAL-3033 local build server path for eclipse

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 don't place desktop at negative x or y position

JAL-3033 more copy/git debugging of task

JAL-3033 copy the right .classpath.js !

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into task/JAL-3033_jalviewjs_ant

JAL-3033 update the eclipse project before building, edit class path, and copy artefacts from eclipse project back to build directory

JAL-3033 custom .classpath for eclipse build

menu enable/disable for radio and checkbox items

String.concat$S missing

fix for fix for Character.toTitleCase

Collections difference Apache vs Oracle

<E> vs <T> for SingletonList

Collections difference Apache vs Oracle

<E> vs <T> for SingletonList

JAL-3033 try to configure eclipse workspace via property

JAL-3033 working ant target for headless build of jalviewjs

adds MouseEvent.preciseWheelRotation

JAL-3033 comment about testing if eclipse build completed

JAL-3033 configure dropins, run eclipse build and copy in resources in a single task

synchronized() fix; to/isTitleCase() as ...UpperCase()

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into tasks/JAL-3033_jalviewjs_ant

new SwingJS-site.zip and net.sf.j2s.core.jar

fixes synchronized()
fixes new int[] {'a'}

// BH 6/24/2018 -- synchronized

synchronized(a = new Object()) {...} ---> ...; only if an assignment or
not a simple function call to Object.getTreeLock()

JMenu/JMenuItem enable/disable

uses

$(node).[add/remove]Class("ui-menu-disabled ui-state-disabled");

Dialog motif:

    // BH 2018 -- providing a callback for SwingJS
    // dialogOption is just a simple way to provide
    // context for the modal-like response.
    // The only requirement is that desktop implement
    // PropertyChangeListener, which is used already in Java
    // for changes in input value and such within the dialogs.

    String dialogOption = "label.input_alignment_from_url";
    desktop.dialogData = new Object[] { dialogOption, viewport, history
};
    desktop.onDialogReturn(
            JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
            MessageManager.getString(dialogOption),
            JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION));

    // no code may follow this, as SwingJS will not block
    // callback in JavaScript comes via a property change event,
    // thus going into desktop.onDialogReturn(int) just the same as
    // in Java.

asynchronous modal dialogs using PropertyChangeListener for JavaScript

JFrame fix for Window->JComponent

JAL-3032

Update complete for

- menubar background
- direct running of Jalview.main(args)
- InternalFrame production

AlignmentFrame opacity set to TRUE for JavaScript.

This seems to be some sort of JavaScript fluke, because if you set the
background color of an internal div to opaque but then set the
background color of that div's parent to transparent, then it goes
transparent.

default MenuBar menu background color

set to lighter grey to match Frame color (#EEEEEE) in
HTMLLookAndFeel.java