Merge branch 'JAL-3927_ws_preferences_dialog_fix' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge branch 'update/JAL-3066_updated_testng' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3927 Make url checks asynchronous in preferences dialog

JAL-3066 Fix ambiguous assertEquals casting values to double.

JAL-3066 Vastly updated testng libs

JAL-3066 Remove redundant throws declaration from SlivkaParamSet constructor.

Merge branch 'JAL-3866_RNAalifold-slivka-client' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge branch 'alpha/JAL-3899_deuniquify_refactor' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3899 Replace prints with logger messages.

JAL-3899 Update usages of uniquify and deuniquify.

JAL-3899 Refactor sequence de/uniquification.

Add RNAalifold service instance to slivka web services.

Merge branch 'improvement/JAL-3848_slivka_0.8' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge branch 'bug/JAL-3807_jpred-with-slivka' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge commit '0b438477b16470202bddfecb54e0587036b37202' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3066 Fix NullPointerException thrown when showing HMMER run dialog

JAL-3854 patched SeqSeqUtils.deUniquify to not use instanceOf - seems to work

JAL-2994 disable tests for FileUtils path search methods on bamboo

JAL-3848 slivka preferences in javascript

JAL-3848 reinstate Fetch DB References submenu

JAL-3848 update jalview core with slivka classes, example file import and structure view

JAL-3848 add compbio and jalview to direct connection list for J2S

JAL-3853 - tweak test again - since failed a few commits after f6cb90d43782ca99cf2b1cbee2dc76bca3d1d466

JAL-3848 update swingJS runtime and transpiler to 3.3.1

Merge branch 'improvement/JAL-3848_slivka_0.8' of https://source.jalview.org/git/jalview into improvement/JAL-3848_slivka_0.8

JAL-3848 Update slivka client javajs library.

JAL-3671 hardwire log4j.root logger to INFO to supress jetty and httpclient log output

JAL-3848 enable slivka services dialog in JalviewJS

JAL-3853 JAL-1870 toggle to enable/disable posterior probability transparency when rendering per sequence annotation row scores .. needs more work

JAL-3853 JAL-1870 patch tests for annotation colour gradient without transparency/per sequence annotation score encoding

JAL-1950 patch groovy bootstrap for importing hmmer3 json

JAL-3853 patch sequence annotation report code and tweak the test. When merging from 2.11.2 develop there will be conflicts that need merging re HTMLXML tags

JAL-3848 ensure annotation from a service gets a calcId so it can be updated and tracked across multiple views - nb - service.getId() probably isn’t the right value to use for this!

JAL-3848 don’t include sequence limits in sequence id as it confuses slivka-0.8’s jalview-feature-file creation script

JAL-3848 - actually test the Slivka and JABAWS disorder services - nb still need asserts to verify the disorder annotation from Slivka looks like Jabaws

JAL-3848 print exception for failed align jobs

JAL-3848 add latest slivka-client fixes.

Merge branch 'jpred-fix' into bug/JAL-3807_jpred-with-slivka

JAL-3807 Fix SlivkaWSInstance not fetching alignments.

Merge branch 'bug/JAL-3849_aacon-parameters' into improvement/JAL-3848_slivka_0.8

JAL-3690 Remove references to old AlignCalcManager.

JAL-3848 SlivkaParamSet: reformat code and add service description.

JAL-3848 Update slivka client library.

JAL-3849 Remove join() which blocked the ui.

JAL-3807 - Add single sequence capabilities to jws2.JPredClient

JAL-3807 - Move new JPred client to the jws2 package.

JAL-3807 - Re-implement results processing.

JAL-3807 JPred can now successfully submit and track the job.

Merge branch 'bug/JAL-3809_ws_params_dialog_fix' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge branch 'bug/JAL-3810_annotation_ws_stopping_abruptly' into bug/JAL-3809_ws_params_dialog_fix

JAL-3809 - Fixed param edit dialog for jalviewjs.

Edit settings dialog now works asynchronously.
Annotation services still do not add annotations to the sequences.

Merge branch 'feature/JAL-3690_callback-based-web-services' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge branch 'feature/JAL-3690_callback-based-web-services' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3810 - Add trace method to javascript implementation of Logger

JAL-3810 - Replace log.trace() calls with log.debug()

JAL-3690 Introduce AlignCalcManager2 tests.

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into feature/JAL-3690_callback-based-web-services

JAL-3690 AlignCalcManager - add full support for oneshot workers

JAL-3690 AACon ws menu entry fix.

JAL-3690 Allow unregistered workers to be run with CalcManager.

JAL-3690 Fix typo in enum name in slivka client.

JAL-3690 Fixed slivka wsmenu categories.

Merge remote-tracking branch 'origin/merge/Jalview-JS/develop_feature/JAL-3690_callback-based-web-services' into feature/JAL-3690_callback-based-web-services

JAL-3789 Use j2s.config.altfileproperty in .j2s for alternative temporary build/jalviewjs/config/j2s settings file when running a headless build in gradle

JAL-3789 New swingjs for Java2Script 3.2.10 with j2s.config.altfileproperty

JAL-3690 recoded AWSThread to use javax.swing.Timer (see https://github.com/BobHanson/java2script/issues/195#issuecomment-747695834 )- web service submission works, but doesn’t seem to be happening as a background task.

JAL-3690 patch out use of java.streams/spliterator not supported in java2script (yet)

JAL-3690 tweak J2S direct DB access registration for jalview, compbio and other sites

JAL-3690 direct access to slivka, compbio, jalview.org and localhost/loopback.

JAL-3690 patch out need for java.time in j2s (see https://github.com/BobHanson/java2script/issues/194 )

JAL-3690 patch out spinning animation for web service jobs

JAL-3690 disable proxy server for JalviewJS

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into merge_js_develop
also patched new code from JAL-3690 refactorings

Merge branch 'Jalview-JS/develop_j2s_v3_2_9_j11' into Jalview-JS/develop

JAL-3690 Let's enable web services (seriously this time)

JAL-3223 - update swingjs to 3.2.9-j11

JAL-3690 List.copyOf() workaround

JAL-3690 separate startup and poll code in SeqAnnotationCalcWorker

JAL-3690 - fixed state inconsistency when restarting the calcworker

JAL-3690 partially reworked AlignCalcManager

todo:
 - modify SeqAnnotationServiceCalcWorker to implement PollableAlignCalcWorkerI
 - fix race condition where worker state gets overriden by the old job (QUEUED to IDLE)

JAL-3690 - introduce shutdown method that cleans up manager's resources.

JAL-3690 Documentation for AlignCalcListener

JAL-3690 Catch and notify about worker cancellation separately.

JAL-3690 Fix concurrent modification exception when workers are cancelled

JAL-3690 Documentation for AlignCalcManagerI2

JAL - 3690 AlignCalc rebuilt - FutureTask-based manager

JAL-3577 Removed default JALVIEW_VERSION from gradle.properties. Now being set by build.gradle

JAL-3577 Quick fix adding quotation marks for findProperty("JALVIEW_VERSION")==null...

JAL-3679 Added externally specified plugins dir to J2sPlugin check

JAL-3690 changed AWSThread to use Timer instead

JAL-3690 alternative servers menu fix

JAL-3690 restore jws1 JPred

JAL-3690 switching to CompletableFuture to allow chaining

JAL-3690 mark JalviewChangeSupport as deprecated

JAL-3690 refactoring web-services discovery

Merge branch 'feature/JAL-3686_slivka_client_js_update' into alpha/merge_212_JalviewJS_2112

Conflicts:
src/jalview/gui/Desktop.java
src/jalview/gui/Preferences.java
src/jalview/jbgui/GPreferences.java

Merge branch 'feature/JAL-3686_slivka_client_js_update' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3683 retrieve job status to output stream

JAL-6386 update slivka client for j2s compatibility

Merge branch 'feature/JAL-3515-slivka-preferences' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration