Merge branch 'develop' into feature/JAL-2422ChimeraX

JAL-2422 Also look in ~/Applications for ChimeraX on macOS

JAL-2422 More helpful highlighting/user guidance of missing structure viewer path

JAL-2422 Fixed URL encoding of REST calls (broken paths in Windows due to colon). Better UTF-8 Name call.

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2422 Fixed URL encoding of REST calls (broken paths in Windows due to colon)

Merge branch 'develop' into feature/JAL-2422ChimeraX

Merge branch 'releases/Release_2_11_2_Branch' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3829 ensure unmock the FTS PDB and TDB clients after mocking for a test

JAL-2422 Added linux rpm and deb install locations. Changed macOS to also look for version numbers in Chimera/X (e.g. '/Applications/ChimeraX-1.2.5.app') as this is default macOS installation.  Changed macOS preferences to check endswith '.app' and look for '....app/Contents/MacOS/ChimeraX' so user can select the .app folder

JAL-3829 minimal test of additional TDB filters - not at all robust

JAL-3829 select single best TDB structure and select structures from particular provider (this code is horrific !)

JAL-3829 JalviewJS workarounds/patches

JAL-3829 upgrade Jmol to 14.31.53, SwingJS-JSMol to 14.31.54 and SwingJS to 3.3.1

JAL-3829 ensure tests use mocked service - proper exception for mocked 400 response

JAL-3829 patch failing tests and todo for future

JAL-3829 provide both PDBe queries and 3D-Beacons queries in the filter combo box

JAL-3829 insert title for structures from PDBe

JAL-3829 update for v1.0 3d-beacons api spec

JAL-3829 point at production 3d-beacons url

JAL-3829 refactor and JAL-3391 JAL-2935 first stab at coverage based selection of models for a sequence

JAL-3829 allow client-side selection of structures for a sequence by passing in discovered structures

JAL-3829 JAL-3868 TODO

JAL-3829 formatting

JAL-3829 integration test verifying mock response is valid for a live server

JAL-3829 work in progress - look up additional metadata from PDBe for structures discovered via TDBFTS

JAL-3829 look up column in FTS data

JAL-3829 mocking for PDBFTS for related query to UniprotFTS mock.

JAL-3829 pull out structure chooser query source tests to new class

JAL-3829 JAL-3865 test structure chooser queries to mocked 3D Beacons FTS

JAL-3829 use sequence dependent constructor for structure chooser query engine testing

JAL-3829 mocking for testing 3D-Beacons FTS endpoint

JAL-3863 promote non-canonical version of dbref to a canonical one

JAL-3829 comments on the 3D structure chooser’s initialisation process

JAL-3865 isolate PDB and TDB clients and last query records in their query objects

JAL-3863 passing test to verify a uniprot accession with canonical flag set is transferred via the DBRefFetcher (and the SequenceI.transferAnnotation method it calls)

JAL-3829 JAL-3865 StructureChooserQuerySource implementation now dependent on the type of sequences and whether they have uniprot sequence IDs

JAL-3855 don’t need to query Alphafold2 repository directly from PDBe FTS client since 3db client will do that

JAL-3829 refactored FilterOption provider to the StructureChooserQuerySource implementation - implementation now is completely independent of GUI code.

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons

Merge branch 'cherry-pick/r2_11_2_JAL-3509' into develop

JAL-1842 unit test updated for EnsemblGene feature settings changes

JAL-1842 adjust code to match changed semantics of FeatureSettingsModelI

JAL-3509 JAL-1842 minor tidying of code

JAL-1842 remove redundant call to FeatureRenderer.featuresAdded()

JAL-3509 better placement of call to notifyFeaturesChanged()

JAL-3509 coerce RESNUM to hidden (really) after fetching from PDB - resolved conflicts for 2.11.2

JAL-3863 fix test and note about fragility

JAL-3863 add canonical DBRefEntry flag to Jalview project

JAL-3829 generalised Alphafold retrieval mechanism to be reused for PDBEntrys with retrieval URIs discovered via 3d beacons

JAL-3863 mark first accession retrieved from Uniprot as the canonical accession

JAL-3829 Structure chooser specific FTS interface and query source logic for PDBe and 3D-Beacons

Merge branch 'feature/JAL-3855_ebi_alphafold_import' (commit '7856e91f60adc5c2d4943bad84a5a83e1412f00c') into features/r2_11_2_JAL-3929_3dbeacons

JAL-3829 3d-beacons structure chooser logic (not yet finished)

JAL-3829 pulled out more of the FTS dependent parts of structurechooser

JAL-3829 updated tests for 3db fetcher’s working FTS metadata

JAL-3829 proof in principle 3d-beacons sequence fetcher - still some TODOs !

JAL-3829 3d-beacons has a custom alignment retrieval model but re-uses the parseAlignment method from sequence fetcher

JAL-3674 Jmol seems to sometimes return a null for some commands, handle it at source

JAL-3829 fixed up the 3d-beacons data columns definitions, tests and client.

JAL-3829 JAL-2176 - TODO re unused argument in FTSRestClientI

JAL-3829 tidying up PDBFTSRestClient test responses - still one failing external test which expects to raise a server exception

JAL-3829 Javadoc for FTSColumnPreferences

JAL-3829 pushed the PDBFTSClient specific code to new ‘StructureChooserQuerySource’ class in preparation for adapting it to query 3d-beacons

JAL-3829 removed unneeded attribute in FTS core

JAL-3829_spike minor changes

JAL-3832 Gui working, with 3DBeacons parameters

Merge branch 'arnaud/develop' into arnaud/JAL-3929_spike, to insert the
previous changes

JAL-3829 forgot to add in the dummy 3d-beacons db proxy

JAL-3674 Jmol seems to sometimes return a null for some commands, handle it at source

JAL-3855 suppress NPE when trying to retrieve SIFTS mappings for Alphafold PDB IDs

JAL-3855 ALPHAFOLD database source based on the PDB retriever

JAL-3855 check if an alpha fold ID and retrieve using that source

JAL-3855 check for existence of an alpha fold model when pinging the PDBe

JAL-3855 convenience method to check a URL will return a 200

JAL-3850 fixed full class name

JAL-3850 using reflection for SimpleHttpFileServerFactory

JAL-3594 Updated the Jalview Develop getdown splashscreen image with Geoff's license free photo

JAL-3840 don’t update the modal residue count for gaps

fixes JAL-3840

JAL-3840 failing test - show that addGaps overflows

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3830_macOS_bundle_wrapper

JAL-3248 Moved old README to doc/old_README and put pointers in new README for deskopt application building and JalviewJS building

JAL-3743 JAL-3745 Fixed NullPointerExceptions happening with linkCheck and jalviewjsTranspile tasks when gradle >= 6.6

JAL-3833 Allow setHiDPI and setHiDPIScale to work more usefully in real life

JAL-3833 cap the scaling used by HiDPISetting for incorrect DPI values or incorrect height/width values

JAL-3830 Improved jalview.bat to find either pwsh.exe or powershell.exe, and give better messages to the user

JAL-3832 dummy 3d-beacons database client and code to create the TDBeaconsFTSPanel via the sequence fetcher dropdown menu

JAL-3829 more testing wit tdbeacons data columns and FTSclient

JAL-3829 attempt to fix my changes to follow the Jira issue

JAL-3830 BAT file wrapper around powershell, so jalview works in command prompt. Added install4j option for installer to add Jalview's bin dir to Path in Windows. Added install4j option to create symlink to bash script to user's local bin (first of ~/bin, ~/.local/bin, ~/local/bin, ~/opt/bin that exists. First two of these usually automatically in PATH).

JAL-3830 Follow all SymbolicLinks in Windows powershell wrapper

fixed last commit

Request now parses the whole structures, need to fix the result

JAL-3830 delete channel.props and channel.propsv when uninstalling

TDB.executeRequest fix & test passed

Added (and passed !)all the FTS tests from test.fts.core

Created 3Dbeacons data_columns.txt Test passed for data columns