Merge branch 'bug/JAL-3003epsWithSelection' into trialMerge

Conflicts:
src/jalview/gui/SeqCanvas.java

JAL-3092 release notes

JAL-3092 make sure base pair counter is always moved in loop that computes the helix count for a strand of RNA secondary structure

Merge branch 'bug/JAL-247pngShowHiddenSeqMarks' into trialMerge

JAL-3055 refinements to alternatives to deriveFont

JAL-3079 don't create new Graphics to draw as it confuses PDFGraphics

JAL-3091 release notes for JAL-3003 JAL-3059

JAL-3003 different coloured borders in demo annotation file

JAL-3059 use correct border colour for groups

JAL-3003 draw selection group outline on main graphics context

JAL-3055 corrected logo drawing in JS

JAL-247 release notes

JAL-247 comment to clarify wrapped print algorithm

JAL-247 print/export wrapped uses common code to draw seq ids and
annotation labels

JAL-3087 include full alignment height in repeating wrapped height

JAL-247 draw/print sequence ids now uses common code (unwrapped case)

JAL-3091 release 2.10.5 added to release notes

JAL-3055 corrections to use of AffineTransform to scale characters

Button/mouse tests

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 mouse event overhaul; Jmol working (some "black label" issue?

pull, build-site

JAL-3026 alignmentFrame.statusBar.setText -> .setStatus

JAL-3061 / JAL-3053

Fixed broken StockholmFileTest tests
curlyWUSSsecondaryStructureForRNASequence
fullWUSSsecondaryStructureForRNASequence
by adding " ." as a recognised Annotation.isWhiteSpace displayCharacter
(which happens for StockholmFile '.' RNA SS annotations)

JAL-3055 restore original deriveFont code for Java runtime

Bob's site directory JAL-3026

JAL-247 comment to clarify wrapped print algorithm

JAL-3026 Jmol functioning; some issues

Reworked mouse event handling. Temporarily lost out-of-frame business.
Or, more specifically, hovering over the scroll bar to auto-scroll.

JAL-247 print/export wrapped uses common code to draw seq ids and
annotation labels

JAL-3087 include full alignment height in repeating wrapped height

JAL-247 draw/print sequence ids now uses common code (unwrapped case)

JAL-3026 Java bug associated with File/String mods

in AlignFrame lines 4586,4592

JAL-3026 GD#107,128,130,139 build-site.xml

JInternalFrame z-order issues resolved
EBIFeching via server proxy as no access-control-origin:*
Temp file creation by File.createTempFile

Jmol app fixes for virtual key issues and starting to display now. Still
not dynamic, though. (No mouse action)

URL downloads now allow checking of status code (actually a hack, just
200 or 404, but we can get access to the real code.

JAL-3059 use correct border colour for groups

JAL-3003 draw selection group outline on main graphics context

JAL-3026 GD#127 frame selection/toFront

JAL-2988 workaround for jalview save as dialogs - clear filename before displaying

JAL-2988 JAL-2976 update to latest VAqua release: VAqua5

JAL-3026 JavaScript tests moved to utils/test

JAL-3049 JAL-3032 tidy/i18n code, remove redundant tooltip registration

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026  GD #118 tooltip not showing for components.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 Boolean upgrade to Java 8

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of
https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

Conflicts:
swingjs/SwingJS-site.zip
swingjs/timestamp
swingjs/ver/3.2.2/SwingJS-site.zip
swingjs/ver/3.2.2/timestamp

JAL-3026 GD#137 Boolean upgrade  requires build-site.xml only

JAL-3026 GD#137 Boolean upgrade  requires build-site.xml only

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3027 GD#140 checkbox/radio text alignment not coded in
JSRadioButtonUI  - requires build-site.xml

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 MCview package renamed mc_view in test classes

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 fixes Jmol going into debug mode

much faster PDB file processing if it doesn't print every line as it
goes!

JAL-2717 corrected i18n of colour scheme names

JAL-3026 fixes ?j2strace=xxx message, user.home, error msg in
ItentifiersUrlProvider

JAL-3032 JAL-3084 test class for JS layout bug(s)

JAL-3026 JSONObject: removing annotation sensing

swingjs.JSSAXParser working for Jalview

JAL-3026 JmolData running; new run time and transpiler.

Run build-site.xml and possibly do a clean build.

mc_view references were MCview

JAL-3026 MCview -> mc_view

SwingJS requires standard package and class capitalization;
_ added to avoid PC capitalization issue

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 j2sClazz.js fixes

// BH 8/20/2018 3.2.2.04 adds character.isJavaIdentifierPart$C and
several Character...$I equivalents
// BH 8/19/2018 3.2.2.04 fixes Enum .name being .$name
// BH 8/16/2018 3.2.2.04 fixes Character.toTitleCase$C,
[Integer,Long,Short,Byte].toString(i,radix)

JAL-3032 Feature Settings menu item always enabled (restored)

JAL-3032 variant of Sequence Details panel for JalviewJS

JAL-3084 force EPS output to "Text" for JalviewJS

JAL-3084 hide startup file, Chimera, HTML/SVG, Web Services options/tab
in JalviewJS

Adds org.json (along with "org.json.simple") for
jalview.io.JSONFile.java

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

fixes for anonymous classes; preliminary Jmol classes

Problem: anonymous classes that reference superclass finals may not
escape them properly with $. (drag-drop of PDB file)

Jmol classes into libjs, but not working yet, since we need to now
distinguish between JavaScript/AWT for application and JavaScript/noAWT
for standard JSmol applet

JAL-3048 remove obsolete way of handling dialogs in JalviewJS

JAL-3048 adapt 'input from URL' dialog for JalviewJS

JAL-3038 unit test updates for JalviewJS workaround hack

JAL-3038 workaround to replace editable combobox with text field in JS

JAL-3026 Character.toUpperCase

JAL-3026 SwingJS-site.zip fix

Merge branch 'bug/JAL-3082selectRegex' into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3082 one more test condition

JAL-3082 handle regex error, exclusive threshold, unit tests

Java2Script 3.2.2_04 fixes Clazz._exceptionOf P$ issue

JAL-3048 use JS-compatible JvOptionPane method

Merge branch 'feature/JAL-3080clearTreeGroups' into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3080 remove tree partition if no groups created

JAL-3078 reset Tree font (only!) on Cancel

JAL-3032 tidy AlignmentProperties display for JalviewJS

JAL-3056 no Save/Load colours xml in JalviewJS

JAL-3026 refines, generalizes build-site.xml

JAL-3026 refines, generalizes build-site.xml

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

Java2Script 3.2.2 upgrade

JAL-3026 major update 1/2

- Java2Script 3.2.2 Java 8 ready
- fix for scrollbar returning 3.99999996 instead of 4
- fix for checkboxes too low

- drop in new transpiler
- run eclipsec -clean
- run build-site.xml

JAL-3056 suppress Lineart option in JalviewJS

JAL-3018 updated to Ensembl REST 7.0

JAL-3076 refactor for more efficient scan of 'gene' features

JAL-3076 fetch Ensembl sequence as JSON instead of Fasta

JAL-3061
Added test StockholmFileTest.stockholmFileRnaSSSpaceChars() to read in
RNA SS annotation with spaces, and check that StockholmFile print output
converts these to '.'s.
Also slight adjustment to StockholmFile.outputCharacter to avoid a
nullPointer exception.

Merge branch 'bug/JAL-3061_RNA_secondary_structure_annotation_gap_character' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-3061_RNA_secondary_structure_annotation_gap_character

JAL-3053
JAL-3061
two bugs with a similar theme (RNA secondary structure annotations)

JAL-3053
This fixes the reading in of Vienna extended dot-bracket notation for
RNA secondary structure annotations (which includes ALPHA/alpha braces).

To avoid (almost all) ambiguity with a protein secondary structure
annotation (Es and Hs), there's a whole-annotation regex match to ensure
some other RNA-based extended dot-bracket feature is present, and then
the reading in can assume an RNA feature set.

Test StockholmFileTest.stockholmFileRnaSSAlphaChars() compares the test
file examples/rna_ss_test.stk with a hard-coded Jalview equivalent. The
Annotation rnasecstr pairing is checked. I've added a sort Comparator
for SequenceFeature to help ensure that check is correct.
--
JAL-3061
There is also a fix for the RNA Secondary Structure annotation output
that was preserving spaces in the output. This is not valid output in
this case, and so a '.' is used instead.

No test for this yet, will add later.

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' into bug/JAL-3061_RNA_secondary_structure_annotation_gap_character

Merge branch 'task/JAL-3047_clover2104b1_cherrypick' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-3047 don't set classes unconditionally (forgot to delete it in earlier patch)