JAL-3416 More explicit setting of FlatLaf macOS theme

JAL-3416 Upgraded FlatLaf to 3.0 and added macOS theme for macOS

JAL-3416 remove a missed panel titlebar icon in TreePanel

JAL-3416 Fix file permissions on bundled macOS JREs

JAL-4111 Added commit and date text to splashscreens of all channels

JAL-4111 improvement to convert -draw argument

JAL-4111 Use ImageMagick to add commit and build time text to DMG and getdown splash images

JAL-4111 Fixed channel.props to allow replacement of __SUFFIX__. Generic background images with 'branch version' for getdown and DMG

JAL-4111 fixed DMG background image for generic Develop-X.XX app name, and new DS_Store

JAL-4111 Allow -PCHANNEL=DEVELOP-version for new appbase.  Add a utils/channel/develop-2.12 dir with new getdown images.

JAL-629 Add image output and quit

JAL-629 move SubId to more logical place. Attempt removal of annotations in a better way (commented out).

JAL-629 Open Structure Viewer from cmdline

JAL-629 null check, fixed tests!

JAL-629 fix opening files

JAL-629 stray code deleted

JAL-629 Allow attachment of pAE file to a particular sequence

JAL-629 implementation of --tempfac options

JAL-4102 bump version number

JAL-4102 2.11.2.6 hotfix release notes - JAL-4101 JAL-2353

JAL-4101 Updated Rfam* tests

JAL-4101 Updated DEFAULT_RFAM_BASEURL

JAL-2353 patch for Ensembl refs from uniprot - needs test and checking !

JAL-4101 Updated Rfam* tests

JAL-4101 Updated DEFAULT_RFAM_BASEURL

JAL-629 Doing things with the command line arguments

JAL-4019 Clarification of position on 'X' in help text

Merge branch 'improvement/JAL-3416_default_to_LIVE_DRAG_MODE_for_flatlaf' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-3416 make flatlaf default for linux

JAL-4019 finalised a boolean option and tidied some comments

JAL-4019 Put original test back

JAL-4019 Make diagnostic message debug level

JAL-4019 small colour fix for X in the documentation

JAL-4019 attribution to Suzanne

JAL-4019 Help pages for Nucleotide Ambiguity colour scheme

JAL-4019 small but important corrections to array order, and X colour

JAL-4019 Added tests for new Nucleotide sequence detection

JAL-4019 improvement to short sequence nucleotide detection, and some tidying of unused parameters

JAL-4019 Nucleotide Ambiguity Colour Scheme added. Test for nucleotide sequence adapted to recognise nucleotide sequences with (more than 15%) ambiguity codes. Two tests fixed.

JAL-3416 Add necessary logo to non-internal Frames

Merge branch 'improvement/JAL-3416_default_to_LIVE_DRAG_MODE_for_flatlaf' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-3416 Add necessary logo to non-internal Frames

Merge branch 'improvement/JAL-3416_default_to_LIVE_DRAG_MODE_for_flatlaf' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-3416 Remove all JFrame/JInternalFrame icons (set to null)

Merge branch 'bug/JAL-1988_JAL-3772_improved_quit_handling' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-1988 JAL-3772 Test for FORCE_QUIT whilst saving a file

Merge branch 'bug/JAL-1988_JAL-3772_improved_quit_handling' into ben-big-merge

JAL-1988 JAL-3776 Formatting JvOptionPane

JAL-1988 JAL-3772 Tests for various quitting scenarios

JAL-1988 JAL-3772 Fixes highlighted by tests

Merge branch 'merge/JAL-4054+JAL-4064' into ben-big-merge

JAL-3416 Added logoIcon to quit (and potentially other) dialogs

JAL-1998 JAL-3772 JAL-3416 Merge conflict resolution of JalviewFileChooser and JvOptionPane

JAL-4064 JAL-4054 Combined install4j10 template with new architectures. Added scheme associations for macOS.

JAL-4054 Altered file association templates and generated install4j xml and Info.plist snippets.

JAL-3416 File Chooser iconified, JvOptionPanes iconified, other internal frames and dialogs iconified

JAL-3855 JAL-4095 simple picking of ranges adjacent to a clicked region of the pAE that score less than the max pAE observed under the mouse

JAL-1988 JAL-3772 Allow other window closing dialogs to cancel quit handling

JAL-3416 More JInternalFrame icons

JAL-1988 JAL-3772 Tidying of unspecified Callable declarations. Use SwingUtilities.getAncestorOfClass()

JAL-3416 Start to add JInternalFrame icons (to replace default java Duke icon in frame decoration)

JAL-1988 JAL-3772 Moving packages to somewhere more obvious (jbgui -> gui)

JAL-3416 set flatlaf default drag mode to LIVE_DRAG_MODE

JAL-1988 JAL-3772 Change default alignmentviewport saved status and set to true when loaded from file

JAL-4064 tidying build.gradle

JAL-4064 re-added bundled macOS JREs as Filesets, which is the only way to get them in the DMG where we want them

JAL-4064 Cleaned up file sets in install4j template. New media installers for AARCH64 JVMs for macOS and Linux in install4j template.  New variables passed to install4j by gradle.

JAL-4064 Download JRE/JDKs from Azul if not os/arch combination not available from Adoptium

JAL-2349 JAL-3855 bizarre resizing exception when resizing protein alignment for a linked CDS protein alignment

JAL-4091 lines to associate rows sharing same sequence ref - needs some work still ! (And would be great to have more interactivity!)

JAL-2353 patch for Ensembl refs from uniprot - needs test and checking !

JAL-1988 JAL-3772 removed a debugging log line

JAL-4094 shift+click drag up/down to resize all annotation rows with matching calcId and label.


JAL-4091 - noodling about including the names for sequences associated with annotation rows in the annotation row label area

JAL-4090 bump version and set up release notes for 2.11.3

Merge branch 'features/JAL-4061_and_JAL-4062_findselectfeatures' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

JAL-1988 JAL-3772 Removed 'Wait' button from waitDialog, no iterations for GUI. Added bulletpoint to files saving list. Added use of passed in button objects to modal JvOptionPane, so buttons can be controlled (e.g. setEnabled, setVisible) outside of JvOptionPane.

Merge branch 'bug/JAL-4083_exceptions_for_multiple_residue_highlights_in_jmol' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

JAL-2349 allow contact matrix to provide labels for its annotation row

JAL-4086 commented out attempt to create measurement lines between aligned residues in different chains

JAL-4089 use column selection to superpose if 4 or more selected

JAL-2961 centerViewOn command for structure viewers - called after superposition

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855' into bug/JAL-4083_exceptions_for_multiple_residue_highlights_in_jmol

JAL-1988 JAL-3772 Fixed wait between waitDialog appearances, ensuring all files saving will quit straight away. Goodbye message to user if waitDialog still visible.

JAL-1988 Allow generic Container object in JvOptionPane showDialog. Fix dynamically saving files in the wait for save dialog

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1988_JAL-3772_improved_quit_handling

JAL-4083 don't need globalUseScriptWait after all, just a couple of calls to jmolHistory need the flag too

JAL-4083 only set globalUseScriptWait if needed

JAL-4083 Use jmolViewer.scriptWait instead of jmolViewer.evalStringQuiet whilst highlightingt more than one residue

JAL-4086 quick and dirty mouseovers on ruler highlighting all positions highlighted on a particular column..

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855' into bug/JAL-4083_exceptions_for_multiple_residue_highlights_in_jmol

JAL-3416 (and others) increasing number of STDERR lines used for jalview.bin.CommandLineOperations tests for increased robustness

JAL-3772 silly NPE error fixed

JAL-3416 Making FlatLaF default for macs due to a problem with VAqua not starting on macs

JAL-1988 JAL-3772 wait timer working first time but blocking desktop gui updates

JAL-1988 JAL-3772 Non-blocking modal dialogs for unsaved changes and saving files.  Wait timer not working. Wait dialog update/close on files saved not working.

JAL-2349 JAL-3855 highlight residues associated with elements under mouse - Jmol doesn’t like highlighting many residues at once this way.

JAL-2349 JAL-3855 fix failing tests

JAL-2349 JAL-3855 experiment masking hidden columns in contact matrix

JAL-4033 - heuristic threshold for pAE matrix - mark any column where pAE values for column+8..  lie outside threshold - definitely better to do a watershed or other type of clustering