Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2

JAL-3289 Improved the name of the channel_launch.jvl file to channel_launch-CHANNELNAMEWITHPLANKEY.jvl

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3337 Adding .settings/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs file needed for gradle eclipse

Merge branch 'patch/JAL-3538_fontantialiasingbydefault' into develop

JAL-3538 JAL-3407 release notes

JAL-3407 release next week :D

JAL-3538 anti-aliasing enabled by default

JAL-3449 helper task to perform getdown digest on any dir

JAL-3449 ensuring latest getdown jar files after merge

JAL-3449 merge from develop

JAL-3341 Increase number of lines looked at by test. Fixes two tests

JAL-3289 Added option and documentation for a TEST-LOCAL channel to test OTA updates using local filesystem

JAL-3289 Updated doc/building.md to explain possible values of the CHANNEL property during building

JAL-3252 download-jres.sh helper script for keeping JREs for all platforms up to date changed to create .zip files for getdown OTA updates

JAL-3536 failing test and test data

JAL-3252 tgz unpacking no longer needed by getdown. Unfinished code and dependency on apache-commons-compress removed. Documentation mentioning common-compress updated.

JAL-3394 A little streamlining and fixing of helper script

JAL-3394 remove no longer used files

JAL-3449 getdown resilience change to launcher classpath, includes the backup getdown-launcher.jar

JAL-3227 helper shell scripts for setting up a build environment

JAL-3449 fix a getdownAppDir error introduced in previous commit 55f545014

JAL-3449 More tidying of build.gradle for CHANNEL selection

JAL-3289 Updated doc/building.md to explain possible values of the CHANNEL property during building

JAL-3523 No longer change CWD of getdown when invoked by install4j launcher

JAL-3407 release notes for JAL-3375

JAL-3376 highlighted in what’s new

JAL-3407 - JAL-3376 JAL-3377 release notes

JAL-3407 start of whats new for 2.11.1.0

JAL-3376 documentation for standard attributes for variants from VCF

JAL-3407 release notes (JAL-3386 signoff, new-knowns JAL-3523 JAL-3525)

JAL-3407 JAL-3508 move to 2.11.1.0 point release versioning and signed off JAL-3510 JAL-3513 JAL-3388 JAL-3389 JAL-3441 JAL-3473 JAL-3406

JAL-3179 Version fix for taskTree gradle task in gradle 6

Merge branch 'task/JAL-3510-update-clover-to-4.4.1' into develop
fix JAL-3513 and fixes/resolves JAL-3510

JAL-3510 JAL-3153 clover instrumentation for tests

JAL-3447 MSI installer for windows

JAL-3510 bump clover version in gradle build dependencies

JAL-3341 Increase number of lines looked at by test. Fixes two tests

JAL-3341 debug for failing unit test

Merge branch 'feature/JAL-3121gffAttributeMap' into develop

JAL-3187 one more obsolete method removed

JAL-3394 Removed libjli.dylib symbolic link from embedded macOS JRE, works in 8 and 11. Preparation for non-linked Uninstall.app in DMG

JAL-3394 Variable-ise output folders -- will work better with sub-project/modularised gradle build

JAL=3121 more data format validation/tests, help text tweak

JAL-3130 removed a debug message from build.gradle

JAL-3121 update help page for GFF column 9 nested attributes

JAL-3130 Improved locations of AdoptOpenJDK JRE downloads \(locally and on build server\) and helper script download_jres.sh to update them using AdoptOpenJDK API.

JAL-3121 'attributes map' in GFF3 without special 'jvmap_' token

JAL-3252 Don't add java_location until we've got a working mechanism

JAL-3447 Minor improvement on file association creation

Merge branch 'improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2' into develop

JAL-3474 release notes

Merge branch 'improvement/JAL-3474_lots_of_.cvsignore_files' into develop

JAL-3393 Improved background image, SVG file, and added instructions on how the image is made

JAL-3393 Improved background image, SVG file, and added instructions on how the image is made

JAL-3393 Improved background image, and generating SVG file

JAL-3477 Fixed appbase override so it's optional\!

JAL-3477 Added appbase override option at buildtime for testing in general, but specifically on cluster

JAL-3447 minor corrections to cif and mmcif file associations

JAL-3394 catch a null pointer exception, when URI not parsed but not malformed ???

JAL-3473 Checked value of def and min. Set def to min if lower than min.

JAL-3394 Fixed jalviews?:// scheme for macOS startup

JAL-3394 Added a 'jalview://' and 'jalviews://' parser into getdown, uses fragment for cli args

JAL-3449 correctly catch absence of install4j in getdown - probably for developers only

JAL-3449 don't assume install4j jar in classpath of getdown

JAL-3394 improvements to the file association progress bar

JAL-3394 jalviews scheme added

JAL-3394 file not needed

JAL-3447 Satisfactory file associations. cif, mcif and pdb now not opened by Jalview by default -- but are associated. In Windows and linux installer, are deselected by default. 'jalview://' as a URL scheme now associated in Windows and macOS.

JAL-3447 Change to install4j template version, JAL-3394 removed redundant compiler variable. Fixed help when run in Eclipse and removed redundant helpDir

JAL-2305 moved failing CrossRef tests to Functional_Failing group

JAL-3407 update release date for Jalview 2.11.1

JAL-3394 Simplified media output from install4j

JAL-3449 More whitespace in installer. Tidying

JAL-3449 Fixed Info.plist file insertion. Simplified install4j conf filename

JAL-3449 Now parsing install4j XML file to edit values.  Should be safer

JAL-3449 Work in progress improving XML replacements by gradle

JAL-3394 disableSigning=true when DEV

JAL-3394 Changed most of the token replacement for adding compiler variables

JAL-3449 Added more versions to getdown splashscreen and fixed Jalview's Java Console installer version reporting

JAL-3420 multiple file extensions for the same mime-type now work in unix installer

JAL-3449 install4j version, install4j template version, getdown version now all being reported in Javliew console

JAL-3477 merging in 3477

JAL-3393 Improved background image for DMG finder window, and associated files for creating it

JAL-3449 adding an installer template version. Really an md5 and a commit hash

JAL-3449 added an install4j compiler var

JAL-3449 JAL-3394 merged on install4j8 template

Merge branch 'improvement/JAL-3393_DMG_Finder_window_improvements' into improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2

Merging in JAL-3393, better Finder window for DMG

JAL-3449 Using .gitignore from Jalview-JS/develop

JAL-3449 Using tidied build.gradle and gradle.properties from Jalview-JS/develop

JAL-3477 A bit of refactoring for the better

JAL-3210 cache getdown config, remove jvmmem options for better defaults

JAL-3210 removing overly complicated logging. Settling for System.out.println and System.err.println for MemorySetting output

JAL-3477 New jvmmemmax config option in getdown and getdown config. Set to 32G cap.

JAL-3477 New sensible default decisions on memory, and new jvmmemmax setting for setting absolute memory level

JAL-3474 removed all .cvsignore files stored in the repo

JAL-3407 update release date for Jalview 2.11.1

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-3407_2.11.1_release

JAL-2481 remove code duplication left by merge

JAL-3441 action double-click in Feature Type column only