JAL-3840 don’t update the modal residue count for gaps

fixes JAL-3840

JAL-3840 failing test - show that addGaps overflows

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3830_macOS_bundle_wrapper

JAL-3248 Moved old README to doc/old_README and put pointers in new README for deskopt application building and JalviewJS building

JAL-3743 JAL-3745 Fixed NullPointerExceptions happening with linkCheck and jalviewjsTranspile tasks when gradle >= 6.6

JAL-3833 Allow setHiDPI and setHiDPIScale to work more usefully in real life

JAL-3833 cap the scaling used by HiDPISetting for incorrect DPI values or incorrect height/width values

JAL-3830 Improved jalview.bat to find either pwsh.exe or powershell.exe, and give better messages to the user

JAL-3830 BAT file wrapper around powershell, so jalview works in command prompt. Added install4j option for installer to add Jalview's bin dir to Path in Windows. Added install4j option to create symlink to bash script to user's local bin (first of ~/bin, ~/.local/bin, ~/local/bin, ~/opt/bin that exists. First two of these usually automatically in PATH).

JAL-3830 Follow all SymbolicLinks in Windows powershell wrapper

JAL-3830 delete channel.props and channel.propsv when uninstalling

JAL-3830 Moved wrappers to bin/jalview.* and make a symlink bin/jalview. Install4j script now jalviewg

JAL-3830 Allow paths to start with '~'. Make path check more succinct.

JAL-3830 Now using a single universal bash script (jalviewc) for bash in linux, macos, cygwin and WSL. It keeps things together.

JAL-3830 add the windows bash script to getdown files and install4j installers

JAL-3830 bash script that works in both cygwin and WSL (Windows Subsystem for Linux)

JAL-3830 Delete wrapper scripts and getdown *v files when uninstalling

JAL-3830 powershell wrapper tested on linux, macos and windows including spaces in paths.  This is the way.

JAL-3830 minor fix in powershell wrapper

JAL-3830 powershell follows symlinks as they do exist in NTFS, and of course in linux

JAL-3830 Powershell wrapper now works cross-platform.  Who needs bash?!

JAL-3830 Make wrapper scripts executable

JAL-3830 powershell wrapper tested and fixed

JAL-3830 improved bash scripts. Added powershell script. Needs testing

JAL-3830 unix and macos wrappers. Symbolic link to jalviewc-macos in Contents/MacOS/jalviewc.

JAL-3830 Improved for .app dir name with spaces, e.g. Jalview Local. Tested on mac to be working.

JAL-3830 install4j adds script to Jalview.app/Contents/MacOS/jalview but we need install4j9 to make it executable

JAL-3830 first draft of wrapper script to go in macOS Jalview.app/Contents/MacOS/jalview

Merge branch 'task/JAL-3796_notarization' into develop

Merge branch 'develop' into task/JAL-3796_notarization

JAL-3796 minimal steps for notarization and the entitlements.txt file needed for the codesign tool

JAL-3618 Enable appBundleIsTraversable in JFileChooser on macOS

JAL-3594 Allow a channel to use a different preferences file than .jalview_properties, with initial read from .jalview_properties

JAL-3822 pass panel height and width to wrapped geometry calculations

JAL-2422 remove temporary patch (requires ChimeraX Daily or 1.2 build)

JAL-3251 On linux set (sun.awt.X11.XToolkit.)awtAppClassName to set the grouped application name in the taskbar

JAL-3521 Changed wording of INSTALLATION in source tarball build_properties

JAL-3521 Adding a build_properties into sourceDist tarball, with INSTALLATION=SourceDist git-commit...

JAL-2422 updated unit test for ChimeraX command change

JAL-2422 a fix and a fudge for two failing ChimeraX commands

Merge branch 'task/JAL-3796_notarization_no_uninstaller' into develop

Merge branch 'task/JAL-3805_Remove_Uninstall_Old_Jalview_application_for_develop_branch' into task/JAL-3796_notarization_no_uninstaller

Merge branch 'develop' into task/JAL-3796_notarization_no_uninstaller

Merge branch 'develop' into task/JAL-3796_notarization

JAL-3521 Updating file opening marker to %u

JAL-3521 Debian mime-type and desktop helper files, and script to create them

JAL-3805 Smaller DMG Finder windows for all DS_Store files in utils/channels/... .  Removed no longer used DS_Store files from utils/install4j.

JAL-3805 New DS_Store for smaller DMG Finder window

JAL-3805 Remove Uninstall Old Jalview.app in Release_2_11_1_Branch

JAL-3038 corrected code that reads editable JComboBox text input

JAL-3796 update signature for uninstaller on OSX

JAL-3796 update to Install4j 8.0.10 and add config for code notarization

JAL-3789 Use j2s.config.altfileproperty in .j2s for alternative temporary build/jalviewjs/config/j2s settings file when running a headless build in gradle

JAL-3789 New swingjs for Java2Script 3.2.10 with j2s.config.altfileproperty

JAL-3280 Fixed the version checking URL formulation (getdown build_properties) for jalviewjs, can also use it for jalviewjs in future

JAL-3783 Reverting to using groovy-all-2.4.12-indy.jar to fix serious problem with Groovy console using shadowJar

JAL-3628 Test for doubly saved single backup file scheme

JAL-3594 Allow setting of getdownappbase and getdowndistdir properties for DEVELOP channel, and change DEVELOP version to be VERSION-dDATE instead of VERSION-develop.  dDATE will help users know when Jalview Develop applicaiton updated

JAL-3280 Test for remote release build_properties file version check

JAL-3280 fixes after CR-JAL-241. Now only checking release build_properties.

JAL-3280 Pass appbase and appdir from getdown to jalvew. Check appbase (defaults to release appbase) for build_properties VERSION insteadl of jnlp file.

JAL-3594 Defintely want SplashScreen to appear in the Desktop window otherwise it might not be closeable

JAL-3594 Changed building.md to describe -PCHANNEL=JALVIEWJS and JALVIEWJS-TEST

JAL-3594 Changed building.md to reflect change of name of channel_properties to channel.props

JAL-3594 Adjustments to allow JalviewJS to use ChannelProperties, and new utils/channels dir for jalviewjs and jalviewjs-release

JAL-3775 JAL-3633 Make java.net.Authenticator code conditional on not being JalviewJS

Merge branch 'task/JAL-3594_updated--CHANNEL_cosmetics' into develop

JAL-3594 Better Jalview Develop banner

JAL-3594 Documentation added to building.md for using the utils/channels/... folders

Merge branch 'task/JAL-3594_updated--CHANNEL_cosmetics' into develop

Merge branch 'merge/develop_and_rebase_squashed_merge_JAL-3628+JAL-3608+JAL-3609+JAL-3541+Release_2_11_1_Branch' into develop

JAL-3594 Improved About banners for develop and test-release

JAL-3594 Images for splash screen

JAL-3594 JAL-3728 Added taskbar icons to desktop and Java console. Changed "Jalview" to "app_name" in various appropriate places

Merge branch 'merge/develop_and_rebase_squashed_merge_JAL-3628+JAL-3608+JAL-3609+JAL-3541+Release_2_11_1_Branch' into merge/JAL-3594_and_new_develop_issues

JAL-3594 Change main window title

JAL-3594 DMG fixes

JAL-3594 added BG logo. Changed some named Jalviews to app_name property. Added test-release and default channels.

JAL-3754 Fixed jar task creating strange dir because of outputs.file()

JAL-3754 Fixed jar task creating strange dir because of outputs.file()

JAL-3594 Default values for channel properties defined in code as fallback

JAL-3594 Added rotating logo png

JAL-3754 fixed a problem with jar task creating a stray dir when building

JAL-3775 added the Platform.isLinux() check for test HiDPISetting2

JAL-3594 New jalview.util.ChannelProperties to get/cache values and images used in the application. Starting to tidy images in resources/images.

JAL-3594 Generating GIMP XCF files for getdown and new release getdown images

JAL-3594 Release images and channel properties

JAL-3594 New way for build.gradle to override properties with channel based properties files. Starting to tidy up some old image files

JAL-3594 new logos, icons and cosmetics for getdown and install4j

JAL-3594 Different icon/getdown styling when launching jalview built with -PCHANNEL=DEVELOP

Merge branch 'develop' into merge/develop_and_rebase_squashed_merge_JAL-3628+JAL-3608+JAL-3609+JAL-3541+Release_2_11_1_Branch

JAL-3609 JAL-3775 Updated getdown with re-factored HiDPISetting and ScreenInfo. No real functionality change.

JAL-3609 JAL-3775 Tests for jalview.bin.HiDPISetting

JAL-3609 JAL-3775 Refactoring a bit of jalview.bin.HiDPISetting so screen display can be mocked in tests by Mockito

JAL-3775 Adding Mockito jars for tests.  Needed for HiDPISettingTest1

JAL-3660 Fix for specified output format when using command line arg to convert a file

JAL-3530 Added a -nowebservicediscovery command line argument.

JAL-3660 Fix for specified output format when using command line arg to convert a file

JAL-3757 JAL-3689 use AppletFormat.checkProtocol to resolve startup file’s retrieval protocol (sorry @benzoid for finessing you !)