JAL-3091 changed release date to 10th September - tweaked release notes.

JAL-3106 normalise extension before checking if it is '.jar' when constructing fileformat/extension name index

JAL-3107 update any group associated annotation rows when a new group is created

JAL-2988 JAL-2968 renamed patched VAqua5 to VAqua5-patch.jar and documented patch along with instructions for rebuilding the jar

JAL-2988 if selected file is null (On Java 10/OSX - happens if user has entered text after selecting a file), try and get the filename from the UI. If no file can be gotten, cancel the save operation

JAL-2988 workaround: overload getSelectedFile() because calling setSelectedFile(..) results in getSelectedFile()==null on OSX/Java 10/VAqua4/5.

JAL-3106 use .jvp as default

JAL-3105 fix for focus transfer after window closed on OSX

JAL-3091 code committed in error (failed patch for JAL-2854)

JAL-3091 release notes for JAL-3104

JAL-3105 reallocate quality and consensus annotation rows so old values aren’t rendered when alignments become shorter

JAL-2854 compute visible annotation panel height and provide it directly to via Scrollable interface

JAL-3065 don’t quote class path args for Runtime.exec java launch command (needs to be ported to 2.11)

JAL-3091 update whats new!

JAL-3091 update Java 10 known issues/workarounds in whats new

JAL-3091 known defect in whats new for Java 10 issues: JAL-3103 JAL-3102

JAL-3091 add Ben Soares to authors list and switch ordering of Toch and Kira (since Kira left after Toch).

JAL-3091 release notes for updated memory settings

JAL-3091 release notes

JAL-3101 increase default heap size in IA and JNLP generation, and generate a jalview_256MB.jnlp file for backwards compatibility

Merge branch 'patch/VAqua_saveload_update_JAL-2988' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-2988 update InstallAnywhere install dependencies for VAqua5

JAL-3091 release date set for Thursday 6th September

Merge branch 'bug/JAL-3065_DH_keyPair_Exception_nogroovysettings' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3065 - amended commit  4906697ab6e5a79fbce3baae89f7f64178c9a739  to exclude .settings/..groovy
    Added notes to the instructions, also adjusted the jalviewDesktopRunner
    test to lookup OS and use ';' or ':' accordingly.
    All the CommandLineOperations tests failed on my (hastily set up) linux
    box, so I'm committing and will test on MacOS too.

JAL-3091 JAL-2988 release notes re Java 10 and OSX

Merge branch 'patch/VAqua_saveload_update_JAL-2988' into releases/Release_2_10_5_Branch

Merge branch 'releases/Release_2_10_5_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3091 -Dnosign to disable jar signing phase of build

JAL-3091 -Dnosign to disable jar signing phase of build

JAL-3091 release notes and whats new !

Merge branch 'trialMerge' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3076 fetch Ensembl sequence as JSON instead of Fasta

Conflicts:
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblInfo.java
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblMap.java
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblSeqProxy.java

JAL-3065 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3065_DH_keyPair_Exception' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3087 release notes

JAL-3095 account for sequence start when highlighting selections in trimmed VARNA model

JAL-3053 JAL-3061 JAL-3095 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3061_RNA_secondary_structure_annotation_gap_character' into releases/Release_2_10_5_Branch

Merge branch 'releases/Release_2_10_5_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3095 release notes

java doc and fix for JAL-3095 - region of trimmed RNA model to highlight is indexed relative to SeuqenceI.getStart()

JAL-3003 remove redundant call to drawSelectionGroup

JAL-3092 release notes

JAL-3092 make sure base pair counter is always moved in loop that computes the helix count for a strand of RNA secondary structure

JAL-3091 release notes for JAL-3003 JAL-3059

JAL-3003 different coloured borders in demo annotation file

JAL-3059 use correct border colour for groups

JAL-3003 draw selection group outline on main graphics context

JAL-247 release notes

JAL-247 comment to clarify wrapped print algorithm

JAL-247 print/export wrapped uses common code to draw seq ids and
annotation labels

JAL-3087 include full alignment height in repeating wrapped height

JAL-247 draw/print sequence ids now uses common code (unwrapped case)

JAL-3091 release 2.10.5 added to release notes

JAL-3061 / JAL-3053

Fixed broken StockholmFileTest tests
curlyWUSSsecondaryStructureForRNASequence
fullWUSSsecondaryStructureForRNASequence
by adding " ." as a recognised Annotation.isWhiteSpace displayCharacter
(which happens for StockholmFile '.' RNA SS annotations)

JAL-2988 workaround for jalview save as dialogs - clear filename before displaying

JAL-2988 JAL-2976 update to latest VAqua release: VAqua5

JAL-3061
Added test StockholmFileTest.stockholmFileRnaSSSpaceChars() to read in
RNA SS annotation with spaces, and check that StockholmFile print output
converts these to '.'s.
Also slight adjustment to StockholmFile.outputCharacter to avoid a
nullPointer exception.

Merge branch 'bug/JAL-3061_RNA_secondary_structure_annotation_gap_character' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-3061_RNA_secondary_structure_annotation_gap_character

JAL-3053
JAL-3061
two bugs with a similar theme (RNA secondary structure annotations)

JAL-3053
This fixes the reading in of Vienna extended dot-bracket notation for
RNA secondary structure annotations (which includes ALPHA/alpha braces).

To avoid (almost all) ambiguity with a protein secondary structure
annotation (Es and Hs), there's a whole-annotation regex match to ensure
some other RNA-based extended dot-bracket feature is present, and then
the reading in can assume an RNA feature set.

Test StockholmFileTest.stockholmFileRnaSSAlphaChars() compares the test
file examples/rna_ss_test.stk with a hard-coded Jalview equivalent. The
Annotation rnasecstr pairing is checked. I've added a sort Comparator
for SequenceFeature to help ensure that check is correct.
--
JAL-3061
There is also a fix for the RNA Secondary Structure annotation output
that was preserving spaces in the output. This is not valid output in
this case, and so a '.' is used instead.

No test for this yet, will add later.

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' into bug/JAL-3061_RNA_secondary_structure_annotation_gap_character

Merge branch 'task/JAL-3047_clover2104b1_cherrypick' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-3047 don't set classes unconditionally (forgot to delete it in earlier patch)

JAL-3047 don’t let the makedist task complete if a clover build was performed

JAL-3047 ‘cloverclasses’ build directory for instrumented classes (allow incremental compile and avoid releasing instrumented classes in production builds)

JAL-3047 enable clover for testng

JAL-3047 ignore clover output dir

Stockholm file for test

Fixed bug ignoring "alpha" extended braces in RNA SS line in
StockholmFile.java (loading a stockholm file with alpha braces in the
SS_cons line)

JAL-3065

Change in all repo documentation advising launching Jalview with the
-Djava.ext.dirs=LIB
option to now use
-classpath="LIB/*:..."
instead. Using the -Djava.ext.dirs= option masks the JRE's own ext dir
which contains the sunjce packages.  This manifests as cipher problems
when accessing https resources (in particular https://www.ebi.ac.uk/...
when searching for PDB structures, activated when choosing Sequence->"3D
Structure Data...")

JAL-3009 release notes

Merge branch 'bugs/JAL-3009_blockingNetworkThreads' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2999 what's new and tweak release notes order

JAL-2920 format/comment tidy

JAL-2920 wrap description in <html/> if it includes <br/>

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2920 unit tests for 3 or more original or variant bases

JAL-2999 refine release notes

JAL-2999 release 2.10.4b1 on Thursday (promise!)

JAL-2920 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2920_uniprotvariantfeature' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2920 revised TODO for JAL-3025

JAL-2920 don’t output variant/original sequence as three-letter codes for more than three bases (pragmatic deviation from HGVC nomenclature)

JAL-2920 JAL-3017 uniprot XML schema included in mappings doc

JAL-1920 JAL-3017 use newline not <br/> in description and update test to cover multi-position variants and newline code

JAL-3009 news reader thread should be in background. TODO: patch newsreader so it uses GUI thread for displaying itself ?


JAL-3009 Identifiers.Org retrieval on background thread.

JAL-3017 parse multiple variant elements for uniprot feature
 Conflicts:
src/jalview/datamodel/xdb/uniprot/UniprotFeature.java
Merged JAL-3017 into upstream JAL-2920 patches for HGVC nomenclature
note - should properly deal with delins variants http://varnomen.hgvs.org/recommendations/protein/variant/delins/

JAL-2999 update release notes and patch date to 5th June 2018

JAL-3017 parse multiple variant elements for uniprot feature

JAL-2999 2.10.4b1 release 31st May

JAL-2999 release date for 2.10.4b1 set for 27th May 2018

Merge branch 'documentation/JAL-2999_r2104b1' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-2992panelHeight' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-1460_dragndropWindows' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2992 simpler heuristic for available height

Merge branch 'bug/JAL-2991_exporttosvgwrapview' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'feature/JAL-2994chimeraPath' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-1460 clarify release notes - and mention that shortcuts are now handled by Jalview