JAL-2277 Refactored out duplicated method - printUnwrapped() in HtmlSvgOutput, externalised facebox script, and made other minor housekeepings

JAL-2177 remove Jmol project signature from jar so it can be resigned

Merge branch 'bug/JAL-2317_jmol_chimera-chain-factorisation' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2317_jmol_chimera-chain-factorisation

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2317 Fixed Chimera command for hiding/showing distinct chains

Bugfix to enable accurate chain extraction/association with models loaded in Chimera, refactored and factorised some duplicated codes with Jmol viewer implementation.

JAL-2320 thread to close Chimera viewer panel if Chimera shut down

JAL-2320 added getViewer() method to return Chimera or Jmol panel

JAL-2301 corrected search example to match AA properties mentioned

JAL-2301 made T hydrophobic as per the cited conservation method

JAL-1961 added link to GFF3 format as well as GFF2

JAL-2309 Made test timeout slightly longer

JAL-2309 Adjusted timeout on headless tests

JAL-2280 Updated spanish translation as recommended by Juan

JAL-2292 updated method calls

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2292 renamed method and improved implementation as suggested by Kira

JAL-1270 renamed helper method so it is not run as a test

JAL-2272 another test case

JAL-1805 groups=Functional added where missing

JAL-2272 unit tests added for Platform.isControlDown

JAL-2318 updated help text

JAL-2282 show url links that need checked; remove 'www' from default

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2282' into develop

JAL-2315 Clear sequenceURLLinks if all sequence links are removed.

JAL-2292 squashed bug that breaks feature mapping for different cased residues

JAL-2292 added javadoc for compareChar(..) utility method

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2195 JAL-2262 house keeping

JAL-2292 fix for wrong mapping output in sequence mapping output window where sequence residue has different case with structure residue

JAL-2292 Wrote utility method for comparing two char either case sensitively or insensitively

JAL-2292 Unit test for utility method for comparing two chars

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2282' into develop

JAL-2282 Better check for existing url links

JAL-2272 right mouse button on Mac is not Cmd equivalent!

JAL-2282 Remove Cache dependency from applet

JAL-2282 Message box stays on top at Jalview open; checks for links
before deciding whether to display.

JAL-966 JAL-1854 removed redundant methods / modifiers from search
result interface, corrected faulty toString

JAL-2302 unit tests added for Finder

JAL-2282 Link menu disabled if there are no valid links

JAL-2282 Updated warn.url_must_contain

JAL-2282 If checkbox on warning dialog is unclicked, reset cache
settings for checking url links.

JAL-2281 Back out unit test update, as Mungo already added.

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into bug/JAL-2282

JAL-2308 Fixed hiddenColsTest

JAL-2312 unit test for bug fix - repeated mapping generated from SIFTS when heuristic identification fails for some SIFTS entities

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2312 Bug fix for repeated mapping generation from SIFTS when heuristic identification fails for some SIFTS entities

JAL-2310 don't double-count sequence matches; code tidying

JAL-2281 test added to show searchRefs is now not case sensitive

JAL-2281 Minor unit test addition

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2282' into develop

JAL-2281 Unit test updates

JAL-345 JAL-1738 menu item, AlignFrame action listener and documentation for Select->Select Highlighted Regions.

Accelerator key (CMD-L) doesn’t seem to work right now.

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2282' into develop

JAL-1738 JAL-345 fix test - method appears to work

JAL-2301 table formatted, and corrected to match the diagram and code

JAL-1738 JAL-345 fix for JAL-2302 only report Matches that are not contained by the previous match.

JAL-1738 JAL-345 switch expected/observed in test

JAL-2281 Use DBRefs.selectRefs to uppercase URL link target

JAL-345 JAL-1738 fix test (still passes)

JAL-2282 Refactor applet too

JAL-2282 Updated and checked messages, English and Spanish

JAL-345 javadoc and note about JAL-2300

JAL-2282 Updated help documentation

JAL-354 JAL-1738 add returns SearchResultMatchI instance so it can be cached

JAL-966 JAL-345 JAL-1738 decontaminate SearchResultI with references to Match

JAL-966 JAL-345 JAL-1738 quick rewrite of scrollToPosition in applet - further refactoring needed to merge applet/desktop scroll logic

JAL-98 JAL-1854 encapsulate 'magic number' threshold 3 in Conservation

JAL-98 ProfileI interface for Profile

JAL-98 test updated for percentage rounded

JAL-98 Profile and ResidueCount moved from analysis to datamodel

JAL-98 wording "negatively conserved" now "absence conserved"

JAL-2282 Code tidy

JAL-2282 Renamed internal use of sequence id / db accession for
consistency

JAL-2282 URLLink unit tests updated

JAL-1738 JAL-345 failing test for mark columns
 - fail actually due to jalview.analysis.Finder creating more than expected SearchResultMatch objects for a given pattern

JAL-345 JAL-1738 strengthen test for cardinalty count/range selects

JAL-345 JAL-1738 typo

JAL-1738 JAL-345 fix broken calculation of newly marked bits

JAL-345 JAL-1738 new tests (failing) for SearchResultsI.markColumns

JAL-1738 JAL-345 trivial tests for relocated SearchResultsI ref on AlignViewportI

Conservation now using ResidueCount; tests added

JAL-98 use Integer constants; tests added for propHash values

JAL-98 typo in javadoc

JAL-98 simplified repeat() method

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2280 refactored and improved structure file identification code for drog'n'drop on AlignFrame to StructureFile class

JAL-2282 Refactor SequenceAnnotationReport to use refactored UrlLink
code.

JAL-2282 Merge

JAL-2282 Changed DB accession id token to $DB_ACCESSION$; updated
messages

JAL-2282 Refactored URL link creation into UrlLink

JAL-2282 Removed unexpected ; from code

JAL-2282 Force double-clicking to use sequence_id cases and not accession_id
cases

JAL-98 round when formatting dec places

JAL-1723 ellipsis in tooltip if xrefs to more than 40 db sources

Merge branch 'develop' into features/JAL-1723_sequenceReport

Conflicts:
src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java

Force double-clicking to use sequence_id cases and not accession_id
cases

Updated messages.