This commit was manufactured by cvs2svn to create tag 'Release_2_6'.

Sprout from master 2010-09-23 08:53:11 UTC jprocter 'update release branch to 2.6'
Delete:
    dist/.cvsignore
    utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml

update release branch to 2.6

typos and indicate 'legacy' service documentation

NPE race condition alert - see JAL-661

revised author list

Jalview 2.6 source licence

apply jalview code style

Jalview 2.6 source licence

2.6 highlights

update 2.6 history

Jmol 12 update

Fix and documentation for JAL-657

Fix and documentation for JAL-657

new web service dialogs and JABA

new export options

jmol update

jabaws, not jws2

trap out of memory errors specifically associated with Jmol view creation (needs refinement)

ensure presets and parameters are discovered when service is discovered

layout the menu with a minimum number of host labels

more attempts to fix NPE from race condition

only indicate that job is broken if it wasn't submitted correctly

stop race condition when submenu being populated before workflows are discovered

ensure host is shown for all non-host indexed submenus

resolve pdb id/chain to pdb file/model number and chain

name change for jaba

cache the runner config so the preset list can be retrieved quickly

progress bar and OOM/Exception traps for project marshalling

catch case when a service has no parameters (or the service's servicerunner does not init correctly) and only display a 'default' submission entry for it.

make sure only one sequence datasource initialization thread runs at any one time

hack to ensure that if window geometry was not stored correctly, windows are not placed outside the current screen dimensions (occurs with console occasionally in 2.5.x)

thread off sequence fetcher initialisation to make initial alignment window display smoother

show a save dialog box!

poss fix for JAL-656

make sure web service menu is always refreshed on 'OK'

reflect the state of a failed Job in the GUI (e.g. trying to align protein seqs with a nucleotide parameter set)

patch to prevent NPE - which occurs if no features are available (see JAL-650)

clean the dist directory before copying Jars

update jmol

added colour by label to feature type colourspec and gff statement to allow mixed jalview colour specs and gff feature specs

reinstated the splitpanes with better size placement, and made tooltips button labels more helpful

fix the javac issue for JmolApplet references in application build

update Jmol jar ref

appletgui should ve excluded from normal application build

streamlined app and applet jmol console + event handling via component listener

refactored to remove App reference in Applet (JAL-638)

refactored to remove App reference in Applet (JAL-638)

patched Jmol and code for embedding JmolAppConsole in a JPanel (JAL-638)

patched Jmol and code for embedding JmolAppConsole in a JPanel (JAL-638)

jabaws, not jaba

threaded off ws menu building to avoid initial pause when services are discovered

properly report invalid jobs (server doesn't support service, seuqence set too big/wide, invalid input parameters) in a pop up dialog

early bail out for long urls, and threaded off group url construction: JAL-402

wrap preset description tooltips

remove duplicate host URLs in service list when not indexing services by host

wrap tooltips and revise layout (JAL-644)

wrap tooltips

tabbed panes for parameters and options.

JAL-634 and JAL-635

JAL-634

todos & added simple method for other classes to monitor when fileUpdate events have occured

trap NPE possiblity for trees that have no associated alignment panels (usually because they've been closed)

right click opens view URL popup for both parameters and option boxes JAL-601

fix for JAL-631

debug warning / option dialog box display

kick off the first time service parameter set discovery thread when service is discovered

JAL-591

new XML representation for web services parameters

pass user preset arguments to job

abstracted GUI to use jalview.ws.params objects (JAL-591, JAL-633). User defined presets shown in menu - which is dynamically populated

abstracted GUI to use jalview.ws.params objects (JAL-591, JAL-633)

distinguish between userdefined parameter set job and preset job

parameter set serialization/deserialization and preset/userdefined parameter set recall

fix occasional arrayIndexOutOfBounds when sequences in subgroup are shorter than alignment width

debugged option changed logic and layout

update gui in gui thread - not structure loading thread

increment if strings *dont* match

1.1 compatibility

re-implemented user prefs logic - still need to debug option change detection.

notes re JAL-623 and JAL-583, new api methods for adding several structure/seq mappings at once

notes re JAL-629

fixed various null pointer exceptions that occur when PDB files imported into Jmol which do not map to a sequence. Notes re JAL-623

fixed various null pointer exceptions that occur when PDB files imported into Jmol which do not map to a sequence

added URL display for parameters/options and debugged parameter set switching

utilities for cloning and manipulating JabaWS parameter objects.

refactored seq/str binding methods and ensured that structures added to existing view get loaded first

patch for structures with multiple models, and refactored seq/str binding methods

1.2 compatibility

revised sequence/structure binding so one structure associated with x-seuqenceI's, and bugfixed superposition code(See JAL-583)

revised sequence/structure binding so one structure associated with x-seuqenceI's

patch re issues.jalview.org/browse/JAL-583 : hack to prevent chains being mapped to sequences with different chainspecs

update to Jmol 12.1.5 (will become 12.2.X when released)

applet now requires java 1.5 minimum (jmol 12.1.xx series is 1.5 only).

update to Jmol 12.1.5 (will become 12.2.X when released)

init Jmol with 'SmarterJmolAdapter'

correct initing of JmolViewer to avoid security exception in unsigned applet moed

excluded methods related to broken Jmol applet binding mechanism (JAL-621)

excluded methods related to broken Jmol applet binding mechanism (JAL-621) and implemented default 'search all alignment' mode when opening a new PDB structure view

ensure template InstallAnywhere build file is always copied before file locations are updated

avoid race condition by setting sequence logo flag directly rather than via accessor. See todo for further threadsafety