bin/MCview/Atom.js

   1 Clazz.declarePackage ("MCview");
   2 Clazz.load (["java.awt.Color"], "MCview.Atom", ["java.lang.Float"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.x = 0;
   5 this.y = 0;
   6 this.z = 0;
   7 this.number = 0;
   8 this.name = null;
   9 this.resName = null;
  10 this.resNumber = 0;
  11 this.insCode = ' ';
  12 this.resNumIns = null;
  13 this.type = 0;
  14 this.color = null;
  15 this.chain = null;
  16 this.alignmentMapping = -1;
  17 this.atomIndex = 0;
  18 this.occupancy = 0;
  19 this.tfactor = 0;
  20 this.isSelected = false;
  21 Clazz.instantialize (this, arguments);
  22 }, MCview, "Atom");
  23 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  24 this.color = java.awt.Color.lightGray;
  25 });
  26 Clazz.makeConstructor (c$,
  27 function (str) {
  28 this.atomIndex = Integer.parseInt (str.substring (6, 11).trim ());
  29 this.name = str.substring (12, 15).trim ();
  30 this.resName = str.substring (17, 20);
  31 this.chain = str.substring (21, 22);
  32 this.resNumber = Integer.parseInt (str.substring (22, 26).trim ());
  33 this.resNumIns = str.substring (22, 27).trim ();
  34 this.insCode = str.substring (26, 27).charAt (0);
  35 this.x = ( new Float (str.substring (30, 38).trim ()).floatValue ());
  36 this.y = ( new Float (str.substring (38, 46).trim ()).floatValue ());
  37 this.z = ( new Float (str.substring (47, 55).trim ()).floatValue ());
  38 var tm = str.substring (54, 60).trim ();
  39 if (tm.length > 0) {
  40 this.occupancy = ( new Float (tm)).floatValue ();
  41 } else {
  42 this.occupancy = 1;
  43 }tm = str.substring (60, 66).trim ();
  44 if (tm.length > 0) {
  45 this.tfactor = ( new Float (tm).floatValue ());
  46 } else {
  47 this.tfactor = 1;
  48 }}, "~S");
  49 Clazz.makeConstructor (c$,
  50 function (x, y, z) {
  51 this.x = x;
  52 this.y = y;
  53 this.z = z;
  54 }, "~N,~N,~N");
  55 });