bin/MCview/PDBChain.js

   1 Clazz.declarePackage ("MCview");\r
   2 Clazz.load (["java.util.Vector"], "MCview.PDBChain", ["MCview.Bond", "$.Residue", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.Annotation", "$.Sequence", "$.SequenceFeature", "jalview.schemes.ResidueProperties", "java.awt.Color", "java.lang.StringBuilder"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.id = null;\r
   5 this.bonds = null;\r
   6 this.atoms = null;\r
   7 this.residues = null;\r
   8 this.offset = 0;\r
   9 this.sequence = null;\r
  10 this.shadow = null;\r
  11 this.isNa = false;\r
  12 this.isVisible = true;\r
  13 this.pdbstart = 0;\r
  14 this.pdbend = 0;\r
  15 this.seqstart = 0;\r
  16 this.seqend = 0;\r
  17 this.pdbid = "";\r
  18 this.newline = null;\r
  19 this.shadowMap = null;\r
  20 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  21 }, MCview, "PDBChain");\r
  22 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  23 this.bonds =  new java.util.Vector ();\r
  24 this.atoms =  new java.util.Vector ();\r
  25 this.residues =  new java.util.Vector ();\r
  26 this.newline = System.getProperty ("line.separator");\r
  27 });\r
  28 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  29 function (pdbid, id) {\r
  30 this.pdbid = pdbid.toLowerCase ();\r
  31 this.id = id;\r
  32 }, "~S,~S");\r
  33 Clazz.defineMethod (c$, "setNewlineString", \r
  34 function (nl) {\r
  35 this.newline = nl;\r
  36 }, "~S");\r
  37 Clazz.defineMethod (c$, "getNewlineString", \r
  38 function () {\r
  39 return this.newline;\r
  40 });\r
  41 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
  42 function () {\r
  43 var tmp =  new StringBuilder (256);\r
  44 for (var b, $b = this.bonds.iterator (); $b.hasNext () && ((b = $b.next ()) || true);) {\r
  45 tmp.append (b.at1.resName).append (" ").append (b.at1.resNumber).append (" ").append (this.offset).append (this.newline);\r
  46 }\r
  47 return tmp.toString ();\r
  48 });\r
  49 Clazz.defineMethod (c$, "makeExactMapping", \r
  50 function (as, s1) {\r
  51 var pdbpos = as.getSeq2Start () - 2;\r
  52 var alignpos = s1.getStart () + as.getSeq1Start () - 3;\r
  53 for (var atom, $atom = this.atoms.iterator (); $atom.hasNext () && ((atom = $atom.next ()) || true);) {\r
  54 atom.alignmentMapping = -1;\r
  55 }\r
  56 for (var i = 0; i < as.astr1.length; i++) {\r
  57 if (as.astr1.charAt (i) != '-') {\r
  58 alignpos++;\r
  59 }if (as.astr2.charAt (i) != '-') {\r
  60 pdbpos++;\r
  61 }if (as.astr1.charAt (i) == as.astr2.charAt (i)) {\r
  62 var res = this.residues.elementAt (pdbpos);\r
  63 for (var atom, $atom = res.atoms.iterator (); $atom.hasNext () && ((atom = $atom.next ()) || true);) {\r
  64 atom.alignmentMapping = alignpos;\r
  65 }\r
  66 }}\r
  67 }, "jalview.analysis.AlignSeq,jalview.datamodel.SequenceI");\r
  68 Clazz.defineMethod (c$, "transferRESNUMFeatures", \r
  69 function (seq, status) {\r
  70 var sq = seq;\r
  71 while (sq != null && sq.getDatasetSequence () != null) {\r
  72 sq = sq.getDatasetSequence ();\r
  73 if (sq === this.sequence) {\r
  74 return null;\r
  75 }}\r
  76 if (status == null) {\r
  77 status = "IEA:jalview";\r
  78 }var features = this.sequence.getSequenceFeatures ();\r
  79 for (var i = 0; i < features.length; i++) {\r
  80 if (features[i].getFeatureGroup ().equals (this.pdbid)) {\r
  81 var tx =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (features[i]);\r
  82 tx.setBegin (1 + this.residues.elementAt (tx.getBegin () - this.offset).atoms.elementAt (0).alignmentMapping);\r
  83 tx.setEnd (1 + this.residues.elementAt (tx.getEnd () - this.offset).atoms.elementAt (0).alignmentMapping);\r
  84 tx.setStatus (status + ((tx.getStatus () == null || tx.getStatus ().length == 0) ? "" : ":" + tx.getStatus ()));\r
  85 if (tx.begin != 0 && tx.end != 0) {\r
  86 sq.addSequenceFeature (tx);\r
  87 }}}\r
  88 return features;\r
  89 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S");\r
  90 Clazz.defineMethod (c$, "makeCaBondList", \r
  91 function () {\r
  92 var na = false;\r
  93 var numNa = 0;\r
  94 for (var i = 0; i < (this.residues.size () - 1); i++) {\r
  95 var tmpres = this.residues.elementAt (i);\r
  96 var tmpres2 = this.residues.elementAt (i + 1);\r
  97 var at1 = tmpres.findAtom ("CA");\r
  98 var at2 = tmpres2.findAtom ("CA");\r
  99 na = false;\r
 100 if ((at1 == null) && (at2 == null)) {\r
 101 na = true;\r
 102 at1 = tmpres.findAtom ("P");\r
 103 at2 = tmpres2.findAtom ("P");\r
 104 }if ((at1 != null) && (at2 != null)) {\r
 105 if (at1.chain.equals (at2.chain)) {\r
 106 if (na) {\r
 107 numNa++;\r
 108 }this.makeBond (at1, at2);\r
 109 }} else {\r
 110 System.out.println ("not found " + i);\r
 111 }}\r
 112 if (this.residues.size () > 0 && (Clazz.doubleToInt (numNa / (this.residues.size () - 1)) > 0.99)) {\r
 113 this.isNa = true;\r
 114 }});\r
 115 Clazz.defineMethod (c$, "makeBond", \r
 116 function (at1, at2) {\r
 117 this.bonds.addElement ( new MCview.Bond (at1, at2));\r
 118 }, "MCview.Atom,MCview.Atom");\r
 119 Clazz.defineMethod (c$, "makeResidueList", \r
 120 function (visibleChainAnnotation) {\r
 121 var count = 0;\r
 122 var symbol;\r
 123 var deoxyn = false;\r
 124 var nucleotide = false;\r
 125 var seq =  new StringBuilder (256);\r
 126 var resFeatures =  new java.util.Vector ();\r
 127 var resAnnotation =  new java.util.Vector ();\r
 128 var i;\r
 129 var iSize = this.atoms.size () - 1;\r
 130 var resNumber = -1;\r
 131 for (i = 0; i <= iSize; i++) {\r
 132 var tmp = this.atoms.elementAt (i);\r
 133 resNumber = tmp.resNumber;\r
 134 var res = resNumber;\r
 135 if (i == 0) {\r
 136 this.offset = resNumber;\r
 137 }var resAtoms =  new java.util.Vector ();\r
 138 while ((resNumber == res) && (i < this.atoms.size ())) {\r
 139 resAtoms.add (this.atoms.elementAt (i));\r
 140 i++;\r
 141 if (i < this.atoms.size ()) {\r
 142 resNumber = this.atoms.elementAt (i).resNumber;\r
 143 } else {\r
 144 resNumber++;\r
 145 }}\r
 146 i--;\r
 147 this.residues.addElement ( new MCview.Residue (resAtoms, resNumber - 1, count));\r
 148 var tmpres = this.residues.lastElement ();\r
 149 var tmpat = tmpres.atoms.get (0);\r
 150 var sf =  new jalview.datamodel.SequenceFeature ("RESNUM", tmpat.resName + ":" + tmpat.resNumIns + " " + this.pdbid + this.id, "", this.offset + count, this.offset + count, this.pdbid);\r
 151 resFeatures.addElement (sf);\r
 152 resAnnotation.addElement ( new jalview.datamodel.Annotation (tmpat.tfactor));\r
 153 if ((symbol = jalview.schemes.ResidueProperties.getAA3Hash ().get (tmpat.resName)) == null) {\r
 154 var nucname = tmpat.resName.trim ();\r
 155 deoxyn = nucname.length == 2 && jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[nucname.charCodeAt (0)] == jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex['D'.charCodeAt (0)];\r
 156 if (tmpat.name.equalsIgnoreCase ("CA") || jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[nucname.charCodeAt ((deoxyn ? 1 : 0))] == -1) {\r
 157 seq.append ("X");\r
 158 } else {\r
 159 nucleotide = true;\r
 160 seq.append (nucname.charAt ((deoxyn ? 1 : 0)));\r
 161 }} else {\r
 162 if (nucleotide) {\r
 163 System.err.println ("Warning: mixed nucleotide and amino acid chain.. its gonna do bad things to you!");\r
 164 }seq.append (jalview.schemes.ResidueProperties.aa[(symbol).intValue ()]);\r
 165 }count++;\r
 166 }\r
 167 if (this.id.length < 1) {\r
 168 this.id = " ";\r
 169 }this.isNa = nucleotide;\r
 170 this.sequence =  new jalview.datamodel.Sequence (this.id, seq.toString (), this.offset, resNumber - 1);\r
 171 for (i = 0, iSize = resFeatures.size (); i < iSize; i++) {\r
 172 this.sequence.addSequenceFeature (resFeatures.elementAt (i));\r
 173 resFeatures.setElementAt (null, i);\r
 174 }\r
 175 if (visibleChainAnnotation) {\r
 176 var annots =  new Array (resAnnotation.size ());\r
 177 var max = 0;\r
 178 for (i = 0, iSize = annots.length; i < iSize; i++) {\r
 179 annots[i] = resAnnotation.elementAt (i);\r
 180 if (annots[i].value > max) {\r
 181 max = annots[i].value;\r
 182 }resAnnotation.setElementAt (null, i);\r
 183 }\r
 184 var tfactorann =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("Temperature Factor", "Temperature Factor for " + this.pdbid + this.id, annots, 0, max, 2);\r
 185 tfactorann.setSequenceRef (this.sequence);\r
 186 this.sequence.addAlignmentAnnotation (tfactorann);\r
 187 }}, "~B");\r
 188 Clazz.defineMethod (c$, "setChargeColours", \r
 189 function () {\r
 190 for (var b, $b = this.bonds.iterator (); $b.hasNext () && ((b = $b.next ()) || true);) {\r
 191 if (b.at1 != null && b.at2 != null) {\r
 192 b.startCol = MCview.PDBChain.getChargeColour (b.at1.resName);\r
 193 b.endCol = MCview.PDBChain.getChargeColour (b.at2.resName);\r
 194 } else {\r
 195 b.startCol = java.awt.Color.gray;\r
 196 b.endCol = java.awt.Color.gray;\r
 197 }}\r
 198 });\r
 199 c$.getChargeColour = Clazz.defineMethod (c$, "getChargeColour", \r
 200 function (resName) {\r
 201 var result = java.awt.Color.lightGray;\r
 202 if ("ASP".equals (resName) || "GLU".equals (resName)) {\r
 203 result = java.awt.Color.red;\r
 204 } else if ("LYS".equals (resName) || "ARG".equals (resName)) {\r
 205 result = java.awt.Color.blue;\r
 206 } else if ("CYS".equals (resName)) {\r
 207 result = java.awt.Color.yellow;\r
 208 }return result;\r
 209 }, "~S");\r
 210 Clazz.defineMethod (c$, "setChainColours", \r
 211 function (cs) {\r
 212 var index;\r
 213 for (var b, $b = this.bonds.iterator (); $b.hasNext () && ((b = $b.next ()) || true);) {\r
 214 try {\r
 215 index = jalview.schemes.ResidueProperties.aa3Hash.get (b.at1.resName).intValue ();\r
 216 b.startCol = cs.findColour (jalview.schemes.ResidueProperties.aa[index].charAt (0));\r
 217 index = jalview.schemes.ResidueProperties.aa3Hash.get (b.at2.resName).intValue ();\r
 218 b.endCol = cs.findColour (jalview.schemes.ResidueProperties.aa[index].charAt (0));\r
 219 } catch (e) {\r
 220 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 221 b.startCol = java.awt.Color.gray;\r
 222 b.endCol = java.awt.Color.gray;\r
 223 } else {\r
 224 throw e;\r
 225 }\r
 226 }\r
 227 }\r
 228 }, "jalview.schemes.ColourSchemeI");\r
 229 Clazz.defineMethod (c$, "setChainColours", \r
 230 function (col) {\r
 231 for (var b, $b = this.bonds.iterator (); $b.hasNext () && ((b = $b.next ()) || true);) {\r
 232 b.startCol = col;\r
 233 b.endCol = col;\r
 234 }\r
 235 }, "java.awt.Color");\r
 236 Clazz.defineMethod (c$, "transferResidueAnnotation", \r
 237 function (mapping, sqmpping) {\r
 238 var sq = mapping.getSequence ();\r
 239 var dsq = sq;\r
 240 if (sq != null) {\r
 241 while (dsq.getDatasetSequence () != null) {\r
 242 dsq = dsq.getDatasetSequence ();\r
 243 }\r
 244 if (this.shadow != null && this.shadow.getAnnotation () != null) {\r
 245 for (var ana, $ana = 0, $$ana = this.shadow.getAnnotation (); $ana < $$ana.length && ((ana = $$ana[$ana]) || true); $ana++) {\r
 246 var transfer = sq.getAlignmentAnnotations (ana.getCalcId (), ana.label);\r
 247 if (transfer == null || transfer.size () == 0) {\r
 248 ana =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (ana);\r
 249 ana.liftOver (this.sequence, this.shadowMap);\r
 250 ana.liftOver (dsq, sqmpping);\r
 251 dsq.addAlignmentAnnotation (ana);\r
 252 } else {\r
 253 continue;\r
 254 }}\r
 255 } else {\r
 256 if (this.sequence != null && this.sequence.getAnnotation () != null) {\r
 257 for (var ana, $ana = 0, $$ana = this.sequence.getAnnotation (); $ana < $$ana.length && ((ana = $$ana[$ana]) || true); $ana++) {\r
 258 var transfer = sq.getAlignmentAnnotations (ana.getCalcId (), ana.label);\r
 259 if (transfer == null || transfer.size () == 0) {\r
 260 ana =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (ana);\r
 261 ana.liftOver (dsq, sqmpping);\r
 262 } else {\r
 263 continue;\r
 264 }}\r
 265 }}if (false) {\r
 266 var min = -1;\r
 267 var max = 0;\r
 268 var an =  new Array (sq.getEnd () - sq.getStart () + 1);\r
 269 for (var i = sq.getStart (), j = sq.getEnd (), k = 0; i <= j; i++, k++) {\r
 270 var prn = mapping.getPDBResNum (k + 1);\r
 271 an[k] =  new jalview.datamodel.Annotation (prn);\r
 272 if (min == -1) {\r
 273 min = k;\r
 274 max = k;\r
 275 } else {\r
 276 if (min > k) {\r
 277 min = k;\r
 278 } else if (max < k) {\r
 279 max = k;\r
 280 }}}\r
 281 sq.addAlignmentAnnotation ( new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("PDB.RESNUM", "PDB Residue Numbering for " + this.pdbid + ":" + this.id, an, min, max, 2));\r
 282 }}}, "jalview.structure.StructureMapping,jalview.datamodel.Mapping");\r
 283 Clazz.defineStatics (c$,\r
 284 "PDBFILEFEATURE", "PDBFile",\r
 285 "IEASTATUS", "IEA:jalview");\r
 286 });\r