bin/jalview/analysis/AlignSeq.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueProperties", "java.lang.StringBuffer"], "jalview.analysis.AlignSeq", ["jalview.datamodel.Mapping", "$.Sequence", "jalview.util.Comparison", "$.Format", "$.MapList", "$.MessageManager", "java.awt.Color", "java.lang.Error", "$.StringBuilder", "java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.StringTokenizer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.score = null;
   5 this.E = null;
   6 this.F = null;
   7 this.traceback = null;
   8 this.seq1 = null;
   9 this.seq2 = null;
  10 this.s1 = null;
  11 this.s2 = null;
  12 this.s1str = null;
  13 this.s2str = null;
  14 this.maxi = 0;
  15 this.maxj = 0;
  16 this.aseq1 = null;
  17 this.aseq2 = null;
  18 this.astr1 = "";
  19 this.astr2 = "";
  20 this.seq1start = 0;
  21 this.seq1end = 0;
  22 this.seq2start = 0;
  23 this.seq2end = 0;
  24 this.count = 0;
  25 this.maxscore = 0;
  26 this.pid = 0;
  27 this.prev = 0;
  28 this.gapOpen = 120;
  29 this.gapExtend = 20;
  30 this.lookup = null;
  31 this.intToStr = null;
  32 this.defInt = 23;
  33 this.output = null;
  34 this.type = null;
  35 this.charToInt = null;
  36 Clazz.instantialize (this, arguments);
  37 }, jalview.analysis, "AlignSeq");
  38 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  39 this.lookup = jalview.schemes.ResidueProperties.getBLOSUM62 ();
  40 this.intToStr = jalview.analysis.AlignSeq.pep;
  41 this.output =  new StringBuffer ();
  42 });
  43 Clazz.makeConstructor (c$,
  44 function (s1, s2, type) {
  45 this.SeqInit (s1, s1.getSequenceAsString (), s2, s2.getSequenceAsString (), type);
  46 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,~S");
  47 Clazz.makeConstructor (c$,
  48 function (s1, string1, s2, string2, type) {
  49 this.SeqInit (s1, string1.toUpperCase (), s2, string2.toUpperCase (), type);
  50 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.datamodel.SequenceI,~S,~S");
  51 Clazz.defineMethod (c$, "getMaxScore",
  52 function () {
  53 return this.maxscore;
  54 });
  55 Clazz.defineMethod (c$, "getSeq2Start",
  56 function () {
  57 return this.seq2start;
  58 });
  59 Clazz.defineMethod (c$, "getSeq2End",
  60 function () {
  61 return this.seq2end;
  62 });
  63 Clazz.defineMethod (c$, "getSeq1Start",
  64 function () {
  65 return this.seq1start;
  66 });
  67 Clazz.defineMethod (c$, "getSeq1End",
  68 function () {
  69 return this.seq1end;
  70 });
  71 Clazz.defineMethod (c$, "getOutput",
  72 function () {
  73 return this.output.toString ();
  74 });
  75 Clazz.defineMethod (c$, "getAStr1",
  76 function () {
  77 return this.astr1;
  78 });
  79 Clazz.defineMethod (c$, "getAStr2",
  80 function () {
  81 return this.astr2;
  82 });
  83 Clazz.defineMethod (c$, "getASeq1",
  84 function () {
  85 return this.aseq1;
  86 });
  87 Clazz.defineMethod (c$, "getASeq2",
  88 function () {
  89 return this.aseq2;
  90 });
  91 Clazz.defineMethod (c$, "getS1",
  92 function () {
  93 return this.s1;
  94 });
  95 Clazz.defineMethod (c$, "getS2",
  96 function () {
  97 return this.s2;
  98 });
  99 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedSeq1",
 100 function () {
 101 var alSeq1 =  new jalview.datamodel.Sequence (this.s1.getName (), this.getAStr1 ());
 102 alSeq1.setStart (this.s1.getStart () + this.getSeq1Start () - 1);
 103 alSeq1.setEnd (this.s1.getStart () + this.getSeq1End () - 1);
 104 alSeq1.setDatasetSequence (this.s1.getDatasetSequence () == null ? this.s1 : this.s1.getDatasetSequence ());
 105 return alSeq1;
 106 });
 107 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedSeq2",
 108 function () {
 109 var alSeq2 =  new jalview.datamodel.Sequence (this.s2.getName (), this.getAStr2 ());
 110 alSeq2.setStart (this.s2.getStart () + this.getSeq2Start () - 1);
 111 alSeq2.setEnd (this.s2.getStart () + this.getSeq2End () - 1);
 112 alSeq2.setDatasetSequence (this.s2.getDatasetSequence () == null ? this.s2 : this.s2.getDatasetSequence ());
 113 return alSeq2;
 114 });
 115 Clazz.defineMethod (c$, "SeqInit",
 116 function (s1, string1, s2, string2, type) {
 117 this.s1 = s1;
 118 this.s2 = s2;
 119 this.setDefaultParams (type);
 120 this.SeqInit (string1, string2);
 121 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.datamodel.SequenceI,~S,~S");
 122 Clazz.defineMethod (c$, "SeqInit",
 123 function (s1, string1, s2, string2, scoreMatrix) {
 124 this.s1 = s1;
 125 this.s2 = s2;
 126 this.setType (scoreMatrix.isDNA () ? "dna" : "pep");
 127 this.lookup = scoreMatrix.getMatrix ();
 128 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.schemes.ScoreMatrix");
 129 Clazz.defineMethod (c$, "SeqInit",
 130 ($fz = function (string1, string2) {
 131 this.s1str = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, string1);
 132 this.s2str = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, string2);
 133 if (this.s1str.length == 0 || this.s2str.length == 0) {
 134 this.output.append ("ALL GAPS: " + (this.s1str.length == 0 ? this.s1.getName () : " ") + (this.s2str.length == 0 ? this.s2.getName () : ""));
 135 return;
 136 }this.seq1 =  Clazz.newIntArray (this.s1str.length, 0);
 137 this.seq2 =  Clazz.newIntArray (this.s2str.length, 0);
 138 this.score =  Clazz.newIntArray (this.s1str.length, this.s2str.length, 0);
 139 this.E =  Clazz.newIntArray (this.s1str.length, this.s2str.length, 0);
 140 this.F =  Clazz.newIntArray (this.s1str.length, this.s2str.length, 0);
 141 this.traceback =  Clazz.newIntArray (this.s1str.length, this.s2str.length, 0);
 142 this.seq1 = this.stringToInt (this.s1str, this.type);
 143 this.seq2 = this.stringToInt (this.s2str, this.type);
 144 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S,~S");
 145 Clazz.defineMethod (c$, "setDefaultParams",
 146 ($fz = function (type) {
 147 this.setType (type);
 148 if (type.equals ("pep")) {
 149 this.lookup = jalview.schemes.ResidueProperties.getDefaultPeptideMatrix ();
 150 } else if (type.equals ("dna")) {
 151 this.lookup = jalview.schemes.ResidueProperties.getDefaultDnaMatrix ();
 152 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");
 153 Clazz.defineMethod (c$, "setType",
 154 ($fz = function (type2) {
 155 this.type = type2;
 156 if (this.type.equals ("pep")) {
 157 this.intToStr = jalview.analysis.AlignSeq.pep;
 158 this.charToInt = jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex;
 159 this.defInt = 23;
 160 } else if (this.type.equals ("dna")) {
 161 this.intToStr = jalview.analysis.AlignSeq.dna;
 162 this.charToInt = jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex;
 163 this.defInt = 10;
 164 } else {
 165 this.output.append ("Wrong type = dna or pep only");
 166 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.unknown_type_dna_or_pep",  Clazz.newArray (-1, [type2])));
 167 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");
 168 Clazz.defineMethod (c$, "traceAlignment",
 169 function () {
 170 var max = -9999;
 171 for (var i = 0; i < this.seq1.length; i++) {
 172 if (this.score[i][this.seq2.length - 1] > max) {
 173 max = this.score[i][this.seq2.length - 1];
 174 this.maxi = i;
 175 this.maxj = this.seq2.length - 1;
 176 }}
 177 for (var j = 0; j < this.seq2.length; j++) {
 178 if (this.score[this.seq1.length - 1][j] > max) {
 179 max = this.score[this.seq1.length - 1][j];
 180 this.maxi = this.seq1.length - 1;
 181 this.maxj = j;
 182 }}
 183 var i = this.maxi;
 184 var j = this.maxj;
 185 var trace;
 186 this.maxscore = Clazz.doubleToInt (this.score[i][j] / 10);
 187 this.seq1end = this.maxi + 1;
 188 this.seq2end = this.maxj + 1;
 189 this.aseq1 =  Clazz.newIntArray (this.seq1.length + this.seq2.length, 0);
 190 this.aseq2 =  Clazz.newIntArray (this.seq1.length + this.seq2.length, 0);
 191 this.count = (this.seq1.length + this.seq2.length) - 1;
 192 while ((i > 0) && (j > 0)) {
 193 if ((this.aseq1[this.count] != this.defInt) && (i >= 0)) {
 194 this.aseq1[this.count] = this.seq1[i];
 195 this.astr1 = this.s1str.charAt (i) + this.astr1;
 196 }if ((this.aseq2[this.count] != this.defInt) && (j > 0)) {
 197 this.aseq2[this.count] = this.seq2[j];
 198 this.astr2 = this.s2str.charAt (j) + this.astr2;
 199 }trace = this.findTrace (i, j);
 200 if (trace == 0) {
 201 i--;
 202 j--;
 203 } else if (trace == 1) {
 204 j--;
 205 this.aseq1[this.count] = this.defInt;
 206 this.astr1 = "-" + this.astr1.substring (1);
 207 } else if (trace == -1) {
 208 i--;
 209 this.aseq2[this.count] = this.defInt;
 210 this.astr2 = "-" + this.astr2.substring (1);
 211 }this.count--;
 212 }
 213 this.seq1start = i + 1;
 214 this.seq2start = j + 1;
 215 if (this.aseq1[this.count] != this.defInt) {
 216 this.aseq1[this.count] = this.seq1[i];
 217 this.astr1 = this.s1str.charAt (i) + this.astr1;
 218 }if (this.aseq2[this.count] != this.defInt) {
 219 this.aseq2[this.count] = this.seq2[j];
 220 this.astr2 = this.s2str.charAt (j) + this.astr2;
 221 }});
 222 Clazz.defineMethod (c$, "printAlignment",
 223 function (os) {
 224 var s1id = this.s1.getName ();
 225 var s2id = this.s2.getName ();
 226 var maxid = this.s1.getName ().length;
 227 if (this.s2.getName ().length > maxid) {
 228 maxid = this.s2.getName ().length;
 229 }if (maxid > 30) {
 230 maxid = 30;
 231 if (this.s1.getName ().length > maxid) {
 232 s1id = this.s1.getName ().substring (0, 30);
 233 }if (this.s2.getName ().length > maxid) {
 234 s2id = this.s2.getName ().substring (0, 30);
 235 }}var len = 72 - maxid - 1;
 236 var nochunks = (Clazz.doubleToInt ((this.aseq1.length - this.count) / len)) + 1;
 237 this.pid = 0;
 238 this.output.append ("Score = ").append ("" + this.score[this.maxi][this.maxj]).append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);
 239 this.output.append ("Length of alignment = ").append (String.valueOf (this.aseq1.length - this.count)).append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);
 240 this.output.append ("Sequence ");
 241 this.output.append ( new jalview.util.Format ("%" + maxid + "s").form (this.s1.getName ()));
 242 this.output.append (" :  ").append (String.valueOf (this.s1.getStart ())).append (" - ").append (String.valueOf (this.s1.getEnd ()));
 243 this.output.append (" (Sequence length = ").append (String.valueOf (this.s1str.length)).append (")").append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);
 244 this.output.append ("Sequence ");
 245 this.output.append ( new jalview.util.Format ("%" + maxid + "s").form (this.s2.getName ()));
 246 this.output.append (" :  ").append (String.valueOf (this.s2.getStart ())).append (" - ").append (String.valueOf (this.s2.getEnd ()));
 247 this.output.append (" (Sequence length = ").append (String.valueOf (this.s2str.length)).append (")").append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE).append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);
 248 for (var j = 0; j < nochunks; j++) {
 249 this.output.append ( new jalview.util.Format ("%" + (maxid) + "s").form (s1id)).append (" ");
 250 for (var i = 0; i < len; i++) {
 251 if ((i + (j * len)) < this.astr1.length) {
 252 this.output.append (this.astr1.charAt (i + (j * len)));
 253 }}
 254 this.output.append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);
 255 this.output.append ( new jalview.util.Format ("%" + (maxid) + "s").form (" ")).append (" ");
 256 for (var i = 0; i < len; i++) {
 257 if ((i + (j * len)) < this.astr1.length) {
 258 if (this.astr1.charAt (i + (j * len)) == this.astr2.charAt (i + (j * len)) && !jalview.util.Comparison.isGap (this.astr1.charAt (i + (j * len)))) {
 259 this.pid++;
 260 this.output.append ("|");
 261 } else if (this.type.equals ("pep")) {
 262 if (jalview.schemes.ResidueProperties.getPAM250 (this.astr1.charAt (i + (j * len)), this.astr2.charAt (i + (j * len))) > 0) {
 263 this.output.append (".");
 264 } else {
 265 this.output.append (" ");
 266 }} else {
 267 this.output.append (" ");
 268 }}}
 269 this.output = this.output.append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);
 270 this.output = this.output.append ( new jalview.util.Format ("%" + (maxid) + "s").form (s2id)).append (" ");
 271 for (var i = 0; i < len; i++) {
 272 if ((i + (j * len)) < this.astr2.length) {
 273 this.output.append (this.astr2.charAt (i + (j * len)));
 274 }}
 275 this.output.append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE).append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);
 276 }
 277 this.pid = this.pid / (this.aseq1.length - this.count) * 100;
 278 this.output = this.output.append ( new jalview.util.Format ("Percentage ID = %2.2f\n\n").formDouble (this.pid));
 279 try {
 280 os.print (this.output.toString ());
 281 } catch (ex) {
 282 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 283 } else {
 284 throw ex;
 285 }
 286 }
 287 }, "java.io.PrintStream");
 288 Clazz.defineMethod (c$, "printScoreMatrix",
 289 function (mat) {
 290 var n = this.seq1.length;
 291 var m = this.seq2.length;
 292 for (var i = 0; i < n; i++) {
 293 if (i == 0) {
 294 jalview.util.Format.print (System.out, "%8s", this.s2str.substring (0, 1));
 295 for (var jj = 1; jj < m; jj++) {
 296 jalview.util.Format.print (System.out, "%5s", this.s2str.substring (jj, jj + 1));
 297 }
 298 System.out.println ();
 299 }for (var j = 0; j < m; j++) {
 300 if (j == 0) {
 301 jalview.util.Format.print (System.out, "%3s", this.s1str.substring (i, i + 1));
 302 }jalview.util.Format.printLong (System.out, "%3d ", Clazz.doubleToInt (mat[i][j] / 10));
 303 }
 304 System.out.println ();
 305 }
 306 }, "~A");
 307 Clazz.defineMethod (c$, "findTrace",
 308 function (i, j) {
 309 var t = 0;
 310 var max = this.score[i - 1][j - 1] + (this.lookup[this.seq1[i]][this.seq2[j]] * 10);
 311 if (this.F[i][j] > max) {
 312 max = this.F[i][j];
 313 t = -1;
 314 } else if (this.F[i][j] == max) {
 315 if (this.prev == -1) {
 316 max = this.F[i][j];
 317 t = -1;
 318 }}if (this.E[i][j] >= max) {
 319 max = this.E[i][j];
 320 t = 1;
 321 } else if (this.E[i][j] == max) {
 322 if (this.prev == 1) {
 323 max = this.E[i][j];
 324 t = 1;
 325 }}this.prev = t;
 326 return t;
 327 }, "~N,~N");
 328 Clazz.defineMethod (c$, "calcScoreMatrix",
 329 function () {
 330 var n = this.seq1.length;
 331 var m = this.seq2.length;
 332 this.score[0][0] = this.lookup[this.seq1[0]][this.seq2[0]] * 10;
 333 this.E[0][0] = -this.gapExtend;
 334 this.F[0][0] = 0;
 335 for (var j = 1; j < m; j++) {
 336 this.E[0][j] = this.max (this.score[0][j - 1] - this.gapOpen, this.E[0][j - 1] - this.gapExtend);
 337 this.F[0][j] = -this.gapExtend;
 338 this.score[0][j] = this.max (this.lookup[this.seq1[0]][this.seq2[j]] * 10, -this.gapOpen, -this.gapExtend);
 339 this.traceback[0][j] = 1;
 340 }
 341 for (var i = 1; i < n; i++) {
 342 this.E[i][0] = -this.gapOpen;
 343 this.F[i][0] = this.max (this.score[i - 1][0] - this.gapOpen, this.F[i - 1][0] - this.gapExtend);
 344 this.score[i][0] = this.max (this.lookup[this.seq1[i]][this.seq2[0]] * 10, this.E[i][0], this.F[i][0]);
 345 this.traceback[i][0] = -1;
 346 }
 347 for (var i = 1; i < n; i++) {
 348 for (var j = 1; j < m; j++) {
 349 this.E[i][j] = this.max (this.score[i][j - 1] - this.gapOpen, this.E[i][j - 1] - this.gapExtend);
 350 this.F[i][j] = this.max (this.score[i - 1][j] - this.gapOpen, this.F[i - 1][j] - this.gapExtend);
 351 this.score[i][j] = this.max (this.score[i - 1][j - 1] + (this.lookup[this.seq1[i]][this.seq2[j]] * 10), this.E[i][j], this.F[i][j]);
 352 this.traceback[i][j] = this.findTrace (i, j);
 353 }
 354 }
 355 });
 356 c$.extractGaps = Clazz.defineMethod (c$, "extractGaps",
 357 function (gapChars, seq) {
 358 if (gapChars == null || seq == null) {
 359 return null;
 360 }var str =  new java.util.StringTokenizer (seq, gapChars);
 361 var newString =  new StringBuilder (seq.length);
 362 while (str.hasMoreTokens ()) {
 363 newString.append (str.nextToken ());
 364 }
 365 return newString.toString ();
 366 }, "~S,~S");
 367 Clazz.defineMethod (c$, "max",
 368 function (i1, i2, i3) {
 369 var max = i1;
 370 if (i2 > i1) {
 371 max = i2;
 372 }if (i3 > max) {
 373 max = i3;
 374 }return max;
 375 }, "~N,~N,~N");
 376 Clazz.defineMethod (c$, "max",
 377 function (i1, i2) {
 378 var max = i1;
 379 if (i2 > i1) {
 380 max = i2;
 381 }return max;
 382 }, "~N,~N");
 383 Clazz.defineMethod (c$, "stringToInt",
 384 function (s, type) {
 385 var seq1 =  Clazz.newIntArray (s.length, 0);
 386 for (var i = 0; i < s.length; i++) {
 387 var c = s.charAt (i);
 388 if ('a' <= c && c <= 'z') {
 389 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) - (32));
 390 }try {
 391 seq1[i] = this.charToInt[c.charCodeAt (0)];
 392 if (seq1[i] < 0 || seq1[i] > this.defInt) {
 393 seq1[i] = this.defInt;
 394 }} catch (e) {
 395 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 396 seq1[i] = this.defInt;
 397 } else {
 398 throw e;
 399 }
 400 }
 401 }
 402 return seq1;
 403 }, "~S,~S");
 404 c$.displayMatrix = Clazz.defineMethod (c$, "displayMatrix",
 405 function (g, mat, n, m, psize) {
 406 var max = -1000;
 407 var min = 1000;
 408 for (var i = 0; i < n; i++) {
 409 for (var j = 0; j < m; j++) {
 410 if (mat[i][j] >= max) {
 411 max = mat[i][j];
 412 }if (mat[i][j] <= min) {
 413 min = mat[i][j];
 414 }}
 415 }
 416 System.out.println (max + " " + min);
 417 for (var i = 0; i < n; i++) {
 418 for (var j = 0; j < m; j++) {
 419 var x = psize * i;
 420 var y = psize * j;
 421 var score = (mat[i][j] - min) / (max - min);
 422 g.setColor ( new java.awt.Color (score, 0, 0));
 423 g.fillRect (x, y, psize, psize);
 424 }
 425 }
 426 }, "java.awt.Graphics,~A,~N,~N,~N");
 427 c$.doGlobalNWAlignment = Clazz.defineMethod (c$, "doGlobalNWAlignment",
 428 function (s1, s2, type) {
 429 var as =  new jalview.analysis.AlignSeq (s1, s2, type);
 430 as.calcScoreMatrix ();
 431 as.traceAlignment ();
 432 return as;
 433 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,~S");
 434 Clazz.defineMethod (c$, "getMappingFromS1",
 435 function (allowmismatch) {
 436 var as1 =  new java.util.ArrayList ();
 437 var as2 =  new java.util.ArrayList ();
 438 var pdbpos = this.s2.getStart () + this.getSeq2Start () - 2;
 439 var alignpos = this.s1.getStart () + this.getSeq1Start () - 2;
 440 var lp2 = pdbpos - 3;
 441 var lp1 = alignpos - 3;
 442 var lastmatch = false;
 443 for (var i = 0; i < this.astr1.length; i++) {
 444 var c1 = this.astr1.charAt (i);
 445 var c2 = this.astr2.charAt (i);
 446 if (c1 != '-') {
 447 alignpos++;
 448 }if (c2 != '-') {
 449 pdbpos++;
 450 }if (allowmismatch || c1 == c2) {
 451 if (lp1 + 1 != alignpos || lp2 + 1 != pdbpos) {
 452 as1.add (Integer.$valueOf (alignpos));
 453 as2.add (Integer.$valueOf (pdbpos));
 454 }lastmatch = true;
 455 lp1 = alignpos;
 456 lp2 = pdbpos;
 457 } else {
 458 if (lastmatch) {
 459 as1.add (Integer.$valueOf (lp1));
 460 as2.add (Integer.$valueOf (lp2));
 461 }lastmatch = false;
 462 }}
 463 var mapseq1 =  Clazz.newIntArray (as1.size () + (lastmatch ? 1 : 0), 0);
 464 var mapseq2 =  Clazz.newIntArray (as2.size () + (lastmatch ? 1 : 0), 0);
 465 var i = 0;
 466 for (var ip, $ip = as1.iterator (); $ip.hasNext () && ((ip = $ip.next ()) || true);) {
 467 mapseq1[i++] = (ip).intValue ();
 468 }
 469 ;i = 0;
 470 for (var ip, $ip = as2.iterator (); $ip.hasNext () && ((ip = $ip.next ()) || true);) {
 471 mapseq2[i++] = (ip).intValue ();
 472 }
 473 ;if (lastmatch) {
 474 mapseq1[mapseq1.length - 1] = alignpos;
 475 mapseq2[mapseq2.length - 1] = pdbpos;
 476 }var map =  new jalview.util.MapList (mapseq1, mapseq2, 1, 1);
 477 var mapping =  new jalview.datamodel.Mapping (map);
 478 mapping.setTo (this.s2);
 479 return mapping;
 480 }, "~B");
 481 c$.replaceMatchingSeqsWith = Clazz.defineMethod (c$, "replaceMatchingSeqsWith",
 482 function (seqs, annotations, ochains, al, dnaOrProtein, removeOldAnnots) {
 483 var orig =  new java.util.ArrayList ();
 484 var repl =  new java.util.ArrayList ();
 485 var aligs =  new java.util.ArrayList ();
 486 if (al != null && al.getHeight () > 0) {
 487 var matches =  new java.util.ArrayList ();
 488 var aligns =  new java.util.ArrayList ();
 489 for (var sq, $sq = ochains.iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {
 490 var bestm = null;
 491 var bestaseq = null;
 492 var bestscore = 0;
 493 for (var msq, $msq = al.getSequences ().iterator (); $msq.hasNext () && ((msq = $msq.next ()) || true);) {
 494 var aseq = jalview.analysis.AlignSeq.doGlobalNWAlignment (msq, sq, dnaOrProtein);
 495 if (bestm == null || aseq.getMaxScore () > bestscore) {
 496 bestscore = aseq.getMaxScore ();
 497 bestaseq = aseq;
 498 bestm = msq;
 499 }}
 500 System.out.println ("Best Score for " + (matches.size () + 1) + " :" + bestscore);
 501 matches.add (bestm);
 502 aligns.add (bestaseq);
 503 al.deleteSequence (bestm);
 504 }
 505 for (var p = 0, pSize = seqs.size (); p < pSize; p++) {
 506 var sq;
 507 var sp = seqs.get (p);
 508 var q;
 509 if ((q = ochains.indexOf (sp)) > -1) {
 510 seqs.set (p, sq = matches.get (q));
 511 orig.add (sp);
 512 repl.add (sq);
 513 sq.setName (sp.getName ());
 514 sq.setDescription (sp.getDescription ());
 515 var sp2sq;
 516 sq.transferAnnotation (sp, sp2sq = aligns.get (q).getMappingFromS1 (false));
 517 aligs.add (aligns.get (q));
 518 var inspos = -1;
 519 for (var ap = 0; ap < annotations.size (); ) {
 520 if (annotations.get (ap).sequenceRef === sp) {
 521 if (inspos == -1) {
 522 inspos = ap;
 523 }if (removeOldAnnots) {
 524 annotations.remove (ap);
 525 } else {
 526 var alan = annotations.remove (ap);
 527 alan.liftOver (sq, sp2sq);
 528 alan.setSequenceRef (sq);
 529 sq.addAlignmentAnnotation (alan);
 530 }} else {
 531 ap++;
 532 }}
 533 if (sq.getAnnotation () != null && sq.getAnnotation ().length > 0) {
 534 annotations.addAll (inspos == -1 ? annotations.size () : inspos, java.util.Arrays.asList (sq.getAnnotation ()));
 535 }}}
 536 }return java.util.Arrays.asList ([orig, repl, aligs]);
 537 }, "java.util.List,java.util.List,java.util.List,jalview.datamodel.AlignmentI,~S,~B");
 538 c$.computeRedundancyMatrix = Clazz.defineMethod (c$, "computeRedundancyMatrix",
 539 function (originalSequences, omitHidden, start, end, ungapped) {
 540 var height = originalSequences.length;
 541 var redundancy =  Clazz.newFloatArray (height, 0);
 542 var lngth =  Clazz.newIntArray (height, 0);
 543 for (var i = 0; i < height; i++) {
 544 redundancy[i] = 0;
 545 lngth[i] = -1;
 546 }
 547 var pid;
 548 var seqi;
 549 var seqj;
 550 for (var i = 0; i < height; i++) {
 551 for (var j = 0; j < i; j++) {
 552 if (i == j) {
 553 continue;
 554 }if (omitHidden == null) {
 555 seqi = originalSequences[i].getSequenceAsString (start, end);
 556 seqj = originalSequences[j].getSequenceAsString (start, end);
 557 } else {
 558 seqi = omitHidden[i];
 559 seqj = omitHidden[j];
 560 }if (lngth[i] == -1) {
 561 var ug = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, seqi);
 562 lngth[i] = ug.length;
 563 if (ungapped) {
 564 seqi = ug;
 565 }}if (lngth[j] == -1) {
 566 var ug = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, seqj);
 567 lngth[j] = ug.length;
 568 if (ungapped) {
 569 seqj = ug;
 570 }}pid = jalview.util.Comparison.PID (seqi, seqj);
 571 if (lngth[j] < lngth[i]) {
 572 redundancy[j] = Math.max (pid, redundancy[j]);
 573 } else {
 574 redundancy[i] = Math.max (pid, redundancy[i]);
 575 }}
 576 }
 577 return redundancy;
 578 }, "~A,~A,~N,~N,~B");
 579 Clazz.defineStatics (c$,
 580 "PEP", "pep",
 581 "DNA", "dna");
 582 c$.NEWLINE = c$.prototype.NEWLINE = System.lineSeparator ();
 583 Clazz.defineStatics (c$,
 584 "dna",  Clazz.newArray (-1, ["A", "C", "G", "T", "-"]),
 585 "pep",  Clazz.newArray (-1, ["A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F", "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "-"]));
 586 });