bin/jalview/analysis/AlignmentUtils.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.AlignmentUtils", ["jalview.analysis.CodonComparator", "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame", "$.Alignment", "$.AlignmentAnnotation", "$.DBRefEntry", "$.DBRefSource", "$.FeatureProperties", "$.SearchResults", "$.Sequence", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.DBRefUtils", "$.MapList", "$.MappingUtils", "java.lang.StringBuilder", "java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.HashMap", "$.HashSet", "$.LinkedHashMap", "$.LinkedHashSet", "$.TreeMap"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "AlignmentUtils");\r
   4 c$.expandContext = Clazz.defineMethod (c$, "expandContext", \r
   5 function (core, flankSize) {\r
   6 var sq =  new java.util.ArrayList ();\r
   7 var maxoffset = 0;\r
   8 for (var s, $s = core.getSequences ().iterator (); $s.hasNext () && ((s = $s.next ()) || true);) {\r
   9 var newSeq = s.deriveSequence ();\r
  10 var newSeqStart = newSeq.getStart () - 1;\r
  11 if (newSeqStart > maxoffset && newSeq.getDatasetSequence ().getStart () < s.getStart ()) {\r
  12 maxoffset = newSeqStart;\r
  13 }sq.add (newSeq);\r
  14 }\r
  15 if (flankSize > -1) {\r
  16 maxoffset = Math.min (maxoffset, flankSize);\r
  17 }for (var s, $s = sq.iterator (); $s.hasNext () && ((s = $s.next ()) || true);) {\r
  18 var ds = s;\r
  19 while (ds.getDatasetSequence () != null) {\r
  20 ds = ds.getDatasetSequence ();\r
  21 }\r
  22 var s_end = s.findPosition (s.getStart () + s.getLength ());\r
  23 var ustream_ds = s.getStart () - ds.getStart ();\r
  24 var dstream_ds = ds.getEnd () - s_end;\r
  25 var offset = maxoffset - ustream_ds;\r
  26 if (flankSize >= 0) {\r
  27 if (flankSize < ustream_ds) {\r
  28 offset = maxoffset - flankSize;\r
  29 ustream_ds = flankSize;\r
  30 }if (flankSize <= dstream_ds) {\r
  31 dstream_ds = flankSize - 1;\r
  32 }}var upstream =  String.instantialize (ds.getSequence (s.getStart () - 1 - ustream_ds, s.getStart () - 1)).toLowerCase ().toCharArray ();\r
  33 var downstream =  String.instantialize (ds.getSequence (s_end - 1, s_end + dstream_ds)).toLowerCase ().toCharArray ();\r
  34 var coreseq = s.getSequence ();\r
  35 var nseq =  Clazz.newCharArray (offset + upstream.length + downstream.length + coreseq.length, '\0');\r
  36 var c = core.getGapCharacter ();\r
  37 var p = 0;\r
  38 for (; p < offset; p++) {\r
  39 nseq[p] = c;\r
  40 }\r
  41 System.arraycopy (upstream, 0, nseq, p, upstream.length);\r
  42 System.arraycopy (coreseq, 0, nseq, p + upstream.length, coreseq.length);\r
  43 System.arraycopy (downstream, 0, nseq, p + coreseq.length + upstream.length, downstream.length);\r
  44 s.setSequence ( String.instantialize (nseq));\r
  45 s.setStart (s.getStart () - ustream_ds);\r
  46 s.setEnd (s_end + downstream.length);\r
  47 }\r
  48 var newAl =  new jalview.datamodel.Alignment (sq.toArray ( new Array (0)));\r
  49 for (var s, $s = sq.iterator (); $s.hasNext () && ((s = $s.next ()) || true);) {\r
  50 if (s.getAnnotation () != null) {\r
  51 for (var aa, $aa = 0, $$aa = s.getAnnotation (); $aa < $$aa.length && ((aa = $$aa[$aa]) || true); $aa++) {\r
  52 aa.adjustForAlignment ();\r
  53 newAl.addAnnotation (aa);\r
  54 }\r
  55 }}\r
  56 newAl.setDataset (core.getDataset ());\r
  57 return newAl;\r
  58 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~N");\r
  59 c$.getSequenceIndex = Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceIndex", \r
  60 function (al, seq) {\r
  61 var result = -1;\r
  62 var pos = 0;\r
  63 for (var alSeq, $alSeq = al.getSequences ().iterator (); $alSeq.hasNext () && ((alSeq = $alSeq.next ()) || true);) {\r
  64 if (alSeq === seq) {\r
  65 result = pos;\r
  66 break;\r
  67 }pos++;\r
  68 }\r
  69 return result;\r
  70 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceI");\r
  71 c$.getSequencesByName = Clazz.defineMethod (c$, "getSequencesByName", \r
  72 function (al) {\r
  73 var theMap =  new java.util.LinkedHashMap ();\r
  74 for (var seq, $seq = al.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
  75 var name = seq.getName ();\r
  76 if (name != null) {\r
  77 var seqs = theMap.get (name);\r
  78 if (seqs == null) {\r
  79 seqs =  new java.util.ArrayList ();\r
  80 theMap.put (name, seqs);\r
  81 }seqs.add (seq);\r
  82 }}\r
  83 return theMap;\r
  84 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  85 c$.mapProteinToCdna = Clazz.defineMethod (c$, "mapProteinToCdna", \r
  86 function (proteinAlignment, cdnaAlignment) {\r
  87 if (proteinAlignment == null || cdnaAlignment == null) {\r
  88 return false;\r
  89 }var mappedDna =  new java.util.HashSet ();\r
  90 var mappedProtein =  new java.util.HashSet ();\r
  91 var mappingPerformed = jalview.analysis.AlignmentUtils.mapProteinToCdna (proteinAlignment, cdnaAlignment, mappedDna, mappedProtein, true);\r
  92 mappingPerformed = new Boolean (mappingPerformed | jalview.analysis.AlignmentUtils.mapProteinToCdna (proteinAlignment, cdnaAlignment, mappedDna, mappedProtein, false)).valueOf ();\r
  93 return mappingPerformed;\r
  94 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  95 c$.mapProteinToCdna = Clazz.defineMethod (c$, "mapProteinToCdna", \r
  96 function (proteinAlignment, cdnaAlignment, mappedDna, mappedProtein, xrefsOnly) {\r
  97 var mappingPerformed = false;\r
  98 var thisSeqs = proteinAlignment.getSequences ();\r
  99 for (var aaSeq, $aaSeq = thisSeqs.iterator (); $aaSeq.hasNext () && ((aaSeq = $aaSeq.next ()) || true);) {\r
 100 var proteinMapped = false;\r
 101 var acf =  new jalview.datamodel.AlignedCodonFrame ();\r
 102 for (var cdnaSeq, $cdnaSeq = cdnaAlignment.getSequences ().iterator (); $cdnaSeq.hasNext () && ((cdnaSeq = $cdnaSeq.next ()) || true);) {\r
 103 if (xrefsOnly && !jalview.analysis.AlignmentUtils.haveCrossRef (aaSeq, cdnaSeq)) {\r
 104 continue;\r
 105 }if (!xrefsOnly && (mappedProtein.contains (aaSeq) || mappedDna.contains (cdnaSeq))) {\r
 106 continue;\r
 107 }if (!jalview.analysis.AlignmentUtils.mappingExists (proteinAlignment.getCodonFrames (), aaSeq.getDatasetSequence (), cdnaSeq.getDatasetSequence ())) {\r
 108 var map = jalview.analysis.AlignmentUtils.mapProteinToCdna (aaSeq, cdnaSeq);\r
 109 if (map != null) {\r
 110 acf.addMap (cdnaSeq, aaSeq, map);\r
 111 mappingPerformed = true;\r
 112 proteinMapped = true;\r
 113 mappedDna.add (cdnaSeq);\r
 114 mappedProtein.add (aaSeq);\r
 115 }}}\r
 116 if (proteinMapped) {\r
 117 proteinAlignment.addCodonFrame (acf);\r
 118 }}\r
 119 return mappingPerformed;\r
 120 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Set,java.util.Set,~B");\r
 121 c$.mappingExists = Clazz.defineMethod (c$, "mappingExists", \r
 122 function (set, aaSeq, cdnaSeq) {\r
 123 if (set != null) {\r
 124 for (var acf, $acf = set.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {\r
 125 if (cdnaSeq === acf.getDnaForAaSeq (aaSeq)) {\r
 126 return true;\r
 127 }}\r
 128 }return false;\r
 129 }, "java.util.Set,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");\r
 130 c$.mapProteinToCdna = Clazz.defineMethod (c$, "mapProteinToCdna", \r
 131 function (proteinSeq, cdnaSeq) {\r
 132 var proteinDataset = proteinSeq.getDatasetSequence ();\r
 133 var aaSeqChars = proteinDataset != null ? proteinDataset.getSequence () : proteinSeq.getSequence ();\r
 134 var cdnaDataset = cdnaSeq.getDatasetSequence ();\r
 135 var cdnaSeqChars = cdnaDataset != null ? cdnaDataset.getSequence () : cdnaSeq.getSequence ();\r
 136 if (aaSeqChars == null || cdnaSeqChars == null) {\r
 137 return null;\r
 138 }var mappedLength = 3 * aaSeqChars.length;\r
 139 var cdnaLength = cdnaSeqChars.length;\r
 140 var cdnaStart = 1;\r
 141 var cdnaEnd = cdnaLength;\r
 142 var proteinStart = 1;\r
 143 var proteinEnd = aaSeqChars.length;\r
 144 if (cdnaLength != mappedLength && cdnaLength > 2) {\r
 145 var lastCodon = String.valueOf (cdnaSeqChars, cdnaLength - 3, 3).toUpperCase ();\r
 146 for (var stop, $stop = jalview.schemes.ResidueProperties.STOP.iterator (); $stop.hasNext () && ((stop = $stop.next ()) || true);) {\r
 147 if (lastCodon.equals (stop)) {\r
 148 cdnaEnd -= 3;\r
 149 cdnaLength -= 3;\r
 150 break;\r
 151 }}\r
 152 }if (cdnaLength != mappedLength && cdnaLength > 2 && String.valueOf (cdnaSeqChars, 0, 3).toUpperCase ().equals (jalview.schemes.ResidueProperties.START)) {\r
 153 cdnaStart += 3;\r
 154 cdnaLength -= 3;\r
 155 }if (cdnaLength != mappedLength) {\r
 156 return null;\r
 157 }if (!jalview.analysis.AlignmentUtils.translatesAs (cdnaSeqChars, cdnaStart - 1, aaSeqChars)) {\r
 158 return null;\r
 159 }var map =  new jalview.util.MapList ( Clazz.newIntArray (-1, [cdnaStart, cdnaEnd]),  Clazz.newIntArray (-1, [1, proteinEnd]), 3, 1);\r
 160 return map;\r
 161 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");\r
 162 c$.translatesAs = Clazz.defineMethod (c$, "translatesAs", \r
 163 function (cdnaSeqChars, cdnaStart, aaSeqChars) {\r
 164 var aaResidue = 0;\r
 165 for (var i = cdnaStart; i < cdnaSeqChars.length - 2 && aaResidue < aaSeqChars.length; i += 3, aaResidue++) {\r
 166 var codon = String.valueOf (cdnaSeqChars, i, 3);\r
 167 var translated = jalview.schemes.ResidueProperties.codonTranslate (codon);\r
 168 var aaRes = aaSeqChars[aaResidue];\r
 169 if ((translated == null || "STOP".equals (translated)) && aaRes == 'X') {\r
 170 continue;\r
 171 }if (translated == null || !(aaRes == translated.charAt (0))) {\r
 172 return false;\r
 173 }}\r
 174 return (aaResidue == aaSeqChars.length);\r
 175 }, "~A,~N,~A");\r
 176 c$.alignSequenceAs = Clazz.defineMethod (c$, "alignSequenceAs", \r
 177 function (seq, al, gap, preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps) {\r
 178 var mappings = al.getCodonFrame (seq);\r
 179 if (mappings == null || mappings.isEmpty ()) {\r
 180 return false;\r
 181 }var alignFrom = null;\r
 182 var mapping = null;\r
 183 for (var mp, $mp = mappings.iterator (); $mp.hasNext () && ((mp = $mp.next ()) || true);) {\r
 184 alignFrom = mp.findAlignedSequence (seq.getDatasetSequence (), al);\r
 185 if (alignFrom != null) {\r
 186 mapping = mp;\r
 187 break;\r
 188 }}\r
 189 if (alignFrom == null) {\r
 190 return false;\r
 191 }jalview.analysis.AlignmentUtils.alignSequenceAs (seq, alignFrom, mapping, gap, al.getGapCharacter (), preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps);\r
 192 return true;\r
 193 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.AlignmentI,~S,~B,~B");\r
 194 c$.alignSequenceAs = Clazz.defineMethod (c$, "alignSequenceAs", \r
 195 function (alignTo, alignFrom, mapping, myGap, sourceGap, preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps) {\r
 196 var thisSeq = alignTo.getSequence ();\r
 197 var thatAligned = alignFrom.getSequence ();\r
 198 var thisAligned =  new StringBuilder (2 * thisSeq.length);\r
 199 var thisSeqPos = 0;\r
 200 var sourceDsPos = 0;\r
 201 var basesWritten = 0;\r
 202 var myGapChar = myGap.charAt (0);\r
 203 var ratio = myGap.length;\r
 204 var sourceGapMappedLength = 0;\r
 205 var inExon = false;\r
 206 for (var sourceChar, $sourceChar = 0, $$sourceChar = thatAligned; $sourceChar < $$sourceChar.length && ((sourceChar = $$sourceChar[$sourceChar]) || true); $sourceChar++) {\r
 207 if (sourceChar == sourceGap) {\r
 208 sourceGapMappedLength += ratio;\r
 209 continue;\r
 210 }sourceDsPos++;\r
 211 var mappedPos = mapping.getMappedRegion (alignTo, alignFrom, sourceDsPos);\r
 212 if (mappedPos == null) {\r
 213 System.err.println ("Can't align: no codon mapping to residue " + sourceDsPos + "(" + sourceChar + ")");\r
 214 return;\r
 215 }var mappedCodonStart = mappedPos[0];\r
 216 var mappedCodonEnd = mappedPos[mappedPos.length - 1];\r
 217 var trailingCopiedGap =  new StringBuilder ();\r
 218 var intronLength = 0;\r
 219 while (basesWritten < mappedCodonEnd && thisSeqPos < thisSeq.length) {\r
 220 var c = thisSeq[thisSeqPos++];\r
 221 if (c != myGapChar) {\r
 222 basesWritten++;\r
 223 if (basesWritten < mappedCodonStart) {\r
 224 if (preserveUnmappedGaps && trailingCopiedGap.length () > 0) {\r
 225 thisAligned.append (trailingCopiedGap.toString ());\r
 226 intronLength += trailingCopiedGap.length ();\r
 227 trailingCopiedGap =  new StringBuilder ();\r
 228 }intronLength++;\r
 229 inExon = false;\r
 230 } else {\r
 231 var startOfCodon = basesWritten == mappedCodonStart;\r
 232 var gapsToAdd = jalview.analysis.AlignmentUtils.calculateGapsToInsert (preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps, sourceGapMappedLength, inExon, trailingCopiedGap.length (), intronLength, startOfCodon);\r
 233 for (var i = 0; i < gapsToAdd; i++) {\r
 234 thisAligned.append (myGapChar);\r
 235 }\r
 236 sourceGapMappedLength = 0;\r
 237 inExon = true;\r
 238 }thisAligned.append (c);\r
 239 trailingCopiedGap =  new StringBuilder ();\r
 240 } else {\r
 241 if (inExon && preserveMappedGaps) {\r
 242 trailingCopiedGap.append (myGapChar);\r
 243 } else if (!inExon && preserveUnmappedGaps) {\r
 244 trailingCopiedGap.append (myGapChar);\r
 245 }}}\r
 246 }\r
 247 while (thisSeqPos < thisSeq.length) {\r
 248 var c = thisSeq[thisSeqPos++];\r
 249 if (c != myGapChar || preserveUnmappedGaps) {\r
 250 thisAligned.append (c);\r
 251 }}\r
 252 alignTo.setSequence ( String.instantialize (thisAligned));\r
 253 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.AlignedCodonFrame,~S,~S,~B,~B");\r
 254 c$.calculateGapsToInsert = Clazz.defineMethod (c$, "calculateGapsToInsert", \r
 255 function (preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps, sourceGapMappedLength, inExon, trailingGapLength, intronLength, startOfCodon) {\r
 256 var gapsToAdd = 0;\r
 257 if (startOfCodon) {\r
 258 if (inExon && !preserveMappedGaps) {\r
 259 trailingGapLength = 0;\r
 260 }if (!inExon && !(preserveMappedGaps && preserveUnmappedGaps)) {\r
 261 trailingGapLength = 0;\r
 262 }if (inExon) {\r
 263 gapsToAdd = Math.max (sourceGapMappedLength, trailingGapLength);\r
 264 } else {\r
 265 if (intronLength + trailingGapLength <= sourceGapMappedLength) {\r
 266 gapsToAdd = sourceGapMappedLength - intronLength;\r
 267 } else {\r
 268 gapsToAdd = Math.min (intronLength + trailingGapLength - sourceGapMappedLength, trailingGapLength);\r
 269 }}} else {\r
 270 if (!preserveMappedGaps) {\r
 271 trailingGapLength = 0;\r
 272 }gapsToAdd = Math.max (sourceGapMappedLength, trailingGapLength);\r
 273 }return gapsToAdd;\r
 274 }, "~B,~B,~N,~B,~N,~N,~B");\r
 275 c$.getAlignedTranslation = Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedTranslation", \r
 276 function (sequences, gapCharacter, mappings) {\r
 277 var alignedSeqs =  new java.util.ArrayList ();\r
 278 for (var seq, $seq = sequences.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 279 var mapped = jalview.analysis.AlignmentUtils.getAlignedTranslation (seq, gapCharacter, mappings);\r
 280 alignedSeqs.addAll (mapped);\r
 281 }\r
 282 return alignedSeqs;\r
 283 }, "java.util.List,~S,java.util.Set");\r
 284 c$.getAlignedTranslation = Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedTranslation", \r
 285 function (seq, gapCharacter, mappings) {\r
 286 var result =  new java.util.ArrayList ();\r
 287 for (var mapping, $mapping = mappings.iterator (); $mapping.hasNext () && ((mapping = $mapping.next ()) || true);) {\r
 288 if (mapping.involvesSequence (seq)) {\r
 289 var mapped = jalview.analysis.AlignmentUtils.getAlignedTranslation (seq, gapCharacter, mapping);\r
 290 if (mapped != null) {\r
 291 result.add (mapped);\r
 292 }}}\r
 293 return result;\r
 294 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,java.util.Set");\r
 295 c$.getAlignedTranslation = Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedTranslation", \r
 296 function (seq, gapCharacter, mapping) {\r
 297 var gap = String.valueOf (gapCharacter);\r
 298 var toDna = false;\r
 299 var fromRatio = 1;\r
 300 var mapTo = mapping.getDnaForAaSeq (seq);\r
 301 if (mapTo != null) {\r
 302 toDna = true;\r
 303 gap = String.valueOf ( Clazz.newCharArray (-1, [gapCharacter, gapCharacter, gapCharacter]));\r
 304 } else {\r
 305 mapTo = mapping.getAaForDnaSeq (seq);\r
 306 fromRatio = 3;\r
 307 }var newseq =  new StringBuilder (seq.getLength () * (toDna ? 3 : 1));\r
 308 var residueNo = 0;\r
 309 var phrase =  Clazz.newIntArray (fromRatio, 0);\r
 310 var phraseOffset = 0;\r
 311 var gapWidth = 0;\r
 312 var first = true;\r
 313 var alignedSeq =  new jalview.datamodel.Sequence ("", "");\r
 314 for (var c, $c = 0, $$c = seq.getSequence (); $c < $$c.length && ((c = $$c[$c]) || true); $c++) {\r
 315 if (c == gapCharacter) {\r
 316 gapWidth++;\r
 317 if (gapWidth >= fromRatio) {\r
 318 newseq.append (gap);\r
 319 gapWidth = 0;\r
 320 }} else {\r
 321 phrase[phraseOffset++] = residueNo + 1;\r
 322 if (phraseOffset == fromRatio) {\r
 323 var sr =  new jalview.datamodel.SearchResults ();\r
 324 for (var pos, $pos = 0, $$pos = phrase; $pos < $$pos.length && ((pos = $$pos[$pos]) || true); $pos++) {\r
 325 mapping.markMappedRegion (seq, pos, sr);\r
 326 }\r
 327 newseq.append (sr.toString ());\r
 328 if (first) {\r
 329 first = false;\r
 330 var mappedTo = sr.getResultSequence (0);\r
 331 alignedSeq.setName (mappedTo.getName ());\r
 332 alignedSeq.setDescription (mappedTo.getDescription ());\r
 333 alignedSeq.setDatasetSequence (mappedTo);\r
 334 }phraseOffset = 0;\r
 335 }residueNo++;\r
 336 }}\r
 337 alignedSeq.setSequence (newseq.toString ());\r
 338 return alignedSeq;\r
 339 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");\r
 340 c$.alignProteinAsDna = Clazz.defineMethod (c$, "alignProteinAsDna", \r
 341 function (protein, dna) {\r
 342 var mappings = protein.getCodonFrames ();\r
 343 var alignedCodons =  new java.util.TreeMap ( new jalview.analysis.CodonComparator ());\r
 344 for (var dnaSeq, $dnaSeq = dna.getSequences ().iterator (); $dnaSeq.hasNext () && ((dnaSeq = $dnaSeq.next ()) || true);) {\r
 345 for (var mapping, $mapping = mappings.iterator (); $mapping.hasNext () && ((mapping = $mapping.next ()) || true);) {\r
 346 var seqMap = mapping.getMappingForSequence (dnaSeq);\r
 347 var prot = mapping.findAlignedSequence (dnaSeq.getDatasetSequence (), protein);\r
 348 if (prot != null) {\r
 349 jalview.analysis.AlignmentUtils.addCodonPositions (dnaSeq, prot, protein.getGapCharacter (), seqMap, alignedCodons);\r
 350 }}\r
 351 }\r
 352 return jalview.analysis.AlignmentUtils.alignProteinAs (protein, alignedCodons);\r
 353 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
 354 c$.alignProteinAs = Clazz.defineMethod (c$, "alignProteinAs", \r
 355 function (protein, alignedCodons) {\r
 356 var alignedWidth = alignedCodons.size ();\r
 357 var gaps =  Clazz.newCharArray (alignedWidth, '\0');\r
 358 java.util.Arrays.fill (gaps, protein.getGapCharacter ());\r
 359 var allGaps = String.valueOf (gaps);\r
 360 for (var seq, $seq = protein.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 361 seq.setSequence (allGaps);\r
 362 }\r
 363 var column = 0;\r
 364 for (var codon, $codon = alignedCodons.keySet ().iterator (); $codon.hasNext () && ((codon = $codon.next ()) || true);) {\r
 365 var columnResidues = alignedCodons.get (codon);\r
 366 for (var entry, $entry = columnResidues.entrySet ().iterator (); $entry.hasNext () && ((entry = $entry.next ()) || true);) {\r
 367 entry.getKey ().getSequence ()[column] = entry.getValue ().charAt (0);\r
 368 }\r
 369 column++;\r
 370 }\r
 371 return 0;\r
 372 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Map");\r
 373 c$.addCodonPositions = Clazz.defineMethod (c$, "addCodonPositions", \r
 374 function (dna, protein, gapChar, seqMap, alignedCodons) {\r
 375 var codons = seqMap.getCodonIterator (dna, gapChar);\r
 376 while (codons.hasNext ()) {\r
 377 var codon = codons.next ();\r
 378 var seqProduct = alignedCodons.get (codon);\r
 379 if (seqProduct == null) {\r
 380 seqProduct =  new java.util.HashMap ();\r
 381 alignedCodons.put (codon, seqProduct);\r
 382 }seqProduct.put (protein, codon.product);\r
 383 }\r
 384 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.datamodel.Mapping,java.util.Map");\r
 385 c$.isMappable = Clazz.defineMethod (c$, "isMappable", \r
 386 function (al1, al2) {\r
 387 if (al1.isNucleotide () == al2.isNucleotide ()) {\r
 388 return false;\r
 389 }var dna = al1.isNucleotide () ? al1 : al2;\r
 390 var protein = dna === al1 ? al2 : al1;\r
 391 var mappings = protein.getCodonFrames ();\r
 392 for (var dnaSeq, $dnaSeq = dna.getSequences ().iterator (); $dnaSeq.hasNext () && ((dnaSeq = $dnaSeq.next ()) || true);) {\r
 393 for (var proteinSeq, $proteinSeq = protein.getSequences ().iterator (); $proteinSeq.hasNext () && ((proteinSeq = $proteinSeq.next ()) || true);) {\r
 394 if (jalview.analysis.AlignmentUtils.isMappable (dnaSeq, proteinSeq, mappings)) {\r
 395 return true;\r
 396 }}\r
 397 }\r
 398 return false;\r
 399 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
 400 c$.isMappable = Clazz.defineMethod (c$, "isMappable", \r
 401 function (dnaSeq, proteinSeq, mappings) {\r
 402 var dnaDs = dnaSeq.getDatasetSequence () == null ? dnaSeq : dnaSeq.getDatasetSequence ();\r
 403 var proteinDs = proteinSeq.getDatasetSequence () == null ? proteinSeq : proteinSeq.getDatasetSequence ();\r
 404 for (var mapping, $mapping = mappings.iterator (); $mapping.hasNext () && ((mapping = $mapping.next ()) || true);) {\r
 405 if (proteinDs === mapping.getAaForDnaSeq (dnaDs)) {\r
 406 return true;\r
 407 }}\r
 408 return jalview.analysis.AlignmentUtils.mapProteinToCdna (proteinDs, dnaDs) != null;\r
 409 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,java.util.Set");\r
 410 c$.findAddableReferenceAnnotations = Clazz.defineMethod (c$, "findAddableReferenceAnnotations", \r
 411 function (sequenceScope, labelForCalcId, candidates, al) {\r
 412 if (sequenceScope == null) {\r
 413 return;\r
 414 }for (var seq, $seq = sequenceScope.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 415 var dataset = seq.getDatasetSequence ();\r
 416 if (dataset == null) {\r
 417 continue;\r
 418 }var datasetAnnotations = dataset.getAnnotation ();\r
 419 if (datasetAnnotations == null) {\r
 420 continue;\r
 421 }var result =  new java.util.ArrayList ();\r
 422 for (var dsann, $dsann = 0, $$dsann = datasetAnnotations; $dsann < $$dsann.length && ((dsann = $$dsann[$dsann]) || true); $dsann++) {\r
 423 var matchedAlignmentAnnotations = al.findAnnotations (seq, dsann.getCalcId (), dsann.label);\r
 424 if (!matchedAlignmentAnnotations.iterator ().hasNext ()) {\r
 425 result.add (dsann);\r
 426 if (labelForCalcId != null) {\r
 427 labelForCalcId.put (dsann.getCalcId (), dsann.label);\r
 428 }}}\r
 429 if (!result.isEmpty ()) {\r
 430 candidates.put (seq, result);\r
 431 }}\r
 432 }, "java.util.List,java.util.Map,java.util.Map,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
 433 c$.addReferenceAnnotations = Clazz.defineMethod (c$, "addReferenceAnnotations", \r
 434 function (annotations, alignment, selectionGroup) {\r
 435 for (var seq, $seq = annotations.keySet ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 436 for (var ann, $ann = annotations.get (seq).iterator (); $ann.hasNext () && ((ann = $ann.next ()) || true);) {\r
 437 var copyAnn =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (ann);\r
 438 var startRes = 0;\r
 439 var endRes = ann.annotations.length;\r
 440 if (selectionGroup != null) {\r
 441 startRes = selectionGroup.getStartRes ();\r
 442 endRes = selectionGroup.getEndRes ();\r
 443 }copyAnn.restrict (startRes, endRes);\r
 444 if (!seq.hasAnnotation (ann)) {\r
 445 seq.addAlignmentAnnotation (copyAnn);\r
 446 }copyAnn.adjustForAlignment ();\r
 447 alignment.addAnnotation (copyAnn);\r
 448 copyAnn.visible = true;\r
 449 }\r
 450 }\r
 451 }, "java.util.Map,jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
 452 c$.showOrHideSequenceAnnotations = Clazz.defineMethod (c$, "showOrHideSequenceAnnotations", \r
 453 function (al, types, forSequences, anyType, doShow) {\r
 454 for (var aa, $aa = 0, $$aa = al.getAlignmentAnnotation (); $aa < $$aa.length && ((aa = $$aa[$aa]) || true); $aa++) {\r
 455 if (anyType || types.contains (aa.label)) {\r
 456 if ((aa.sequenceRef != null) && (forSequences == null || forSequences.contains (aa.sequenceRef))) {\r
 457 aa.visible = doShow;\r
 458 }}}\r
 459 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Collection,java.util.List,~B,~B");\r
 460 c$.haveCrossRef = Clazz.defineMethod (c$, "haveCrossRef", \r
 461 function (seq1, seq2) {\r
 462 return jalview.analysis.AlignmentUtils.hasCrossRef (seq1, seq2) || jalview.analysis.AlignmentUtils.hasCrossRef (seq2, seq1);\r
 463 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");\r
 464 c$.hasCrossRef = Clazz.defineMethod (c$, "hasCrossRef", \r
 465 function (seq1, seq2) {\r
 466 if (seq1 == null || seq2 == null) {\r
 467 return false;\r
 468 }var name = seq2.getName ();\r
 469 var xrefs = seq1.getDBRef ();\r
 470 if (xrefs != null) {\r
 471 for (var xref, $xref = 0, $$xref = xrefs; $xref < $$xref.length && ((xref = $$xref[$xref]) || true); $xref++) {\r
 472 var xrefName = xref.getSource () + "|" + xref.getAccessionId ();\r
 473 if (xrefName.equalsIgnoreCase (name)) {\r
 474 return true;\r
 475 }}\r
 476 }return false;\r
 477 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");\r
 478 c$.makeExonAlignment = Clazz.defineMethod (c$, "makeExonAlignment", \r
 479 function (dna, mappings) {\r
 480 var newMappings =  new java.util.LinkedHashSet ();\r
 481 var exonSequences =  new java.util.ArrayList ();\r
 482 for (var dnaSeq, $dnaSeq = 0, $$dnaSeq = dna; $dnaSeq < $$dnaSeq.length && ((dnaSeq = $$dnaSeq[$dnaSeq]) || true); $dnaSeq++) {\r
 483 var ds = dnaSeq.getDatasetSequence ();\r
 484 var seqMappings = jalview.util.MappingUtils.findMappingsForSequence (ds, mappings);\r
 485 for (var acf, $acf = seqMappings.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {\r
 486 var newMapping =  new jalview.datamodel.AlignedCodonFrame ();\r
 487 var mappedExons = jalview.analysis.AlignmentUtils.makeExonSequences (ds, acf, newMapping);\r
 488 if (!mappedExons.isEmpty ()) {\r
 489 exonSequences.addAll (mappedExons);\r
 490 newMappings.add (newMapping);\r
 491 }}\r
 492 }\r
 493 var al =  new jalview.datamodel.Alignment (exonSequences.toArray ( new Array (exonSequences.size ())));\r
 494 al.setDataset (null);\r
 495 mappings.clear ();\r
 496 mappings.addAll (newMappings);\r
 497 return al;\r
 498 }, "~A,java.util.Set");\r
 499 c$.makeExonSequences = Clazz.defineMethod (c$, "makeExonSequences", \r
 500 function (dnaSeq, mapping, newMapping) {\r
 501 var exonSequences =  new java.util.ArrayList ();\r
 502 var seqMappings = mapping.getMappingsForSequence (dnaSeq);\r
 503 var dna = dnaSeq.getSequence ();\r
 504 for (var seqMapping, $seqMapping = seqMappings.iterator (); $seqMapping.hasNext () && ((seqMapping = $seqMapping.next ()) || true);) {\r
 505 var newSequence =  new StringBuilder (dnaSeq.getLength ());\r
 506 var dnaExonRanges = seqMapping.getMap ().getFromRanges ();\r
 507 for (var range, $range = dnaExonRanges.iterator (); $range.hasNext () && ((range = $range.next ()) || true);) {\r
 508 for (var pos = range[0]; pos <= range[1]; pos++) {\r
 509 newSequence.append (dna[pos - 1]);\r
 510 }\r
 511 }\r
 512 var exon =  new jalview.datamodel.Sequence (dnaSeq.getName (), newSequence.toString ());\r
 513 var cdsAccId = jalview.datamodel.FeatureProperties.getCodingFeature (jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL);\r
 514 var cdsRefs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs (seqMapping.getTo ().getDBRef (), jalview.datamodel.DBRefSource.CODINGDBS);\r
 515 if (cdsRefs != null) {\r
 516 for (var cdsRef, $cdsRef = 0, $$cdsRef = cdsRefs; $cdsRef < $$cdsRef.length && ((cdsRef = $$cdsRef[$cdsRef]) || true); $cdsRef++) {\r
 517 exon.addDBRef ( new jalview.datamodel.DBRefEntry (cdsRef));\r
 518 cdsAccId = cdsRef.getAccessionId ();\r
 519 }\r
 520 }exon.setName (exon.getName () + "|" + cdsAccId);\r
 521 exon.createDatasetSequence ();\r
 522 var exonRange =  new java.util.ArrayList ();\r
 523 exonRange.add ( Clazz.newIntArray (-1, [1, newSequence.length ()]));\r
 524 var map =  new jalview.util.MapList (exonRange, seqMapping.getMap ().getToRanges (), 3, 1);\r
 525 newMapping.addMap (exon.getDatasetSequence (), seqMapping.getTo (), map);\r
 526 var cdsToDnaMap =  new jalview.util.MapList (dnaExonRanges, exonRange, 1, 1);\r
 527 newMapping.addMap (dnaSeq, exon.getDatasetSequence (), cdsToDnaMap);\r
 528 exonSequences.add (exon);\r
 529 }\r
 530 return exonSequences;\r
 531 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.AlignedCodonFrame,jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");\r
 532 });\r