bin/jalview/analysis/CodingUtils.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "CodingUtils");\r
   3 c$.encodeCodon = Clazz.defineMethod (c$, "encodeCodon", \r
   4 function (codon) {\r
   5 if (codon == null) {\r
   6 return -1;\r
   7 }return jalview.analysis.CodingUtils.encodeCodon (codon[2]) + (jalview.analysis.CodingUtils.encodeCodon (codon[1]) << 2) + (jalview.analysis.CodingUtils.encodeCodon (codon[0]) << (4));\r
   8 }, "~A");\r
   9 c$.encodeCodon = Clazz.defineMethod (c$, "encodeCodon", \r
  10 function (c) {\r
  11 var result = -2147483648;\r
  12 switch (c) {\r
  13 case 'A':\r
  14 case 'a':\r
  15 result = 0;\r
  16 break;\r
  17 case 'C':\r
  18 case 'c':\r
  19 result = 1;\r
  20 break;\r
  21 case 'G':\r
  22 case 'g':\r
  23 result = 2;\r
  24 break;\r
  25 case 'T':\r
  26 case 't':\r
  27 case 'U':\r
  28 case 'u':\r
  29 result = 3;\r
  30 break;\r
  31 }\r
  32 return result;\r
  33 }, "~S");\r
  34 c$.decodeCodon = Clazz.defineMethod (c$, "decodeCodon", \r
  35 function (encoded) {\r
  36 var result =  Clazz.newCharArray (3, '\0');\r
  37 result[2] = jalview.analysis.CodingUtils.decodeNucleotide (encoded & 3);\r
  38 encoded = encoded >>> 2;\r
  39 result[1] = jalview.analysis.CodingUtils.decodeNucleotide (encoded & 3);\r
  40 encoded = encoded >>> 2;\r
  41 result[0] = jalview.analysis.CodingUtils.decodeNucleotide (encoded & 3);\r
  42 return result;\r
  43 }, "~N");\r
  44 c$.decodeNucleotide = Clazz.defineMethod (c$, "decodeNucleotide", \r
  45 function (i) {\r
  46 var result = '0';\r
  47 switch (i) {\r
  48 case 0:\r
  49 result = 'A';\r
  50 break;\r
  51 case 1:\r
  52 result = 'C';\r
  53 break;\r
  54 case 2:\r
  55 result = 'G';\r
  56 break;\r
  57 case 3:\r
  58 result = 'T';\r
  59 break;\r
  60 }\r
  61 return result;\r
  62 }, "~N");\r
  63 Clazz.defineStatics (c$,\r
  64 "CODON_ENCODING_BITSHIFT", 2);\r