bin/jalview/analysis/CodingUtils.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "CodingUtils");
   3 c$.encodeCodon = Clazz.defineMethod (c$, "encodeCodon",
   4 function (codon) {
   5 if (codon == null) {
   6 return -1;
   7 }return jalview.analysis.CodingUtils.encodeCodon (codon[2]) + (jalview.analysis.CodingUtils.encodeCodon (codon[1]) << 2) + (jalview.analysis.CodingUtils.encodeCodon (codon[0]) << (4));
   8 }, "~A");
   9 c$.encodeCodon = Clazz.defineMethod (c$, "encodeCodon",
  10 function (c) {
  11 var result = -2147483648;
  12 switch (c) {
  13 case 'A':
  14 case 'a':
  15 result = 0;
  16 break;
  17 case 'C':
  18 case 'c':
  19 result = 1;
  20 break;
  21 case 'G':
  22 case 'g':
  23 result = 2;
  24 break;
  25 case 'T':
  26 case 't':
  27 case 'U':
  28 case 'u':
  29 result = 3;
  30 break;
  31 }
  32 return result;
  33 }, "~S");
  34 c$.decodeCodon = Clazz.defineMethod (c$, "decodeCodon",
  35 function (encoded) {
  36 var result =  Clazz.newCharArray (3, '\0');
  37 result[2] = jalview.analysis.CodingUtils.decodeNucleotide (encoded & 3);
  38 encoded = encoded >>> 2;
  39 result[1] = jalview.analysis.CodingUtils.decodeNucleotide (encoded & 3);
  40 encoded = encoded >>> 2;
  41 result[0] = jalview.analysis.CodingUtils.decodeNucleotide (encoded & 3);
  42 return result;
  43 }, "~N");
  44 c$.decodeNucleotide = Clazz.defineMethod (c$, "decodeNucleotide",
  45 function (i) {
  46 var result = '0';
  47 switch (i) {
  48 case 0:
  49 result = 'A';
  50 break;
  51 case 1:
  52 result = 'C';
  53 break;
  54 case 2:
  55 result = 'G';
  56 break;
  57 case 3:
  58 result = 'T';
  59 break;
  60 }
  61 return result;
  62 }, "~N");
  63 Clazz.defineStatics (c$,
  64 "CODON_ENCODING_BITSHIFT", 2);