bin/jalview/analysis/Dna.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (["jalview.analysis.CodonComparator"], "jalview.analysis.Dna", ["jalview.datamodel.AlignedCodon", "$.AlignedCodonFrame", "$.Alignment", "$.AlignmentAnnotation", "$.Annotation", "$.DBRefSource", "$.FeatureProperties", "$.GraphLine", "$.Sequence", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "$.DBRefUtils", "$.MapList", "$.ShiftList", "java.lang.IllegalStateException", "$.StringBuilder", "java.util.ArrayList", "$.Arrays"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.selection = null;
   5 this.seqstring = null;
   6 this.contigs = null;
   7 this.gapChar = '\0';
   8 this.annotations = null;
   9 this.dnaWidth = 0;
  10 this.dataset = null;
  11 this.aaWidth = 0;
  12 this.alignedCodons = null;
  13 Clazz.instantialize (this, arguments);
  14 }, jalview.analysis, "Dna");
  15 Clazz.makeConstructor (c$,
  16 function (viewport, visibleContigs) {
  17 this.selection = java.util.Arrays.asList (viewport.getSequenceSelection ());
  18 this.seqstring = viewport.getViewAsString (true);
  19 this.contigs = visibleContigs;
  20 this.gapChar = viewport.getGapCharacter ();
  21 this.annotations = viewport.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
  22 this.dnaWidth = viewport.getAlignment ().getWidth ();
  23 this.dataset = viewport.getAlignment ().getDataset ();
  24 }, "jalview.api.AlignViewportI,~A");
  25 c$.compareCodonPos = Clazz.defineMethod (c$, "compareCodonPos",
  26 function (ac1, ac2) {
  27 return jalview.analysis.Dna.comparator.compare (ac1, ac2);
  28 }, "jalview.datamodel.AlignedCodon,jalview.datamodel.AlignedCodon");
  29 Clazz.defineMethod (c$, "translateCdna",
  30 function () {
  31 var acf =  new jalview.datamodel.AlignedCodonFrame ();
  32 this.alignedCodons =  new Array (this.dnaWidth);
  33 var s;
  34 var sSize = this.selection.size ();
  35 var pepseqs =  new java.util.ArrayList ();
  36 for (s = 0; s < sSize; s++) {
  37 var newseq = this.translateCodingRegion (this.selection.get (s), this.seqstring[s], acf, pepseqs);
  38 if (newseq != null) {
  39 pepseqs.add (newseq);
  40 var ds = newseq;
  41 if (this.dataset != null) {
  42 while (ds.getDatasetSequence () != null) {
  43 ds = ds.getDatasetSequence ();
  44 }
  45 this.dataset.addSequence (ds);
  46 }}}
  47 var newseqs = pepseqs.toArray ( new Array (pepseqs.size ()));
  48 var al =  new jalview.datamodel.Alignment (newseqs);
  49 al.padGaps ();
  50 al.setDataset (this.dataset);
  51 this.translateAlignedAnnotations (al, acf);
  52 al.addCodonFrame (acf);
  53 return al;
  54 });
  55 c$.canTranslate = Clazz.defineMethod (c$, "canTranslate",
  56 function (selection, viscontigs) {
  57 for (var gd = 0; gd < selection.length; gd++) {
  58 var dna = selection[gd];
  59 var dnarefs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs (dna.getDBRef (), jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
  60 if (dnarefs != null) {
  61 var mappedrefs =  new java.util.ArrayList ();
  62 var refs = dna.getDBRef ();
  63 for (var d = 0; d < refs.length; d++) {
  64 if (refs[d].getMap () != null && refs[d].getMap ().getMap () != null && refs[d].getMap ().getMap ().getFromRatio () == 3 && refs[d].getMap ().getMap ().getToRatio () == 1) {
  65 mappedrefs.add (refs[d]);
  66 }}
  67 dnarefs = mappedrefs.toArray ( new Array (mappedrefs.size ()));
  68 for (var d = 0; d < dnarefs.length; d++) {
  69 var mp = dnarefs[d].getMap ();
  70 if (mp != null) {
  71 for (var vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2) {
  72 var mpr = mp.locateMappedRange (viscontigs[vc], viscontigs[vc + 1]);
  73 if (mpr != null) {
  74 return true;
  75 }}
  76 }}
  77 }}
  78 return false;
  79 }, "~A,~A");
  80 Clazz.defineMethod (c$, "translateAlignedAnnotations",
  81 function (al, acf) {
  82 if (this.annotations != null) {
  83 for (var annotation, $annotation = 0, $$annotation = this.annotations; $annotation < $$annotation.length && ((annotation = $$annotation[$annotation]) || true); $annotation++) {
  84 if (annotation.autoCalculated || !annotation.visible || annotation.isRNA ()) {
  85 continue;
  86 }var aSize = this.aaWidth;
  87 var anots = (annotation.annotations == null) ? null :  new Array (aSize);
  88 if (anots != null) {
  89 for (var a = 0; a < aSize; a++) {
  90 if (a < this.alignedCodons.length && this.alignedCodons[a] != null && this.alignedCodons[a].pos1 == (this.alignedCodons[a].pos3 - 2)) {
  91 anots[a] = jalview.analysis.Dna.getCodonAnnotation (this.alignedCodons[a], annotation.annotations);
  92 }}
  93 }var aa =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (annotation.label, annotation.description, anots);
  94 aa.graph = annotation.graph;
  95 aa.graphGroup = annotation.graphGroup;
  96 aa.graphHeight = annotation.graphHeight;
  97 if (annotation.getThreshold () != null) {
  98 aa.setThreshold ( new jalview.datamodel.GraphLine (annotation.getThreshold ()));
  99 }if (annotation.$hasScore) {
 100 aa.setScore (annotation.getScore ());
 101 }var seqRef = annotation.sequenceRef;
 102 if (seqRef != null) {
 103 var aaSeq = acf.getAaForDnaSeq (seqRef);
 104 if (aaSeq != null) {
 105 aa.setSequenceRef (aaSeq);
 106 aa.createSequenceMapping (aaSeq, aaSeq.getStart (), true);
 107 aa.adjustForAlignment ();
 108 aaSeq.addAlignmentAnnotation (aa);
 109 }}al.addAnnotation (aa);
 110 }
 111 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");
 112 c$.getCodonAnnotation = Clazz.defineMethod (c$, "getCodonAnnotation",
 113 ($fz = function (is, annotations) {
 114 var contrib = 0;
 115 var annot = null;
 116 for (var p = 1; p <= 3; p++) {
 117 var dnaCol = is.getBaseColumn (p);
 118 if (annotations[dnaCol] != null) {
 119 if (annot == null) {
 120 annot =  new jalview.datamodel.Annotation (annotations[dnaCol]);
 121 contrib = 1;
 122 } else {
 123 var cpy =  new jalview.datamodel.Annotation (annotations[dnaCol]);
 124 if (annot.colour == null) {
 125 annot.colour = cpy.colour;
 126 }if (annot.description == null || annot.description.length == 0) {
 127 annot.description = cpy.description;
 128 }if (annot.displayCharacter == null) {
 129 annot.displayCharacter = cpy.displayCharacter;
 130 }if (annot.secondaryStructure.charCodeAt (0) == 0) {
 131 annot.secondaryStructure = cpy.secondaryStructure;
 132 }annot.value += cpy.value;
 133 contrib++;
 134 }}}
 135 if (contrib > 1) {
 136 annot.value /= contrib;
 137 }return annot;
 138 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.AlignedCodon,~A");
 139 Clazz.defineMethod (c$, "translateCodingRegion",
 140 function (selection, seqstring, acf, proteinSeqs) {
 141 var skip =  new java.util.ArrayList ();
 142 var skipint = null;
 143 var vismapping =  new jalview.util.ShiftList ();
 144 var vc;
 145 var scontigs =  Clazz.newIntArray (this.contigs.length, 0);
 146 var npos = 0;
 147 for (vc = 0; vc < this.contigs.length; vc += 2) {
 148 if (vc == 0) {
 149 vismapping.addShift (npos, this.contigs[vc]);
 150 } else {
 151 vismapping.addShift (npos, this.contigs[vc] - this.contigs[vc - 1] + 1);
 152 }scontigs[vc] = this.contigs[vc];
 153 scontigs[vc + 1] = this.contigs[vc + 1];
 154 }
 155 var protein =  new StringBuilder (Clazz.doubleToInt (seqstring.length / 2));
 156 var seq = seqstring.$replace ('U', 'T').$replace ('u', 'T');
 157 var codon =  Clazz.newCharArray (3, '\0');
 158 var cdp =  Clazz.newIntArray (3, 0);
 159 var rf = 0;
 160 var lastnpos = 0;
 161 var nend;
 162 var aspos = 0;
 163 var resSize = 0;
 164 for (npos = 0, nend = seq.length; npos < nend; npos++) {
 165 if (!jalview.util.Comparison.isGap (seq.charAt (npos))) {
 166 cdp[rf] = npos;
 167 codon[rf++] = seq.charAt (npos);
 168 }if (rf == 3) {
 169 var alignedCodon =  new jalview.datamodel.AlignedCodon (cdp[0], cdp[1], cdp[2]);
 170 var aa = jalview.schemes.ResidueProperties.codonTranslate ( String.instantialize (codon));
 171 rf = 0;
 172 var gapString = String.valueOf (this.gapChar);
 173 if (aa == null) {
 174 aa = gapString;
 175 if (skipint == null) {
 176 skipint =  Clazz.newIntArray (-1, [alignedCodon.pos1, alignedCodon.pos3]);
 177 }skipint[1] = alignedCodon.pos3;
 178 } else {
 179 if (skipint != null) {
 180 skipint[0] = vismapping.shift (skipint[0]);
 181 skipint[1] = vismapping.shift (skipint[1]);
 182 for (vc = 0; vc < scontigs.length; ) {
 183 if (scontigs[vc + 1] < skipint[0]) {
 184 vc += 2;
 185 continue;
 186 }if (scontigs[vc] > skipint[1]) {
 187 break;
 188 }var t;
 189 if (scontigs[vc] <= skipint[0]) {
 190 if (skipint[0] == scontigs[vc]) {
 191 if (scontigs[vc + 1] > skipint[1]) {
 192 scontigs[vc] = skipint[1];
 193 vc += 2;
 194 } else {
 195 if (scontigs[vc + 1] == skipint[1]) {
 196 t =  Clazz.newIntArray (scontigs.length - 2, 0);
 197 if (vc > 0) {
 198 System.arraycopy (scontigs, 0, t, 0, vc - 1);
 199 }if (vc + 2 < t.length) {
 200 System.arraycopy (scontigs, vc + 2, t, vc, t.length - vc + 2);
 201 }scontigs = t;
 202 } else {
 203 scontigs[vc + 1] = skipint[0] - 1;
 204 vc += 2;
 205 }}} else {
 206 if (scontigs[vc + 1] < skipint[1]) {
 207 scontigs[vc + 1] = skipint[0] - 1;
 208 vc += 2;
 209 } else {
 210 t =  Clazz.newIntArray (scontigs.length + 2, 0);
 211 System.arraycopy (scontigs, 0, t, 0, vc + 1);
 212 t[vc + 1] = skipint[0];
 213 t[vc + 2] = skipint[1];
 214 System.arraycopy (scontigs, vc + 1, t, vc + 3, scontigs.length - (vc + 1));
 215 scontigs = t;
 216 vc += 4;
 217 }}}}
 218 skip.add (skipint);
 219 skipint = null;
 220 }if (aa.equals ("STOP")) {
 221 aa = "X";
 222 }resSize++;
 223 }var findpos = true;
 224 while (findpos) {
 225 var compareCodonPos = jalview.analysis.Dna.compareCodonPos (alignedCodon, this.alignedCodons[aspos]);
 226 switch (compareCodonPos) {
 227 case -1:
 228 this.insertAAGap (aspos, proteinSeqs);
 229 findpos = false;
 230 break;
 231 case 1:
 232 aa = gapString + aa;
 233 aspos++;
 234 break;
 235 case 0:
 236 findpos = false;
 237 }
 238 }
 239 protein.append (aa);
 240 lastnpos = npos;
 241 if (this.alignedCodons[aspos] == null) {
 242 this.alignedCodons[aspos] = alignedCodon;
 243 } else if (!this.alignedCodons[aspos].equals (alignedCodon)) {
 244 throw  new IllegalStateException ("Tried to coalign " + this.alignedCodons[aspos].toString () + " with " + alignedCodon.toString ());
 245 }if (aspos >= this.aaWidth) {
 246 this.aaWidth = aspos;
 247 }aspos++;
 248 }}
 249 if (resSize > 0) {
 250 var newseq =  new jalview.datamodel.Sequence (selection.getName (), protein.toString ());
 251 if (rf != 0) {
 252 var errMsg = "trimming contigs for incomplete terminal codon.";
 253 System.err.println ("trimming contigs for incomplete terminal codon.");
 254 vc = scontigs.length - 1;
 255 lastnpos = vismapping.shift (lastnpos);
 256 while (vc >= 0 && scontigs[vc] > lastnpos) {
 257 if (vc > 0 && scontigs[vc - 1] > lastnpos) {
 258 vc -= 2;
 259 } else {
 260 scontigs[vc] = lastnpos;
 261 }}
 262 if (vc > 0 && (vc + 1) < scontigs.length) {
 263 var t =  Clazz.newIntArray (vc + 1, 0);
 264 System.arraycopy (scontigs, 0, t, 0, vc + 1);
 265 scontigs = t;
 266 }if (vc <= 0) {
 267 scontigs = null;
 268 }}if (scontigs != null) {
 269 npos = 0;
 270 for (vc = 0; vc < scontigs.length; vc += 2) {
 271 scontigs[vc] = selection.findPosition (scontigs[vc]);
 272 scontigs[vc + 1] = selection.findPosition (scontigs[vc + 1]);
 273 if (scontigs[vc + 1] == selection.getEnd ()) {
 274 break;
 275 }}
 276 if ((vc + 2) < scontigs.length) {
 277 var t =  Clazz.newIntArray (vc + 2, 0);
 278 System.arraycopy (scontigs, 0, t, 0, vc + 2);
 279 scontigs = t;
 280 }var map =  new jalview.util.MapList (scontigs,  Clazz.newIntArray (-1, [1, resSize]), 3, 1);
 281 jalview.analysis.Dna.transferCodedFeatures (selection, newseq, map, null, null);
 282 var rseq = newseq.deriveSequence ();
 283 acf.addMap (selection, rseq, map);
 284 return rseq;
 285 }}return null;
 286 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.datamodel.AlignedCodonFrame,java.util.List");
 287 Clazz.defineMethod (c$, "insertAAGap",
 288 function (pos, proteinSeqs) {
 289 this.aaWidth++;
 290 for (var seq, $seq = proteinSeqs.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 291 seq.insertCharAt (pos, this.gapChar);
 292 }
 293 this.checkCodonFrameWidth ();
 294 if (pos < this.aaWidth) {
 295 this.aaWidth++;
 296 System.arraycopy (this.alignedCodons, pos, this.alignedCodons, pos + 1, this.alignedCodons.length - pos - 1);
 297 this.alignedCodons[pos] = null;
 298 }}, "~N,java.util.List");
 299 Clazz.defineMethod (c$, "checkCodonFrameWidth",
 300 function () {
 301 if (this.alignedCodons[this.alignedCodons.length - 1] != null) {
 302 var c =  new Array (this.alignedCodons.length + 10);
 303 System.arraycopy (this.alignedCodons, 0, c, 0, this.alignedCodons.length);
 304 this.alignedCodons = c;
 305 }});
 306 c$.transferCodedFeatures = Clazz.defineMethod (c$, "transferCodedFeatures",
 307 ($fz = function (dna, pep, map, featureTypes, featureGroups) {
 308 var sfs = dna.getSequenceFeatures ();
 309 var fgstate;
 310 var dnarefs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs (dna.getDBRef (), jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 311 if (dnarefs != null) {
 312 for (var d = 0; d < dnarefs.length; d++) {
 313 var mp = dnarefs[d].getMap ();
 314 if (mp != null) {
 315 }}
 316 }if (sfs != null) {
 317 for (var sf, $sf = 0, $$sf = sfs; $sf < $$sf.length && ((sf = $$sf[$sf]) || true); $sf++) {
 318 fgstate = (featureGroups == null) ? null : featureGroups.get (sf.featureGroup);
 319 if ((featureTypes == null || featureTypes.containsKey (sf.getType ())) && (fgstate == null || fgstate.booleanValue ())) {
 320 if (jalview.datamodel.FeatureProperties.isCodingFeature (null, sf.getType ())) {
 321 {
 322 }}}}
 323 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.util.MapList,java.util.Map,java.util.Map");
 324 Clazz.defineStatics (c$,
 325 "STOP_X", "X");
 326 c$.comparator = c$.prototype.comparator =  new jalview.analysis.CodonComparator ();
 327 });