bin/jalview/analysis/NJTree.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (["java.util.Vector"], ["jalview.analysis.Cluster", "$.NJTree"], ["jalview.analysis.SequenceIdMatcher", "jalview.datamodel.AlignmentView", "$.CigarArray", "$.NodeTransformI", "$.SeqCigar", "$.Sequence", "$.SequenceI", "$.SequenceNode", "jalview.io.NewickFile", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Format", "java.lang.StringBuffer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.$cluster = null;\r
   5 this.sequence = null;\r
   6 this.seqData = null;\r
   7 this.done = null;\r
   8 this.noseqs = 0;\r
   9 this.noClus = 0;\r
  10 this.distance = null;\r
  11 this.mini = 0;\r
  12 this.minj = 0;\r
  13 this.ri = 0;\r
  14 this.rj = 0;\r
  15 this.groups = null;\r
  16 this.maxdist = null;\r
  17 this.top = null;\r
  18 this.maxDistValue = 0;\r
  19 this.maxheight = 0;\r
  20 this.ycount = 0;\r
  21 this.node = null;\r
  22 this.type = null;\r
  23 this.pwtype = null;\r
  24 this.found = null;\r
  25 this.leaves = null;\r
  26 this.hasDistances = true;\r
  27 this.hasBootstrap = false;\r
  28 this.hasRootDistance = true;\r
  29 this._lycount = 0;\r
  30 this._lylimit = 0;\r
  31 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  32 }, jalview.analysis, "NJTree");\r
  33 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  34 this.groups =  new java.util.Vector ();\r
  35 });\r
  36 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  37 function (seqs, odata, treefile) {\r
  38 this.construct (seqs, treefile);\r
  39 if (odata != null) {\r
  40 this.seqData = odata;\r
  41 }}, "~A,jalview.datamodel.AlignmentView,jalview.io.NewickFile");\r
  42 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  43 function (seqs, treefile) {\r
  44 this.sequence = seqs;\r
  45 this.top = treefile.getTree ();\r
  46 this.hasDistances = treefile.HasDistances ();\r
  47 this.hasBootstrap = treefile.HasBootstrap ();\r
  48 this.hasRootDistance = treefile.HasRootDistance ();\r
  49 this.maxheight = this.findHeight (this.top);\r
  50 var algnIds =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (seqs);\r
  51 var leaves =  new java.util.Vector ();\r
  52 this.findLeaves (this.top, leaves);\r
  53 var i = 0;\r
  54 var namesleft = seqs.length;\r
  55 var j;\r
  56 var nam;\r
  57 var realnam;\r
  58 var one2many =  new java.util.Vector ();\r
  59 var countOne2Many = 0;\r
  60 while (i < leaves.size ()) {\r
  61 j = leaves.elementAt (i++);\r
  62 realnam = j.getName ();\r
  63 nam = null;\r
  64 if (namesleft > -1) {\r
  65 nam = algnIds.findIdMatch (realnam);\r
  66 }if (nam != null) {\r
  67 j.setElement (nam);\r
  68 if (one2many.contains (nam)) {\r
  69 countOne2Many++;\r
  70 } else {\r
  71 one2many.addElement (nam);\r
  72 namesleft--;\r
  73 }} else {\r
  74 j.setElement ( new jalview.datamodel.Sequence (realnam, "THISISAPLACEHLDER"));\r
  75 j.setPlaceholder (true);\r
  76 }}\r
  77 }, "~A,jalview.io.NewickFile");\r
  78 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  79 function (sequence, seqData, type, pwtype, sm, start, end) {\r
  80 this.sequence = sequence;\r
  81 this.node =  new java.util.Vector ();\r
  82 this.type = type;\r
  83 this.pwtype = pwtype;\r
  84 if (seqData != null) {\r
  85 this.seqData = seqData;\r
  86 } else {\r
  87 var seqs =  new Array (sequence.length);\r
  88 for (var i = 0; i < sequence.length; i++) {\r
  89 seqs[i] =  new jalview.datamodel.SeqCigar (sequence[i], start, end);\r
  90 }\r
  91 var sdata =  new jalview.datamodel.CigarArray (seqs);\r
  92 sdata.addOperation ('M', end - start + 1);\r
  93 this.seqData =  new jalview.datamodel.AlignmentView (sdata, start);\r
  94 }if (!(type.equals ("NJ"))) {\r
  95 type = "AV";\r
  96 }if (sm == null && !(pwtype.equals ("PID"))) {\r
  97 if (jalview.schemes.ResidueProperties.getScoreMatrix (pwtype) == null) {\r
  98 pwtype = "BLOSUM62";\r
  99 }}var i = 0;\r
 100 this.done =  Clazz.newIntArray (sequence.length, 0);\r
 101 while ((i < sequence.length) && (sequence[i] != null)) {\r
 102 this.done[i] = 0;\r
 103 i++;\r
 104 }\r
 105 this.noseqs = i++;\r
 106 this.distance = this.findDistances (sm);\r
 107 this.makeLeaves ();\r
 108 this.noClus = this.$cluster.size ();\r
 109 this.cluster ();\r
 110 }, "~A,jalview.datamodel.AlignmentView,~S,~S,jalview.api.analysis.ScoreModelI,~N,~N");\r
 111 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
 112 function () {\r
 113 var fout =  new jalview.io.NewickFile (this.getTopNode ());\r
 114 return fout.print (this.isHasBootstrap (), this.isHasDistances (), this.isHasRootDistance ());\r
 115 });\r
 116 Clazz.defineMethod (c$, "UpdatePlaceHolders", \r
 117 function (list) {\r
 118 var leaves =  new java.util.Vector ();\r
 119 this.findLeaves (this.top, leaves);\r
 120 var sz = leaves.size ();\r
 121 var seqmatcher = null;\r
 122 var i = 0;\r
 123 while (i < sz) {\r
 124 var leaf = leaves.elementAt (i++);\r
 125 if (list.contains (leaf.element ())) {\r
 126 leaf.setPlaceholder (false);\r
 127 } else {\r
 128 if (seqmatcher == null) {\r
 129 var seqs =  new Array (list.size ());\r
 130 for (var j = 0; j < seqs.length; j++) {\r
 131 seqs[j] = list.get (j);\r
 132 }\r
 133 seqmatcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (seqs);\r
 134 }var nam = seqmatcher.findIdMatch (leaf.getName ());\r
 135 if (nam != null) {\r
 136 if (!leaf.isPlaceholder ()) {\r
 137 }leaf.setPlaceholder (false);\r
 138 leaf.setElement (nam);\r
 139 } else {\r
 140 if (!leaf.isPlaceholder ()) {\r
 141 leaf.setElement ( new jalview.datamodel.Sequence (leaf.getName (), "THISISAPLACEHLDER"));\r
 142 }leaf.setPlaceholder (true);\r
 143 }}}\r
 144 }, "java.util.List");\r
 145 Clazz.defineMethod (c$, "renameAssociatedNodes", \r
 146 function () {\r
 147 this.applyToNodes (((Clazz.isClassDefined ("jalview.analysis.NJTree$1") ? 0 : jalview.analysis.NJTree.$NJTree$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.NJTree$1, this, null)));\r
 148 });\r
 149 Clazz.defineMethod (c$, "cluster", \r
 150 function () {\r
 151 while (this.noClus > 2) {\r
 152 if (this.type.equals ("NJ")) {\r
 153 this.findMinNJDistance ();\r
 154 } else {\r
 155 this.findMinDistance ();\r
 156 }var c = this.joinClusters (this.mini, this.minj);\r
 157 this.done[this.minj] = 1;\r
 158 this.$cluster.setElementAt (null, this.minj);\r
 159 this.$cluster.setElementAt (c, this.mini);\r
 160 this.noClus--;\r
 161 }\r
 162 var onefound = false;\r
 163 var one = -1;\r
 164 var two = -1;\r
 165 for (var i = 0; i < this.noseqs; i++) {\r
 166 if (this.done[i] != 1) {\r
 167 if (onefound == false) {\r
 168 two = i;\r
 169 onefound = true;\r
 170 } else {\r
 171 one = i;\r
 172 }}}\r
 173 this.joinClusters (one, two);\r
 174 this.top = (this.node.elementAt (one));\r
 175 this.reCount (this.top);\r
 176 this.findHeight (this.top);\r
 177 this.findMaxDist (this.top);\r
 178 });\r
 179 Clazz.defineMethod (c$, "joinClusters", \r
 180 function (i, j) {\r
 181 var dist = this.distance[i][j];\r
 182 var noi = (this.$cluster.elementAt (i)).value.length;\r
 183 var noj = (this.$cluster.elementAt (j)).value.length;\r
 184 var value =  Clazz.newIntArray (noi + noj, 0);\r
 185 for (var ii = 0; ii < noi; ii++) {\r
 186 value[ii] = (this.$cluster.elementAt (i)).value[ii];\r
 187 }\r
 188 for (var ii = noi; ii < (noi + noj); ii++) {\r
 189 value[ii] = (this.$cluster.elementAt (j)).value[ii - noi];\r
 190 }\r
 191 var c =  new jalview.analysis.Cluster (value);\r
 192 this.ri = this.findr (i, j);\r
 193 this.rj = this.findr (j, i);\r
 194 if (this.type.equals ("NJ")) {\r
 195 this.findClusterNJDistance (i, j);\r
 196 } else {\r
 197 this.findClusterDistance (i, j);\r
 198 }var sn =  new jalview.datamodel.SequenceNode ();\r
 199 sn.setLeft ((this.node.elementAt (i)));\r
 200 sn.setRight ((this.node.elementAt (j)));\r
 201 var tmpi = (this.node.elementAt (i));\r
 202 var tmpj = (this.node.elementAt (j));\r
 203 if (this.type.equals ("NJ")) {\r
 204 this.findNewNJDistances (tmpi, tmpj, dist);\r
 205 } else {\r
 206 this.findNewDistances (tmpi, tmpj, dist);\r
 207 }tmpi.setParent (sn);\r
 208 tmpj.setParent (sn);\r
 209 this.node.setElementAt (sn, i);\r
 210 return c;\r
 211 }, "~N,~N");\r
 212 Clazz.defineMethod (c$, "findNewNJDistances", \r
 213 function (tmpi, tmpj, dist) {\r
 214 tmpi.dist = ((dist + this.ri) - this.rj) / 2;\r
 215 tmpj.dist = (dist - tmpi.dist);\r
 216 if (tmpi.dist < 0) {\r
 217 tmpi.dist = 0;\r
 218 }if (tmpj.dist < 0) {\r
 219 tmpj.dist = 0;\r
 220 }}, "jalview.datamodel.SequenceNode,jalview.datamodel.SequenceNode,~N");\r
 221 Clazz.defineMethod (c$, "findNewDistances", \r
 222 function (tmpi, tmpj, dist) {\r
 223 var ih = 0;\r
 224 var jh = 0;\r
 225 var sni = tmpi;\r
 226 var snj = tmpj;\r
 227 while (sni != null) {\r
 228 ih = ih + sni.dist;\r
 229 sni = sni.left ();\r
 230 }\r
 231 while (snj != null) {\r
 232 jh = jh + snj.dist;\r
 233 snj = snj.left ();\r
 234 }\r
 235 tmpi.dist = ((dist / 2) - ih);\r
 236 tmpj.dist = ((dist / 2) - jh);\r
 237 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,jalview.datamodel.SequenceNode,~N");\r
 238 Clazz.defineMethod (c$, "findClusterDistance", \r
 239 function (i, j) {\r
 240 var noi = (this.$cluster.elementAt (i)).value.length;\r
 241 var noj = (this.$cluster.elementAt (j)).value.length;\r
 242 var newdist =  Clazz.newFloatArray (this.noseqs, 0);\r
 243 for (var l = 0; l < this.noseqs; l++) {\r
 244 if ((l != i) && (l != j)) {\r
 245 newdist[l] = ((this.distance[i][l] * noi) + (this.distance[j][l] * noj)) / (noi + noj);\r
 246 } else {\r
 247 newdist[l] = 0;\r
 248 }}\r
 249 for (var ii = 0; ii < this.noseqs; ii++) {\r
 250 this.distance[i][ii] = newdist[ii];\r
 251 this.distance[ii][i] = newdist[ii];\r
 252 }\r
 253 }, "~N,~N");\r
 254 Clazz.defineMethod (c$, "findClusterNJDistance", \r
 255 function (i, j) {\r
 256 var newdist =  Clazz.newFloatArray (this.noseqs, 0);\r
 257 for (var l = 0; l < this.noseqs; l++) {\r
 258 if ((l != i) && (l != j)) {\r
 259 newdist[l] = ((this.distance[i][l] + this.distance[j][l]) - this.distance[i][j]) / 2;\r
 260 } else {\r
 261 newdist[l] = 0;\r
 262 }}\r
 263 for (var ii = 0; ii < this.noseqs; ii++) {\r
 264 this.distance[i][ii] = newdist[ii];\r
 265 this.distance[ii][i] = newdist[ii];\r
 266 }\r
 267 }, "~N,~N");\r
 268 Clazz.defineMethod (c$, "findr", \r
 269 function (i, j) {\r
 270 var tmp = 1;\r
 271 for (var k = 0; k < this.noseqs; k++) {\r
 272 if ((k != i) && (k != j) && (this.done[k] != 1)) {\r
 273 tmp = tmp + this.distance[i][k];\r
 274 }}\r
 275 if (this.noClus > 2) {\r
 276 tmp = tmp / (this.noClus - 2);\r
 277 }return tmp;\r
 278 }, "~N,~N");\r
 279 Clazz.defineMethod (c$, "findMinNJDistance", \r
 280 function () {\r
 281 var min = 100000;\r
 282 for (var i = 0; i < (this.noseqs - 1); i++) {\r
 283 for (var j = i + 1; j < this.noseqs; j++) {\r
 284 if ((this.done[i] != 1) && (this.done[j] != 1)) {\r
 285 var tmp = this.distance[i][j] - (this.findr (i, j) + this.findr (j, i));\r
 286 if (tmp < min) {\r
 287 this.mini = i;\r
 288 this.minj = j;\r
 289 min = tmp;\r
 290 }}}\r
 291 }\r
 292 return min;\r
 293 });\r
 294 Clazz.defineMethod (c$, "findMinDistance", \r
 295 function () {\r
 296 var min = 100000;\r
 297 for (var i = 0; i < (this.noseqs - 1); i++) {\r
 298 for (var j = i + 1; j < this.noseqs; j++) {\r
 299 if ((this.done[i] != 1) && (this.done[j] != 1)) {\r
 300 if (this.distance[i][j] < min) {\r
 301 this.mini = i;\r
 302 this.minj = j;\r
 303 min = this.distance[i][j];\r
 304 }}}\r
 305 }\r
 306 return min;\r
 307 });\r
 308 Clazz.defineMethod (c$, "findDistances", \r
 309 function (_pwmatrix) {\r
 310 var distance =  Clazz.newFloatArray (this.noseqs, this.noseqs, 0);\r
 311 if (_pwmatrix == null) {\r
 312 _pwmatrix = jalview.schemes.ResidueProperties.getScoreModel (this.pwtype);\r
 313 if (_pwmatrix == null) {\r
 314 _pwmatrix = jalview.schemes.ResidueProperties.getScoreMatrix ("BLOSUM62");\r
 315 }}distance = _pwmatrix.findDistances (this.seqData);\r
 316 return distance;\r
 317 }, "jalview.api.analysis.ScoreModelI");\r
 318 Clazz.defineMethod (c$, "makeLeaves", \r
 319 function () {\r
 320 this.$cluster =  new java.util.Vector ();\r
 321 for (var i = 0; i < this.noseqs; i++) {\r
 322 var sn =  new jalview.datamodel.SequenceNode ();\r
 323 sn.setElement (this.sequence[i]);\r
 324 sn.setName (this.sequence[i].getName ());\r
 325 this.node.addElement (sn);\r
 326 var value =  Clazz.newIntArray (1, 0);\r
 327 value[0] = i;\r
 328 var c =  new jalview.analysis.Cluster (value);\r
 329 this.$cluster.addElement (c);\r
 330 }\r
 331 });\r
 332 Clazz.defineMethod (c$, "findLeaves", \r
 333 function (node, leaves) {\r
 334 if (node == null) {\r
 335 return leaves;\r
 336 }if ((node.left () == null) && (node.right () == null)) {\r
 337 leaves.addElement (node);\r
 338 return leaves;\r
 339 } else {\r
 340 this.findLeaves (node.left (), leaves);\r
 341 this.findLeaves (node.right (), leaves);\r
 342 }return leaves;\r
 343 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,java.util.Vector");\r
 344 Clazz.defineMethod (c$, "findLeaf", \r
 345 function (node, count) {\r
 346 this.found = this._findLeaf (node, count);\r
 347 return this.found;\r
 348 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,~N");\r
 349 Clazz.defineMethod (c$, "_findLeaf", \r
 350 function (node, count) {\r
 351 if (node == null) {\r
 352 return null;\r
 353 }if (node.ycount == count) {\r
 354 this.found = node.element ();\r
 355 return this.found;\r
 356 } else {\r
 357 this._findLeaf (node.left (), count);\r
 358 this._findLeaf (node.right (), count);\r
 359 }return this.found;\r
 360 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,~N");\r
 361 Clazz.defineMethod (c$, "printNode", \r
 362 function (node) {\r
 363 if (node == null) {\r
 364 return;\r
 365 }if ((node.left () == null) && (node.right () == null)) {\r
 366 System.out.println ("Leaf = " + (node.element ()).getName ());\r
 367 System.out.println ("Dist " + node.dist);\r
 368 System.out.println ("Boot " + node.getBootstrap ());\r
 369 } else {\r
 370 System.out.println ("Dist " + node.dist);\r
 371 this.printNode (node.left ());\r
 372 this.printNode (node.right ());\r
 373 }}, "jalview.datamodel.SequenceNode");\r
 374 Clazz.defineMethod (c$, "findMaxDist", \r
 375 function (node) {\r
 376 if (node == null) {\r
 377 return;\r
 378 }if ((node.left () == null) && (node.right () == null)) {\r
 379 var dist = node.dist;\r
 380 if (dist > this.maxDistValue) {\r
 381 this.maxdist = node;\r
 382 this.maxDistValue = dist;\r
 383 }} else {\r
 384 this.findMaxDist (node.left ());\r
 385 this.findMaxDist (node.right ());\r
 386 }}, "jalview.datamodel.SequenceNode");\r
 387 Clazz.defineMethod (c$, "getGroups", \r
 388 function () {\r
 389 return this.groups;\r
 390 });\r
 391 Clazz.defineMethod (c$, "getMaxHeight", \r
 392 function () {\r
 393 return this.maxheight;\r
 394 });\r
 395 Clazz.defineMethod (c$, "groupNodes", \r
 396 function (node, threshold) {\r
 397 if (node == null) {\r
 398 return;\r
 399 }if ((node.height / this.maxheight) > threshold) {\r
 400 this.groups.addElement (node);\r
 401 } else {\r
 402 this.groupNodes (node.left (), threshold);\r
 403 this.groupNodes (node.right (), threshold);\r
 404 }}, "jalview.datamodel.SequenceNode,~N");\r
 405 Clazz.defineMethod (c$, "findHeight", \r
 406 function (node) {\r
 407 if (node == null) {\r
 408 return this.maxheight;\r
 409 }if ((node.left () == null) && (node.right () == null)) {\r
 410 node.height = (node.parent ()).height + node.dist;\r
 411 if (node.height > this.maxheight) {\r
 412 return node.height;\r
 413 } else {\r
 414 return this.maxheight;\r
 415 }} else {\r
 416 if (node.parent () != null) {\r
 417 node.height = (node.parent ()).height + node.dist;\r
 418 } else {\r
 419 this.maxheight = 0;\r
 420 node.height = 0.0;\r
 421 }this.maxheight = this.findHeight ((node.left ()));\r
 422 this.maxheight = this.findHeight ((node.right ()));\r
 423 }return this.maxheight;\r
 424 }, "jalview.datamodel.SequenceNode");\r
 425 Clazz.defineMethod (c$, "reRoot", \r
 426 function () {\r
 427 if (this.maxdist != null) {\r
 428 this.ycount = 0;\r
 429 var tmpdist = this.maxdist.dist;\r
 430 var sn =  new jalview.datamodel.SequenceNode ();\r
 431 sn.setParent (null);\r
 432 var snr = this.maxdist.parent ();\r
 433 this.changeDirection (snr, this.maxdist);\r
 434 System.out.println ("Printing reversed tree");\r
 435 this.printN (snr);\r
 436 snr.dist = tmpdist / 2;\r
 437 this.maxdist.dist = tmpdist / 2;\r
 438 snr.setParent (sn);\r
 439 this.maxdist.setParent (sn);\r
 440 sn.setRight (snr);\r
 441 sn.setLeft (this.maxdist);\r
 442 this.top = sn;\r
 443 this.ycount = 0;\r
 444 this.reCount (this.top);\r
 445 this.findHeight (this.top);\r
 446 }return this.top;\r
 447 });\r
 448 Clazz.defineMethod (c$, "hasOriginalSequenceData", \r
 449 function () {\r
 450 return this.seqData != null;\r
 451 });\r
 452 Clazz.defineMethod (c$, "printOriginalSequenceData", \r
 453 function (gapChar) {\r
 454 if (this.seqData == null) {\r
 455 return null;\r
 456 }var sb =  new StringBuffer ();\r
 457 var seqdatas = this.seqData.getSequenceStrings (gapChar);\r
 458 for (var i = 0; i < seqdatas.length; i++) {\r
 459 sb.append ( new jalview.util.Format ("%-15s").form (this.sequence[i].getName ()));\r
 460 sb.append (" " + seqdatas[i] + "\n");\r
 461 }\r
 462 return sb.toString ();\r
 463 }, "~S");\r
 464 Clazz.defineMethod (c$, "printN", \r
 465 function (node) {\r
 466 if (node == null) {\r
 467 return;\r
 468 }if ((node.left () != null) && (node.right () != null)) {\r
 469 this.printN (node.left ());\r
 470 this.printN (node.right ());\r
 471 } else {\r
 472 System.out.println (" name = " + (node.element ()).getName ());\r
 473 }System.out.println (" dist = " + node.dist + " " + node.count + " " + node.height);\r
 474 }, "jalview.datamodel.SequenceNode");\r
 475 Clazz.defineMethod (c$, "reCount", \r
 476 function (node) {\r
 477 this.ycount = 0;\r
 478 this._lycount = 0;\r
 479 this._reCount (node);\r
 480 }, "jalview.datamodel.SequenceNode");\r
 481 Clazz.defineMethod (c$, "_reCount", \r
 482 function (node) {\r
 483 if (node == null) {\r
 484 return;\r
 485 }this._lycount++;\r
 486 if ((node.left () != null) && (node.right () != null)) {\r
 487 this._reCount (node.left ());\r
 488 this._reCount (node.right ());\r
 489 var l = node.left ();\r
 490 var r = node.right ();\r
 491 node.count = l.count + r.count;\r
 492 node.ycount = (l.ycount + r.ycount) / 2;\r
 493 } else {\r
 494 node.count = 1;\r
 495 node.ycount = this.ycount++;\r
 496 }this._lycount--;\r
 497 }, "jalview.datamodel.SequenceNode");\r
 498 Clazz.defineMethod (c$, "swapNodes", \r
 499 function (node) {\r
 500 if (node == null) {\r
 501 return;\r
 502 }var tmp = node.left ();\r
 503 node.setLeft (node.right ());\r
 504 node.setRight (tmp);\r
 505 }, "jalview.datamodel.SequenceNode");\r
 506 Clazz.defineMethod (c$, "changeDirection", \r
 507 function (node, dir) {\r
 508 if (node == null) {\r
 509 return;\r
 510 }if (node.parent () !== this.top) {\r
 511 this.changeDirection (node.parent (), node);\r
 512 var tmp = node.parent ();\r
 513 if (dir === node.left ()) {\r
 514 node.setParent (dir);\r
 515 node.setLeft (tmp);\r
 516 } else if (dir === node.right ()) {\r
 517 node.setParent (dir);\r
 518 node.setRight (tmp);\r
 519 }} else {\r
 520 if (dir === node.left ()) {\r
 521 node.setParent (node.left ());\r
 522 if (this.top.left () === node) {\r
 523 node.setRight (this.top.right ());\r
 524 } else {\r
 525 node.setRight (this.top.left ());\r
 526 }} else {\r
 527 node.setParent (node.right ());\r
 528 if (this.top.left () === node) {\r
 529 node.setLeft (this.top.right ());\r
 530 } else {\r
 531 node.setLeft (this.top.left ());\r
 532 }}}}, "jalview.datamodel.SequenceNode,jalview.datamodel.SequenceNode");\r
 533 Clazz.defineMethod (c$, "getMaxDist", \r
 534 function () {\r
 535 return this.maxdist;\r
 536 });\r
 537 Clazz.defineMethod (c$, "getTopNode", \r
 538 function () {\r
 539 return this.top;\r
 540 });\r
 541 Clazz.defineMethod (c$, "isHasDistances", \r
 542 function () {\r
 543 return this.hasDistances;\r
 544 });\r
 545 Clazz.defineMethod (c$, "isHasBootstrap", \r
 546 function () {\r
 547 return this.hasBootstrap;\r
 548 });\r
 549 Clazz.defineMethod (c$, "isHasRootDistance", \r
 550 function () {\r
 551 return this.hasRootDistance;\r
 552 });\r
 553 Clazz.defineMethod (c$, "applyToNodes", \r
 554 function (nodeTransformI) {\r
 555 for (var nodes = this.node.elements (); nodes.hasMoreElements (); nodeTransformI.transform (nodes.nextElement ())) {\r
 556 ;}\r
 557 }, "jalview.datamodel.NodeTransformI");\r
 558 c$.$NJTree$1$ = function () {\r
 559 Clazz.pu$h ();\r
 560 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.analysis, "NJTree$1", null, jalview.datamodel.NodeTransformI);\r
 561 Clazz.defineMethod (c$, "transform", \r
 562 function (node) {\r
 563 var el = node.element ();\r
 564 if (el != null && Clazz.instanceOf (el, jalview.datamodel.SequenceI)) {\r
 565 node.setName ((el).getName ());\r
 566 }}, "jalview.datamodel.BinaryNode");\r
 567 c$ = Clazz.p0p ();\r
 568 };\r
 569 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 570 this.value = null;\r
 571 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 572 }, jalview.analysis, "Cluster");\r
 573 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 574 function (value) {\r
 575 this.value = value;\r
 576 }, "~A");\r
 577 });\r