bin/jalview/analysis/SeqsetUtils.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.SeqsetUtils", ["jalview.analysis.AlignSeq", "$.SequenceIdMatcher", "jalview.datamodel.Sequence", "jalview.util.Comparison", "java.util.Hashtable", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "SeqsetUtils");
   4 c$.SeqCharacterHash = Clazz.defineMethod (c$, "SeqCharacterHash",
   5 function (seq) {
   6 var sqinfo =  new java.util.Hashtable ();
   7 sqinfo.put ("Name", seq.getName ());
   8 sqinfo.put ("Start",  new Integer (seq.getStart ()));
   9 sqinfo.put ("End",  new Integer (seq.getEnd ()));
  10 if (seq.getDescription () != null) {
  11 sqinfo.put ("Description", seq.getDescription ());
  12 }var sfeat =  new java.util.Vector ();
  13 var sfarray = seq.getSequenceFeatures ();
  14 if (sfarray != null && sfarray.length > 0) {
  15 for (var i = 0; i < sfarray.length; i++) {
  16 sfeat.addElement (sfarray[i]);
  17 }
  18 }sqinfo.put ("SeqFeatures", sfeat);
  19 sqinfo.put ("PdbId", (seq.getPDBId () != null) ? seq.getPDBId () :  new java.util.Vector ());
  20 sqinfo.put ("datasetSequence", (seq.getDatasetSequence () != null) ? seq.getDatasetSequence () :  new jalview.datamodel.Sequence ("THISISAPLACEHOLDER", ""));
  21 return sqinfo;
  22 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
  23 c$.SeqCharacterUnhash = Clazz.defineMethod (c$, "SeqCharacterUnhash",
  24 function (sq, sqinfo) {
  25 var namePresent = true;
  26 if (sqinfo == null) {
  27 return false;
  28 }var oldname = sqinfo.get ("Name");
  29 var start = sqinfo.get ("Start");
  30 var end = sqinfo.get ("End");
  31 var sfeatures = sqinfo.get ("SeqFeatures");
  32 var pdbid = sqinfo.get ("PdbId");
  33 var description = sqinfo.get ("Description");
  34 var seqds = sqinfo.get ("datasetSequence");
  35 if (oldname == null) {
  36 namePresent = false;
  37 } else {
  38 sq.setName (oldname);
  39 }if (pdbid != null && pdbid.size () > 0) {
  40 sq.setPDBId (pdbid);
  41 }if ((start != null) && (end != null)) {
  42 sq.setStart (start.intValue ());
  43 sq.setEnd (end.intValue ());
  44 }if ((sfeatures != null) && (sfeatures.size () > 0)) {
  45 var sfarray =  new Array (sfeatures.size ());
  46 for (var is = 0, isize = sfeatures.size (); is < isize; is++) {
  47 sfarray[is] = sfeatures.elementAt (is);
  48 }
  49 sq.setSequenceFeatures (sfarray);
  50 }if (description != null) {
  51 sq.setDescription (description);
  52 }if ((seqds != null) && !(seqds.getName ().equals ("THISISAPLACEHOLDER") && seqds.getLength () == 0)) {
  53 sq.setDatasetSequence (seqds);
  54 }return namePresent;
  55 }, "jalview.datamodel.SequenceI,java.util.Hashtable");
  56 c$.unique_name = Clazz.defineMethod (c$, "unique_name",
  57 function (i) {
  58 return  String.instantialize ("Sequence" + i);
  59 }, "~N");
  60 c$.uniquify = Clazz.defineMethod (c$, "uniquify",
  61 function (sequences, write_names) {
  62 var map =  new java.util.Hashtable ();
  63 for (var i = 0; i < sequences.length; i++) {
  64 var safename = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name (i);
  65 map.put (safename, jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterHash (sequences[i]));
  66 if (write_names) {
  67 sequences[i].setName (safename);
  68 }}
  69 return map;
  70 }, "~A,~B");
  71 c$.deuniquify = Clazz.defineMethod (c$, "deuniquify",
  72 function (map, sequences) {
  73 return jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify (map, sequences, true);
  74 }, "java.util.Hashtable,~A");
  75 c$.deuniquify = Clazz.defineMethod (c$, "deuniquify",
  76 function (map, sequences, quiet) {
  77 var matcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (sequences);
  78 var msq = null;
  79 var keys = map.keys ();
  80 var unmatched =  new java.util.Vector ();
  81 for (var i = 0, j = sequences.length; i < j; i++) {
  82 unmatched.addElement (sequences[i]);
  83 }
  84 while (keys.hasMoreElements ()) {
  85 var key = keys.nextElement ();
  86 if (Clazz.instanceOf (key, String)) {
  87 if ((msq = matcher.findIdMatch (key)) != null) {
  88 var sqinfo = map.get (key);
  89 unmatched.removeElement (msq);
  90 jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash (msq, sqinfo);
  91 } else {
  92 if (!quiet) {
  93 System.err.println ("Can't find '" + (key) + "' in uniquified alignment");
  94 }}}}
  95 if (unmatched.size () > 0 && !quiet) {
  96 System.err.println ("Did not find matches for :");
  97 for (var i = unmatched.elements (); i.hasMoreElements (); System.out.println ((i.nextElement ()).getName ())) {
  98 ;}
  99 return false;
 100 }return true;
 101 }, "java.util.Hashtable,~A,~B");
 102 c$.getNonEmptySequenceSet = Clazz.defineMethod (c$, "getNonEmptySequenceSet",
 103 function (sequences) {
 104 var ungapped =  Clazz.newBooleanArray (sequences.length, false);
 105 var msflen = 0;
 106 for (var i = 0, j = sequences.length; i < j; i++) {
 107 var tempseq = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, sequences[i].getSequenceAsString ());
 108 if (tempseq.length == 0) {
 109 ungapped[i] = false;
 110 } else {
 111 ungapped[i] = true;
 112 msflen++;
 113 }}
 114 if (msflen == 0) {
 115 return null;
 116 }var mset =  new Array (msflen);
 117 for (var i = 0, j = sequences.length, k = 0; i < j; i++) {
 118 if (ungapped[i]) {
 119 mset[k++] = sequences[i];
 120 }}
 121 ungapped = null;
 122 return mset;
 123 }, "~A");
 124 });