bin/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.SequenceIdMatcher", ["java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.HashMap", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.names = null;\r
   5 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName")) {\r
   6 jalview.analysis.SequenceIdMatcher.$SequenceIdMatcher$SeqIdName$ ();\r
   7 }\r
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   9 }, jalview.analysis, "SequenceIdMatcher");\r
  10 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  11 function (seqs) {\r
  12 this.names =  new java.util.HashMap ();\r
  13 this.addAll (seqs);\r
  14 }, "java.util.List");\r
  15 Clazz.defineMethod (c$, "addAll", \r
  16 function (seqs) {\r
  17 for (var seq, $seq = seqs.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
  18 this.names.put (Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, seq.getDisplayId (true)), seq);\r
  19 var dbseq = seq;\r
  20 while (dbseq.getDatasetSequence () != null) {\r
  21 dbseq = dbseq.getDatasetSequence ();\r
  22 }\r
  23 if (dbseq.getDBRef () != null) {\r
  24 var dbr = dbseq.getDBRef ();\r
  25 var sid = null;\r
  26 for (var r = 0; r < dbr.length; r++) {\r
  27 sid = Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, dbr[r].getAccessionId ());\r
  28 if (!this.names.containsKey (sid)) {\r
  29 this.names.put (sid, seq);\r
  30 }}\r
  31 }}\r
  32 }, "java.util.List");\r
  33 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  34 function (sequences) {\r
  35 this.construct (java.util.Arrays.asList (sequences));\r
  36 }, "~A");\r
  37 Clazz.defineMethod (c$, "pickbestMatch", \r
  38 ($fz = function (candName, matches) {\r
  39 var st = this.pickbestMatches (candName, matches);\r
  40 return st == null || st.size () == 0 ? null : st.get (0);\r
  41 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName,java.util.List");\r
  42 Clazz.defineMethod (c$, "pickbestMatches", \r
  43 ($fz = function (candName, matches) {\r
  44 var best =  new java.util.ArrayList ();\r
  45 if (candName == null || matches == null || matches.size () == 0) {\r
  46 return null;\r
  47 }var match = matches.remove (0);\r
  48 best.add (match);\r
  49 this.names.put (Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, match.getName ()), match);\r
  50 var matchlen = match.getName ().length;\r
  51 var namlen = candName.id.length;\r
  52 while (matches.size () > 0) {\r
  53 var cand = matches.remove (0);\r
  54 this.names.put (Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, cand.getName ()), cand);\r
  55 var q;\r
  56 var w;\r
  57 var candlen = cand.getName ().length;\r
  58 if ((q = Math.abs (matchlen - namlen)) > (w = Math.abs (candlen - namlen)) && candlen > matchlen) {\r
  59 best.clear ();\r
  60 match = cand;\r
  61 matchlen = candlen;\r
  62 best.add (match);\r
  63 }if (q == w && candlen == matchlen) {\r
  64 best.add (cand);\r
  65 }}\r
  66 if (best.size () == 0) {\r
  67 return null;\r
  68 };return best;\r
  69 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName,java.util.List");\r
  70 Clazz.defineMethod (c$, "findIdMatch", \r
  71 function (seq) {\r
  72 var nam = Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, seq.getName ());\r
  73 return this.findIdMatch (nam);\r
  74 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
  75 Clazz.defineMethod (c$, "findIdMatch", \r
  76 function (seqnam) {\r
  77 var nam = Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, seqnam);\r
  78 return this.findIdMatch (nam);\r
  79 }, "~S");\r
  80 Clazz.defineMethod (c$, "findAllIdMatches", \r
  81 function (seqnam) {\r
  82 var nam = Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, seqnam);\r
  83 var m = this.findAllIdMatches (nam);\r
  84 if (m != null) {\r
  85 return m.toArray ( new Array (m.size ()));\r
  86 }return null;\r
  87 }, "~S");\r
  88 Clazz.defineMethod (c$, "findIdMatch", \r
  89 function (seqs) {\r
  90 var namedseqs = null;\r
  91 var i = 0;\r
  92 var nam;\r
  93 if (seqs.length > 0) {\r
  94 namedseqs =  new Array (seqs.length);\r
  95 do {\r
  96 nam = Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, seqs[i].getName ());\r
  97 if (this.names.containsKey (nam)) {\r
  98 namedseqs[i] = this.findIdMatch (nam);\r
  99 } else {\r
 100 namedseqs[i] = null;\r
 101 }} while (++i < seqs.length);\r
 102 }return namedseqs;\r
 103 }, "~A");\r
 104 Clazz.defineMethod (c$, "findIdMatch", \r
 105 ($fz = function (nam) {\r
 106 var matches =  new java.util.Vector ();\r
 107 while (this.names.containsKey (nam)) {\r
 108 matches.addElement (this.names.remove (nam));\r
 109 }\r
 110 return this.pickbestMatch (nam, matches);\r
 111 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName");\r
 112 Clazz.defineMethod (c$, "findAllIdMatches", \r
 113 ($fz = function (nam) {\r
 114 var matches =  new java.util.ArrayList ();\r
 115 while (this.names.containsKey (nam)) {\r
 116 matches.add (this.names.remove (nam));\r
 117 }\r
 118 var r = this.pickbestMatches (nam, matches);\r
 119 return r;\r
 120 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName");\r
 121 c$.$SequenceIdMatcher$SeqIdName$ = function () {\r
 122 Clazz.pu$h ();\r
 123 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 124 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 125 this.id = null;\r
 126 this.WORD_SEP = "~. |#\\/<>!\"\u00a4$%^*)}[@\',?_";\r
 127 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 128 }, jalview.analysis.SequenceIdMatcher, "SeqIdName");\r
 129 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 130 function (a) {\r
 131 if (a != null) {\r
 132 this.id =  String.instantialize (a);\r
 133 } else {\r
 134 this.id = "";\r
 135 }}, "~S");\r
 136 Clazz.overrideMethod (c$, "hashCode", \r
 137 function () {\r
 138 return ((this.id.length >= 4) ? this.id.substring (0, 4).hashCode () : this.id.hashCode ());\r
 139 });\r
 140 Clazz.defineMethod (c$, "equals", \r
 141 function (a) {\r
 142 if (a == null) {\r
 143 return false;\r
 144 }if (Clazz.instanceOf (a, jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName)) {\r
 145 return this.equals (a);\r
 146 } else {\r
 147 if (Clazz.instanceOf (a, String)) {\r
 148 return this.equals (a);\r
 149 }}return false;\r
 150 }, "~O");\r
 151 Clazz.defineMethod (c$, "equals", \r
 152 function (a) {\r
 153 if (this.id.length > a.id.length) {\r
 154 return this.id.startsWith (a.id) ? (this.WORD_SEP.indexOf (this.id.charAt (a.id.length)) > -1) : false;\r
 155 } else {\r
 156 return a.id.startsWith (this.id) ? (a.id.equals (this.id) ? true : (this.WORD_SEP.indexOf (a.id.charAt (this.id.length)) > -1)) : false;\r
 157 }}, "jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName");\r
 158 Clazz.defineMethod (c$, "equals", \r
 159 function (a) {\r
 160 if (this.id.length > a.length) {\r
 161 return this.id.startsWith (a) ? (this.WORD_SEP.indexOf (this.id.charAt (a.length)) > -1) : false;\r
 162 } else {\r
 163 return a.startsWith (this.id) ? (a.equals (this.id) ? true : (this.WORD_SEP.indexOf (a.charAt (this.id.length)) > -1)) : false;\r
 164 }}, "~S");\r
 165 c$ = Clazz.p0p ();\r
 166 };\r
 167 });\r