bin/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.SequenceIdMatcher", ["java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.HashMap", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.names = null;
   5 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName")) {
   6 jalview.analysis.SequenceIdMatcher.$SequenceIdMatcher$SeqIdName$ ();
   7 }
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);
   9 }, jalview.analysis, "SequenceIdMatcher");
  10 Clazz.makeConstructor (c$,
  11 function (seqs) {
  12 this.names =  new java.util.HashMap ();
  13 this.addAll (seqs);
  14 }, "java.util.List");
  15 Clazz.defineMethod (c$, "addAll",
  16 function (seqs) {
  17 for (var seq, $seq = seqs.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
  18 this.names.put (Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, seq.getDisplayId (true)), seq);
  19 var dbseq = seq;
  20 while (dbseq.getDatasetSequence () != null) {
  21 dbseq = dbseq.getDatasetSequence ();
  22 }
  23 if (dbseq.getDBRef () != null) {
  24 var dbr = dbseq.getDBRef ();
  25 var sid = null;
  26 for (var r = 0; r < dbr.length; r++) {
  27 sid = Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, dbr[r].getAccessionId ());
  28 if (!this.names.containsKey (sid)) {
  29 this.names.put (sid, seq);
  30 }}
  31 }}
  32 }, "java.util.List");
  33 Clazz.makeConstructor (c$,
  34 function (sequences) {
  35 this.construct (java.util.Arrays.asList (sequences));
  36 }, "~A");
  37 Clazz.defineMethod (c$, "pickbestMatch",
  38 ($fz = function (candName, matches) {
  39 var st = this.pickbestMatches (candName, matches);
  40 return st == null || st.size () == 0 ? null : st.get (0);
  41 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName,java.util.List");
  42 Clazz.defineMethod (c$, "pickbestMatches",
  43 ($fz = function (candName, matches) {
  44 var best =  new java.util.ArrayList ();
  45 if (candName == null || matches == null || matches.size () == 0) {
  46 return null;
  47 }var match = matches.remove (0);
  48 best.add (match);
  49 this.names.put (Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, match.getName ()), match);
  50 var matchlen = match.getName ().length;
  51 var namlen = candName.id.length;
  52 while (matches.size () > 0) {
  53 var cand = matches.remove (0);
  54 this.names.put (Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, cand.getName ()), cand);
  55 var q;
  56 var w;
  57 var candlen = cand.getName ().length;
  58 if ((q = Math.abs (matchlen - namlen)) > (w = Math.abs (candlen - namlen)) && candlen > matchlen) {
  59 best.clear ();
  60 match = cand;
  61 matchlen = candlen;
  62 best.add (match);
  63 }if (q == w && candlen == matchlen) {
  64 best.add (cand);
  65 }}
  66 if (best.size () == 0) {
  67 return null;
  68 };return best;
  69 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName,java.util.List");
  70 Clazz.defineMethod (c$, "findIdMatch",
  71 function (seq) {
  72 var nam = Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, seq.getName ());
  73 return this.findIdMatch (nam);
  74 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
  75 Clazz.defineMethod (c$, "findIdMatch",
  76 function (seqnam) {
  77 var nam = Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, seqnam);
  78 return this.findIdMatch (nam);
  79 }, "~S");
  80 Clazz.defineMethod (c$, "findAllIdMatches",
  81 function (seqnam) {
  82 var nam = Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, seqnam);
  83 var m = this.findAllIdMatches (nam);
  84 if (m != null) {
  85 return m.toArray ( new Array (m.size ()));
  86 }return null;
  87 }, "~S");
  88 Clazz.defineMethod (c$, "findIdMatch",
  89 function (seqs) {
  90 var namedseqs = null;
  91 var i = 0;
  92 var nam;
  93 if (seqs.length > 0) {
  94 namedseqs =  new Array (seqs.length);
  95 do {
  96 nam = Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName, this, null, seqs[i].getName ());
  97 if (this.names.containsKey (nam)) {
  98 namedseqs[i] = this.findIdMatch (nam);
  99 } else {
 100 namedseqs[i] = null;
 101 }} while (++i < seqs.length);
 102 }return namedseqs;
 103 }, "~A");
 104 Clazz.defineMethod (c$, "findIdMatch",
 105 ($fz = function (nam) {
 106 var matches =  new java.util.Vector ();
 107 while (this.names.containsKey (nam)) {
 108 matches.addElement (this.names.remove (nam));
 109 }
 110 return this.pickbestMatch (nam, matches);
 111 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName");
 112 Clazz.defineMethod (c$, "findAllIdMatches",
 113 ($fz = function (nam) {
 114 var matches =  new java.util.ArrayList ();
 115 while (this.names.containsKey (nam)) {
 116 matches.add (this.names.remove (nam));
 117 }
 118 var r = this.pickbestMatches (nam, matches);
 119 return r;
 120 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName");
 121 c$.$SequenceIdMatcher$SeqIdName$ = function () {
 122 Clazz.pu$h ();
 123 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 124 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 125 this.id = null;
 126 this.WORD_SEP = "~. |#\\/<>!\"\u00a4$%^*)}[@\',?_";
 127 Clazz.instantialize (this, arguments);
 128 }, jalview.analysis.SequenceIdMatcher, "SeqIdName");
 129 Clazz.makeConstructor (c$,
 130 function (a) {
 131 if (a != null) {
 132 this.id =  String.instantialize (a);
 133 } else {
 134 this.id = "";
 135 }}, "~S");
 136 Clazz.overrideMethod (c$, "hashCode",
 137 function () {
 138 return ((this.id.length >= 4) ? this.id.substring (0, 4).hashCode () : this.id.hashCode ());
 139 });
 140 Clazz.defineMethod (c$, "equals",
 141 function (a) {
 142 if (a == null) {
 143 return false;
 144 }if (Clazz.instanceOf (a, jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName)) {
 145 return this.equals (a);
 146 } else {
 147 if (Clazz.instanceOf (a, String)) {
 148 return this.equals (a);
 149 }}return false;
 150 }, "~O");
 151 Clazz.defineMethod (c$, "equals",
 152 function (a) {
 153 if (this.id.length > a.id.length) {
 154 return this.id.startsWith (a.id) ? (this.WORD_SEP.indexOf (this.id.charAt (a.id.length)) > -1) : false;
 155 } else {
 156 return a.id.startsWith (this.id) ? (a.id.equals (this.id) ? true : (this.WORD_SEP.indexOf (a.id.charAt (this.id.length)) > -1)) : false;
 157 }}, "jalview.analysis.SequenceIdMatcher.SeqIdName");
 158 Clazz.defineMethod (c$, "equals",
 159 function (a) {
 160 if (this.id.length > a.length) {
 161 return this.id.startsWith (a) ? (this.WORD_SEP.indexOf (this.id.charAt (a.length)) > -1) : false;
 162 } else {
 163 return a.startsWith (this.id) ? (a.equals (this.id) ? true : (this.WORD_SEP.indexOf (a.charAt (this.id.length)) > -1)) : false;
 164 }}, "~S");
 165 c$ = Clazz.p0p ();
 166 };
 167 });