bin/jalview/analysis/scoremodels/PairwiseSeqScoreModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis.scoremodels");
   2 Clazz.load (["jalview.api.analysis.ScoreModelI"], "jalview.analysis.scoremodels.PairwiseSeqScoreModel", ["jalview.util.Comparison"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis.scoremodels, "PairwiseSeqScoreModel", null, jalview.api.analysis.ScoreModelI);
   4 Clazz.overrideMethod (c$, "findDistances",
   5 function (seqData) {
   6 var sequenceString = seqData.getSequenceStrings (jalview.util.Comparison.GapChars.charAt (0));
   7 var noseqs = sequenceString.length;
   8 var distance =  Clazz.newFloatArray (noseqs, noseqs, 0);
   9 var maxscore = 0;
  10 var end = sequenceString[0].length;
  11 for (var i = 0; i < (noseqs - 1); i++) {
  12 for (var j = i; j < noseqs; j++) {
  13 var score = 0;
  14 for (var k = 0; k < end; k++) {
  15 try {
  16 score += this.getPairwiseScore (sequenceString[i].charAt (k), sequenceString[j].charAt (k));
  17 } catch (ex) {
  18 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  19 System.err.println ("err creating " + this.getName () + " tree");
  20 ex.printStackTrace ();
  21 } else {
  22 throw ex;
  23 }
  24 }
  25 }
  26 distance[i][j] = score;
  27 if (score > maxscore) {
  28 maxscore = score;
  29 }}
  30 }
  31 for (var i = 0; i < (noseqs - 1); i++) {
  32 for (var j = i; j < noseqs; j++) {
  33 distance[i][j] = maxscore - distance[i][j];
  34 distance[j][i] = distance[i][j];
  35 }
  36 }
  37 return distance;
  38 }, "jalview.datamodel.AlignmentView");
  39 });