bin/jalview/appletgui/APopupMenu.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.PopupMenu", "java.awt.event.ActionListener", "$.ItemListener", "awt2swing.CheckboxMenuItem", "$.Menu", "$.MenuItem", "jalview.util.MessageManager"], "jalview.appletgui.APopupMenu", ["awt2swing.Frame", "jalview.analysis.AAFrequency", "$.AlignmentAnnotationUtils", "$.AlignmentUtils", "$.Conservation", "jalview.appletgui.AppletJmol", "$.CutAndPasteTransfer", "$.EditNameDialog", "$.SliderPanel", "$.UserDefinedColours", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.commands.ChangeCaseCommand", "$.EditCommand", "jalview.datamodel.SequenceFeature", "jalview.io.AppletFormatAdapter", "$.SequenceAnnotationReport", "jalview.schemes.Blosum62ColourScheme", "$.BuriedColourScheme", "$.ClustalxColourScheme", "$.HelixColourScheme", "$.HydrophobicColourScheme", "$.NucleotideColourScheme", "$.PIDColourScheme", "$.ResidueProperties", "$.StrandColourScheme", "$.TaylorColourScheme", "$.TurnColourScheme", "$.ZappoColourScheme", "jalview.util.DBRefUtils", "$.UrlLink", "java.lang.StringBuffer", "$.StringBuilder", "java.util.Arrays", "$.Collections", "$.LinkedHashMap", "$.TreeMap"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.groupMenu = null;
   5 this.editGroupName = null;
   6 this.clustalColour = null;
   7 this.zappoColour = null;
   8 this.taylorColour = null;
   9 this.hydrophobicityColour = null;
  10 this.helixColour = null;
  11 this.strandColour = null;
  12 this.turnColour = null;
  13 this.buriedColour = null;
  14 this.abovePIDColour = null;
  15 this.userDefinedColour = null;
  16 this.PIDColour = null;
  17 this.BLOSUM62Colour = null;
  18 this.noColourmenuItem = null;
  19 this.conservationMenuItem = null;
  20 this.ap = null;
  21 this.unGroupMenuItem = null;
  22 this.createGroupMenuItem = null;
  23 this.nucleotideMenuItem = null;
  24 this.colourMenu = null;
  25 this.showBoxes = null;
  26 this.showText = null;
  27 this.showColourText = null;
  28 this.displayNonconserved = null;
  29 this.seqShowAnnotationsMenu = null;
  30 this.seqHideAnnotationsMenu = null;
  31 this.seqAddReferenceAnnotations = null;
  32 this.groupShowAnnotationsMenu = null;
  33 this.groupHideAnnotationsMenu = null;
  34 this.groupAddReferenceAnnotations = null;
  35 this.editMenu = null;
  36 this.copy = null;
  37 this.cut = null;
  38 this.toUpper = null;
  39 this.toLower = null;
  40 this.toggleCase = null;
  41 this.outputmenu = null;
  42 this.seqMenu = null;
  43 this.pdb = null;
  44 this.hideSeqs = null;
  45 this.repGroup = null;
  46 this.sequenceName = null;
  47 this.sequenceFeature = null;
  48 this.editSequence = null;
  49 this.sequenceDetails = null;
  50 this.selSeqDetails = null;
  51 this.makeReferenceSeq = null;
  52 this.seq = null;
  53 this.revealAll = null;
  54 this.revealSeq = null;
  55 this.revealSeq_index = -1;
  56 this.menu1 = null;
  57 Clazz.instantialize (this, arguments);
  58 }, jalview.appletgui, "APopupMenu", awt2swing.PopupMenu, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.ItemListener]);
  59 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  60 this.groupMenu =  new awt2swing.Menu ();
  61 this.editGroupName =  new awt2swing.MenuItem ();
  62 this.clustalColour =  new awt2swing.MenuItem ();
  63 this.zappoColour =  new awt2swing.MenuItem ();
  64 this.taylorColour =  new awt2swing.MenuItem ();
  65 this.hydrophobicityColour =  new awt2swing.MenuItem ();
  66 this.helixColour =  new awt2swing.MenuItem ();
  67 this.strandColour =  new awt2swing.MenuItem ();
  68 this.turnColour =  new awt2swing.MenuItem ();
  69 this.buriedColour =  new awt2swing.MenuItem ();
  70 this.abovePIDColour =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();
  71 this.userDefinedColour =  new awt2swing.MenuItem ();
  72 this.PIDColour =  new awt2swing.MenuItem ();
  73 this.BLOSUM62Colour =  new awt2swing.MenuItem ();
  74 this.noColourmenuItem =  new awt2swing.MenuItem ();
  75 this.conservationMenuItem =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();
  76 this.unGroupMenuItem =  new awt2swing.MenuItem ();
  77 this.createGroupMenuItem =  new awt2swing.MenuItem ();
  78 this.nucleotideMenuItem =  new awt2swing.MenuItem ();
  79 this.colourMenu =  new awt2swing.Menu ();
  80 this.showBoxes =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();
  81 this.showText =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();
  82 this.showColourText =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();
  83 this.displayNonconserved =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();
  84 this.seqShowAnnotationsMenu =  new awt2swing.Menu (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_annotations"));
  85 this.seqHideAnnotationsMenu =  new awt2swing.Menu (jalview.util.MessageManager.getString ("label.hide_annotations"));
  86 this.seqAddReferenceAnnotations =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.add_reference_annotations"));
  87 this.groupShowAnnotationsMenu =  new awt2swing.Menu (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_annotations"));
  88 this.groupHideAnnotationsMenu =  new awt2swing.Menu (jalview.util.MessageManager.getString ("label.hide_annotations"));
  89 this.groupAddReferenceAnnotations =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.add_reference_annotations"));
  90 this.editMenu =  new awt2swing.Menu (jalview.util.MessageManager.getString ("action.edit"));
  91 this.copy =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("action.copy"));
  92 this.cut =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("action.cut"));
  93 this.toUpper =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.to_upper_case"));
  94 this.toLower =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.to_lower_case"));
  95 this.toggleCase =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.toggle_case"));
  96 this.outputmenu =  new awt2swing.Menu ();
  97 this.seqMenu =  new awt2swing.Menu ();
  98 this.pdb =  new awt2swing.MenuItem ();
  99 this.hideSeqs =  new awt2swing.MenuItem ();
 100 this.repGroup =  new awt2swing.MenuItem ();
 101 this.sequenceName =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.edit_name_description"));
 102 this.sequenceFeature =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.create_sequence_feature"));
 103 this.editSequence =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.edit_sequence"));
 104 this.sequenceDetails =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.sequence_details") + "...");
 105 this.selSeqDetails =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.sequence_details") + "...");
 106 this.makeReferenceSeq =  new awt2swing.MenuItem ();
 107 this.revealAll =  new awt2swing.MenuItem ();
 108 this.revealSeq =  new awt2swing.MenuItem ();
 109 this.menu1 =  new awt2swing.Menu ();
 110 });
 111 Clazz.makeConstructor (c$,
 112 function (apanel, seq, links) {
 113 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.APopupMenu, []);
 114 this.ap = apanel;
 115 this.seq = seq;
 116 try {
 117 this.jbInit ();
 118 } catch (e) {
 119 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 120 e.printStackTrace ();
 121 } else {
 122 throw e;
 123 }
 124 }
 125 for (var i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++) {
 126 var item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 127 item.addActionListener (this);
 128 this.outputmenu.add (item);
 129 }
 130 this.buildAnnotationSubmenus ();
 131 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();
 132 if (sg != null && sg.getSize () > 0) {
 133 this.editGroupName.setLabel (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.name_param",  Clazz.newArray (-1, [sg.getName ()])));
 134 this.showText.setState (sg.getDisplayText ());
 135 this.showColourText.setState (sg.getColourText ());
 136 this.showBoxes.setState (sg.getDisplayBoxes ());
 137 this.displayNonconserved.setState (sg.getShowNonconserved ());
 138 if (!this.ap.av.getAlignment ().getGroups ().contains (sg)) {
 139 this.menu1.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.edit_new_group"));
 140 this.groupMenu.remove (this.unGroupMenuItem);
 141 } else {
 142 this.menu1.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.edit_group"));
 143 this.groupMenu.remove (this.createGroupMenuItem);
 144 }} else {
 145 this.remove (this.hideSeqs);
 146 this.remove (this.groupMenu);
 147 }if (links != null && links.size () > 0) {
 148 var linkMenu =  new awt2swing.Menu (jalview.util.MessageManager.getString ("action.link"));
 149 for (var i = 0; i < links.size (); i++) {
 150 var link = links.elementAt (i);
 151 var urlLink =  new jalview.util.UrlLink (link);
 152 if (!urlLink.isValid ()) {
 153 System.err.println (urlLink.getInvalidMessage ());
 154 continue;
 155 }var target = urlLink.getTarget ();
 156 var label = urlLink.getLabel ();
 157 if (seq != null && urlLink.isDynamic ()) {
 158 var dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs (seq.getDBRef (),  Clazz.newArray (-1, [target]));
 159 var id = seq.getName ();
 160 var descr = seq.getDescription ();
 161 if (descr != null && descr.length < 1) {
 162 descr = null;
 163 }if (dbr != null) {
 164 for (var r = 0; r < dbr.length; r++) {
 165 if (id != null && dbr[r].getAccessionId ().equals (id)) {
 166 id = null;
 167 }var urls = urlLink.makeUrls (dbr[r].getAccessionId (), true);
 168 if (urls != null) {
 169 for (var u = 0; u < urls.length; u += 2) {
 170 this.addshowLink (linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 171 }
 172 }}
 173 }if (id != null) {
 174 var urls = urlLink.makeUrls (id, true);
 175 if (urls != null) {
 176 for (var u = 0; u < urls.length; u += 2) {
 177 this.addshowLink (linkMenu, label, urls[u + 1]);
 178 }
 179 }}if (descr != null && urlLink.getRegexReplace () != null) {
 180 var urls = urlLink.makeUrls (descr, true);
 181 if (urls != null) {
 182 for (var u = 0; u < urls.length; u += 2) {
 183 this.addshowLink (linkMenu, label, urls[u + 1]);
 184 }
 185 }}} else {
 186 this.addshowLink (linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix ());
 187 }}
 188 if (linkMenu.getItemCount () > 0) {
 189 if (seq != null) {
 190 this.seqMenu.add (linkMenu);
 191 } else {
 192 this.add (linkMenu);
 193 }}}if (seq != null) {
 194 this.seqMenu.setLabel (seq.getName ());
 195 if (seq === this.ap.av.getAlignment ().getSeqrep ()) {
 196 this.makeReferenceSeq.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.unmark_as_reference"));
 197 } else {
 198 this.makeReferenceSeq.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.set_as_reference"));
 199 }this.repGroup.setLabel (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.represent_group_with",  Clazz.newArray (-1, [seq.getName ()])));
 200 } else {
 201 this.remove (this.seqMenu);
 202 }if (!this.ap.av.hasHiddenRows ()) {
 203 this.remove (this.revealAll);
 204 this.remove (this.revealSeq);
 205 } else {
 206 var index = this.ap.av.getAlignment ().findIndex (seq);
 207 if (this.ap.av.adjustForHiddenSeqs (index) - this.ap.av.adjustForHiddenSeqs (index - 1) > 1) {
 208 this.revealSeq_index = index;
 209 } else {
 210 this.remove (this.revealSeq);
 211 }}}, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,jalview.datamodel.SequenceI,java.util.Vector");
 212 Clazz.defineMethod (c$, "buildAnnotationSubmenus",
 213 ($fz = function () {
 214 var selectedSequence = (this.seq == null ? java.util.Collections.emptyList () : java.util.Arrays.asList ([this.seq]));
 215 this.buildAnnotationTypesMenus (this.seqShowAnnotationsMenu, this.seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 216 this.configureReferenceAnnotationsMenu (this.seqAddReferenceAnnotations, selectedSequence);
 217 var selectedGroup = (this.ap.av.getSelectionGroup () == null ? java.util.Collections.emptyList () : this.ap.av.getSelectionGroup ().getSequences ());
 218 this.buildAnnotationTypesMenus (this.groupShowAnnotationsMenu, this.groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 219 this.configureReferenceAnnotationsMenu (this.groupAddReferenceAnnotations, selectedGroup);
 220 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 221 Clazz.defineMethod (c$, "configureReferenceAnnotationsMenu",
 222 ($fz = function (menuItem, forSequences) {
 223 menuItem.setEnabled (false);
 224 var tipEntries =  new java.util.TreeMap ();
 225 var candidates =  new java.util.LinkedHashMap ();
 226 var al = this.ap.av.getAlignment ();
 227 jalview.analysis.AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations (forSequences, tipEntries, candidates, al);
 228 if (!candidates.isEmpty ()) {
 229 var tooltip =  new StringBuilder (64);
 230 tooltip.append (jalview.util.MessageManager.getString ("label.add_annotations_for"));
 231 menuItem.setEnabled (true);
 232 menuItem.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.APopupMenu$1") ? 0 : jalview.appletgui.APopupMenu.$APopupMenu$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.APopupMenu$1, this, Clazz.cloneFinals ("candidates", candidates))));
 233 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "awt2swing.MenuItem,java.util.List");
 234 Clazz.defineMethod (c$, "addReferenceAnnotations_actionPerformed",
 235 function (candidates) {
 236 var selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup ();
 237 var alignment = this.ap.getAlignment ();
 238 jalview.analysis.AlignmentUtils.addReferenceAnnotations (candidates, alignment, selectionGroup);
 239 this.refresh ();
 240 }, "java.util.Map");
 241 Clazz.defineMethod (c$, "addshowLink",
 242 ($fz = function (linkMenu, target, url) {
 243 this.addshowLink (linkMenu, target, target, url);
 244 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "awt2swing.Menu,~S,~S");
 245 Clazz.defineMethod (c$, "addshowLink",
 246 ($fz = function (linkMenu, target, label, url) {
 247 var item =  new awt2swing.MenuItem (label);
 248 item.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.APopupMenu$2") ? 0 : jalview.appletgui.APopupMenu.$APopupMenu$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.APopupMenu$2, this, Clazz.cloneFinals ("url", url, "target", target))));
 249 linkMenu.add (item);
 250 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "awt2swing.Menu,~S,~S,~S");
 251 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 252 function (evt) {
 253 if (evt.getSource () === this.abovePIDColour) {
 254 this.abovePIDColour_itemStateChanged ();
 255 } else if (evt.getSource () === this.showColourText) {
 256 this.showColourText_itemStateChanged ();
 257 } else if (evt.getSource () === this.showText) {
 258 this.showText_itemStateChanged ();
 259 } else if (evt.getSource () === this.showBoxes) {
 260 this.showBoxes_itemStateChanged ();
 261 } else if (evt.getSource () === this.displayNonconserved) {
 262 this.showNonconserved_itemStateChanged ();
 263 }}, "java.awt.event.ItemEvent");
 264 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 265 function (evt) {
 266 var source = evt.getSource ();
 267 if (source === this.clustalColour) {
 268 this.clustalColour_actionPerformed ();
 269 } else if (source === this.zappoColour) {
 270 this.zappoColour_actionPerformed ();
 271 } else if (source === this.taylorColour) {
 272 this.taylorColour_actionPerformed ();
 273 } else if (source === this.hydrophobicityColour) {
 274 this.hydrophobicityColour_actionPerformed ();
 275 } else if (source === this.helixColour) {
 276 this.helixColour_actionPerformed ();
 277 } else if (source === this.strandColour) {
 278 this.strandColour_actionPerformed ();
 279 } else if (source === this.turnColour) {
 280 this.turnColour_actionPerformed ();
 281 } else if (source === this.buriedColour) {
 282 this.buriedColour_actionPerformed ();
 283 } else if (source === this.nucleotideMenuItem) {
 284 this.nucleotideMenuItem_actionPerformed ();
 285 } else if (source === this.userDefinedColour) {
 286 this.userDefinedColour_actionPerformed ();
 287 } else if (source === this.PIDColour) {
 288 this.PIDColour_actionPerformed ();
 289 } else if (source === this.BLOSUM62Colour) {
 290 this.BLOSUM62Colour_actionPerformed ();
 291 } else if (source === this.noColourmenuItem) {
 292 this.noColourmenuItem_actionPerformed ();
 293 } else if (source === this.conservationMenuItem) {
 294 this.conservationMenuItem_itemStateChanged ();
 295 } else if (source === this.unGroupMenuItem) {
 296 this.unGroupMenuItem_actionPerformed ();
 297 } else if (source === this.createGroupMenuItem) {
 298 this.createGroupMenuItem_actionPerformed ();
 299 } else if (source === this.sequenceName) {
 300 this.editName ();
 301 } else if (source === this.makeReferenceSeq) {
 302 this.makeReferenceSeq_actionPerformed ();
 303 } else if (source === this.sequenceDetails) {
 304 this.showSequenceDetails ();
 305 } else if (source === this.selSeqDetails) {
 306 this.showSequenceSelectionDetails ();
 307 } else if (source === this.pdb) {
 308 this.addPDB ();
 309 } else if (source === this.hideSeqs) {
 310 this.hideSequences (false);
 311 } else if (source === this.repGroup) {
 312 this.hideSequences (true);
 313 } else if (source === this.revealSeq) {
 314 this.ap.av.showSequence (this.revealSeq_index);
 315 } else if (source === this.revealAll) {
 316 this.ap.av.showAllHiddenSeqs ();
 317 } else if (source === this.editGroupName) {
 318 var dialog =  new jalview.appletgui.EditNameDialog (this.getGroup ().getName (), this.getGroup ().getDescription (), "       Group Name", "Group Description", this.ap.alignFrame, "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 319 if (dialog.accept) {
 320 this.getGroup ().setName (dialog.getName ().$replace (' ', '_'));
 321 this.getGroup ().setDescription (dialog.getDescription ());
 322 }} else if (source === this.copy) {
 323 this.ap.alignFrame.copy_actionPerformed ();
 324 } else if (source === this.cut) {
 325 this.ap.alignFrame.cut_actionPerformed ();
 326 } else if (source === this.editSequence) {
 327 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();
 328 if (sg != null) {
 329 if (this.seq == null) {
 330 this.seq = sg.getSequenceAt (0);
 331 }var dialog =  new jalview.appletgui.EditNameDialog (this.seq.getSequenceAsString (sg.getStartRes (), sg.getEndRes () + 1), null, "Edit Sequence ", null, this.ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 332 if (dialog.accept) {
 333 var editCommand =  new jalview.commands.EditCommand (jalview.util.MessageManager.getString ("label.edit_sequences"), jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE, dialog.getName ().$replace (' ', this.ap.av.getGapCharacter ()), sg.getSequencesAsArray (this.ap.av.getHiddenRepSequences ()), sg.getStartRes (), sg.getEndRes () + 1, this.ap.av.getAlignment ());
 334 this.ap.alignFrame.addHistoryItem (editCommand);
 335 this.ap.av.firePropertyChange ("alignment", null, this.ap.av.getAlignment ().getSequences ());
 336 }}} else if (source === this.toUpper || source === this.toLower || source === this.toggleCase) {
 337 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();
 338 if (sg != null) {
 339 var startEnd = this.ap.av.getVisibleRegionBoundaries (sg.getStartRes (), sg.getEndRes () + 1);
 340 var description;
 341 var caseChange;
 342 if (source === this.toggleCase) {
 343 description = "Toggle Case";
 344 caseChange = jalview.commands.ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 345 } else if (source === this.toUpper) {
 346 description = "To Upper Case";
 347 caseChange = jalview.commands.ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 348 } else {
 349 description = "To Lower Case";
 350 caseChange = jalview.commands.ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 351 }var caseCommand =  new jalview.commands.ChangeCaseCommand (description, sg.getSequencesAsArray (this.ap.av.getHiddenRepSequences ()), startEnd, caseChange);
 352 this.ap.alignFrame.addHistoryItem (caseCommand);
 353 this.ap.av.firePropertyChange ("alignment", null, this.ap.av.getAlignment ().getSequences ());
 354 }} else if (source === this.sequenceFeature) {
 355 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();
 356 if (sg == null) {
 357 return;
 358 }var rsize = 0;
 359 var gSize = sg.getSize ();
 360 var rseqs;
 361 var seqs =  new Array (gSize);
 362 var tfeatures;
 363 var features =  new Array (gSize);
 364 for (var i = 0; i < gSize; i++) {
 365 var start = sg.getSequenceAt (i).findPosition (sg.getStartRes ());
 366 var end = sg.findEndRes (sg.getSequenceAt (i));
 367 if (start <= end) {
 368 seqs[rsize] = sg.getSequenceAt (i);
 369 features[rsize] =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (null, null, null, start, end, "Jalview");
 370 rsize++;
 371 }}
 372 rseqs =  new Array (rsize);
 373 tfeatures =  new Array (rsize);
 374 System.arraycopy (seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 375 System.arraycopy (features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 376 features = tfeatures;
 377 seqs = rseqs;
 378 if (this.ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer ().amendFeatures (seqs, features, true, this.ap)) {
 379 this.ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState (true);
 380 this.ap.av.setShowSequenceFeatures (true);
 381 ;this.ap.highlightSearchResults (null);
 382 }} else {
 383 this.outputText (evt);
 384 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
 385 Clazz.defineMethod (c$, "outputText",
 386 function (e) {
 387 var cap =  new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer (true, this.ap.alignFrame);
 388 var frame =  new awt2swing.Frame ();
 389 frame.add (cap);
 390 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (frame, jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.selection_output_command",  Clazz.newArray (-1, [e.getActionCommand ()])), 600, 500);
 391 cap.setText ( new jalview.io.AppletFormatAdapter ().formatSequences (e.getActionCommand (), this.ap.av.getShowJVSuffix (), this.ap, true));
 392 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 393 Clazz.defineMethod (c$, "showSequenceSelectionDetails",
 394 function () {
 395 this.createSequenceDetailsReport (this.ap.av.getSequenceSelection ());
 396 });
 397 Clazz.defineMethod (c$, "showSequenceDetails",
 398 function () {
 399 this.createSequenceDetailsReport ( Clazz.newArray (-1, [this.seq]));
 400 });
 401 Clazz.defineMethod (c$, "createSequenceDetailsReport",
 402 function (sequences) {
 403 var cap =  new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer (false, this.ap.alignFrame);
 404 var contents =  new StringBuffer ();
 405 for (var seq, $seq = 0, $$seq = sequences; $seq < $$seq.length && ((seq = $$seq[$seq]) || true); $seq++) {
 406 contents.append (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.annotation_for_displayid",  Clazz.newArray (-1, [seq.getDisplayId (true)])));
 407  new jalview.io.SequenceAnnotationReport (null).createSequenceAnnotationReport (contents, seq, true, true, false, (this.ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? this.ap.seqPanel.seqCanvas.fr.getMinMax () : null);
 408 contents.append ("</p>");
 409 }
 410 var frame =  new awt2swing.Frame ();
 411 frame.add (cap);
 412 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (frame, "Sequence Details for " + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId (true) : "Selection"), 600, 500);
 413 cap.setText (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.html_content",  Clazz.newArray (-1, [contents.toString ()])));
 414 }, "~A");
 415 Clazz.defineMethod (c$, "editName",
 416 function () {
 417 var dialog =  new jalview.appletgui.EditNameDialog (this.seq.getName (), this.seq.getDescription (), "       Sequence Name", "Sequence Description", this.ap.alignFrame, "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 418 if (dialog.accept) {
 419 this.seq.setName (dialog.getName ());
 420 this.seq.setDescription (dialog.getDescription ());
 421 this.ap.paintAlignment (false);
 422 }});
 423 Clazz.defineMethod (c$, "addPDB",
 424 function () {
 425 if (this.seq.getPDBId () != null) {
 426 var entry = this.seq.getPDBId ().firstElement ();
 427 if (this.ap.av.applet.jmolAvailable) {
 428  new jalview.appletgui.AppletJmol (entry,  Clazz.newArray (-1, [this.seq]), null, this.ap, jalview.io.AppletFormatAdapter.URL);
 429 }} else {
 430 var cap =  new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer (true, this.ap.alignFrame);
 431 cap.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.paste_pdb_file"));
 432 cap.setPDBImport (this.seq);
 433 var frame =  new awt2swing.Frame ();
 434 frame.add (cap);
 435 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (frame, jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.paste_pdb_file_for_sequence",  Clazz.newArray (-1, [this.seq.getName ()])), 400, 300);
 436 }});
 437 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit",
 438 ($fz = function () {
 439 this.groupMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.selection"));
 440 this.sequenceFeature.addActionListener (this);
 441 this.editGroupName.addActionListener (this);
 442 this.unGroupMenuItem.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.remove_group"));
 443 this.unGroupMenuItem.addActionListener (this);
 444 this.createGroupMenuItem.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.create_group"));
 445 this.createGroupMenuItem.addActionListener (this);
 446 this.nucleotideMenuItem.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.nucleotide"));
 447 this.nucleotideMenuItem.addActionListener (this);
 448 this.conservationMenuItem.addItemListener (this);
 449 this.abovePIDColour.addItemListener (this);
 450 this.colourMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.group_colour"));
 451 this.showBoxes.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.boxes"));
 452 this.showBoxes.setState (true);
 453 this.showBoxes.addItemListener (this);
 454 this.sequenceName.addActionListener (this);
 455 this.sequenceDetails.addActionListener (this);
 456 this.selSeqDetails.addActionListener (this);
 457 this.displayNonconserved.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_non_conversed"));
 458 this.displayNonconserved.setState (false);
 459 this.displayNonconserved.addItemListener (this);
 460 this.showText.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.text"));
 461 this.showText.addItemListener (this);
 462 this.showColourText.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.colour_text"));
 463 this.showColourText.addItemListener (this);
 464 this.outputmenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.out_to_textbox"));
 465 this.seqMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.sequence"));
 466 this.pdb.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.view_pdb_structure"));
 467 this.hideSeqs.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.hide_sequences"));
 468 this.repGroup.setLabel (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.represent_group_with",  Clazz.newArray (-1, [""])));
 469 this.revealAll.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.reveal_all"));
 470 this.revealSeq.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.reveal_sequences"));
 471 this.menu1.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.group") + ":");
 472 this.add (this.groupMenu);
 473 this.add (this.seqMenu);
 474 this.add (this.hideSeqs);
 475 this.add (this.revealSeq);
 476 this.add (this.revealAll);
 477 this.groupMenu.add (this.groupShowAnnotationsMenu);
 478 this.groupMenu.add (this.groupHideAnnotationsMenu);
 479 this.groupMenu.add (this.groupAddReferenceAnnotations);
 480 this.groupMenu.add (this.editMenu);
 481 this.groupMenu.add (this.outputmenu);
 482 this.groupMenu.add (this.sequenceFeature);
 483 this.groupMenu.add (this.createGroupMenuItem);
 484 this.groupMenu.add (this.unGroupMenuItem);
 485 this.groupMenu.add (this.menu1);
 486 this.colourMenu.add (this.noColourmenuItem);
 487 this.colourMenu.add (this.clustalColour);
 488 this.colourMenu.add (this.BLOSUM62Colour);
 489 this.colourMenu.add (this.PIDColour);
 490 this.colourMenu.add (this.zappoColour);
 491 this.colourMenu.add (this.taylorColour);
 492 this.colourMenu.add (this.hydrophobicityColour);
 493 this.colourMenu.add (this.helixColour);
 494 this.colourMenu.add (this.strandColour);
 495 this.colourMenu.add (this.turnColour);
 496 this.colourMenu.add (this.buriedColour);
 497 this.colourMenu.add (this.nucleotideMenuItem);
 498 this.colourMenu.add (this.userDefinedColour);
 499 this.colourMenu.addSeparator ();
 500 this.colourMenu.add (this.abovePIDColour);
 501 this.colourMenu.add (this.conservationMenuItem);
 502 this.noColourmenuItem.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.none"));
 503 this.noColourmenuItem.addActionListener (this);
 504 this.clustalColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.clustalx_colours"));
 505 this.clustalColour.addActionListener (this);
 506 this.zappoColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.zappo"));
 507 this.zappoColour.addActionListener (this);
 508 this.taylorColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.taylor"));
 509 this.taylorColour.addActionListener (this);
 510 this.hydrophobicityColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.hydrophobicity"));
 511 this.hydrophobicityColour.addActionListener (this);
 512 this.helixColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.helix_propensity"));
 513 this.helixColour.addActionListener (this);
 514 this.strandColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.strand_propensity"));
 515 this.strandColour.addActionListener (this);
 516 this.turnColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.turn_propensity"));
 517 this.turnColour.addActionListener (this);
 518 this.buriedColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.buried_index"));
 519 this.buriedColour.addActionListener (this);
 520 this.abovePIDColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.above_identity_percentage"));
 521 this.userDefinedColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.user_defined"));
 522 this.userDefinedColour.addActionListener (this);
 523 this.PIDColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.percentage_identity"));
 524 this.PIDColour.addActionListener (this);
 525 this.BLOSUM62Colour.setLabel ("BLOSUM62");
 526 this.BLOSUM62Colour.addActionListener (this);
 527 this.conservationMenuItem.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.conservation"));
 528 this.editMenu.add (this.copy);
 529 this.copy.addActionListener (this);
 530 this.editMenu.add (this.cut);
 531 this.cut.addActionListener (this);
 532 this.editMenu.add (this.editSequence);
 533 this.editSequence.addActionListener (this);
 534 this.editMenu.add (this.toUpper);
 535 this.toUpper.addActionListener (this);
 536 this.editMenu.add (this.toLower);
 537 this.toLower.addActionListener (this);
 538 this.editMenu.add (this.toggleCase);
 539 this.seqMenu.add (this.seqShowAnnotationsMenu);
 540 this.seqMenu.add (this.seqHideAnnotationsMenu);
 541 this.seqMenu.add (this.seqAddReferenceAnnotations);
 542 this.seqMenu.add (this.sequenceName);
 543 this.seqMenu.add (this.makeReferenceSeq);
 544 if (!this.ap.av.applet.useXtrnalSviewer) {
 545 this.seqMenu.add (this.pdb);
 546 }this.seqMenu.add (this.repGroup);
 547 this.menu1.add (this.editGroupName);
 548 this.menu1.add (this.colourMenu);
 549 this.menu1.add (this.showBoxes);
 550 this.menu1.add (this.showText);
 551 this.menu1.add (this.showColourText);
 552 this.menu1.add (this.displayNonconserved);
 553 this.toggleCase.addActionListener (this);
 554 this.pdb.addActionListener (this);
 555 this.hideSeqs.addActionListener (this);
 556 this.repGroup.addActionListener (this);
 557 this.revealAll.addActionListener (this);
 558 this.revealSeq.addActionListener (this);
 559 this.makeReferenceSeq.addActionListener (this);
 560 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 561 Clazz.defineMethod (c$, "refresh",
 562 function () {
 563 this.ap.paintAlignment (true);
 564 });
 565 Clazz.defineMethod (c$, "clustalColour_actionPerformed",
 566 function () {
 567 var sg = this.getGroup ();
 568 sg.cs =  new jalview.schemes.ClustalxColourScheme (sg, this.ap.av.getHiddenRepSequences ());
 569 this.refresh ();
 570 });
 571 Clazz.defineMethod (c$, "zappoColour_actionPerformed",
 572 function () {
 573 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.ZappoColourScheme ();
 574 this.refresh ();
 575 });
 576 Clazz.defineMethod (c$, "taylorColour_actionPerformed",
 577 function () {
 578 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.TaylorColourScheme ();
 579 this.refresh ();
 580 });
 581 Clazz.defineMethod (c$, "hydrophobicityColour_actionPerformed",
 582 function () {
 583 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.HydrophobicColourScheme ();
 584 this.refresh ();
 585 });
 586 Clazz.defineMethod (c$, "helixColour_actionPerformed",
 587 function () {
 588 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.HelixColourScheme ();
 589 this.refresh ();
 590 });
 591 Clazz.defineMethod (c$, "strandColour_actionPerformed",
 592 function () {
 593 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.StrandColourScheme ();
 594 this.refresh ();
 595 });
 596 Clazz.defineMethod (c$, "turnColour_actionPerformed",
 597 function () {
 598 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.TurnColourScheme ();
 599 this.refresh ();
 600 });
 601 Clazz.defineMethod (c$, "buriedColour_actionPerformed",
 602 function () {
 603 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.BuriedColourScheme ();
 604 this.refresh ();
 605 });
 606 Clazz.defineMethod (c$, "nucleotideMenuItem_actionPerformed",
 607 function () {
 608 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.NucleotideColourScheme ();
 609 this.refresh ();
 610 });
 611 Clazz.defineMethod (c$, "abovePIDColour_itemStateChanged",
 612 function () {
 613 var sg = this.getGroup ();
 614 if (sg.cs == null) {
 615 return;
 616 }if (this.abovePIDColour.getState ()) {
 617 sg.cs.setConsensus (jalview.analysis.AAFrequency.calculate (sg.getSequences (this.ap.av.getHiddenRepSequences ()), 0, this.ap.av.getAlignment ().getWidth ()));
 618 var threshold = jalview.appletgui.SliderPanel.setPIDSliderSource (this.ap, sg.cs, this.getGroup ().getName ());
 619 sg.cs.setThreshold (threshold, this.ap.av.isIgnoreGapsConsensus ());
 620 jalview.appletgui.SliderPanel.showPIDSlider ();
 621 } else {
 622 sg.cs.setThreshold (0, this.ap.av.isIgnoreGapsConsensus ());
 623 }this.refresh ();
 624 });
 625 Clazz.defineMethod (c$, "userDefinedColour_actionPerformed",
 626 function () {
 627  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this.ap, this.getGroup ());
 628 });
 629 Clazz.defineMethod (c$, "PIDColour_actionPerformed",
 630 function () {
 631 var sg = this.getGroup ();
 632 sg.cs =  new jalview.schemes.PIDColourScheme ();
 633 sg.cs.setConsensus (jalview.analysis.AAFrequency.calculate (sg.getSequences (this.ap.av.getHiddenRepSequences ()), 0, this.ap.av.getAlignment ().getWidth ()));
 634 this.refresh ();
 635 });
 636 Clazz.defineMethod (c$, "BLOSUM62Colour_actionPerformed",
 637 function () {
 638 var sg = this.getGroup ();
 639 sg.cs =  new jalview.schemes.Blosum62ColourScheme ();
 640 sg.cs.setConsensus (jalview.analysis.AAFrequency.calculate (sg.getSequences (this.ap.av.getHiddenRepSequences ()), 0, this.ap.av.getAlignment ().getWidth ()));
 641 this.refresh ();
 642 });
 643 Clazz.defineMethod (c$, "noColourmenuItem_actionPerformed",
 644 function () {
 645 this.getGroup ().cs = null;
 646 this.refresh ();
 647 });
 648 Clazz.defineMethod (c$, "conservationMenuItem_itemStateChanged",
 649 function () {
 650 var sg = this.getGroup ();
 651 if (sg.cs == null) {
 652 return;
 653 }if (this.conservationMenuItem.getState ()) {
 654 sg.cs.setConservation (jalview.analysis.Conservation.calculateConservation ("Group", jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences (this.ap.av.getHiddenRepSequences ()), 0, this.ap.av.getAlignment ().getWidth (), false, this.ap.av.getConsPercGaps (), false));
 655 jalview.appletgui.SliderPanel.setConservationSlider (this.ap, sg.cs, sg.getName ());
 656 jalview.appletgui.SliderPanel.showConservationSlider ();
 657 } else {
 658 sg.cs.setConservation (null);
 659 }this.refresh ();
 660 });
 661 Clazz.defineMethod (c$, "getGroup",
 662 function () {
 663 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();
 664 if (sg != null) {
 665 this.ap.av.getAlignment ().addGroup (sg);
 666 }return sg;
 667 });
 668 Clazz.defineMethod (c$, "unGroupMenuItem_actionPerformed",
 669 function () {
 670 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();
 671 this.ap.av.getAlignment ().deleteGroup (sg);
 672 this.ap.av.setSelectionGroup (null);
 673 this.ap.paintAlignment (true);
 674 });
 675 Clazz.defineMethod (c$, "createGroupMenuItem_actionPerformed",
 676 function () {
 677 this.getGroup ();
 678 this.refresh ();
 679 });
 680 Clazz.defineMethod (c$, "showColourText_itemStateChanged",
 681 function () {
 682 this.getGroup ().setColourText (this.showColourText.getState ());
 683 this.refresh ();
 684 });
 685 Clazz.defineMethod (c$, "showText_itemStateChanged",
 686 function () {
 687 this.getGroup ().setDisplayText (this.showText.getState ());
 688 this.refresh ();
 689 });
 690 Clazz.defineMethod (c$, "makeReferenceSeq_actionPerformed",
 691 function () {
 692 if (!this.ap.av.getAlignment ().hasSeqrep ()) {
 693 this.ap.av.setDisplayReferenceSeq (true);
 694 this.ap.av.setColourByReferenceSeq (true);
 695 this.ap.av.getAlignment ().setSeqrep (this.seq);
 696 } else {
 697 if (this.ap.av.getAlignment ().getSeqrep () === this.seq) {
 698 this.ap.av.getAlignment ().setSeqrep (null);
 699 } else {
 700 this.ap.av.getAlignment ().setSeqrep (this.seq);
 701 }}this.refresh ();
 702 });
 703 Clazz.defineMethod (c$, "showNonconserved_itemStateChanged",
 704 function () {
 705 this.getGroup ().setShowNonconserved (this.displayNonconserved.getState ());
 706 this.refresh ();
 707 });
 708 Clazz.defineMethod (c$, "showBoxes_itemStateChanged",
 709 function () {
 710 this.getGroup ().setDisplayBoxes (this.showBoxes.getState ());
 711 this.refresh ();
 712 });
 713 Clazz.defineMethod (c$, "hideSequences",
 714 function (representGroup) {
 715 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();
 716 if (sg == null || sg.getSize () < 1) {
 717 this.ap.av.hideSequence ( Clazz.newArray (-1, [this.seq]));
 718 return;
 719 }this.ap.av.setSelectionGroup (null);
 720 if (representGroup) {
 721 this.ap.av.hideRepSequences (this.seq, sg);
 722 return;
 723 }var gsize = sg.getSize ();
 724 var hseqs;
 725 hseqs =  new Array (gsize);
 726 var index = 0;
 727 for (var i = 0; i < gsize; i++) {
 728 hseqs[index++] = sg.getSequenceAt (i);
 729 }
 730 this.ap.av.hideSequence (hseqs);
 731 this.ap.av.sendSelection ();
 732 }, "~B");
 733 Clazz.defineMethod (c$, "buildAnnotationTypesMenus",
 734 function (showMenu, hideMenu, forSequences) {
 735 showMenu.removeAll ();
 736 hideMenu.removeAll ();
 737 var all = java.util.Arrays.asList (["All"]);
 738 this.addAnnotationTypeToShowHide (showMenu, forSequences, "", all, true, true);
 739 this.addAnnotationTypeToShowHide (hideMenu, forSequences, "", all, true, false);
 740 showMenu.addSeparator ();
 741 hideMenu.addSeparator ();
 742 var annotations = this.ap.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
 743 var shownTypes =  new java.util.LinkedHashMap ();
 744 var hiddenTypes =  new java.util.LinkedHashMap ();
 745 jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes (shownTypes, hiddenTypes, jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils.asList (annotations), forSequences);
 746 for (var calcId, $calcId = hiddenTypes.keySet ().iterator (); $calcId.hasNext () && ((calcId = $calcId.next ()) || true);) {
 747 for (var type, $type = hiddenTypes.get (calcId).iterator (); $type.hasNext () && ((type = $type.next ()) || true);) {
 748 this.addAnnotationTypeToShowHide (showMenu, forSequences, calcId, type, false, true);
 749 }
 750 }
 751 showMenu.setEnabled (!hiddenTypes.isEmpty ());
 752 for (var calcId, $calcId = shownTypes.keySet ().iterator (); $calcId.hasNext () && ((calcId = $calcId.next ()) || true);) {
 753 for (var type, $type = shownTypes.get (calcId).iterator (); $type.hasNext () && ((type = $type.next ()) || true);) {
 754 this.addAnnotationTypeToShowHide (hideMenu, forSequences, calcId, type, false, false);
 755 }
 756 }
 757 hideMenu.setEnabled (!shownTypes.isEmpty ());
 758 }, "awt2swing.Menu,awt2swing.Menu,java.util.List");
 759 Clazz.defineMethod (c$, "addAnnotationTypeToShowHide",
 760 function (showOrHideMenu, forSequences, calcId, types, allTypes, actionIsShow) {
 761 var label = types.toString ();
 762 label = label.substring (1, label.length - 1);
 763 var item =  new awt2swing.MenuItem (label);
 764 item.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.APopupMenu$3") ? 0 : jalview.appletgui.APopupMenu.$APopupMenu$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.APopupMenu$3, this, Clazz.cloneFinals ("types", types, "forSequences", forSequences, "allTypes", allTypes, "actionIsShow", actionIsShow))));
 765 showOrHideMenu.add (item);
 766 }, "awt2swing.Menu,java.util.List,~S,java.util.List,~B,~B");
 767 c$.$APopupMenu$1$ = function () {
 768 Clazz.pu$h ();
 769 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "APopupMenu$1", null, java.awt.event.ActionListener);
 770 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 771 function (e) {
 772 this.b$["jalview.appletgui.APopupMenu"].addReferenceAnnotations_actionPerformed (this.f$.candidates);
 773 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 774 c$ = Clazz.p0p ();
 775 };
 776 c$.$APopupMenu$2$ = function () {
 777 Clazz.pu$h ();
 778 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "APopupMenu$2", null, java.awt.event.ActionListener);
 779 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 780 function (e) {
 781 this.b$["jalview.appletgui.APopupMenu"].ap.alignFrame.showURL (this.f$.url, this.f$.target);
 782 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 783 c$ = Clazz.p0p ();
 784 };
 785 c$.$APopupMenu$3$ = function () {
 786 Clazz.pu$h ();
 787 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "APopupMenu$3", null, java.awt.event.ActionListener);
 788 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 789 function (e) {
 790 jalview.analysis.AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations (this.b$["jalview.appletgui.APopupMenu"].ap.getAlignment (), this.f$.types, this.f$.forSequences, this.f$.allTypes, this.f$.actionIsShow);
 791 this.b$["jalview.appletgui.APopupMenu"].refresh ();
 792 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 793 c$ = Clazz.p0p ();
 794 };
 795 Clazz.defineStatics (c$,
 796 "ALL_ANNOTATIONS", "All");
 797 });