bin/jalview/appletgui/APopupMenu.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.PopupMenu", "java.awt.event.ActionListener", "$.ItemListener", "awt2swing.CheckboxMenuItem", "$.Menu", "$.MenuItem", "jalview.util.MessageManager"], "jalview.appletgui.APopupMenu", ["awt2swing.Frame", "jalview.analysis.AAFrequency", "$.AlignmentAnnotationUtils", "$.AlignmentUtils", "$.Conservation", "jalview.appletgui.AppletJmol", "$.CutAndPasteTransfer", "$.EditNameDialog", "$.SliderPanel", "$.UserDefinedColours", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.commands.ChangeCaseCommand", "$.EditCommand", "jalview.datamodel.SequenceFeature", "jalview.io.AppletFormatAdapter", "$.SequenceAnnotationReport", "jalview.schemes.Blosum62ColourScheme", "$.BuriedColourScheme", "$.ClustalxColourScheme", "$.HelixColourScheme", "$.HydrophobicColourScheme", "$.NucleotideColourScheme", "$.PIDColourScheme", "$.ResidueProperties", "$.StrandColourScheme", "$.TaylorColourScheme", "$.TurnColourScheme", "$.ZappoColourScheme", "jalview.util.DBRefUtils", "$.UrlLink", "java.lang.StringBuffer", "$.StringBuilder", "java.util.Arrays", "$.Collections", "$.LinkedHashMap", "$.TreeMap"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.groupMenu = null;\r
   5 this.editGroupName = null;\r
   6 this.clustalColour = null;\r
   7 this.zappoColour = null;\r
   8 this.taylorColour = null;\r
   9 this.hydrophobicityColour = null;\r
  10 this.helixColour = null;\r
  11 this.strandColour = null;\r
  12 this.turnColour = null;\r
  13 this.buriedColour = null;\r
  14 this.abovePIDColour = null;\r
  15 this.userDefinedColour = null;\r
  16 this.PIDColour = null;\r
  17 this.BLOSUM62Colour = null;\r
  18 this.noColourmenuItem = null;\r
  19 this.conservationMenuItem = null;\r
  20 this.ap = null;\r
  21 this.unGroupMenuItem = null;\r
  22 this.createGroupMenuItem = null;\r
  23 this.nucleotideMenuItem = null;\r
  24 this.colourMenu = null;\r
  25 this.showBoxes = null;\r
  26 this.showText = null;\r
  27 this.showColourText = null;\r
  28 this.displayNonconserved = null;\r
  29 this.seqShowAnnotationsMenu = null;\r
  30 this.seqHideAnnotationsMenu = null;\r
  31 this.seqAddReferenceAnnotations = null;\r
  32 this.groupShowAnnotationsMenu = null;\r
  33 this.groupHideAnnotationsMenu = null;\r
  34 this.groupAddReferenceAnnotations = null;\r
  35 this.editMenu = null;\r
  36 this.copy = null;\r
  37 this.cut = null;\r
  38 this.toUpper = null;\r
  39 this.toLower = null;\r
  40 this.toggleCase = null;\r
  41 this.outputmenu = null;\r
  42 this.seqMenu = null;\r
  43 this.pdb = null;\r
  44 this.hideSeqs = null;\r
  45 this.repGroup = null;\r
  46 this.sequenceName = null;\r
  47 this.sequenceFeature = null;\r
  48 this.editSequence = null;\r
  49 this.sequenceDetails = null;\r
  50 this.selSeqDetails = null;\r
  51 this.makeReferenceSeq = null;\r
  52 this.seq = null;\r
  53 this.revealAll = null;\r
  54 this.revealSeq = null;\r
  55 this.revealSeq_index = -1;\r
  56 this.menu1 = null;\r
  57 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  58 }, jalview.appletgui, "APopupMenu", awt2swing.PopupMenu, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.ItemListener]);\r
  59 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  60 this.groupMenu =  new awt2swing.Menu ();\r
  61 this.editGroupName =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  62 this.clustalColour =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  63 this.zappoColour =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  64 this.taylorColour =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  65 this.hydrophobicityColour =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  66 this.helixColour =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  67 this.strandColour =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  68 this.turnColour =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  69 this.buriedColour =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  70 this.abovePIDColour =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();\r
  71 this.userDefinedColour =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  72 this.PIDColour =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  73 this.BLOSUM62Colour =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  74 this.noColourmenuItem =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  75 this.conservationMenuItem =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();\r
  76 this.unGroupMenuItem =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  77 this.createGroupMenuItem =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  78 this.nucleotideMenuItem =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  79 this.colourMenu =  new awt2swing.Menu ();\r
  80 this.showBoxes =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();\r
  81 this.showText =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();\r
  82 this.showColourText =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();\r
  83 this.displayNonconserved =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();\r
  84 this.seqShowAnnotationsMenu =  new awt2swing.Menu (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_annotations"));\r
  85 this.seqHideAnnotationsMenu =  new awt2swing.Menu (jalview.util.MessageManager.getString ("label.hide_annotations"));\r
  86 this.seqAddReferenceAnnotations =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.add_reference_annotations"));\r
  87 this.groupShowAnnotationsMenu =  new awt2swing.Menu (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_annotations"));\r
  88 this.groupHideAnnotationsMenu =  new awt2swing.Menu (jalview.util.MessageManager.getString ("label.hide_annotations"));\r
  89 this.groupAddReferenceAnnotations =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.add_reference_annotations"));\r
  90 this.editMenu =  new awt2swing.Menu (jalview.util.MessageManager.getString ("action.edit"));\r
  91 this.copy =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("action.copy"));\r
  92 this.cut =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("action.cut"));\r
  93 this.toUpper =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.to_upper_case"));\r
  94 this.toLower =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.to_lower_case"));\r
  95 this.toggleCase =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.toggle_case"));\r
  96 this.outputmenu =  new awt2swing.Menu ();\r
  97 this.seqMenu =  new awt2swing.Menu ();\r
  98 this.pdb =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  99 this.hideSeqs =  new awt2swing.MenuItem ();\r
 100 this.repGroup =  new awt2swing.MenuItem ();\r
 101 this.sequenceName =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.edit_name_description"));\r
 102 this.sequenceFeature =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.create_sequence_feature"));\r
 103 this.editSequence =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.edit_sequence"));\r
 104 this.sequenceDetails =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.sequence_details") + "...");\r
 105 this.selSeqDetails =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.sequence_details") + "...");\r
 106 this.makeReferenceSeq =  new awt2swing.MenuItem ();\r
 107 this.revealAll =  new awt2swing.MenuItem ();\r
 108 this.revealSeq =  new awt2swing.MenuItem ();\r
 109 this.menu1 =  new awt2swing.Menu ();\r
 110 });\r
 111 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 112 function (apanel, seq, links) {\r
 113 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.APopupMenu, []);\r
 114 this.ap = apanel;\r
 115 this.seq = seq;\r
 116 try {\r
 117 this.jbInit ();\r
 118 } catch (e) {\r
 119 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 120 e.printStackTrace ();\r
 121 } else {\r
 122 throw e;\r
 123 }\r
 124 }\r
 125 for (var i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++) {\r
 126 var item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
 127 item.addActionListener (this);\r
 128 this.outputmenu.add (item);\r
 129 }\r
 130 this.buildAnnotationSubmenus ();\r
 131 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();\r
 132 if (sg != null && sg.getSize () > 0) {\r
 133 this.editGroupName.setLabel (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.name_param",  Clazz.newArray (-1, [sg.getName ()])));\r
 134 this.showText.setState (sg.getDisplayText ());\r
 135 this.showColourText.setState (sg.getColourText ());\r
 136 this.showBoxes.setState (sg.getDisplayBoxes ());\r
 137 this.displayNonconserved.setState (sg.getShowNonconserved ());\r
 138 if (!this.ap.av.getAlignment ().getGroups ().contains (sg)) {\r
 139 this.menu1.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.edit_new_group"));\r
 140 this.groupMenu.remove (this.unGroupMenuItem);\r
 141 } else {\r
 142 this.menu1.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.edit_group"));\r
 143 this.groupMenu.remove (this.createGroupMenuItem);\r
 144 }} else {\r
 145 this.remove (this.hideSeqs);\r
 146 this.remove (this.groupMenu);\r
 147 }if (links != null && links.size () > 0) {\r
 148 var linkMenu =  new awt2swing.Menu (jalview.util.MessageManager.getString ("action.link"));\r
 149 for (var i = 0; i < links.size (); i++) {\r
 150 var link = links.elementAt (i);\r
 151 var urlLink =  new jalview.util.UrlLink (link);\r
 152 if (!urlLink.isValid ()) {\r
 153 System.err.println (urlLink.getInvalidMessage ());\r
 154 continue;\r
 155 }var target = urlLink.getTarget ();\r
 156 var label = urlLink.getLabel ();\r
 157 if (seq != null && urlLink.isDynamic ()) {\r
 158 var dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs (seq.getDBRef (),  Clazz.newArray (-1, [target]));\r
 159 var id = seq.getName ();\r
 160 var descr = seq.getDescription ();\r
 161 if (descr != null && descr.length < 1) {\r
 162 descr = null;\r
 163 }if (dbr != null) {\r
 164 for (var r = 0; r < dbr.length; r++) {\r
 165 if (id != null && dbr[r].getAccessionId ().equals (id)) {\r
 166 id = null;\r
 167 }var urls = urlLink.makeUrls (dbr[r].getAccessionId (), true);\r
 168 if (urls != null) {\r
 169 for (var u = 0; u < urls.length; u += 2) {\r
 170 this.addshowLink (linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);\r
 171 }\r
 172 }}\r
 173 }if (id != null) {\r
 174 var urls = urlLink.makeUrls (id, true);\r
 175 if (urls != null) {\r
 176 for (var u = 0; u < urls.length; u += 2) {\r
 177 this.addshowLink (linkMenu, label, urls[u + 1]);\r
 178 }\r
 179 }}if (descr != null && urlLink.getRegexReplace () != null) {\r
 180 var urls = urlLink.makeUrls (descr, true);\r
 181 if (urls != null) {\r
 182 for (var u = 0; u < urls.length; u += 2) {\r
 183 this.addshowLink (linkMenu, label, urls[u + 1]);\r
 184 }\r
 185 }}} else {\r
 186 this.addshowLink (linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix ());\r
 187 }}\r
 188 if (linkMenu.getItemCount () > 0) {\r
 189 if (seq != null) {\r
 190 this.seqMenu.add (linkMenu);\r
 191 } else {\r
 192 this.add (linkMenu);\r
 193 }}}if (seq != null) {\r
 194 this.seqMenu.setLabel (seq.getName ());\r
 195 if (seq === this.ap.av.getAlignment ().getSeqrep ()) {\r
 196 this.makeReferenceSeq.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.unmark_as_reference"));\r
 197 } else {\r
 198 this.makeReferenceSeq.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.set_as_reference"));\r
 199 }this.repGroup.setLabel (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.represent_group_with",  Clazz.newArray (-1, [seq.getName ()])));\r
 200 } else {\r
 201 this.remove (this.seqMenu);\r
 202 }if (!this.ap.av.hasHiddenRows ()) {\r
 203 this.remove (this.revealAll);\r
 204 this.remove (this.revealSeq);\r
 205 } else {\r
 206 var index = this.ap.av.getAlignment ().findIndex (seq);\r
 207 if (this.ap.av.adjustForHiddenSeqs (index) - this.ap.av.adjustForHiddenSeqs (index - 1) > 1) {\r
 208 this.revealSeq_index = index;\r
 209 } else {\r
 210 this.remove (this.revealSeq);\r
 211 }}}, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,jalview.datamodel.SequenceI,java.util.Vector");\r
 212 Clazz.defineMethod (c$, "buildAnnotationSubmenus", \r
 213 ($fz = function () {\r
 214 var selectedSequence = (this.seq == null ? java.util.Collections.emptyList () : java.util.Arrays.asList ([this.seq]));\r
 215 this.buildAnnotationTypesMenus (this.seqShowAnnotationsMenu, this.seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);\r
 216 this.configureReferenceAnnotationsMenu (this.seqAddReferenceAnnotations, selectedSequence);\r
 217 var selectedGroup = (this.ap.av.getSelectionGroup () == null ? java.util.Collections.emptyList () : this.ap.av.getSelectionGroup ().getSequences ());\r
 218 this.buildAnnotationTypesMenus (this.groupShowAnnotationsMenu, this.groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);\r
 219 this.configureReferenceAnnotationsMenu (this.groupAddReferenceAnnotations, selectedGroup);\r
 220 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 221 Clazz.defineMethod (c$, "configureReferenceAnnotationsMenu", \r
 222 ($fz = function (menuItem, forSequences) {\r
 223 menuItem.setEnabled (false);\r
 224 var tipEntries =  new java.util.TreeMap ();\r
 225 var candidates =  new java.util.LinkedHashMap ();\r
 226 var al = this.ap.av.getAlignment ();\r
 227 jalview.analysis.AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations (forSequences, tipEntries, candidates, al);\r
 228 if (!candidates.isEmpty ()) {\r
 229 var tooltip =  new StringBuilder (64);\r
 230 tooltip.append (jalview.util.MessageManager.getString ("label.add_annotations_for"));\r
 231 menuItem.setEnabled (true);\r
 232 menuItem.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.APopupMenu$1") ? 0 : jalview.appletgui.APopupMenu.$APopupMenu$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.APopupMenu$1, this, Clazz.cloneFinals ("candidates", candidates))));\r
 233 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "awt2swing.MenuItem,java.util.List");\r
 234 Clazz.defineMethod (c$, "addReferenceAnnotations_actionPerformed", \r
 235 function (candidates) {\r
 236 var selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup ();\r
 237 var alignment = this.ap.getAlignment ();\r
 238 jalview.analysis.AlignmentUtils.addReferenceAnnotations (candidates, alignment, selectionGroup);\r
 239 this.refresh ();\r
 240 }, "java.util.Map");\r
 241 Clazz.defineMethod (c$, "addshowLink", \r
 242 ($fz = function (linkMenu, target, url) {\r
 243 this.addshowLink (linkMenu, target, target, url);\r
 244 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "awt2swing.Menu,~S,~S");\r
 245 Clazz.defineMethod (c$, "addshowLink", \r
 246 ($fz = function (linkMenu, target, label, url) {\r
 247 var item =  new awt2swing.MenuItem (label);\r
 248 item.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.APopupMenu$2") ? 0 : jalview.appletgui.APopupMenu.$APopupMenu$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.APopupMenu$2, this, Clazz.cloneFinals ("url", url, "target", target))));\r
 249 linkMenu.add (item);\r
 250 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "awt2swing.Menu,~S,~S,~S");\r
 251 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 252 function (evt) {\r
 253 if (evt.getSource () === this.abovePIDColour) {\r
 254 this.abovePIDColour_itemStateChanged ();\r
 255 } else if (evt.getSource () === this.showColourText) {\r
 256 this.showColourText_itemStateChanged ();\r
 257 } else if (evt.getSource () === this.showText) {\r
 258 this.showText_itemStateChanged ();\r
 259 } else if (evt.getSource () === this.showBoxes) {\r
 260 this.showBoxes_itemStateChanged ();\r
 261 } else if (evt.getSource () === this.displayNonconserved) {\r
 262 this.showNonconserved_itemStateChanged ();\r
 263 }}, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 264 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 265 function (evt) {\r
 266 var source = evt.getSource ();\r
 267 if (source === this.clustalColour) {\r
 268 this.clustalColour_actionPerformed ();\r
 269 } else if (source === this.zappoColour) {\r
 270 this.zappoColour_actionPerformed ();\r
 271 } else if (source === this.taylorColour) {\r
 272 this.taylorColour_actionPerformed ();\r
 273 } else if (source === this.hydrophobicityColour) {\r
 274 this.hydrophobicityColour_actionPerformed ();\r
 275 } else if (source === this.helixColour) {\r
 276 this.helixColour_actionPerformed ();\r
 277 } else if (source === this.strandColour) {\r
 278 this.strandColour_actionPerformed ();\r
 279 } else if (source === this.turnColour) {\r
 280 this.turnColour_actionPerformed ();\r
 281 } else if (source === this.buriedColour) {\r
 282 this.buriedColour_actionPerformed ();\r
 283 } else if (source === this.nucleotideMenuItem) {\r
 284 this.nucleotideMenuItem_actionPerformed ();\r
 285 } else if (source === this.userDefinedColour) {\r
 286 this.userDefinedColour_actionPerformed ();\r
 287 } else if (source === this.PIDColour) {\r
 288 this.PIDColour_actionPerformed ();\r
 289 } else if (source === this.BLOSUM62Colour) {\r
 290 this.BLOSUM62Colour_actionPerformed ();\r
 291 } else if (source === this.noColourmenuItem) {\r
 292 this.noColourmenuItem_actionPerformed ();\r
 293 } else if (source === this.conservationMenuItem) {\r
 294 this.conservationMenuItem_itemStateChanged ();\r
 295 } else if (source === this.unGroupMenuItem) {\r
 296 this.unGroupMenuItem_actionPerformed ();\r
 297 } else if (source === this.createGroupMenuItem) {\r
 298 this.createGroupMenuItem_actionPerformed ();\r
 299 } else if (source === this.sequenceName) {\r
 300 this.editName ();\r
 301 } else if (source === this.makeReferenceSeq) {\r
 302 this.makeReferenceSeq_actionPerformed ();\r
 303 } else if (source === this.sequenceDetails) {\r
 304 this.showSequenceDetails ();\r
 305 } else if (source === this.selSeqDetails) {\r
 306 this.showSequenceSelectionDetails ();\r
 307 } else if (source === this.pdb) {\r
 308 this.addPDB ();\r
 309 } else if (source === this.hideSeqs) {\r
 310 this.hideSequences (false);\r
 311 } else if (source === this.repGroup) {\r
 312 this.hideSequences (true);\r
 313 } else if (source === this.revealSeq) {\r
 314 this.ap.av.showSequence (this.revealSeq_index);\r
 315 } else if (source === this.revealAll) {\r
 316 this.ap.av.showAllHiddenSeqs ();\r
 317 } else if (source === this.editGroupName) {\r
 318 var dialog =  new jalview.appletgui.EditNameDialog (this.getGroup ().getName (), this.getGroup ().getDescription (), "       Group Name", "Group Description", this.ap.alignFrame, "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);\r
 319 if (dialog.accept) {\r
 320 this.getGroup ().setName (dialog.getName ().$replace (' ', '_'));\r
 321 this.getGroup ().setDescription (dialog.getDescription ());\r
 322 }} else if (source === this.copy) {\r
 323 this.ap.alignFrame.copy_actionPerformed ();\r
 324 } else if (source === this.cut) {\r
 325 this.ap.alignFrame.cut_actionPerformed ();\r
 326 } else if (source === this.editSequence) {\r
 327 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();\r
 328 if (sg != null) {\r
 329 if (this.seq == null) {\r
 330 this.seq = sg.getSequenceAt (0);\r
 331 }var dialog =  new jalview.appletgui.EditNameDialog (this.seq.getSequenceAsString (sg.getStartRes (), sg.getEndRes () + 1), null, "Edit Sequence ", null, this.ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);\r
 332 if (dialog.accept) {\r
 333 var editCommand =  new jalview.commands.EditCommand (jalview.util.MessageManager.getString ("label.edit_sequences"), jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE, dialog.getName ().$replace (' ', this.ap.av.getGapCharacter ()), sg.getSequencesAsArray (this.ap.av.getHiddenRepSequences ()), sg.getStartRes (), sg.getEndRes () + 1, this.ap.av.getAlignment ());\r
 334 this.ap.alignFrame.addHistoryItem (editCommand);\r
 335 this.ap.av.firePropertyChange ("alignment", null, this.ap.av.getAlignment ().getSequences ());\r
 336 }}} else if (source === this.toUpper || source === this.toLower || source === this.toggleCase) {\r
 337 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();\r
 338 if (sg != null) {\r
 339 var startEnd = this.ap.av.getVisibleRegionBoundaries (sg.getStartRes (), sg.getEndRes () + 1);\r
 340 var description;\r
 341 var caseChange;\r
 342 if (source === this.toggleCase) {\r
 343 description = "Toggle Case";\r
 344 caseChange = jalview.commands.ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
 345 } else if (source === this.toUpper) {\r
 346 description = "To Upper Case";\r
 347 caseChange = jalview.commands.ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
 348 } else {\r
 349 description = "To Lower Case";\r
 350 caseChange = jalview.commands.ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
 351 }var caseCommand =  new jalview.commands.ChangeCaseCommand (description, sg.getSequencesAsArray (this.ap.av.getHiddenRepSequences ()), startEnd, caseChange);\r
 352 this.ap.alignFrame.addHistoryItem (caseCommand);\r
 353 this.ap.av.firePropertyChange ("alignment", null, this.ap.av.getAlignment ().getSequences ());\r
 354 }} else if (source === this.sequenceFeature) {\r
 355 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();\r
 356 if (sg == null) {\r
 357 return;\r
 358 }var rsize = 0;\r
 359 var gSize = sg.getSize ();\r
 360 var rseqs;\r
 361 var seqs =  new Array (gSize);\r
 362 var tfeatures;\r
 363 var features =  new Array (gSize);\r
 364 for (var i = 0; i < gSize; i++) {\r
 365 var start = sg.getSequenceAt (i).findPosition (sg.getStartRes ());\r
 366 var end = sg.findEndRes (sg.getSequenceAt (i));\r
 367 if (start <= end) {\r
 368 seqs[rsize] = sg.getSequenceAt (i);\r
 369 features[rsize] =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (null, null, null, start, end, "Jalview");\r
 370 rsize++;\r
 371 }}\r
 372 rseqs =  new Array (rsize);\r
 373 tfeatures =  new Array (rsize);\r
 374 System.arraycopy (seqs, 0, rseqs, 0, rsize);\r
 375 System.arraycopy (features, 0, tfeatures, 0, rsize);\r
 376 features = tfeatures;\r
 377 seqs = rseqs;\r
 378 if (this.ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer ().amendFeatures (seqs, features, true, this.ap)) {\r
 379 this.ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState (true);\r
 380 this.ap.av.setShowSequenceFeatures (true);\r
 381 ;this.ap.highlightSearchResults (null);\r
 382 }} else {\r
 383 this.outputText (evt);\r
 384 }}, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 385 Clazz.defineMethod (c$, "outputText", \r
 386 function (e) {\r
 387 var cap =  new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer (true, this.ap.alignFrame);\r
 388 var frame =  new awt2swing.Frame ();\r
 389 frame.add (cap);\r
 390 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (frame, jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.selection_output_command",  Clazz.newArray (-1, [e.getActionCommand ()])), 600, 500);\r
 391 cap.setText ( new jalview.io.AppletFormatAdapter ().formatSequences (e.getActionCommand (), this.ap.av.getShowJVSuffix (), this.ap, true));\r
 392 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 393 Clazz.defineMethod (c$, "showSequenceSelectionDetails", \r
 394 function () {\r
 395 this.createSequenceDetailsReport (this.ap.av.getSequenceSelection ());\r
 396 });\r
 397 Clazz.defineMethod (c$, "showSequenceDetails", \r
 398 function () {\r
 399 this.createSequenceDetailsReport ( Clazz.newArray (-1, [this.seq]));\r
 400 });\r
 401 Clazz.defineMethod (c$, "createSequenceDetailsReport", \r
 402 function (sequences) {\r
 403 var cap =  new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer (false, this.ap.alignFrame);\r
 404 var contents =  new StringBuffer ();\r
 405 for (var seq, $seq = 0, $$seq = sequences; $seq < $$seq.length && ((seq = $$seq[$seq]) || true); $seq++) {\r
 406 contents.append (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.annotation_for_displayid",  Clazz.newArray (-1, [seq.getDisplayId (true)])));\r
 407  new jalview.io.SequenceAnnotationReport (null).createSequenceAnnotationReport (contents, seq, true, true, false, (this.ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? this.ap.seqPanel.seqCanvas.fr.getMinMax () : null);\r
 408 contents.append ("</p>");\r
 409 }\r
 410 var frame =  new awt2swing.Frame ();\r
 411 frame.add (cap);\r
 412 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (frame, "Sequence Details for " + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId (true) : "Selection"), 600, 500);\r
 413 cap.setText (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.html_content",  Clazz.newArray (-1, [contents.toString ()])));\r
 414 }, "~A");\r
 415 Clazz.defineMethod (c$, "editName", \r
 416 function () {\r
 417 var dialog =  new jalview.appletgui.EditNameDialog (this.seq.getName (), this.seq.getDescription (), "       Sequence Name", "Sequence Description", this.ap.alignFrame, "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);\r
 418 if (dialog.accept) {\r
 419 this.seq.setName (dialog.getName ());\r
 420 this.seq.setDescription (dialog.getDescription ());\r
 421 this.ap.paintAlignment (false);\r
 422 }});\r
 423 Clazz.defineMethod (c$, "addPDB", \r
 424 function () {\r
 425 if (this.seq.getPDBId () != null) {\r
 426 var entry = this.seq.getPDBId ().firstElement ();\r
 427 if (this.ap.av.applet.jmolAvailable) {\r
 428  new jalview.appletgui.AppletJmol (entry,  Clazz.newArray (-1, [this.seq]), null, this.ap, jalview.io.AppletFormatAdapter.URL);\r
 429 }} else {\r
 430 var cap =  new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer (true, this.ap.alignFrame);\r
 431 cap.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.paste_pdb_file"));\r
 432 cap.setPDBImport (this.seq);\r
 433 var frame =  new awt2swing.Frame ();\r
 434 frame.add (cap);\r
 435 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (frame, jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.paste_pdb_file_for_sequence",  Clazz.newArray (-1, [this.seq.getName ()])), 400, 300);\r
 436 }});\r
 437 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit", \r
 438 ($fz = function () {\r
 439 this.groupMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.selection"));\r
 440 this.sequenceFeature.addActionListener (this);\r
 441 this.editGroupName.addActionListener (this);\r
 442 this.unGroupMenuItem.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.remove_group"));\r
 443 this.unGroupMenuItem.addActionListener (this);\r
 444 this.createGroupMenuItem.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.create_group"));\r
 445 this.createGroupMenuItem.addActionListener (this);\r
 446 this.nucleotideMenuItem.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.nucleotide"));\r
 447 this.nucleotideMenuItem.addActionListener (this);\r
 448 this.conservationMenuItem.addItemListener (this);\r
 449 this.abovePIDColour.addItemListener (this);\r
 450 this.colourMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.group_colour"));\r
 451 this.showBoxes.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.boxes"));\r
 452 this.showBoxes.setState (true);\r
 453 this.showBoxes.addItemListener (this);\r
 454 this.sequenceName.addActionListener (this);\r
 455 this.sequenceDetails.addActionListener (this);\r
 456 this.selSeqDetails.addActionListener (this);\r
 457 this.displayNonconserved.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_non_conversed"));\r
 458 this.displayNonconserved.setState (false);\r
 459 this.displayNonconserved.addItemListener (this);\r
 460 this.showText.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.text"));\r
 461 this.showText.addItemListener (this);\r
 462 this.showColourText.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.colour_text"));\r
 463 this.showColourText.addItemListener (this);\r
 464 this.outputmenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.out_to_textbox"));\r
 465 this.seqMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.sequence"));\r
 466 this.pdb.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.view_pdb_structure"));\r
 467 this.hideSeqs.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.hide_sequences"));\r
 468 this.repGroup.setLabel (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.represent_group_with",  Clazz.newArray (-1, [""])));\r
 469 this.revealAll.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.reveal_all"));\r
 470 this.revealSeq.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.reveal_sequences"));\r
 471 this.menu1.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.group") + ":");\r
 472 this.add (this.groupMenu);\r
 473 this.add (this.seqMenu);\r
 474 this.add (this.hideSeqs);\r
 475 this.add (this.revealSeq);\r
 476 this.add (this.revealAll);\r
 477 this.groupMenu.add (this.groupShowAnnotationsMenu);\r
 478 this.groupMenu.add (this.groupHideAnnotationsMenu);\r
 479 this.groupMenu.add (this.groupAddReferenceAnnotations);\r
 480 this.groupMenu.add (this.editMenu);\r
 481 this.groupMenu.add (this.outputmenu);\r
 482 this.groupMenu.add (this.sequenceFeature);\r
 483 this.groupMenu.add (this.createGroupMenuItem);\r
 484 this.groupMenu.add (this.unGroupMenuItem);\r
 485 this.groupMenu.add (this.menu1);\r
 486 this.colourMenu.add (this.noColourmenuItem);\r
 487 this.colourMenu.add (this.clustalColour);\r
 488 this.colourMenu.add (this.BLOSUM62Colour);\r
 489 this.colourMenu.add (this.PIDColour);\r
 490 this.colourMenu.add (this.zappoColour);\r
 491 this.colourMenu.add (this.taylorColour);\r
 492 this.colourMenu.add (this.hydrophobicityColour);\r
 493 this.colourMenu.add (this.helixColour);\r
 494 this.colourMenu.add (this.strandColour);\r
 495 this.colourMenu.add (this.turnColour);\r
 496 this.colourMenu.add (this.buriedColour);\r
 497 this.colourMenu.add (this.nucleotideMenuItem);\r
 498 this.colourMenu.add (this.userDefinedColour);\r
 499 this.colourMenu.addSeparator ();\r
 500 this.colourMenu.add (this.abovePIDColour);\r
 501 this.colourMenu.add (this.conservationMenuItem);\r
 502 this.noColourmenuItem.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.none"));\r
 503 this.noColourmenuItem.addActionListener (this);\r
 504 this.clustalColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.clustalx_colours"));\r
 505 this.clustalColour.addActionListener (this);\r
 506 this.zappoColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.zappo"));\r
 507 this.zappoColour.addActionListener (this);\r
 508 this.taylorColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.taylor"));\r
 509 this.taylorColour.addActionListener (this);\r
 510 this.hydrophobicityColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.hydrophobicity"));\r
 511 this.hydrophobicityColour.addActionListener (this);\r
 512 this.helixColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.helix_propensity"));\r
 513 this.helixColour.addActionListener (this);\r
 514 this.strandColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.strand_propensity"));\r
 515 this.strandColour.addActionListener (this);\r
 516 this.turnColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.turn_propensity"));\r
 517 this.turnColour.addActionListener (this);\r
 518 this.buriedColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.buried_index"));\r
 519 this.buriedColour.addActionListener (this);\r
 520 this.abovePIDColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.above_identity_percentage"));\r
 521 this.userDefinedColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.user_defined"));\r
 522 this.userDefinedColour.addActionListener (this);\r
 523 this.PIDColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.percentage_identity"));\r
 524 this.PIDColour.addActionListener (this);\r
 525 this.BLOSUM62Colour.setLabel ("BLOSUM62");\r
 526 this.BLOSUM62Colour.addActionListener (this);\r
 527 this.conservationMenuItem.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.conservation"));\r
 528 this.editMenu.add (this.copy);\r
 529 this.copy.addActionListener (this);\r
 530 this.editMenu.add (this.cut);\r
 531 this.cut.addActionListener (this);\r
 532 this.editMenu.add (this.editSequence);\r
 533 this.editSequence.addActionListener (this);\r
 534 this.editMenu.add (this.toUpper);\r
 535 this.toUpper.addActionListener (this);\r
 536 this.editMenu.add (this.toLower);\r
 537 this.toLower.addActionListener (this);\r
 538 this.editMenu.add (this.toggleCase);\r
 539 this.seqMenu.add (this.seqShowAnnotationsMenu);\r
 540 this.seqMenu.add (this.seqHideAnnotationsMenu);\r
 541 this.seqMenu.add (this.seqAddReferenceAnnotations);\r
 542 this.seqMenu.add (this.sequenceName);\r
 543 this.seqMenu.add (this.makeReferenceSeq);\r
 544 if (!this.ap.av.applet.useXtrnalSviewer) {\r
 545 this.seqMenu.add (this.pdb);\r
 546 }this.seqMenu.add (this.repGroup);\r
 547 this.menu1.add (this.editGroupName);\r
 548 this.menu1.add (this.colourMenu);\r
 549 this.menu1.add (this.showBoxes);\r
 550 this.menu1.add (this.showText);\r
 551 this.menu1.add (this.showColourText);\r
 552 this.menu1.add (this.displayNonconserved);\r
 553 this.toggleCase.addActionListener (this);\r
 554 this.pdb.addActionListener (this);\r
 555 this.hideSeqs.addActionListener (this);\r
 556 this.repGroup.addActionListener (this);\r
 557 this.revealAll.addActionListener (this);\r
 558 this.revealSeq.addActionListener (this);\r
 559 this.makeReferenceSeq.addActionListener (this);\r
 560 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 561 Clazz.defineMethod (c$, "refresh", \r
 562 function () {\r
 563 this.ap.paintAlignment (true);\r
 564 });\r
 565 Clazz.defineMethod (c$, "clustalColour_actionPerformed", \r
 566 function () {\r
 567 var sg = this.getGroup ();\r
 568 sg.cs =  new jalview.schemes.ClustalxColourScheme (sg, this.ap.av.getHiddenRepSequences ());\r
 569 this.refresh ();\r
 570 });\r
 571 Clazz.defineMethod (c$, "zappoColour_actionPerformed", \r
 572 function () {\r
 573 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.ZappoColourScheme ();\r
 574 this.refresh ();\r
 575 });\r
 576 Clazz.defineMethod (c$, "taylorColour_actionPerformed", \r
 577 function () {\r
 578 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.TaylorColourScheme ();\r
 579 this.refresh ();\r
 580 });\r
 581 Clazz.defineMethod (c$, "hydrophobicityColour_actionPerformed", \r
 582 function () {\r
 583 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.HydrophobicColourScheme ();\r
 584 this.refresh ();\r
 585 });\r
 586 Clazz.defineMethod (c$, "helixColour_actionPerformed", \r
 587 function () {\r
 588 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.HelixColourScheme ();\r
 589 this.refresh ();\r
 590 });\r
 591 Clazz.defineMethod (c$, "strandColour_actionPerformed", \r
 592 function () {\r
 593 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.StrandColourScheme ();\r
 594 this.refresh ();\r
 595 });\r
 596 Clazz.defineMethod (c$, "turnColour_actionPerformed", \r
 597 function () {\r
 598 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.TurnColourScheme ();\r
 599 this.refresh ();\r
 600 });\r
 601 Clazz.defineMethod (c$, "buriedColour_actionPerformed", \r
 602 function () {\r
 603 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.BuriedColourScheme ();\r
 604 this.refresh ();\r
 605 });\r
 606 Clazz.defineMethod (c$, "nucleotideMenuItem_actionPerformed", \r
 607 function () {\r
 608 this.getGroup ().cs =  new jalview.schemes.NucleotideColourScheme ();\r
 609 this.refresh ();\r
 610 });\r
 611 Clazz.defineMethod (c$, "abovePIDColour_itemStateChanged", \r
 612 function () {\r
 613 var sg = this.getGroup ();\r
 614 if (sg.cs == null) {\r
 615 return;\r
 616 }if (this.abovePIDColour.getState ()) {\r
 617 sg.cs.setConsensus (jalview.analysis.AAFrequency.calculate (sg.getSequences (this.ap.av.getHiddenRepSequences ()), 0, this.ap.av.getAlignment ().getWidth ()));\r
 618 var threshold = jalview.appletgui.SliderPanel.setPIDSliderSource (this.ap, sg.cs, this.getGroup ().getName ());\r
 619 sg.cs.setThreshold (threshold, this.ap.av.isIgnoreGapsConsensus ());\r
 620 jalview.appletgui.SliderPanel.showPIDSlider ();\r
 621 } else {\r
 622 sg.cs.setThreshold (0, this.ap.av.isIgnoreGapsConsensus ());\r
 623 }this.refresh ();\r
 624 });\r
 625 Clazz.defineMethod (c$, "userDefinedColour_actionPerformed", \r
 626 function () {\r
 627  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this.ap, this.getGroup ());\r
 628 });\r
 629 Clazz.defineMethod (c$, "PIDColour_actionPerformed", \r
 630 function () {\r
 631 var sg = this.getGroup ();\r
 632 sg.cs =  new jalview.schemes.PIDColourScheme ();\r
 633 sg.cs.setConsensus (jalview.analysis.AAFrequency.calculate (sg.getSequences (this.ap.av.getHiddenRepSequences ()), 0, this.ap.av.getAlignment ().getWidth ()));\r
 634 this.refresh ();\r
 635 });\r
 636 Clazz.defineMethod (c$, "BLOSUM62Colour_actionPerformed", \r
 637 function () {\r
 638 var sg = this.getGroup ();\r
 639 sg.cs =  new jalview.schemes.Blosum62ColourScheme ();\r
 640 sg.cs.setConsensus (jalview.analysis.AAFrequency.calculate (sg.getSequences (this.ap.av.getHiddenRepSequences ()), 0, this.ap.av.getAlignment ().getWidth ()));\r
 641 this.refresh ();\r
 642 });\r
 643 Clazz.defineMethod (c$, "noColourmenuItem_actionPerformed", \r
 644 function () {\r
 645 this.getGroup ().cs = null;\r
 646 this.refresh ();\r
 647 });\r
 648 Clazz.defineMethod (c$, "conservationMenuItem_itemStateChanged", \r
 649 function () {\r
 650 var sg = this.getGroup ();\r
 651 if (sg.cs == null) {\r
 652 return;\r
 653 }if (this.conservationMenuItem.getState ()) {\r
 654 sg.cs.setConservation (jalview.analysis.Conservation.calculateConservation ("Group", jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences (this.ap.av.getHiddenRepSequences ()), 0, this.ap.av.getAlignment ().getWidth (), false, this.ap.av.getConsPercGaps (), false));\r
 655 jalview.appletgui.SliderPanel.setConservationSlider (this.ap, sg.cs, sg.getName ());\r
 656 jalview.appletgui.SliderPanel.showConservationSlider ();\r
 657 } else {\r
 658 sg.cs.setConservation (null);\r
 659 }this.refresh ();\r
 660 });\r
 661 Clazz.defineMethod (c$, "getGroup", \r
 662 function () {\r
 663 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();\r
 664 if (sg != null) {\r
 665 this.ap.av.getAlignment ().addGroup (sg);\r
 666 }return sg;\r
 667 });\r
 668 Clazz.defineMethod (c$, "unGroupMenuItem_actionPerformed", \r
 669 function () {\r
 670 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();\r
 671 this.ap.av.getAlignment ().deleteGroup (sg);\r
 672 this.ap.av.setSelectionGroup (null);\r
 673 this.ap.paintAlignment (true);\r
 674 });\r
 675 Clazz.defineMethod (c$, "createGroupMenuItem_actionPerformed", \r
 676 function () {\r
 677 this.getGroup ();\r
 678 this.refresh ();\r
 679 });\r
 680 Clazz.defineMethod (c$, "showColourText_itemStateChanged", \r
 681 function () {\r
 682 this.getGroup ().setColourText (this.showColourText.getState ());\r
 683 this.refresh ();\r
 684 });\r
 685 Clazz.defineMethod (c$, "showText_itemStateChanged", \r
 686 function () {\r
 687 this.getGroup ().setDisplayText (this.showText.getState ());\r
 688 this.refresh ();\r
 689 });\r
 690 Clazz.defineMethod (c$, "makeReferenceSeq_actionPerformed", \r
 691 function () {\r
 692 if (!this.ap.av.getAlignment ().hasSeqrep ()) {\r
 693 this.ap.av.setDisplayReferenceSeq (true);\r
 694 this.ap.av.setColourByReferenceSeq (true);\r
 695 this.ap.av.getAlignment ().setSeqrep (this.seq);\r
 696 } else {\r
 697 if (this.ap.av.getAlignment ().getSeqrep () === this.seq) {\r
 698 this.ap.av.getAlignment ().setSeqrep (null);\r
 699 } else {\r
 700 this.ap.av.getAlignment ().setSeqrep (this.seq);\r
 701 }}this.refresh ();\r
 702 });\r
 703 Clazz.defineMethod (c$, "showNonconserved_itemStateChanged", \r
 704 function () {\r
 705 this.getGroup ().setShowNonconserved (this.displayNonconserved.getState ());\r
 706 this.refresh ();\r
 707 });\r
 708 Clazz.defineMethod (c$, "showBoxes_itemStateChanged", \r
 709 function () {\r
 710 this.getGroup ().setDisplayBoxes (this.showBoxes.getState ());\r
 711 this.refresh ();\r
 712 });\r
 713 Clazz.defineMethod (c$, "hideSequences", \r
 714 function (representGroup) {\r
 715 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();\r
 716 if (sg == null || sg.getSize () < 1) {\r
 717 this.ap.av.hideSequence ( Clazz.newArray (-1, [this.seq]));\r
 718 return;\r
 719 }this.ap.av.setSelectionGroup (null);\r
 720 if (representGroup) {\r
 721 this.ap.av.hideRepSequences (this.seq, sg);\r
 722 return;\r
 723 }var gsize = sg.getSize ();\r
 724 var hseqs;\r
 725 hseqs =  new Array (gsize);\r
 726 var index = 0;\r
 727 for (var i = 0; i < gsize; i++) {\r
 728 hseqs[index++] = sg.getSequenceAt (i);\r
 729 }\r
 730 this.ap.av.hideSequence (hseqs);\r
 731 this.ap.av.sendSelection ();\r
 732 }, "~B");\r
 733 Clazz.defineMethod (c$, "buildAnnotationTypesMenus", \r
 734 function (showMenu, hideMenu, forSequences) {\r
 735 showMenu.removeAll ();\r
 736 hideMenu.removeAll ();\r
 737 var all = java.util.Arrays.asList (["All"]);\r
 738 this.addAnnotationTypeToShowHide (showMenu, forSequences, "", all, true, true);\r
 739 this.addAnnotationTypeToShowHide (hideMenu, forSequences, "", all, true, false);\r
 740 showMenu.addSeparator ();\r
 741 hideMenu.addSeparator ();\r
 742 var annotations = this.ap.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();\r
 743 var shownTypes =  new java.util.LinkedHashMap ();\r
 744 var hiddenTypes =  new java.util.LinkedHashMap ();\r
 745 jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes (shownTypes, hiddenTypes, jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils.asList (annotations), forSequences);\r
 746 for (var calcId, $calcId = hiddenTypes.keySet ().iterator (); $calcId.hasNext () && ((calcId = $calcId.next ()) || true);) {\r
 747 for (var type, $type = hiddenTypes.get (calcId).iterator (); $type.hasNext () && ((type = $type.next ()) || true);) {\r
 748 this.addAnnotationTypeToShowHide (showMenu, forSequences, calcId, type, false, true);\r
 749 }\r
 750 }\r
 751 showMenu.setEnabled (!hiddenTypes.isEmpty ());\r
 752 for (var calcId, $calcId = shownTypes.keySet ().iterator (); $calcId.hasNext () && ((calcId = $calcId.next ()) || true);) {\r
 753 for (var type, $type = shownTypes.get (calcId).iterator (); $type.hasNext () && ((type = $type.next ()) || true);) {\r
 754 this.addAnnotationTypeToShowHide (hideMenu, forSequences, calcId, type, false, false);\r
 755 }\r
 756 }\r
 757 hideMenu.setEnabled (!shownTypes.isEmpty ());\r
 758 }, "awt2swing.Menu,awt2swing.Menu,java.util.List");\r
 759 Clazz.defineMethod (c$, "addAnnotationTypeToShowHide", \r
 760 function (showOrHideMenu, forSequences, calcId, types, allTypes, actionIsShow) {\r
 761 var label = types.toString ();\r
 762 label = label.substring (1, label.length - 1);\r
 763 var item =  new awt2swing.MenuItem (label);\r
 764 item.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.APopupMenu$3") ? 0 : jalview.appletgui.APopupMenu.$APopupMenu$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.APopupMenu$3, this, Clazz.cloneFinals ("types", types, "forSequences", forSequences, "allTypes", allTypes, "actionIsShow", actionIsShow))));\r
 765 showOrHideMenu.add (item);\r
 766 }, "awt2swing.Menu,java.util.List,~S,java.util.List,~B,~B");\r
 767 c$.$APopupMenu$1$ = function () {\r
 768 Clazz.pu$h ();\r
 769 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "APopupMenu$1", null, java.awt.event.ActionListener);\r
 770 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 771 function (e) {\r
 772 this.b$["jalview.appletgui.APopupMenu"].addReferenceAnnotations_actionPerformed (this.f$.candidates);\r
 773 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 774 c$ = Clazz.p0p ();\r
 775 };\r
 776 c$.$APopupMenu$2$ = function () {\r
 777 Clazz.pu$h ();\r
 778 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "APopupMenu$2", null, java.awt.event.ActionListener);\r
 779 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 780 function (e) {\r
 781 this.b$["jalview.appletgui.APopupMenu"].ap.alignFrame.showURL (this.f$.url, this.f$.target);\r
 782 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 783 c$ = Clazz.p0p ();\r
 784 };\r
 785 c$.$APopupMenu$3$ = function () {\r
 786 Clazz.pu$h ();\r
 787 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "APopupMenu$3", null, java.awt.event.ActionListener);\r
 788 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 789 function (e) {\r
 790 jalview.analysis.AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations (this.b$["jalview.appletgui.APopupMenu"].ap.getAlignment (), this.f$.types, this.f$.forSequences, this.f$.allTypes, this.f$.actionIsShow);\r
 791 this.b$["jalview.appletgui.APopupMenu"].refresh ();\r
 792 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 793 c$ = Clazz.p0p ();\r
 794 };\r
 795 Clazz.defineStatics (c$,\r
 796 "ALL_ANNOTATIONS", "All");\r
 797 });\r