bin/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "$.AdjustmentListener", "$.ItemListener", "$.MouseListener", "awt2swing.Button", "$.Checkbox", "$.Choice", "$.Scrollbar", "$.TextField", "java.awt.BorderLayout", "$.FlowLayout"], "jalview.appletgui.AnnotationColourChooser", ["awt2swing.Frame", "jalview.appletgui.UserDefinedColours", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.GraphLine", "jalview.schemes.AnnotationColourGradient", "$.ColourSchemeI", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "$.Dimension", "$.Font", "java.lang.Error", "$.Float", "java.util.Hashtable", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.frame = null;\r
   5 this.av = null;\r
   6 this.ap = null;\r
   7 this.oldcs = null;\r
   8 this.oldgroupColours = null;\r
   9 this.currentAnnotation = null;\r
  10 this.adjusting = false;\r
  11 this.annotations = null;\r
  12 this.minColour = null;\r
  13 this.maxColour = null;\r
  14 this.ok = null;\r
  15 this.cancel = null;\r
  16 this.defColours = null;\r
  17 this.jPanel1 = null;\r
  18 this.jPanel2 = null;\r
  19 this.threshold = null;\r
  20 this.flowLayout1 = null;\r
  21 this.jPanel3 = null;\r
  22 this.slider = null;\r
  23 this.thresholdValue = null;\r
  24 this.currentColours = null;\r
  25 this.borderLayout1 = null;\r
  26 this.thresholdIsMin = null;\r
  27 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  28 }, jalview.appletgui, "AnnotationColourChooser", awt2swing.Panel, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.AdjustmentListener, java.awt.event.ItemListener, java.awt.event.MouseListener]);\r
  29 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  30 this.annotations =  new awt2swing.Choice ();\r
  31 this.minColour =  new awt2swing.Button ();\r
  32 this.maxColour =  new awt2swing.Button ();\r
  33 this.ok =  new awt2swing.Button ();\r
  34 this.cancel =  new awt2swing.Button ();\r
  35 this.defColours =  new awt2swing.Button ();\r
  36 this.jPanel1 =  new awt2swing.Panel ();\r
  37 this.jPanel2 =  new awt2swing.Panel ();\r
  38 this.threshold =  new awt2swing.Choice ();\r
  39 this.flowLayout1 =  new java.awt.FlowLayout ();\r
  40 this.jPanel3 =  new awt2swing.Panel ();\r
  41 this.slider =  new awt2swing.Scrollbar (0);\r
  42 this.thresholdValue =  new awt2swing.TextField (20);\r
  43 this.currentColours =  new awt2swing.Checkbox ();\r
  44 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();\r
  45 this.thresholdIsMin =  new awt2swing.Checkbox ();\r
  46 });\r
  47 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  48 function (av, ap) {\r
  49 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColourChooser, []);\r
  50 try {\r
  51 this.jbInit ();\r
  52 } catch (ex) {\r
  53 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  54 } else {\r
  55 throw ex;\r
  56 }\r
  57 }\r
  58 this.oldcs = av.getGlobalColourScheme ();\r
  59 if (av.getAlignment ().getGroups () != null) {\r
  60 this.oldgroupColours =  new java.util.Hashtable ();\r
  61 for (var sg, $sg = ap.av.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
  62 if (sg.cs != null) {\r
  63 this.oldgroupColours.put (sg, sg.cs);\r
  64 } else {\r
  65 this.oldgroupColours.put (sg, "null");\r
  66 }}\r
  67 }this.av = av;\r
  68 this.ap = ap;\r
  69 this.slider.addAdjustmentListener (this);\r
  70 this.slider.addMouseListener (this);\r
  71 if (av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation () == null) {\r
  72 return;\r
  73 }this.setDefaultMinMax ();\r
  74 this.adjusting = true;\r
  75 if (Clazz.instanceOf (this.oldcs, jalview.schemes.AnnotationColourGradient)) {\r
  76 var acg = this.oldcs;\r
  77 this.currentColours.setState (acg.isPredefinedColours () || acg.getBaseColour () != null);\r
  78 if (!acg.isPredefinedColours () && acg.getBaseColour () == null) {\r
  79 this.minColour.setBackground (acg.getMinColour ());\r
  80 this.maxColour.setBackground (acg.getMaxColour ());\r
  81 }}var list =  new java.util.Vector ();\r
  82 var index = 1;\r
  83 for (var i = 0; i < av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length; i++) {\r
  84 var label = av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[i].label;\r
  85 if (!list.contains (label)) {\r
  86 list.addElement (label);\r
  87 } else {\r
  88 list.addElement (label + "_" + (index++));\r
  89 }}\r
  90 for (var i = 0; i < list.size (); i++) {\r
  91 this.annotations.addItem (list.elementAt (i).toString ());\r
  92 }\r
  93 this.threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_no_thereshold"));\r
  94 this.threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_above_thereshold"));\r
  95 this.threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_below_thereshold"));\r
  96 if (Clazz.instanceOf (this.oldcs, jalview.schemes.AnnotationColourGradient)) {\r
  97 var acg = this.oldcs;\r
  98 this.annotations.select (acg.getAnnotation ());\r
  99 switch (acg.getAboveThreshold ()) {\r
 100 case -1:\r
 101 this.threshold.select (new Integer (0));\r
 102 break;\r
 103 case 1:\r
 104 this.threshold.select (new Integer (1));\r
 105 break;\r
 106 case 0:\r
 107 this.threshold.select (new Integer (1));\r
 108 break;\r
 109 default:\r
 110 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_dont_know_thereshold_annotationcolourgradient"));\r
 111 }\r
 112 this.thresholdIsMin.setState (acg.thresholdIsMinMax);\r
 113 this.thresholdValue.setText ("" + acg.getAnnotationThreshold ());\r
 114 }this.adjusting = false;\r
 115 this.changeColour ();\r
 116 this.frame =  new awt2swing.Frame ();\r
 117 this.frame.add (this);\r
 118 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this.frame, jalview.util.MessageManager.getString ("label.colour_by_annotation"), 560, 175);\r
 119 this.validate ();\r
 120 }, "jalview.appletgui.AlignViewport,jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
 121 Clazz.defineMethod (c$, "setDefaultMinMax", \r
 122 ($fz = function () {\r
 123 this.minColour.setBackground (this.av.applet.getDefaultColourParameter ("ANNOTATIONCOLOUR_MIN", java.awt.Color.orange));\r
 124 this.maxColour.setBackground (this.av.applet.getDefaultColourParameter ("ANNOTATIONCOLOUR_MAX", java.awt.Color.red));\r
 125 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 126 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 127 function () {\r
 128 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColourChooser, []);\r
 129 try {\r
 130 this.jbInit ();\r
 131 } catch (ex) {\r
 132 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 133 ex.printStackTrace ();\r
 134 } else {\r
 135 throw ex;\r
 136 }\r
 137 }\r
 138 });\r
 139 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit", \r
 140 ($fz = function () {\r
 141 this.minColour.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));\r
 142 this.minColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.min_colour"));\r
 143 this.minColour.addActionListener (this);\r
 144 this.maxColour.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));\r
 145 this.maxColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.max_colour"));\r
 146 this.maxColour.addActionListener (this);\r
 147 this.thresholdIsMin.addItemListener (this);\r
 148 this.ok.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.ok"));\r
 149 this.ok.addActionListener (this);\r
 150 this.cancel.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.cancel"));\r
 151 this.cancel.addActionListener (this);\r
 152 this.defColours.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.set_defaults"));\r
 153 this.defColours.addActionListener (this);\r
 154 this.annotations.addItemListener (this);\r
 155 this.thresholdValue.addActionListener (this);\r
 156 this.slider.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 157 this.slider.setPreferredSize ( new java.awt.Dimension (193, 21));\r
 158 this.slider.setEnabled (false);\r
 159 this.thresholdValue.setPreferredSize ( new java.awt.Dimension (79, 22));\r
 160 this.thresholdValue.setEnabled (false);\r
 161 this.thresholdValue.setColumns (5);\r
 162 this.currentColours.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));\r
 163 this.currentColours.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.use_original_colours"));\r
 164 this.currentColours.addItemListener (this);\r
 165 this.thresholdIsMin.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 166 this.thresholdIsMin.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_minmax"));\r
 167 this.setLayout (this.borderLayout1);\r
 168 this.jPanel1.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 169 this.jPanel2.setLayout ( new java.awt.FlowLayout ());\r
 170 this.jPanel2.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 171 this.threshold.addItemListener (this);\r
 172 this.jPanel3.setLayout ( new java.awt.FlowLayout ());\r
 173 this.jPanel3.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 174 var jPanel4 =  new awt2swing.Panel ();\r
 175 jPanel4.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
 176 jPanel4.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 177 this.jPanel1.add (this.ok);\r
 178 this.jPanel1.add (this.cancel);\r
 179 this.jPanel2.add (this.annotations);\r
 180 this.jPanel2.add (this.currentColours);\r
 181 this.jPanel2.add (this.minColour);\r
 182 this.jPanel2.add (this.maxColour);\r
 183 jPanel4.add (this.thresholdIsMin, "West");\r
 184 jPanel4.add (this.slider, "Center");\r
 185 jPanel4.add (this.thresholdValue, "East");\r
 186 var jPanel34 =  new awt2swing.Panel ();\r
 187 jPanel34.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
 188 jPanel34.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 189 jPanel34.add (this.jPanel2, "North");\r
 190 jPanel34.add (this.threshold, "West");\r
 191 this.jPanel3.add (this.defColours);\r
 192 jPanel34.add (this.jPanel3, "East");\r
 193 jPanel34.add (jPanel4, "South");\r
 194 this.add (jPanel34, "Center");\r
 195 this.add (this.jPanel1, "South");\r
 196 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 197 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 198 function (evt) {\r
 199 if (evt.getSource () === this.thresholdValue) {\r
 200 try {\r
 201 var f =  new Float (this.thresholdValue.getText ()).floatValue ();\r
 202 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (f * 1000));\r
 203 this.adjustmentValueChanged (null);\r
 204 } catch (ex) {\r
 205 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 206 } else {\r
 207 throw ex;\r
 208 }\r
 209 }\r
 210 } else if (evt.getSource () === this.minColour) {\r
 211 this.minColour_actionPerformed (null);\r
 212 } else if (evt.getSource () === this.maxColour) {\r
 213 this.maxColour_actionPerformed (null);\r
 214 } else if (evt.getSource () === this.defColours) {\r
 215 this.defColour_actionPerformed ();\r
 216 } else if (evt.getSource () === this.ok) {\r
 217 this.changeColour ();\r
 218 this.frame.setVisible (false);\r
 219 } else if (evt.getSource () === this.cancel) {\r
 220 this.reset ();\r
 221 this.ap.paintAlignment (true);\r
 222 this.frame.setVisible (false);\r
 223 } else {\r
 224 this.changeColour ();\r
 225 }}, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 226 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 227 function (evt) {\r
 228 if (evt.getSource () === this.currentColours) {\r
 229 if (this.currentColours.getState ()) {\r
 230 this.reset ();\r
 231 }this.maxColour.setEnabled (!this.currentColours.getState ());\r
 232 this.minColour.setEnabled (!this.currentColours.getState ());\r
 233 }this.changeColour ();\r
 234 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 235 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged", \r
 236 function (evt) {\r
 237 if (!this.adjusting) {\r
 238 this.thresholdValue.setText ((this.slider.getValue () / 1000) + "");\r
 239 if (this.currentColours.getState () && !(Clazz.instanceOf (this.av.getGlobalColourScheme (), jalview.schemes.AnnotationColourGradient))) {\r
 240 this.changeColour ();\r
 241 }this.currentAnnotation.threshold.value = this.slider.getValue () / 1000;\r
 242 this.ap.paintAlignment (false);\r
 243 }}, "java.awt.event.AdjustmentEvent");\r
 244 Clazz.defineMethod (c$, "minColour_actionPerformed", \r
 245 function (newCol) {\r
 246 if (newCol != null) {\r
 247 this.minColour.setBackground (newCol);\r
 248 this.minColour.repaint ();\r
 249 this.changeColour ();\r
 250 } else {\r
 251  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this, "Min Colour", this.minColour.getBackground ());\r
 252 }}, "java.awt.Color");\r
 253 Clazz.defineMethod (c$, "maxColour_actionPerformed", \r
 254 function (newCol) {\r
 255 if (newCol != null) {\r
 256 this.maxColour.setBackground (newCol);\r
 257 this.maxColour.repaint ();\r
 258 this.changeColour ();\r
 259 } else {\r
 260  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this, "Max Colour", this.maxColour.getBackground ());\r
 261 }}, "java.awt.Color");\r
 262 Clazz.defineMethod (c$, "defColour_actionPerformed", \r
 263 function () {\r
 264 this.setDefaultMinMax ();\r
 265 this.minColour.repaint ();\r
 266 this.maxColour.repaint ();\r
 267 this.changeColour ();\r
 268 });\r
 269 Clazz.defineMethod (c$, "changeColour", \r
 270 function () {\r
 271 if (this.adjusting) {\r
 272 return;\r
 273 }this.currentAnnotation = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[this.annotations.getSelectedIndex ()];\r
 274 var aboveThreshold = -1;\r
 275 if (this.threshold.getSelectedIndex () == 1) {\r
 276 aboveThreshold = 1;\r
 277 } else if (this.threshold.getSelectedIndex () == 2) {\r
 278 aboveThreshold = 0;\r
 279 }this.slider.setEnabled (true);\r
 280 this.thresholdValue.setEnabled (true);\r
 281 this.thresholdIsMin.setEnabled (true);\r
 282 if (aboveThreshold == -1) {\r
 283 this.slider.setEnabled (false);\r
 284 this.thresholdValue.setEnabled (false);\r
 285 this.thresholdIsMin.setEnabled (false);\r
 286 this.thresholdValue.setText ("");\r
 287 } else if (aboveThreshold != -1 && this.currentAnnotation.threshold == null) {\r
 288 this.currentAnnotation.setThreshold ( new jalview.datamodel.GraphLine ((this.currentAnnotation.graphMax - this.currentAnnotation.graphMin) / 2, "Threshold", java.awt.Color.black));\r
 289 }if (aboveThreshold != -1) {\r
 290 this.adjusting = true;\r
 291 this.slider.setMinimum (Clazz.floatToInt (this.currentAnnotation.graphMin * 1000));\r
 292 this.slider.setMaximum (Clazz.floatToInt (this.currentAnnotation.graphMax * 1000));\r
 293 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (this.currentAnnotation.threshold.value * 1000));\r
 294 this.thresholdValue.setText (this.currentAnnotation.threshold.value + "");\r
 295 this.slider.setEnabled (true);\r
 296 this.thresholdValue.setEnabled (true);\r
 297 this.adjusting = false;\r
 298 }var acg = null;\r
 299 if (this.currentColours.getState ()) {\r
 300 acg =  new jalview.schemes.AnnotationColourGradient (this.currentAnnotation, this.av.getGlobalColourScheme (), aboveThreshold);\r
 301 } else {\r
 302 acg =  new jalview.schemes.AnnotationColourGradient (this.currentAnnotation, this.minColour.getBackground (), this.maxColour.getBackground (), aboveThreshold);\r
 303 }if (this.currentAnnotation.graphMin == 0 && this.currentAnnotation.graphMax == 0) {\r
 304 acg.setPredefinedColours (true);\r
 305 }acg.thresholdIsMinMax = this.thresholdIsMin.getState ();\r
 306 this.av.setGlobalColourScheme (acg);\r
 307 if (this.av.getAlignment ().getGroups () != null) {\r
 308 for (var sg, $sg = this.ap.av.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
 309 if (sg.cs == null) {\r
 310 continue;\r
 311 }if (this.currentColours.getState ()) {\r
 312 sg.cs =  new jalview.schemes.AnnotationColourGradient (this.currentAnnotation, sg.cs, aboveThreshold);\r
 313 } else {\r
 314 sg.cs =  new jalview.schemes.AnnotationColourGradient (this.currentAnnotation, this.minColour.getBackground (), this.maxColour.getBackground (), aboveThreshold);\r
 315 }}\r
 316 }this.ap.alignmentChanged ();\r
 317 this.ap.paintAlignment (true);\r
 318 });\r
 319 Clazz.defineMethod (c$, "reset", \r
 320 function () {\r
 321 this.av.setGlobalColourScheme (this.oldcs);\r
 322 if (this.av.getAlignment ().getGroups () != null) {\r
 323 for (var sg, $sg = this.ap.av.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
 324 var cs = this.oldgroupColours.get (sg);\r
 325 if (Clazz.instanceOf (cs, jalview.schemes.ColourSchemeI)) {\r
 326 sg.cs = cs;\r
 327 } else {\r
 328 sg.cs = null;\r
 329 }}\r
 330 }this.ap.paintAlignment (true);\r
 331 });\r
 332 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked", \r
 333 function (evt) {\r
 334 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 335 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
 336 function (evt) {\r
 337 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 338 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
 339 function (evt) {\r
 340 this.ap.paintAlignment (true);\r
 341 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 342 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered", \r
 343 function (evt) {\r
 344 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 345 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited", \r
 346 function (evt) {\r
 347 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 348 });\r