bin/jalview/appletgui/FeatureSettings.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Checkbox", "$.Panel", "jalview.api.FeatureSettingsControllerI", "java.awt.event.ActionListener", "$.AdjustmentListener", "$.ItemListener", "$.MouseListener", "$.MouseMotionListener"], "jalview.appletgui.FeatureSettings", ["awt2swing.Button", "$.Frame", "$.Label", "$.MenuItem", "$.PopupMenu", "$.ScrollPane", "$.Scrollbar", "jalview.appletgui.FeatureColourChooser", "$.UserDefinedColours", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.schemes.GraduatedColor", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.BorderLayout", "$.Color", "$.Font", "$.GridLayout", "$.Toolkit", "java.awt.event.WindowAdapter", "java.lang.Boolean", "$.Error", "java.util.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.fr = null;
   5 this.ap = null;
   6 this.av = null;
   7 this.frame = null;
   8 this.groupPanel = null;
   9 this.featurePanel = null;
  10 this.scrollPane = null;
  11 this.linkImage = null;
  12 this.transparency = null;
  13 this.groupItemListener = null;
  14 this.selectedCheck = null;
  15 this.dragging = false;
  16 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureSettings.MyCheckbox")) {
  17 jalview.appletgui.FeatureSettings.$FeatureSettings$MyCheckbox$ ();
  18 }
  19 Clazz.instantialize (this, arguments);
  20 }, jalview.appletgui, "FeatureSettings", awt2swing.Panel, [java.awt.event.ItemListener, java.awt.event.MouseListener, java.awt.event.MouseMotionListener, java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.AdjustmentListener, jalview.api.FeatureSettingsControllerI]);
  21 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  22 this.featurePanel =  new awt2swing.Panel ();
  23 this.groupItemListener = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureSettings$1") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureSettings.$FeatureSettings$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings$1, this, null));
  24 });
  25 Clazz.makeConstructor (c$,
  26 function (ap) {
  27 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureSettings, []);
  28 this.ap = ap;
  29 this.av = ap.av;
  30 ap.av.featureSettings = this;
  31 this.fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer ();
  32 this.transparency =  new awt2swing.Scrollbar (0, 100 - Clazz.floatToInt (this.fr.getTransparency () * 100), 1, 1, 100);
  33 if (this.fr.isTransparencyAvailable ()) {
  34 this.transparency.addAdjustmentListener (this);
  35 } else {
  36 this.transparency.setEnabled (false);
  37 }var url = this.getClass ().getResource ("/images/link.gif");
  38 if (url != null) {
  39 this.linkImage = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit ().getImage (url);
  40 }if (this.av.isShowSequenceFeatures () || !this.fr.hasRenderOrder ()) {
  41 this.fr.findAllFeatures (true);
  42 }this.discoverAllFeatureData ();
  43 this.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
  44 this.scrollPane =  new awt2swing.ScrollPane ();
  45 this.scrollPane.add (this.featurePanel);
  46 if (this.fr.getAllFeatureColours () != null && this.fr.getAllFeatureColours ().size () > 0) {
  47 this.add (this.scrollPane, "Center");
  48 }var invert =  new awt2swing.Button ("Invert Selection");
  49 invert.addActionListener (this);
  50 var lowerPanel =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.GridLayout (2, 1, 5, 10));
  51 lowerPanel.add (invert);
  52 var tPanel =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.BorderLayout ());
  53 if (this.fr.isTransparencyAvailable ()) {
  54 tPanel.add (this.transparency, "Center");
  55 tPanel.add ( new awt2swing.Label ("Transparency"), "East");
  56 } else {
  57 tPanel.add ( new awt2swing.Label ("Transparency not available in this web browser"), "Center");
  58 }lowerPanel.add (tPanel, "South");
  59 this.add (lowerPanel, "South");
  60 if (this.groupPanel != null) {
  61 this.groupPanel.setLayout ( new java.awt.GridLayout (Clazz.doubleToInt ((this.fr.getFeatureGroupsSize ()) / 4) + 1, 4));
  62 this.groupPanel.validate ();
  63 this.add (this.groupPanel, "North");
  64 }this.frame =  new awt2swing.Frame ();
  65 this.frame.add (this);
  66 var me = this;
  67 this.frame.addWindowListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureSettings$2") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureSettings.$FeatureSettings$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings$2, this, Clazz.cloneFinals ("me", me))));
  68 var height = this.featurePanel.getComponentCount () * 50 + 60;
  69 height = Math.max (200, height);
  70 height = Math.min (400, height);
  71 var width = 300;
  72 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this.frame, jalview.util.MessageManager.getString ("label.feature_settings"), width, height);
  73 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");
  74 Clazz.defineMethod (c$, "PaintComponent",
  75 function (g) {
  76 g.setColor (java.awt.Color.black);
  77 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.no_features_added_to_this_alignment"), 10, 20);
  78 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.features_can_be_added_from_searches_1"), 10, 40);
  79 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.features_can_be_added_from_searches_2"), 10, 60);
  80 }, "java.awt.Graphics");
  81 Clazz.defineMethod (c$, "popupSort",
  82 function (check, minmax, x, y) {
  83 var type = check.type;
  84 var typeCol = this.fr.getFeatureStyle (type);
  85 var men =  new awt2swing.PopupMenu (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.settings_for_type",  Clazz.newArray (-1, [type])));
  86 var scr =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.sort_by_score"));
  87 men.add (scr);
  88 var me = this;
  89 scr.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureSettings$3") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureSettings.$FeatureSettings$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings$3, this, Clazz.cloneFinals ("me", me, "type", type))));
  90 var dens =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.sort_by_density"));
  91 dens.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureSettings$4") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureSettings.$FeatureSettings$4$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings$4, this, Clazz.cloneFinals ("me", me, "type", type))));
  92 men.add (dens);
  93 if (minmax != null) {
  94 var typeMinMax = minmax.get (type);
  95 if (typeMinMax != null && (typeMinMax)[0] != null) {
  96 var mxcol =  new awt2swing.MenuItem ((Clazz.instanceOf (typeCol, java.awt.Color)) ? "Graduated Colour" : "Single Colour");
  97 men.add (mxcol);
  98 mxcol.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureSettings$5") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureSettings.$FeatureSettings$5$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings$5, this, Clazz.cloneFinals ("typeCol", typeCol, "me", me, "type", type, "check", check))));
  99 }}this.featurePanel.add (men);
 100 men.show (this.featurePanel, x, y);
 101 }, "jalview.appletgui.FeatureSettings.MyCheckbox,java.util.Hashtable,~N,~N");
 102 Clazz.overrideMethod (c$, "discoverAllFeatureData",
 103 function () {
 104 if (this.fr.getAllFeatureColours () != null && this.fr.getAllFeatureColours ().size () > 0) {
 105 this.rebuildGroups ();
 106 }this.resetTable (false);
 107 });
 108 Clazz.defineMethod (c$, "rebuildGroups",
 109 function () {
 110 var rdrw = false;
 111 if (this.groupPanel == null) {
 112 this.groupPanel =  new awt2swing.Panel ();
 113 } else {
 114 rdrw = true;
 115 this.groupPanel.removeAll ();
 116 }for (var group, $group = this.fr.getFeatureGroups ().iterator (); $group.hasNext () && ((group = $group.next ()) || true);) {
 117 var vis = this.fr.checkGroupVisibility (group, false);
 118 var check = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings.MyCheckbox, this, null, group, vis, (this.fr.featureLinks != null && this.fr.featureLinks.containsKey (group)));
 119 check.addMouseListener (this);
 120 check.setFont ( new java.awt.Font ("Serif", 1, 12));
 121 check.addItemListener (this.groupItemListener);
 122 check.setVisible (vis);
 123 this.groupPanel.add (check);
 124 }
 125 if (rdrw) {
 126 this.groupPanel.validate ();
 127 }});
 128 Clazz.defineMethod (c$, "resetTable",
 129 function (groupsChanged) {
 130 var tmpfeatures;
 131 var group = null;
 132 var type;
 133 var visibleChecks =  new java.util.Vector ();
 134 var alignment = this.av.getAlignment ();
 135 for (var i = 0; i < alignment.getHeight (); i++) {
 136 if (alignment.getSequenceAt (i).getSequenceFeatures () == null) {
 137 continue;
 138 }tmpfeatures = alignment.getSequenceAt (i).getSequenceFeatures ();
 139 var index = 0;
 140 while (index < tmpfeatures.length) {
 141 group = tmpfeatures[index].featureGroup;
 142 if (group == null || this.fr.checkGroupVisibility (group, true)) {
 143 type = tmpfeatures[index].getType ();
 144 if (!visibleChecks.contains (type)) {
 145 visibleChecks.addElement (type);
 146 }}index++;
 147 }
 148 }
 149 var comps;
 150 var cSize = this.featurePanel.getComponentCount ();
 151 var check;
 152 for (var i = 0; i < cSize; i++) {
 153 comps = this.featurePanel.getComponents ();
 154 check = comps[i];
 155 if (!visibleChecks.contains (check.type)) {
 156 this.featurePanel.remove (i);
 157 cSize--;
 158 i--;
 159 }}
 160 if (this.fr.getRenderOrder () != null) {
 161 var rol = this.fr.getRenderOrder ();
 162 for (var ro = rol.size () - 1; ro > -1; ro--) {
 163 var item = rol.get (ro);
 164 if (!visibleChecks.contains (item)) {
 165 continue;
 166 }visibleChecks.removeElement (item);
 167 this.addCheck (false, item);
 168 }
 169 }var en = visibleChecks.elements ();
 170 while (en.hasMoreElements ()) {
 171 this.addCheck (groupsChanged, en.nextElement ().toString ());
 172 }
 173 this.featurePanel.setLayout ( new java.awt.GridLayout (this.featurePanel.getComponentCount (), 1, 10, 5));
 174 this.featurePanel.validate ();
 175 if (this.scrollPane != null) {
 176 this.scrollPane.validate ();
 177 }this.itemStateChanged (null);
 178 }, "~B");
 179 Clazz.defineMethod (c$, "addCheck",
 180 function (groupsChanged, type) {
 181 var addCheck;
 182 var comps = this.featurePanel.getComponents ();
 183 var check;
 184 addCheck = true;
 185 for (var i = 0; i < this.featurePanel.getComponentCount (); i++) {
 186 check = comps[i];
 187 if (check.type.equals (type)) {
 188 addCheck = false;
 189 break;
 190 }}
 191 if (addCheck) {
 192 var selected = false;
 193 if (groupsChanged || this.av.getFeaturesDisplayed ().isVisible (type)) {
 194 selected = true;
 195 }check = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureSettings.MyCheckbox, this, null, type, selected, (this.fr.featureLinks != null && this.fr.featureLinks.containsKey (type)), this.fr.getFeatureStyle (type));
 196 check.addMouseListener (this);
 197 check.addMouseMotionListener (this);
 198 check.addItemListener (this);
 199 if (groupsChanged) {
 200 this.featurePanel.add (check, 0);
 201 } else {
 202 this.featurePanel.add (check);
 203 }}}, "~B,~S");
 204 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 205 function (evt) {
 206 for (var i = 0; i < this.featurePanel.getComponentCount (); i++) {
 207 var check = this.featurePanel.getComponent (i);
 208 check.setState (!check.getState ());
 209 }
 210 this.selectionChanged ();
 211 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 212 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 213 function (evt) {
 214 this.selectionChanged ();
 215 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 216 Clazz.defineMethod (c$, "selectionChanged",
 217 function () {
 218 var comps = this.featurePanel.getComponents ();
 219 var cSize = comps.length;
 220 var tmp =  Clazz.newArray (cSize, 3, null);
 221 var tmpSize = 0;
 222 for (var i = 0; i < cSize; i++) {
 223 var check = comps[i];
 224 tmp[tmpSize][0] = check.type;
 225 tmp[tmpSize][1] = this.fr.getFeatureStyle (check.type);
 226 tmp[tmpSize][2] =  new Boolean (check.getState ());
 227 tmpSize++;
 228 }
 229 var data =  Clazz.newArray (tmpSize, 3, null);
 230 System.arraycopy (tmp, 0, data, 0, tmpSize);
 231 this.fr.setFeaturePriority (data);
 232 this.ap.paintAlignment (true);
 233 });
 234 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 235 function (evt) {
 236 this.selectedCheck = evt.getSource ();
 237 if (this.fr.featureLinks != null && this.fr.featureLinks.containsKey (this.selectedCheck.type)) {
 238 if (evt.getX () > this.selectedCheck.stringWidth + 20) {
 239 evt.consume ();
 240 }}}, "java.awt.event.MouseEvent");
 241 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged",
 242 function (evt) {
 243 if ((evt.getSource ()).getParent () !== this.featurePanel) {
 244 return;
 245 }this.dragging = true;
 246 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 247 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
 248 function (evt) {
 249 if ((evt.getSource ()).getParent () !== this.featurePanel) {
 250 return;
 251 }var comp = null;
 252 var target = null;
 253 var height = evt.getY () + evt.getComponent ().getLocation ().y;
 254 if (height > this.featurePanel.getSize ().height) {
 255 comp = this.featurePanel.getComponent (this.featurePanel.getComponentCount () - 1);
 256 } else if (height < 0) {
 257 comp = this.featurePanel.getComponent (0);
 258 } else {
 259 comp = this.featurePanel.getComponentAt (evt.getX (), evt.getY () + evt.getComponent ().getLocation ().y);
 260 }if (comp != null && Clazz.instanceOf (comp, awt2swing.Checkbox)) {
 261 target = comp;
 262 }if (this.selectedCheck != null && target != null && this.selectedCheck !== target) {
 263 var targetIndex = -1;
 264 for (var i = 0; i < this.featurePanel.getComponentCount (); i++) {
 265 if (target === this.featurePanel.getComponent (i)) {
 266 targetIndex = i;
 267 break;
 268 }}
 269 this.featurePanel.remove (this.selectedCheck);
 270 this.featurePanel.add (this.selectedCheck, targetIndex);
 271 this.featurePanel.validate ();
 272 this.itemStateChanged (null);
 273 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 274 Clazz.defineMethod (c$, "setUserColour",
 275 function (feature, originalColour) {
 276 if (Clazz.instanceOf (originalColour, java.awt.Color) || Clazz.instanceOf (originalColour, jalview.schemes.GraduatedColor)) {
 277 this.fr.setColour (feature, originalColour);
 278 } else {
 279 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_unsupported_feature_colour_object"));
 280 }this.refreshTable ();
 281 }, "~S,~O");
 282 Clazz.defineMethod (c$, "refreshTable",
 283 function () {
 284 this.featurePanel.removeAll ();
 285 this.resetTable (false);
 286 this.ap.paintAlignment (true);
 287 });
 288 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
 289 function (evt) {
 290 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 291 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
 292 function (evt) {
 293 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 294 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
 295 function (evt) {
 296 var check = evt.getSource ();
 297 if ((evt.getModifiers () & 4) != 0) {
 298 this.popupSort (check, this.fr.getMinMax (), evt.getX (), evt.getY ());
 299 }if (this.fr.featureLinks != null && this.fr.featureLinks.containsKey (check.type)) {
 300 if (evt.getX () > check.stringWidth + 20) {
 301 evt.consume ();
 302 var link = this.fr.featureLinks.get (check.type).toString ();
 303 this.ap.alignFrame.showURL (link.substring (link.indexOf ("|") + 1), link.substring (0, link.indexOf ("|")));
 304 }}if (check.getParent () !== this.featurePanel) {
 305 return;
 306 }if (evt.getClickCount () > 1) {
 307 var fcol = this.fr.getFeatureStyle (check.type);
 308 if (Clazz.instanceOf (fcol, java.awt.Color)) {
 309  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this, check.type, fcol);
 310 } else {
 311  new jalview.appletgui.FeatureColourChooser (this, check.type);
 312 check.updateColor (this.fr.getFeatureStyle (check.type));
 313 }}}, "java.awt.event.MouseEvent");
 314 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved",
 315 function (evt) {
 316 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 317 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged",
 318 function (evt) {
 319 this.fr.setTransparency ((100 - this.transparency.getValue ()) / 100);
 320 this.ap.seqPanel.seqCanvas.repaint ();
 321 }, "java.awt.event.AdjustmentEvent");
 322 c$.$FeatureSettings$MyCheckbox$ = function () {
 323 Clazz.pu$h ();
 324 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 325 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 326 this.type = null;
 327 this.stringWidth = 0;
 328 this.hasLink = false;
 329 this.gcol = null;
 330 this.col = null;
 331 Clazz.instantialize (this, arguments);
 332 }, jalview.appletgui.FeatureSettings, "MyCheckbox", awt2swing.Checkbox);
 333 Clazz.defineMethod (c$, "updateColor",
 334 function (a) {
 335 if (Clazz.instanceOf (a, java.awt.Color)) {
 336 this.col = a;
 337 this.gcol = null;
 338 } else if (Clazz.instanceOf (a, jalview.schemes.GraduatedColor)) {
 339 this.gcol = a;
 340 this.col = null;
 341 } else {
 342 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.invalid_colour_for_mycheckbox"));
 343 }if (this.col != null) {
 344 this.setBackground (this.col);
 345 } else {
 346 var b = this.type;
 347 if (this.gcol.getThreshType () != -1) {
 348 b += " " + ((this.gcol.getThreshType () == 1) ? "(>)" : "(<)");
 349 }if (this.gcol.isColourByLabel ()) {
 350 this.setBackground (java.awt.Color.white);
 351 b += " (by Label)";
 352 } else {
 353 this.setBackground (this.gcol.getMinColor ());
 354 }this.setLabel (b);
 355 }this.repaint ();
 356 }, "~O");
 357 Clazz.makeConstructor (c$,
 358 function (a, b, c) {
 359 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureSettings.MyCheckbox, [a, b]);
 360 this.type = a;
 361 var d = this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].av.nullFrame.getFontMetrics (this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].av.nullFrame.getFont ());
 362 this.stringWidth = d.stringWidth (a);
 363 this.hasLink = c;
 364 }, "~S,~B,~B");
 365 Clazz.makeConstructor (c$,
 366 function (a, b, c, d) {
 367 this.construct (a, b, c);
 368 this.updateColor (d);
 369 }, "~S,~B,~B,~O");
 370 Clazz.defineMethod (c$, "PaintComponent",
 371 function (a) {
 372 var b = this.getSize ();
 373 if (this.gcol != null) {
 374 if (this.gcol.isColourByLabel ()) {
 375 a.setColor (java.awt.Color.white);
 376 a.fillRect (Clazz.doubleToInt (b.width / 2), 0, Clazz.doubleToInt (b.width / 2), b.height);
 377 } else {
 378 var c = this.gcol.getMaxColor ();
 379 a.setColor (c);
 380 a.fillRect (Clazz.doubleToInt (b.width / 2), 0, Clazz.doubleToInt (b.width / 2), b.height);
 381 }}if (this.hasLink) {
 382 a.drawImage (this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].linkImage, this.stringWidth + 25, Clazz.doubleToInt ((this.getSize ().height - this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].linkImage.getHeight (this)) / 2), this);
 383 }}, "java.awt.Graphics");
 384 c$ = Clazz.p0p ();
 385 };
 386 c$.$FeatureSettings$1$ = function () {
 387 Clazz.pu$h ();
 388 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureSettings$1", null, java.awt.event.ItemListener);
 389 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 390 function (evt) {
 391 var source = evt.getSource ();
 392 this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].fr.setGroupVisibility (source.getLabel (), source.getState ());
 393 this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].ap.seqPanel.seqCanvas.repaint ();
 394 if (this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].ap.overviewPanel != null) {
 395 this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].ap.overviewPanel.updateOverviewImage ();
 396 }this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].resetTable (true);
 397 return;
 398 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 399 c$ = Clazz.p0p ();
 400 };
 401 c$.$FeatureSettings$2$ = function () {
 402 Clazz.pu$h ();
 403 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureSettings$2", java.awt.event.WindowAdapter);
 404 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosing",
 405 function (e) {
 406 if (this.f$.me.av.featureSettings === this.f$.me) {
 407 this.f$.me.av.featureSettings = null;
 408 this.f$.me.ap = null;
 409 this.f$.me.av = null;
 410 }}, "java.awt.event.WindowEvent");
 411 c$ = Clazz.p0p ();
 412 };
 413 c$.$FeatureSettings$3$ = function () {
 414 Clazz.pu$h ();
 415 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureSettings$3", null, java.awt.event.ActionListener);
 416 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 417 function (e) {
 418 this.f$.me.ap.alignFrame.avc.sortAlignmentByFeatureScore ( Clazz.newArray (-1, [this.f$.type]));
 419 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 420 c$ = Clazz.p0p ();
 421 };
 422 c$.$FeatureSettings$4$ = function () {
 423 Clazz.pu$h ();
 424 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureSettings$4", null, java.awt.event.ActionListener);
 425 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 426 function (e) {
 427 this.f$.me.ap.alignFrame.avc.sortAlignmentByFeatureDensity ( Clazz.newArray (-1, [this.f$.type]));
 428 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 429 c$ = Clazz.p0p ();
 430 };
 431 c$.$FeatureSettings$5$ = function () {
 432 Clazz.pu$h ();
 433 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureSettings$5", null, java.awt.event.ActionListener);
 434 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 435 function (e) {
 436 if (Clazz.instanceOf (this.f$.typeCol, java.awt.Color)) {
 437  new jalview.appletgui.FeatureColourChooser (this.f$.me, this.f$.type);
 438 this.f$.check.updateColor (this.b$["jalview.appletgui.FeatureSettings"].fr.getFeatureStyle (this.f$.type));
 439 } else {
 440  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this.f$.me, this.f$.check.type, (this.f$.typeCol));
 441 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
 442 c$ = Clazz.p0p ();
 443 };
 444 });