bin/jalview/appletgui/Finder.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "awt2swing.Button", "$.Checkbox", "$.Label", "$.TextField", "java.awt.GridLayout"], "jalview.appletgui.Finder", ["awt2swing.Frame", "jalview.analysis.Finder", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.SequenceFeature", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Font", "$.Rectangle", "java.awt.event.KeyAdapter", "$.WindowAdapter"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.av = null;
   5 this.ap = null;
   6 this.frame = null;
   7 this.searchResults = null;
   8 this.seqIndex = 0;
   9 this.resIndex = -1;
  10 this.jLabel1 = null;
  11 this.textfield = null;
  12 this.findAll = null;
  13 this.findNext = null;
  14 this.actionsPanel = null;
  15 this.gridLayout1 = null;
  16 this.createNewGroup = null;
  17 this.caseSensitive = null;
  18 this.searchDescription = null;
  19 Clazz.instantialize (this, arguments);
  20 }, jalview.appletgui, "Finder", awt2swing.Panel, java.awt.event.ActionListener);
  21 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  22 this.jLabel1 =  new awt2swing.Label ();
  23 this.textfield =  new awt2swing.TextField ();
  24 this.findAll =  new awt2swing.Button ();
  25 this.findNext =  new awt2swing.Button ();
  26 this.actionsPanel =  new awt2swing.Panel ();
  27 this.gridLayout1 =  new java.awt.GridLayout ();
  28 this.createNewGroup =  new awt2swing.Button ();
  29 this.caseSensitive =  new awt2swing.Checkbox ();
  30 this.searchDescription =  new awt2swing.Checkbox ();
  31 });
  32 Clazz.makeConstructor (c$,
  33 function (ap) {
  34 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.Finder, []);
  35 try {
  36 this.jbInit ();
  37 } catch (e) {
  38 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  39 e.printStackTrace ();
  40 } else {
  41 throw e;
  42 }
  43 }
  44 this.av = ap.av;
  45 this.ap = ap;
  46 this.frame =  new awt2swing.Frame ();
  47 this.frame.add (this);
  48 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this.frame, jalview.util.MessageManager.getString ("action.find"), 340, 120);
  49 this.frame.repaint ();
  50 this.frame.addWindowListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.Finder$1") ? 0 : jalview.appletgui.Finder.$Finder$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.Finder$1, this, Clazz.cloneFinals ("ap", ap))));
  51 this.textfield.requestFocus ();
  52 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");
  53 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
  54 function (evt) {
  55 if (evt.getSource () === this.textfield) {
  56 this.doSearch (false);
  57 } else if (evt.getSource () === this.findNext) {
  58 this.doSearch (false);
  59 } else if (evt.getSource () === this.findAll) {
  60 this.resIndex = -1;
  61 this.seqIndex = 0;
  62 this.doSearch (true);
  63 } else if (evt.getSource () === this.createNewGroup) {
  64 this.createNewGroup_actionPerformed ();
  65 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
  66 Clazz.defineMethod (c$, "createNewGroup_actionPerformed",
  67 function () {
  68 var seqs =  new Array (this.searchResults.getSize ());
  69 var features =  new Array (this.searchResults.getSize ());
  70 for (var i = 0; i < this.searchResults.getSize (); i++) {
  71 seqs[i] = this.searchResults.getResultSequence (i);
  72 features[i] =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (this.textfield.getText ().trim (), "Search Results", null, this.searchResults.getResultStart (i), this.searchResults.getResultEnd (i), "Search Results");
  73 }
  74 if (this.ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer ().amendFeatures (seqs, features, true, this.ap)) {
  75 this.ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState (true);
  76 this.av.setShowSequenceFeatures (true);
  77 this.ap.highlightSearchResults (null);
  78 }});
  79 Clazz.defineMethod (c$, "doSearch",
  80 function (findAll) {
  81 if (this.ap.av.applet.currentAlignFrame != null) {
  82 this.ap = this.ap.av.applet.currentAlignFrame.alignPanel;
  83 this.av = this.ap.av;
  84 }this.createNewGroup.setEnabled (false);
  85 var finder =  new jalview.analysis.Finder (this.av.getAlignment (), this.av.getSelectionGroup (), this.seqIndex, this.resIndex);
  86 finder.setCaseSensitive (this.caseSensitive.getState ());
  87 finder.setIncludeDescription (this.searchDescription.getState ());
  88 finder.setFindAll (findAll);
  89 var searchString = this.textfield.getText ();
  90 finder.find (searchString);
  91 this.seqIndex = finder.getSeqIndex ();
  92 this.resIndex = finder.getResIndex ();
  93 this.searchResults = finder.getSearchResults ();
  94 var idMatch = finder.getIdMatch ();
  95 var haveResults = false;
  96 if ((idMatch.size () > 0)) {
  97 haveResults = true;
  98 this.ap.idPanel.highlightSearchResults (idMatch);
  99 } else {
 100 this.ap.idPanel.highlightSearchResults (null);
 101 }if (this.searchResults.getSize () > 0) {
 102 haveResults = true;
 103 this.createNewGroup.setEnabled (true);
 104 } else {
 105 this.searchResults = null;
 106 }this.ap.highlightSearchResults (this.searchResults);
 107 if (!haveResults) {
 108 this.ap.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.getString ("label.finished_searching"));
 109 this.resIndex = -1;
 110 this.seqIndex = 0;
 111 } else {
 112 if (findAll) {
 113 var message = (idMatch.size () > 0) ? "" + idMatch.size () + " IDs" : "";
 114 if (idMatch.size () > 0 && this.searchResults != null && this.searchResults.getSize () > 0) {
 115 message += " and ";
 116 }if (this.searchResults != null) {
 117 message += this.searchResults.getSize () + " subsequence matches.";
 118 }this.ap.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.search_results",  Clazz.newArray (-1, [searchString, message])));
 119 } else {
 120 this.ap.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.found_match_for",  Clazz.newArray (-1, [searchString])));
 121 }}}, "~B");
 122 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit",
 123 ($fz = function () {
 124 this.jLabel1.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));
 125 this.jLabel1.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("action.find"));
 126 this.jLabel1.setBounds ( new java.awt.Rectangle (3, 30, 34, 15));
 127 this.setLayout (null);
 128 this.textfield.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 10));
 129 this.textfield.setText ("");
 130 this.textfield.setBounds ( new java.awt.Rectangle (40, 17, 133, 21));
 131 this.textfield.addKeyListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.Finder$2") ? 0 : jalview.appletgui.Finder.$Finder$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.Finder$2, this, null)));
 132 this.textfield.addActionListener (this);
 133 this.findAll.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 10));
 134 this.findAll.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.find_all"));
 135 this.findAll.addActionListener (this);
 136 this.findNext.setEnabled (false);
 137 this.findNext.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 10));
 138 this.findNext.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.find_next"));
 139 this.findNext.addActionListener (this);
 140 this.actionsPanel.setBounds ( new java.awt.Rectangle (195, 5, 141, 64));
 141 this.actionsPanel.setLayout (this.gridLayout1);
 142 this.gridLayout1.setHgap (0);
 143 this.gridLayout1.setRows (3);
 144 this.gridLayout1.setVgap (2);
 145 this.createNewGroup.setEnabled (false);
 146 this.createNewGroup.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 10));
 147 this.createNewGroup.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.new_feature"));
 148 this.createNewGroup.addActionListener (this);
 149 this.caseSensitive.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.match_case"));
 150 this.caseSensitive.setBounds ( new java.awt.Rectangle (30, 39, 126, 23));
 151 this.searchDescription.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.include_description"));
 152 this.searchDescription.setBounds ( new java.awt.Rectangle (30, 59, 170, 23));
 153 this.actionsPanel.add (this.findNext, null);
 154 this.actionsPanel.add (this.findAll, null);
 155 this.actionsPanel.add (this.createNewGroup, null);
 156 this.add (this.caseSensitive);
 157 this.add (this.textfield, null);
 158 this.add (this.jLabel1, null);
 159 this.add (this.actionsPanel, null);
 160 this.add (this.searchDescription);
 161 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 162 Clazz.defineMethod (c$, "textfield_keyTyped",
 163 function (e) {
 164 this.findNext.setEnabled (true);
 165 }, "java.awt.event.KeyEvent");
 166 c$.$Finder$1$ = function () {
 167 Clazz.pu$h ();
 168 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "Finder$1", java.awt.event.WindowAdapter);
 169 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosing",
 170 function (evt) {
 171 this.f$.ap.highlightSearchResults (null);
 172 }, "java.awt.event.WindowEvent");
 173 c$ = Clazz.p0p ();
 174 };
 175 c$.$Finder$2$ = function () {
 176 Clazz.pu$h ();
 177 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "Finder$2", java.awt.event.KeyAdapter);
 178 Clazz.overrideMethod (c$, "keyTyped",
 179 function (e) {
 180 this.b$["jalview.appletgui.Finder"].textfield_keyTyped (e);
 181 }, "java.awt.event.KeyEvent");
 182 c$ = Clazz.p0p ();
 183 };
 184 });