bin/jalview/appletgui/IdCanvas.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel"], "jalview.appletgui.IdCanvas", ["jalview.appletgui.AnnotationLabels", "$.AnnotationPanel", "$.PaintRefresher", "java.awt.Color", "$.Font"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.av = null;\r
   5 this.showScores = true;\r
   6 this.maxIdLength = -1;\r
   7 this.maxIdStr = null;\r
   8 this.image = null;\r
   9 this.gg = null;\r
  10 this.imgHeight = 0;\r
  11 this.$fastPaint = false;\r
  12 this.searchResults = null;\r
  13 this.avcharHeight = 0;\r
  14 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  15 }, jalview.appletgui, "IdCanvas", awt2swing.Panel);\r
  16 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  17 function (av) {\r
  18 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.IdCanvas, []);\r
  19 this.setLayout (null);\r
  20 this.av = av;\r
  21 jalview.appletgui.PaintRefresher.Register (this, av.getSequenceSetId ());\r
  22 }, "jalview.appletgui.AlignViewport");\r
  23 Clazz.defineMethod (c$, "drawIdString", \r
  24 function (gg, hiddenRows, s, i, starty, ypos) {\r
  25 var charHeight = this.av.getCharHeight ();\r
  26 if (this.searchResults != null && this.searchResults.contains (s)) {\r
  27 gg.setColor (java.awt.Color.black);\r
  28 gg.fillRect (0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, this.getSize ().width, charHeight);\r
  29 gg.setColor (java.awt.Color.white);\r
  30 } else if (this.av.getSelectionGroup () != null && this.av.getSelectionGroup ().getSequences (null).contains (s)) {\r
  31 gg.setColor (java.awt.Color.lightGray);\r
  32 gg.fillRect (0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, this.getSize ().width, charHeight);\r
  33 gg.setColor (java.awt.Color.white);\r
  34 } else {\r
  35 gg.setColor (this.av.getSequenceColour (s));\r
  36 gg.fillRect (0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, this.getSize ().width, charHeight);\r
  37 gg.setColor (java.awt.Color.black);\r
  38 }gg.drawString (s.getDisplayId (this.av.getShowJVSuffix ()), 0, ((i - starty) * charHeight) + ypos + charHeight - (Clazz.doubleToInt (charHeight / 5)));\r
  39 if (hiddenRows) {\r
  40 this.drawMarker (i, starty, ypos);\r
  41 }}, "java.awt.Graphics,~B,jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,~N");\r
  42 Clazz.defineMethod (c$, "fastPaint", \r
  43 function (vertical) {\r
  44 if (this.gg == null) {\r
  45 this.repaint ();\r
  46 return;\r
  47 }this.gg.copyArea (0, 0, this.getSize ().width, this.imgHeight, 0, -vertical * this.av.getCharHeight ());\r
  48 var ss = this.av.startSeq;\r
  49 var es = this.av.endSeq;\r
  50 var transY = 0;\r
  51 if (vertical > 0) {\r
  52 ss = es - vertical;\r
  53 if (ss < this.av.startSeq) {\r
  54 ss = this.av.startSeq;\r
  55 } else {\r
  56 transY = this.imgHeight - vertical * this.av.getCharHeight ();\r
  57 }} else if (vertical < 0) {\r
  58 es = ss - vertical;\r
  59 if (es > this.av.endSeq) {\r
  60 es = this.av.endSeq;\r
  61 }}this.gg.translate (0, transY);\r
  62 this.drawIds (ss, es);\r
  63 this.gg.translate (0, -transY);\r
  64 this.$fastPaint = true;\r
  65 this.repaint ();\r
  66 }, "~N");\r
  67 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent", \r
  68 function (g) {\r
  69 if (this.getSize ().height < 0 || this.getSize ().width < 0) {\r
  70 return;\r
  71 }if (this.$fastPaint) {\r
  72 this.$fastPaint = false;\r
  73 g.drawImage (this.image, 0, 0, this);\r
  74 return;\r
  75 }this.imgHeight = this.getSize ().height;\r
  76 this.imgHeight -= this.imgHeight % this.av.getCharHeight ();\r
  77 if (this.imgHeight < 1) {\r
  78 return;\r
  79 }if (this.image == null || this.imgHeight != this.image.getHeight (this)) {\r
  80 this.image = this.createImage (this.getSize ().width, this.imgHeight);\r
  81 this.gg = this.image.getGraphics ();\r
  82 this.gg.setFont (this.av.getFont ());\r
  83 }this.gg.setColor (java.awt.Color.white);\r
  84 var italic =  new java.awt.Font (this.av.getFont ().getName (), 2, this.av.getFont ().getSize ());\r
  85 this.gg.setFont (italic);\r
  86 this.gg.fillRect (0, 0, this.getSize ().width, this.getSize ().height);\r
  87 this.drawIds (this.av.startSeq, this.av.endSeq);\r
  88 g.drawImage (this.image, 0, 0, this);\r
  89 }, "java.awt.Graphics");\r
  90 Clazz.defineMethod (c$, "drawIds", \r
  91 function (starty, endy) {\r
  92 var italic =  new java.awt.Font (this.av.getFont ().getName (), 2, this.av.getFont ().getSize ());\r
  93 this.avcharHeight = this.av.getCharHeight ();\r
  94 this.gg.setFont (italic);\r
  95 var currentColor = java.awt.Color.white;\r
  96 var currentTextColor = java.awt.Color.black;\r
  97 var doHiddenCheck = this.av.isDisplayReferenceSeq () || this.av.hasHiddenRows ();\r
  98 var hiddenRows = this.av.hasHiddenRows () && this.av.getShowHiddenMarkers ();\r
  99 if (this.av.getWrapAlignment ()) {\r
 100 var maxwidth = this.av.getAlignment ().getWidth ();\r
 101 var alheight = this.av.getAlignment ().getHeight ();\r
 102 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 103 maxwidth = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (maxwidth) - 1;\r
 104 }var annotationHeight = 0;\r
 105 var labels = null;\r
 106 if (this.av.isShowAnnotation ()) {\r
 107 var ap =  new jalview.appletgui.AnnotationPanel (this.av);\r
 108 annotationHeight = ap.adjustPanelHeight ();\r
 109 labels =  new jalview.appletgui.AnnotationLabels (this.av);\r
 110 }var hgap = this.avcharHeight;\r
 111 if (this.av.getScaleAboveWrapped ()) {\r
 112 hgap += this.avcharHeight;\r
 113 }var cHeight = alheight * this.avcharHeight + hgap + annotationHeight;\r
 114 var rowSize = this.av.getEndRes () - this.av.getStartRes ();\r
 115 for (var ypos = hgap, row = this.av.startRes; (ypos <= this.getSize ().height) && (row < maxwidth); ypos += cHeight, row += rowSize) {\r
 116 for (var i = starty; i < alheight; i++) {\r
 117 var s = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i);\r
 118 this.gg.setFont (italic);\r
 119 if (doHiddenCheck) {\r
 120 this.setHiddenFont (s);\r
 121 }this.drawIdString (this.gg, hiddenRows, s, i, 0, ypos);\r
 122 }\r
 123 if (labels != null) {\r
 124 this.gg.translate (0, ypos + (alheight * this.avcharHeight));\r
 125 labels.drawComponent (this.gg, this.getSize ().width);\r
 126 this.gg.translate (0, -ypos - (alheight * this.avcharHeight));\r
 127 }}\r
 128 } else {\r
 129 var seq;\r
 130 for (var i = starty; i < endy; i++) {\r
 131 seq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i);\r
 132 if (seq == null) {\r
 133 continue;\r
 134 }this.gg.setFont (italic);\r
 135 if (doHiddenCheck) {\r
 136 this.setHiddenFont (seq);\r
 137 }if ((this.searchResults != null) && this.searchResults.contains (seq)) {\r
 138 currentColor = java.awt.Color.black;\r
 139 currentTextColor = java.awt.Color.white;\r
 140 } else if ((this.av.getSelectionGroup () != null) && this.av.getSelectionGroup ().getSequences (null).contains (seq)) {\r
 141 currentColor = java.awt.Color.lightGray;\r
 142 currentTextColor = java.awt.Color.black;\r
 143 } else {\r
 144 currentColor = this.av.getSequenceColour (seq);\r
 145 currentTextColor = java.awt.Color.black;\r
 146 }this.gg.setColor (currentColor);\r
 147 this.gg.fillRect (0, (i - starty) * this.avcharHeight, this.getSize ().width, this.avcharHeight);\r
 148 this.gg.setColor (currentTextColor);\r
 149 this.gg.drawString (seq.getDisplayId (this.av.getShowJVSuffix ()), 0, (((i - starty) * this.avcharHeight) + this.avcharHeight) - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 5)));\r
 150 if (hiddenRows) {\r
 151 this.drawMarker (i, starty, 0);\r
 152 }}\r
 153 }}, "~N,~N");\r
 154 Clazz.defineMethod (c$, "setHighlighted", \r
 155 function (list) {\r
 156 this.searchResults = list;\r
 157 this.repaint ();\r
 158 }, "java.util.List");\r
 159 Clazz.defineMethod (c$, "drawMarker", \r
 160 function (i, starty, yoffset) {\r
 161 var hseqs = this.av.getAlignment ().getHiddenSequences ().hiddenSequences;\r
 162 var hSize = hseqs.length;\r
 163 var hiddenIndex = i;\r
 164 var lastIndex = i - 1;\r
 165 var nextIndex = i + 1;\r
 166 for (var j = 0; j < hSize; j++) {\r
 167 if (hseqs[j] != null) {\r
 168 if (j - 1 < hiddenIndex) {\r
 169 hiddenIndex++;\r
 170 }if (j - 1 < lastIndex) {\r
 171 lastIndex++;\r
 172 }if (j - 1 < nextIndex) {\r
 173 nextIndex++;\r
 174 }}}\r
 175 var below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);\r
 176 var above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);\r
 177 this.gg.setColor (java.awt.Color.blue);\r
 178 if (below) {\r
 179 this.gg.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [this.getSize ().width - this.avcharHeight, this.getSize ().width - this.avcharHeight, this.getSize ().width]),  Clazz.newIntArray (-1, [(i - starty) * this.avcharHeight + yoffset, (i - starty) * this.avcharHeight + yoffset + Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 4), (i - starty) * this.avcharHeight + yoffset]), 3);\r
 180 }if (above) {\r
 181 this.gg.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [this.getSize ().width - this.avcharHeight, this.getSize ().width - this.avcharHeight, this.getSize ().width]),  Clazz.newIntArray (-1, [(i - starty + 1) * this.avcharHeight + yoffset, (i - starty + 1) * this.avcharHeight + yoffset - Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 4), (i - starty + 1) * this.avcharHeight + yoffset]), 3);\r
 182 }}, "~N,~N,~N");\r
 183 Clazz.defineMethod (c$, "setHiddenFont", \r
 184 function (seq) {\r
 185 var bold =  new java.awt.Font (this.av.getFont ().getName (), 1, this.av.getFont ().getSize ());\r
 186 if (this.av.isHiddenRepSequence (seq)) {\r
 187 this.gg.setFont (bold);\r
 188 return true;\r
 189 }return false;\r
 190 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 191 });\r