bin/jalview/appletgui/IdPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.MouseListener", "$.MouseMotionListener", "java.lang.Thread", "java.util.Vector"], "jalview.appletgui.IdPanel", ["jalview.appletgui.APopupMenu", "$.IdCanvas", "$.PaintRefresher", "$.Tooltip", "jalview.datamodel.SequenceGroup", "jalview.util.UrlLink", "java.awt.BorderLayout", "java.lang.Float", "$.StringBuffer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.idCanvas = null;
   5 this.av = null;
   6 this.alignPanel = null;
   7 this.scrollThread = null;
   8 this.lastid = -1;
   9 this.mouseDragging = false;
  10 this.links = null;
  11 this.tooltip = null;
  12 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.IdPanel.ScrollThread")) {
  13 jalview.appletgui.IdPanel.$IdPanel$ScrollThread$ ();
  14 }
  15 Clazz.instantialize (this, arguments);
  16 }, jalview.appletgui, "IdPanel", awt2swing.Panel, [java.awt.event.MouseListener, java.awt.event.MouseMotionListener]);
  17 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  18 this.links =  new java.util.Vector ();
  19 });
  20 Clazz.makeConstructor (c$,
  21 function (av, parent) {
  22 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.IdPanel, []);
  23 this.setName ("idPanel");
  24 this.av = av;
  25 this.alignPanel = parent;
  26 this.idCanvas =  new jalview.appletgui.IdCanvas (av);
  27 this.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
  28 this.add (this.idCanvas, "Center");
  29 this.idCanvas.addMouseListener (this);
  30 this.idCanvas.addMouseMotionListener (this);
  31 if (av.applet != null) {
  32 av.applet.getLinkParams (this.links);
  33 }{
  34 var srsPos = this.links.indexOf ("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-newId+(([uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]))+-view+SwissEntry");
  35 if (srsPos > -1) {
  36 this.links.setElementAt ("EMBL-EBI Search|http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$", srsPos);
  37 }}if (this.links.size () < 1) {
  38 this.links =  new java.util.Vector ();
  39 this.links.addElement ("EMBL-EBI Search|http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$");
  40 }}, "jalview.appletgui.AlignViewport,jalview.appletgui.AlignmentPanel");
  41 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved",
  42 function (e) {
  43 var seq = this.alignPanel.seqPanel.findSeq (e);
  44 var sequence = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq);
  45 var tooltiptext =  new StringBuffer ();
  46 if (sequence != null) {
  47 if (sequence.getDescription () != null) {
  48 tooltiptext.append (sequence.getDescription ());
  49 tooltiptext.append ("\n");
  50 }var sf = sequence.getSequenceFeatures ();
  51 for (var sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++) {
  52 if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0) {
  53 var nl = false;
  54 if (sf[sl].getFeatureGroup () != null) {
  55 tooltiptext.append (sf[sl].getFeatureGroup ());
  56 nl = true;
  57 };if (sf[sl].getType () != null) {
  58 tooltiptext.append (" ");
  59 tooltiptext.append (sf[sl].getType ());
  60 nl = true;
  61 };if (sf[sl].getDescription () != null) {
  62 tooltiptext.append (" ");
  63 tooltiptext.append (sf[sl].getDescription ());
  64 nl = true;
  65 };if (!Float.isNaN (sf[sl].getScore ()) && sf[sl].getScore () != 0) {
  66 tooltiptext.append (" Score = ");
  67 tooltiptext.append (sf[sl].getScore ());
  68 nl = true;
  69 };if (sf[sl].getStatus () != null && sf[sl].getStatus ().length > 0) {
  70 tooltiptext.append (" (");
  71 tooltiptext.append (sf[sl].getStatus ());
  72 tooltiptext.append (")");
  73 nl = true;
  74 };if (nl) {
  75 tooltiptext.append ("\n");
  76 }}}
  77 }if (tooltiptext.length () == 0) {
  78 if (this.tooltip != null) {
  79 this.tooltip.setVisible (false);
  80 }this.tooltip = null;
  81 tooltiptext = null;
  82 return;
  83 }if (this.tooltip == null) {
  84 this.tooltip =  new jalview.appletgui.Tooltip (sequence.getDisplayId (true) + "\n" + tooltiptext.toString (), this.idCanvas);
  85 } else {
  86 this.tooltip.setTip (sequence.getDisplayId (true) + "\n" + tooltiptext.toString ());
  87 }tooltiptext = null;
  88 }, "java.awt.event.MouseEvent");
  89 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged",
  90 function (e) {
  91 this.mouseDragging = true;
  92 var seq = Math.max (0, this.alignPanel.seqPanel.findSeq (e));
  93 if (seq < this.lastid) {
  94 this.selectSeqs (this.lastid - 1, seq);
  95 } else if (seq > this.lastid) {
  96 this.selectSeqs (this.lastid + 1, seq);
  97 }this.lastid = seq;
  98 this.alignPanel.paintAlignment (false);
  99 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 100 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
 101 function (e) {
 102 if (e.getClickCount () < 2) {
 103 return;
 104 }var seq = this.alignPanel.seqPanel.findSeq (e);
 105 var sq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq);
 106 if (sq == null) {
 107 return;
 108 }var id = sq.getName ();
 109 var target = null;
 110 var url = null;
 111 var i = 0;
 112 while (url == null && i < this.links.size ()) {
 113 url = this.links.elementAt (i++).toString ();
 114 var urlLink = null;
 115 try {
 116 urlLink =  new jalview.util.UrlLink (url);
 117 target = urlLink.getTarget ();
 118 } catch (foo) {
 119 if (Clazz.exceptionOf (foo, Exception)) {
 120 System.err.println ("Exception for URLLink '" + url + "'");
 121 foo.printStackTrace ();
 122 url = null;
 123 continue;
 124 } else {
 125 throw foo;
 126 }
 127 }
 128 ;if (!urlLink.isValid ()) {
 129 System.err.println (urlLink.getInvalidMessage ());
 130 url = null;
 131 continue;
 132 }var urls = urlLink.makeUrls (id, true);
 133 if (urls == null || urls[0] == null || urls[0].length < 1) {
 134 url = null;
 135 continue;
 136 }url = urls[1];
 137 }
 138 try {
 139 this.alignPanel.alignFrame.showURL (url, target);
 140 } catch (ex) {
 141 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 142 ex.printStackTrace ();
 143 } else {
 144 throw ex;
 145 }
 146 }
 147 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 148 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
 149 function (e) {
 150 if (this.scrollThread != null) {
 151 this.scrollThread.running = false;
 152 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 153 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
 154 function (e) {
 155 if (this.av.getWrapAlignment ()) {
 156 return;
 157 }if (this.mouseDragging && e.getY () < 0 && this.av.getStartSeq () > 0) {
 158 this.scrollThread = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.IdPanel.ScrollThread, this, null, true);
 159 }if (this.mouseDragging && e.getY () >= this.getSize ().height && this.av.getAlignment ().getHeight () > this.av.getEndSeq ()) {
 160 this.scrollThread = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.IdPanel.ScrollThread, this, null, false);
 161 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 162 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 163 function (e) {
 164 if (e.getClickCount () > 1) {
 165 return;
 166 }var y = e.getY ();
 167 if (this.av.getWrapAlignment ()) {
 168 y -= 2 * this.av.getCharHeight ();
 169 }var seq = this.alignPanel.seqPanel.findSeq (e);
 170 if ((e.getModifiers () & 4) == 4) {
 171 var sq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq);
 172 var nlinks =  new java.util.Vector ();
 173 for (var l = 0, lSize = this.links.size (); l < lSize; l++) {
 174 nlinks.addElement (this.links.elementAt (l));
 175 }
 176 var sf = sq == null ? null : sq.getSequenceFeatures ();
 177 for (var sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++) {
 178 if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0) {
 179 if (sf[sl].links != null && sf[sl].links.size () > 0) {
 180 for (var l = 0, lSize = sf[sl].links.size (); l < lSize; l++) {
 181 nlinks.addElement (sf[sl].links.elementAt (l));
 182 }
 183 }}}
 184 var popup =  new jalview.appletgui.APopupMenu (this.alignPanel, sq, nlinks);
 185 this.add (popup);
 186 popup.show (this, e.getX (), e.getY ());
 187 return;
 188 }if ((this.av.getSelectionGroup () == null) || ((!e.isControlDown () && !e.isShiftDown ()) && this.av.getSelectionGroup () != null)) {
 189 this.av.setSelectionGroup ( new jalview.datamodel.SequenceGroup ());
 190 this.av.getSelectionGroup ().setStartRes (0);
 191 this.av.getSelectionGroup ().setEndRes (this.av.getAlignment ().getWidth () - 1);
 192 }if (e.isShiftDown () && this.lastid != -1) {
 193 this.selectSeqs (this.lastid, seq);
 194 } else {
 195 this.selectSeq (seq);
 196 }this.alignPanel.paintAlignment (false);
 197 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 198 Clazz.defineMethod (c$, "selectSeq",
 199 function (seq) {
 200 this.lastid = seq;
 201 var pickedSeq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq);
 202 this.av.getSelectionGroup ().addOrRemove (pickedSeq, true);
 203 }, "~N");
 204 Clazz.defineMethod (c$, "selectSeqs",
 205 function (start, end) {
 206 this.lastid = start;
 207 if (end >= this.av.getAlignment ().getHeight ()) {
 208 end = this.av.getAlignment ().getHeight () - 1;
 209 }if (end < start) {
 210 var tmp = start;
 211 start = end;
 212 end = tmp;
 213 this.lastid = end;
 214 }if (this.av.getSelectionGroup () == null) {
 215 this.av.setSelectionGroup ( new jalview.datamodel.SequenceGroup ());
 216 }for (var i = start; i <= end; i++) {
 217 this.av.getSelectionGroup ().addSequence (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i), i == end);
 218 }
 219 }, "~N,~N");
 220 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
 221 function (e) {
 222 if (this.scrollThread != null) {
 223 this.scrollThread.running = false;
 224 }if (this.av.getSelectionGroup () != null) {
 225 this.av.getSelectionGroup ().recalcConservation ();
 226 }this.mouseDragging = false;
 227 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.av.getSequenceSetId ());
 228 this.av.sendSelection ();
 229 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 230 Clazz.defineMethod (c$, "highlightSearchResults",
 231 function (list) {
 232 this.idCanvas.setHighlighted (list);
 233 if (list == null) {
 234 return;
 235 }var index = this.av.getAlignment ().findIndex (list.get (0));
 236 if (this.av.getStartSeq () > index || this.av.getEndSeq () < index) {
 237 this.alignPanel.setScrollValues (this.av.getStartRes (), index);
 238 }}, "java.util.List");
 239 c$.$IdPanel$ScrollThread$ = function () {
 240 Clazz.pu$h ();
 241 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 242 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 243 this.running = false;
 244 this.up = true;
 245 Clazz.instantialize (this, arguments);
 246 }, jalview.appletgui.IdPanel, "ScrollThread", Thread);
 247 Clazz.makeConstructor (c$,
 248 function (a) {
 249 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.IdPanel.ScrollThread, []);
 250 this.up = a;
 251 this.start ();
 252 }, "~B");
 253 Clazz.defineMethod (c$, "stopScrolling",
 254 function () {
 255 this.running = false;
 256 });
 257 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
 258 function () {
 259 this.running = true;
 260 while (this.running) {
 261 if (this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].alignPanel.scrollUp (this.up)) {
 262 var a = this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].av.getStartSeq ();
 263 if (!this.up) {
 264 a = this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].av.getEndSeq ();
 265 }if (a < this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].lastid) {
 266 this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].selectSeqs (this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].lastid - 1, a);
 267 } else if (a > this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].lastid && a < this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].av.getAlignment ().getHeight ()) {
 268 this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].selectSeqs (this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].lastid + 1, a);
 269 }this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].lastid = a;
 270 } else {
 271 this.running = false;
 272 }this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].alignPanel.paintAlignment (true);
 273 try {
 274 Thread.sleep (100);
 275 } catch (ex) {
 276 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 277 } else {
 278 throw ex;
 279 }
 280 }
 281 }
 282 });
 283 c$ = Clazz.p0p ();
 284 };
 285 });