bin/jalview/appletgui/OverviewPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.MouseListener", "$.MouseMotionListener"], "jalview.appletgui.OverviewPanel", ["awt2swing.Frame", "jalview.appletgui.FeatureRenderer", "$.SequenceRenderer", "java.awt.Color", "$.Dimension", "java.awt.event.ComponentAdapter", "java.lang.Thread"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.miniMe = null;
   5 this.offscreen = null;
   6 this.av = null;
   7 this.ap = null;
   8 this.scalew = 1;
   9 this.scaleh = 1;
  10 this.$width = 0;
  11 this.sequencesHeight = 0;
  12 this.graphHeight = 20;
  13 this.boxX = -1;
  14 this.boxY = -1;
  15 this.boxWidth = -1;
  16 this.boxHeight = -1;
  17 this.resizing = false;
  18 this.sr = null;
  19 this.fr = null;
  20 this.nullFrame = null;
  21 this.resizeAgain = false;
  22 Clazz.instantialize (this, arguments);
  23 }, jalview.appletgui, "OverviewPanel", awt2swing.Panel, [Runnable, java.awt.event.MouseMotionListener, java.awt.event.MouseListener]);
  24 Clazz.makeConstructor (c$,
  25 function (ap) {
  26 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.OverviewPanel, []);
  27 this.av = ap.av;
  28 this.ap = ap;
  29 this.setLayout (null);
  30 this.nullFrame =  new awt2swing.Frame ();
  31 this.nullFrame.addNotify ();
  32 this.sr =  new jalview.appletgui.SequenceRenderer (this.av);
  33 this.sr.graphics = this.nullFrame.getGraphics ();
  34 this.sr.renderGaps = false;
  35 this.sr.forOverview = true;
  36 this.fr =  new jalview.appletgui.FeatureRenderer (this.av);
  37 var initialScale = this.av.getAlignment ().getWidth () / this.av.getAlignment ().getHeight ();
  38 if (this.av.getSequenceConsensusHash () == null) {
  39 this.graphHeight = 0;
  40 }if (this.av.getAlignment ().getWidth () > this.av.getAlignment ().getHeight ()) {
  41 this.$width = 400;
  42 this.sequencesHeight = Clazz.floatToInt (400 / initialScale);
  43 if (this.sequencesHeight < 40) {
  44 this.sequencesHeight = 40;
  45 }} else {
  46 this.$width = Clazz.floatToInt (400 * initialScale);
  47 this.sequencesHeight = 300;
  48 if (this.$width < 120) {
  49 this.$width = 120;
  50 }}this.setSize ( new java.awt.Dimension (this.$width, this.sequencesHeight + this.graphHeight));
  51 this.addComponentListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.OverviewPanel$1") ? 0 : jalview.appletgui.OverviewPanel.$OverviewPanel$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.OverviewPanel$1, this, null)));
  52 this.addMouseMotionListener (this);
  53 this.addMouseListener (this);
  54 this.updateOverviewImage ();
  55 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");
  56 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
  57 function (evt) {
  58 }, "java.awt.event.MouseEvent");
  59 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
  60 function (evt) {
  61 }, "java.awt.event.MouseEvent");
  62 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
  63 function (evt) {
  64 }, "java.awt.event.MouseEvent");
  65 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved",
  66 function (evt) {
  67 }, "java.awt.event.MouseEvent");
  68 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
  69 function (evt) {
  70 this.boxX = evt.getX ();
  71 this.boxY = evt.getY ();
  72 this.checkValid ();
  73 }, "java.awt.event.MouseEvent");
  74 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
  75 function (evt) {
  76 this.boxX = evt.getX ();
  77 this.boxY = evt.getY ();
  78 this.checkValid ();
  79 }, "java.awt.event.MouseEvent");
  80 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged",
  81 function (evt) {
  82 this.boxX = evt.getX ();
  83 this.boxY = evt.getY ();
  84 this.checkValid ();
  85 }, "java.awt.event.MouseEvent");
  86 Clazz.defineMethod (c$, "checkValid",
  87 function () {
  88 if (this.boxY < 0) {
  89 this.boxY = 0;
  90 }if (this.boxY > (this.sequencesHeight - this.boxHeight)) {
  91 this.boxY = this.sequencesHeight - this.boxHeight + 1;
  92 }if (this.boxX < 0) {
  93 this.boxX = 0;
  94 }if (this.boxX > (this.$width - this.boxWidth)) {
  95 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
  96 this.boxWidth = Clazz.floatToInt ((this.av.endRes - this.av.startRes + 1) * this.av.getCharWidth () * this.scalew);
  97 }this.boxX = this.$width - this.boxWidth;
  98 }var col = Clazz.floatToInt (this.boxX / this.scalew / this.av.getCharWidth ());
  99 var row = Clazz.floatToInt (this.boxY / this.scaleh / this.av.getCharHeight ());
 100 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 101 if (!this.av.getColumnSelection ().isVisible (col)) {
 102 return;
 103 }col = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (col);
 104 }if (this.av.hasHiddenRows ()) {
 105 row = this.av.getAlignment ().getHiddenSequences ().findIndexWithoutHiddenSeqs (row);
 106 }this.ap.setScrollValues (col, row);
 107 this.ap.paintAlignment (false);
 108 });
 109 Clazz.defineMethod (c$, "updateOverviewImage",
 110 function () {
 111 if (this.resizing) {
 112 this.resizeAgain = true;
 113 return;
 114 }if (this.av.isShowSequenceFeatures ()) {
 115 this.fr.transferSettings (this.ap.seqPanel.seqCanvas.fr);
 116 }this.resizing = true;
 117 if ((this.getSize ().width > 0) && (this.getSize ().height > 0)) {
 118 this.$width = this.getSize ().width;
 119 this.sequencesHeight = this.getSize ().height - this.graphHeight;
 120 }this.setSize ( new java.awt.Dimension (this.$width, this.sequencesHeight + this.graphHeight));
 121 var thread =  new Thread (this);
 122 thread.start ();
 123 this.repaint ();
 124 });
 125 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
 126 function () {
 127 this.miniMe = null;
 128 var alwidth = this.av.getAlignment ().getWidth ();
 129 var alheight = this.av.getAlignment ().getHeight ();
 130 if (this.av.isShowSequenceFeatures ()) {
 131 this.fr.transferSettings (this.ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer ());
 132 }if (this.getSize ().width > 0 && this.getSize ().height > 0) {
 133 this.$width = this.getSize ().width;
 134 this.sequencesHeight = this.getSize ().height - this.graphHeight;
 135 }this.setSize ( new java.awt.Dimension (this.$width, this.sequencesHeight + this.graphHeight));
 136 var fullsizeWidth = alwidth * this.av.getCharWidth ();
 137 var fullsizeHeight = alheight * this.av.getCharHeight ();
 138 this.scalew = this.$width / fullsizeWidth;
 139 this.scaleh = this.sequencesHeight / fullsizeHeight;
 140 this.miniMe = this.nullFrame.createImage (this.$width, this.sequencesHeight + this.graphHeight);
 141 this.offscreen = this.nullFrame.createImage (this.$width, this.sequencesHeight + this.graphHeight);
 142 var mg = this.miniMe.getGraphics ();
 143 var sampleCol = alwidth / this.$width;
 144 var sampleRow = alheight / this.sequencesHeight;
 145 var lastcol = 0;
 146 var lastrow = 0;
 147 var xstart = 0;
 148 var ystart = 0;
 149 var color = java.awt.Color.yellow;
 150 var row;
 151 var col;
 152 var sameRow = 0;
 153 var sameCol = 0;
 154 var seq;
 155 var hasHiddenRows = this.av.hasHiddenRows ();
 156 var hasHiddenCols = this.av.hasHiddenColumns ();
 157 var hiddenRow = false;
 158 var alignment = this.av.getAlignment ();
 159 for (row = 0; row <= this.sequencesHeight; row++) {
 160 if (Clazz.floatToInt (row * sampleRow) == lastrow) {
 161 sameRow++;
 162 continue;
 163 }hiddenRow = false;
 164 if (hasHiddenRows) {
 165 seq = alignment.getHiddenSequences ().getHiddenSequence (lastrow);
 166 if (seq == null) {
 167 var index = alignment.getHiddenSequences ().findIndexWithoutHiddenSeqs (lastrow);
 168 seq = alignment.getSequenceAt (index);
 169 } else {
 170 hiddenRow = true;
 171 }} else {
 172 seq = alignment.getSequenceAt (lastrow);
 173 }for (col = 0; col < this.$width; col++) {
 174 if (Clazz.floatToInt (col * sampleCol) == lastcol && Clazz.floatToInt (row * sampleRow) == lastrow) {
 175 sameCol++;
 176 continue;
 177 }lastcol = Clazz.floatToInt (col * sampleCol);
 178 if (seq.getLength () > lastcol) {
 179 color = this.sr.getResidueBoxColour (seq, lastcol);
 180 if (this.av.isShowSequenceFeatures ()) {
 181 color = this.fr.findFeatureColour (color, seq, lastcol);
 182 }} else {
 183 color = java.awt.Color.white;
 184 }if (hiddenRow || (hasHiddenCols && !this.av.getColumnSelection ().isVisible (lastcol))) {
 185 color = color.darker ().darker ();
 186 }mg.setColor (color);
 187 if (sameCol == 1 && sameRow == 1) {
 188 mg.drawLine (xstart, ystart, xstart, ystart);
 189 } else {
 190 mg.fillRect (xstart, ystart, sameCol, sameRow);
 191 }xstart = col;
 192 sameCol = 1;
 193 }
 194 lastrow = Clazz.floatToInt (row * sampleRow);
 195 ystart = row;
 196 sameRow = 1;
 197 }
 198 if (this.av.getAlignmentConservationAnnotation () != null) {
 199 for (col = 0; col < this.$width; col++) {
 200 lastcol = Clazz.floatToInt (col * sampleCol);
 201 {
 202 mg.translate (col, this.sequencesHeight);
 203 this.ap.annotationPanel.renderer.drawGraph (mg, this.av.getAlignmentConservationAnnotation (), this.av.getAlignmentConservationAnnotation ().annotations, Clazz.floatToInt (sampleCol) + 1, this.graphHeight, Clazz.floatToInt (col * sampleCol), Clazz.floatToInt (col * sampleCol) + 1);
 204 mg.translate (-col, -this.sequencesHeight);
 205 }}
 206 }System.gc ();
 207 this.resizing = false;
 208 this.setBoxPosition ();
 209 if (this.resizeAgain) {
 210 this.resizeAgain = false;
 211 this.updateOverviewImage ();
 212 }});
 213 Clazz.defineMethod (c$, "setBoxPosition",
 214 function () {
 215 var fullsizeWidth = this.av.getAlignment ().getWidth () * this.av.getCharWidth ();
 216 var fullsizeHeight = (this.av.getAlignment ().getHeight () + this.av.getAlignment ().getHiddenSequences ().getSize ()) * this.av.getCharHeight ();
 217 var startRes = this.av.getStartRes ();
 218 var endRes = this.av.getEndRes ();
 219 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 220 startRes = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (startRes);
 221 endRes = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (endRes);
 222 }var startSeq = this.av.startSeq;
 223 var endSeq = this.av.endSeq;
 224 if (this.av.hasHiddenRows ()) {
 225 startSeq = this.av.getAlignment ().getHiddenSequences ().adjustForHiddenSeqs (startSeq);
 226 endSeq = this.av.getAlignment ().getHiddenSequences ().adjustForHiddenSeqs (endSeq);
 227 }this.scalew = this.$width / fullsizeWidth;
 228 this.scaleh = this.sequencesHeight / fullsizeHeight;
 229 this.boxX = Clazz.floatToInt (startRes * this.av.getCharWidth () * this.scalew);
 230 this.boxY = Clazz.floatToInt (startSeq * this.av.getCharHeight () * this.scaleh);
 231 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 232 this.boxWidth = Clazz.floatToInt ((endRes - startRes + 1) * this.av.getCharWidth () * this.scalew);
 233 } else {
 234 this.boxWidth = Clazz.floatToInt ((endRes - startRes + 1) * this.av.getCharWidth () * this.scalew);
 235 }this.boxHeight = Clazz.floatToInt ((endSeq - startSeq) * this.av.getCharHeight () * this.scaleh);
 236 this.repaint ();
 237 });
 238 Clazz.overrideMethod (c$, "update",
 239 function (g) {
 240 this.paint (g);
 241 }, "java.awt.Graphics");
 242 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent",
 243 function (g) {
 244 var og = this.offscreen.getGraphics ();
 245 if (this.miniMe != null) {
 246 og.drawImage (this.miniMe, 0, 0, this);
 247 og.setColor (java.awt.Color.red);
 248 og.drawRect (this.boxX, this.boxY, this.boxWidth, this.boxHeight);
 249 og.drawRect (this.boxX + 1, this.boxY + 1, this.boxWidth - 2, this.boxHeight - 2);
 250 g.drawImage (this.offscreen, 0, 0, this);
 251 }}, "java.awt.Graphics");
 252 c$.$OverviewPanel$1$ = function () {
 253 Clazz.pu$h ();
 254 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "OverviewPanel$1", java.awt.event.ComponentAdapter);
 255 Clazz.overrideMethod (c$, "componentResized",
 256 function (evt) {
 257 if (this.b$["jalview.appletgui.OverviewPanel"].getSize ().width != this.b$["jalview.appletgui.OverviewPanel"].$width || this.b$["jalview.appletgui.OverviewPanel"].getSize ().height != this.b$["jalview.appletgui.OverviewPanel"].sequencesHeight + this.b$["jalview.appletgui.OverviewPanel"].graphHeight) {
 258 this.b$["jalview.appletgui.OverviewPanel"].updateOverviewImage ();
 259 }}, "java.awt.event.ComponentEvent");
 260 c$ = Clazz.p0p ();
 261 };
 262 });