bin/jalview/appletgui/RedundancyPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["jalview.appletgui.SliderPanel", "java.awt.event.WindowListener", "java.util.Stack"], "jalview.appletgui.RedundancyPanel", ["awt2swing.Frame", "jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.appletgui.PaintRefresher", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.commands.EditCommand", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.event.AdjustmentListener", "java.lang.Thread", "java.util.ArrayList", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.historyList = null;\r
   5 this.redundancy = null;\r
   6 this.originalSequences = null;\r
   7 this.frame = null;\r
   8 this.redundantSeqs = null;\r
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  10 }, jalview.appletgui, "RedundancyPanel", jalview.appletgui.SliderPanel, [Runnable, java.awt.event.WindowListener]);\r
  11 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  12 this.historyList =  new java.util.Stack ();\r
  13 });\r
  14 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  15 function (ap) {\r
  16 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.RedundancyPanel, [ap, 0, false, null]);\r
  17 this.redundantSeqs =  new java.util.Vector ();\r
  18 this.ap = ap;\r
  19 this.undoButton.setVisible (true);\r
  20 this.applyButton.setVisible (true);\r
  21 this.allGroupsCheck.setVisible (false);\r
  22 this.label.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.enter_redundancy_threshold"));\r
  23 this.valueField.setText ("100");\r
  24 this.slider.setVisibleAmount (1);\r
  25 this.slider.setMinimum (0);\r
  26 this.slider.setMaximum (100 + this.slider.getVisibleAmount ());\r
  27 this.slider.setValue (100);\r
  28 this.slider.addAdjustmentListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.RedundancyPanel$1") ? 0 : jalview.appletgui.RedundancyPanel.$RedundancyPanel$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.RedundancyPanel$1, this, null)));\r
  29 this.frame =  new awt2swing.Frame ();\r
  30 this.frame.add (this);\r
  31 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this.frame, jalview.util.MessageManager.getString ("label.redundancy_threshold_selection"), 400, 100);\r
  32 this.frame.addWindowListener (this);\r
  33 var worker =  new Thread (this);\r
  34 worker.start ();\r
  35 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
  36 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
  37 function () {\r
  38 this.label.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.calculating"));\r
  39 this.slider.setVisible (false);\r
  40 this.applyButton.setEnabled (false);\r
  41 this.valueField.setVisible (false);\r
  42 this.validate ();\r
  43 var omitHidden = null;\r
  44 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();\r
  45 var height;\r
  46 var start;\r
  47 var end;\r
  48 if ((sg != null) && (sg.getSize () >= 1)) {\r
  49 this.originalSequences = sg.getSequencesInOrder (this.ap.av.getAlignment ());\r
  50 start = sg.getStartRes ();\r
  51 end = sg.getEndRes ();\r
  52 } else {\r
  53 this.originalSequences = this.ap.av.getAlignment ().getSequencesArray ();\r
  54 start = 0;\r
  55 end = this.ap.av.getAlignment ().getWidth ();\r
  56 }height = this.originalSequences.length;\r
  57 this.redundancy = jalview.analysis.AlignSeq.computeRedundancyMatrix (this.originalSequences, omitHidden, start, end, false);\r
  58 this.label.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.enter_redundancy_threshold"));\r
  59 this.slider.setVisible (true);\r
  60 this.applyButton.setEnabled (true);\r
  61 this.valueField.setVisible (true);\r
  62 this.validate ();\r
  63 this.sliderValueChanged ();\r
  64 });\r
  65 Clazz.defineMethod (c$, "sliderValueChanged", \r
  66 function () {\r
  67 if (this.redundancy == null) {\r
  68 return;\r
  69 }var value = this.slider.getValue ();\r
  70 var redundantSequences =  new java.util.ArrayList ();\r
  71 for (var i = 0; i < this.redundancy.length; i++) {\r
  72 if (value <= this.redundancy[i]) {\r
  73 redundantSequences.add (this.originalSequences[i]);\r
  74 }}\r
  75 this.ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted (redundantSequences);\r
  76 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.ap.av.getSequenceSetId (), true, true);\r
  77 });\r
  78 Clazz.overrideMethod (c$, "applyButton_actionPerformed", \r
  79 function () {\r
  80 var del =  new java.util.Vector ();\r
  81 this.undoButton.setEnabled (true);\r
  82 var value = this.slider.getValue ();\r
  83 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();\r
  84 for (var i = 0; i < this.redundancy.length; i++) {\r
  85 if (value <= this.redundancy[i]) {\r
  86 del.addElement (this.originalSequences[i]);\r
  87 }}\r
  88 if (del.size () > 0) {\r
  89 var deleted =  new Array (del.size ());\r
  90 var width = 0;\r
  91 for (var i = 0; i < del.size (); i++) {\r
  92 deleted[i] = del.elementAt (i);\r
  93 if (deleted[i].getLength () > width) {\r
  94 width = deleted[i].getLength ();\r
  95 }}\r
  96 var cut =  new jalview.commands.EditCommand (jalview.util.MessageManager.getString ("action.remove_redundancy"), jalview.commands.EditCommand.Action.CUT, deleted, 0, width, this.ap.av.getAlignment ());\r
  97 var alignment = this.ap.av.getAlignment ();\r
  98 for (var i = 0; i < del.size (); i++) {\r
  99 alignment.deleteSequence (deleted[i]);\r
 100 if (sg != null) {\r
 101 sg.deleteSequence (deleted[i], false);\r
 102 }}\r
 103 this.historyList.push (cut);\r
 104 this.ap.alignFrame.addHistoryItem (cut);\r
 105 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.ap.av.getSequenceSetId (), true, true);\r
 106 this.ap.av.firePropertyChange ("alignment", null, this.ap.av.getAlignment ().getSequences ());\r
 107 }});\r
 108 Clazz.overrideMethod (c$, "undoButton_actionPerformed", \r
 109 function () {\r
 110 var command = this.historyList.pop ();\r
 111 command.undoCommand (null);\r
 112 if (this.ap.av.getHistoryList ().contains (command)) {\r
 113 this.ap.av.getHistoryList ().remove (command);\r
 114 this.ap.alignFrame.updateEditMenuBar ();\r
 115 this.ap.av.firePropertyChange ("alignment", null, this.ap.av.getAlignment ().getSequences ());\r
 116 }this.ap.paintAlignment (true);\r
 117 if (this.historyList.size () == 0) {\r
 118 this.undoButton.setEnabled (false);\r
 119 }});\r
 120 Clazz.defineMethod (c$, "valueField_actionPerformed", \r
 121 function (e) {\r
 122 try {\r
 123 var i = Integer.parseInt (this.valueField.getText ());\r
 124 this.slider.setValue (i);\r
 125 } catch (ex) {\r
 126 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 127 this.valueField.setText (this.slider.getValue () + "");\r
 128 } else {\r
 129 throw ex;\r
 130 }\r
 131 }\r
 132 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 133 Clazz.overrideMethod (c$, "windowOpened", \r
 134 function (evt) {\r
 135 }, "java.awt.event.WindowEvent");\r
 136 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosing", \r
 137 function (evt) {\r
 138 this.ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted (null);\r
 139 }, "java.awt.event.WindowEvent");\r
 140 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosed", \r
 141 function (evt) {\r
 142 }, "java.awt.event.WindowEvent");\r
 143 Clazz.overrideMethod (c$, "windowActivated", \r
 144 function (evt) {\r
 145 }, "java.awt.event.WindowEvent");\r
 146 Clazz.overrideMethod (c$, "windowDeactivated", \r
 147 function (evt) {\r
 148 }, "java.awt.event.WindowEvent");\r
 149 Clazz.overrideMethod (c$, "windowIconified", \r
 150 function (evt) {\r
 151 }, "java.awt.event.WindowEvent");\r
 152 Clazz.overrideMethod (c$, "windowDeiconified", \r
 153 function (evt) {\r
 154 }, "java.awt.event.WindowEvent");\r
 155 c$.$RedundancyPanel$1$ = function () {\r
 156 Clazz.pu$h ();\r
 157 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "RedundancyPanel$1", null, java.awt.event.AdjustmentListener);\r
 158 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged", \r
 159 function (evt) {\r
 160 this.b$["jalview.appletgui.RedundancyPanel"].valueField.setText (this.b$["jalview.appletgui.RedundancyPanel"].slider.getValue () + "");\r
 161 this.b$["jalview.appletgui.RedundancyPanel"].sliderValueChanged ();\r
 162 }, "java.awt.event.AdjustmentEvent");\r
 163 c$ = Clazz.p0p ();\r
 164 };\r
 165 });\r