bin/jalview/appletgui/SequenceRenderer.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.SequenceRenderer"], "jalview.appletgui.SequenceRenderer", ["jalview.util.Comparison", "java.awt.Color", "$.Font"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.av = null;\r
   5 this.fm = null;\r
   6 this.renderGaps = true;\r
   7 this.currentSequenceGroup = null;\r
   8 this.allGroups = null;\r
   9 this.resBoxColour = null;\r
  10 this.graphics = null;\r
  11 this.forOverview = false;\r
  12 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  13 }, jalview.appletgui, "SequenceRenderer", null, jalview.api.SequenceRenderer);\r
  14 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  15 function (av) {\r
  16 this.av = av;\r
  17 }, "jalview.appletgui.AlignViewport");\r
  18 Clazz.defineMethod (c$, "prepare", \r
  19 function (g, renderGaps) {\r
  20 this.graphics = g;\r
  21 this.fm = g.getFontMetrics ();\r
  22 this.renderGaps = renderGaps;\r
  23 }, "java.awt.Graphics,~B");\r
  24 Clazz.overrideMethod (c$, "getResidueBoxColour", \r
  25 function (seq, i) {\r
  26 this.allGroups = this.av.getAlignment ().findAllGroups (seq);\r
  27 if (this.inCurrentSequenceGroup (i)) {\r
  28 if (this.currentSequenceGroup.getDisplayBoxes ()) {\r
  29 this.getBoxColour (this.currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  30 }} else if (this.av.getShowBoxes ()) {\r
  31 this.getBoxColour (this.av.getGlobalColourScheme (), seq, i);\r
  32 }return this.resBoxColour;\r
  33 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");\r
  34 Clazz.overrideMethod (c$, "getResidueColour", \r
  35 function (seq, position, fr) {\r
  36 var col = this.getResidueBoxColour (seq, position);\r
  37 if (fr != null) {\r
  38 col = fr.findFeatureColour (col, seq, position);\r
  39 }return col;\r
  40 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,jalview.api.FeatureRenderer");\r
  41 Clazz.defineMethod (c$, "getBoxColour", \r
  42 function (cs, seq, i) {\r
  43 if (cs != null) {\r
  44 this.resBoxColour = cs.findColour (seq.getCharAt (i), i, seq);\r
  45 } else if (this.forOverview && !jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (i))) {\r
  46 this.resBoxColour = java.awt.Color.lightGray;\r
  47 } else {\r
  48 this.resBoxColour = java.awt.Color.white;\r
  49 }}, "jalview.schemes.ColourSchemeI,jalview.datamodel.SequenceI,~N");\r
  50 Clazz.defineMethod (c$, "findSequenceColour", \r
  51 function (seq, i) {\r
  52 this.allGroups = this.av.getAlignment ().findAllGroups (seq);\r
  53 this.drawBoxes (seq, i, i, 0);\r
  54 return this.resBoxColour;\r
  55 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");\r
  56 Clazz.defineMethod (c$, "drawSequence", \r
  57 function (seq, sg, start, end, y1) {\r
  58 if (seq == null) {\r
  59 return;\r
  60 }this.allGroups = sg;\r
  61 this.drawBoxes (seq, start, end, y1);\r
  62 if (this.av.validCharWidth) {\r
  63 this.drawText (seq, start, end, y1);\r
  64 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,~A,~N,~N,~N");\r
  65 Clazz.defineMethod (c$, "drawBoxes", \r
  66 function (seq, start, end, y1) {\r
  67 var i = start;\r
  68 var length = seq.getLength ();\r
  69 var curStart = -1;\r
  70 var curWidth = this.av.getCharWidth ();\r
  71 var avCharWidth = this.av.getCharWidth ();\r
  72 var avCharHeight = this.av.getCharHeight ();\r
  73 var tempColour = null;\r
  74 while (i <= end) {\r
  75 this.resBoxColour = java.awt.Color.white;\r
  76 if (i < length) {\r
  77 if (this.inCurrentSequenceGroup (i)) {\r
  78 if (this.currentSequenceGroup.getDisplayBoxes ()) {\r
  79 this.getBoxColour (this.currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  80 }} else if (this.av.getShowBoxes ()) {\r
  81 this.getBoxColour (this.av.getGlobalColourScheme (), seq, i);\r
  82 }}if (this.resBoxColour !== tempColour) {\r
  83 if (tempColour != null) {\r
  84 this.graphics.fillRect (avCharWidth * (curStart - start), y1, curWidth, avCharHeight);\r
  85 }this.graphics.setColor (this.resBoxColour);\r
  86 curStart = i;\r
  87 curWidth = avCharWidth;\r
  88 tempColour = this.resBoxColour;\r
  89 } else {\r
  90 curWidth += avCharWidth;\r
  91 }i++;\r
  92 }\r
  93 this.graphics.fillRect (avCharWidth * (curStart - start), y1, curWidth, avCharHeight);\r
  94 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,~N");\r
  95 Clazz.defineMethod (c$, "drawText", \r
  96 function (seq, start, end, y1) {\r
  97 var avCharWidth = this.av.getCharWidth ();\r
  98 var avCharHeight = this.av.getCharHeight ();\r
  99 var boldFont = null;\r
 100 var bold = false;\r
 101 if (this.av.isUpperCasebold ()) {\r
 102 boldFont =  new java.awt.Font (this.av.getFont ().getName (), 1, avCharHeight);\r
 103 this.graphics.setFont (this.av.getFont ());\r
 104 }y1 += avCharHeight - Clazz.doubleToInt (avCharHeight / 5);\r
 105 var charOffset = 0;\r
 106 if (end + 1 >= seq.getLength ()) {\r
 107 end = seq.getLength () - 1;\r
 108 }var s = ' ';\r
 109 var srep = this.av.isDisplayReferenceSeq ();\r
 110 for (var i = start; i <= end; i++) {\r
 111 this.graphics.setColor (java.awt.Color.black);\r
 112 s = seq.getCharAt (i);\r
 113 if (!this.renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap (s)) {\r
 114 continue;\r
 115 }if (this.inCurrentSequenceGroup (i)) {\r
 116 if (!this.currentSequenceGroup.getDisplayText ()) {\r
 117 continue;\r
 118 }if (this.currentSequenceGroup.getColourText ()) {\r
 119 this.getBoxColour (this.currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 120 this.graphics.setColor (this.resBoxColour.darker ());\r
 121 }if (this.currentSequenceGroup.getShowNonconserved ()) {\r
 122 s = this.getDisplayChar (srep, i, s, '.');\r
 123 }} else {\r
 124 if (!this.av.getShowText ()) {\r
 125 continue;\r
 126 }if (this.av.getColourText ()) {\r
 127 this.getBoxColour (this.av.getGlobalColourScheme (), seq, i);\r
 128 if (this.av.getShowBoxes ()) {\r
 129 this.graphics.setColor (this.resBoxColour.darker ());\r
 130 } else {\r
 131 this.graphics.setColor (this.resBoxColour);\r
 132 }}if (this.av.getShowUnconserved ()) {\r
 133 s = this.getDisplayChar (srep, i, s, '.');\r
 134 }}if (this.av.isUpperCasebold ()) {\r
 135 this.fm = this.graphics.getFontMetrics ();\r
 136 if ('A' <= s && s <= 'Z') {\r
 137 if (!bold) {\r
 138 this.graphics.setFont (boldFont);\r
 139 }bold = true;\r
 140 } else if (bold) {\r
 141 this.graphics.setFont (this.av.font);\r
 142 bold = false;\r
 143 }}charOffset = Clazz.doubleToInt ((avCharWidth - this.fm.charWidth (s)) / 2);\r
 144 this.graphics.drawString (String.valueOf (s), charOffset + avCharWidth * (i - start), y1);\r
 145 }\r
 146 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,~N");\r
 147 Clazz.defineMethod (c$, "getDisplayChar", \r
 148 ($fz = function (usesrep, position, s, c) {\r
 149 var conschar = (usesrep) ? this.av.getAlignment ().getSeqrep ().getCharAt (position) : this.av.getAlignmentConsensusAnnotation ().annotations[position].displayCharacter.charAt (0);\r
 150 if (conschar != '-' && s == conschar) {\r
 151 s = c;\r
 152 }return s;\r
 153 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~B,~N,~S,~S");\r
 154 Clazz.defineMethod (c$, "inCurrentSequenceGroup", \r
 155 function (res) {\r
 156 if (this.allGroups == null) {\r
 157 return false;\r
 158 }for (var i = 0; i < this.allGroups.length; i++) {\r
 159 if (this.allGroups[i].getStartRes () <= res && this.allGroups[i].getEndRes () >= res) {\r
 160 this.currentSequenceGroup = this.allGroups[i];\r
 161 return true;\r
 162 }}\r
 163 return false;\r
 164 }, "~N");\r
 165 Clazz.defineMethod (c$, "drawHighlightedText", \r
 166 function (seq, start, end, x1, y1) {\r
 167 var avCharWidth = this.av.getCharWidth ();\r
 168 var avCharHeight = this.av.getCharHeight ();\r
 169 var pady = Clazz.doubleToInt (avCharHeight / 5);\r
 170 var charOffset = 0;\r
 171 this.graphics.setColor (java.awt.Color.black);\r
 172 this.graphics.fillRect (x1, y1, avCharWidth * (end - start + 1), avCharHeight);\r
 173 this.graphics.setColor (java.awt.Color.white);\r
 174 var s = '~';\r
 175 if (this.av.validCharWidth) {\r
 176 for (var i = start; i <= end; i++) {\r
 177 if (i < seq.getLength ()) {\r
 178 s = seq.getCharAt (i);\r
 179 }charOffset = Clazz.doubleToInt ((avCharWidth - this.fm.charWidth (s)) / 2);\r
 180 this.graphics.drawString (String.valueOf (s), charOffset + x1 + avCharWidth * (i - start), y1 + avCharHeight - pady);\r
 181 }\r
 182 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,~N,~N");\r
 183 Clazz.defineMethod (c$, "drawCursor", \r
 184 function (seq, res, x1, y1) {\r
 185 var pady = Clazz.doubleToInt (this.av.getCharHeight () / 5);\r
 186 var charOffset = 0;\r
 187 this.graphics.setColor (java.awt.Color.black);\r
 188 this.graphics.fillRect (x1, y1, this.av.getCharWidth (), this.av.getCharHeight ());\r
 189 this.graphics.setColor (java.awt.Color.white);\r
 190 this.graphics.setColor (java.awt.Color.white);\r
 191 var s = seq.getCharAt (res);\r
 192 if (this.av.validCharWidth) {\r
 193 charOffset = Clazz.doubleToInt ((this.av.getCharWidth () - this.fm.charWidth (s)) / 2);\r
 194 this.graphics.drawString (String.valueOf (s), charOffset + x1, (y1 + this.av.getCharHeight ()) - pady);\r
 195 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,~N");\r
 196 });\r