bin/jalview/appletgui/SplitFrame.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["jalview.appletgui.EmbmenuFrame"], "jalview.appletgui.SplitFrame", ["awt2swing.Panel", "jalview.analysis.AlignmentUtils", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.structure.StructureSelectionManager", "java.awt.BorderLayout", "$.Dimension", "$.GridLayout"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.topFrame = null;\r
   5 this.bottomFrame = null;\r
   6 this.outermost = null;\r
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   8 }, jalview.appletgui, "SplitFrame", jalview.appletgui.EmbmenuFrame);\r
   9 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  10 function (af1, af2) {\r
  11 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.SplitFrame, []);\r
  12 this.topFrame = af1;\r
  13 this.bottomFrame = af2;\r
  14 this.init ();\r
  15 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,jalview.appletgui.AlignFrame");\r
  16 Clazz.defineMethod (c$, "init", \r
  17 function () {\r
  18 var $private = Clazz.checkPrivateMethod (arguments);\r
  19 if ($private != null) {\r
  20 return $private.apply (this, arguments);\r
  21 }\r
  22 this.constructSplit ();\r
  23 var topViewport = this.topFrame.viewport;\r
  24 var bottomViewport = this.bottomFrame.viewport;\r
  25 var topAlignment = topViewport.getAlignment ();\r
  26 var bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment ();\r
  27 var cdna = topAlignment.isNucleotide () ? topViewport : (bottomAlignment.isNucleotide () ? bottomViewport : null);\r
  28 var protein = !topAlignment.isNucleotide () ? topViewport : (!bottomAlignment.isNucleotide () ? bottomViewport : null);\r
  29 var mapped = jalview.analysis.AlignmentUtils.mapProteinToCdna (protein.getAlignment (), cdna.getAlignment ());\r
  30 if (mapped) {\r
  31 var ssm = jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (topViewport.applet);\r
  32 ssm.addMappings (protein.getAlignment ().getCodonFrames ());\r
  33 topViewport.setCodingComplement (bottomViewport);\r
  34 ssm.addCommandListener (cdna);\r
  35 ssm.addCommandListener (protein);\r
  36 }protein.initComplementConsensus ();\r
  37 var ap = topAlignment.isNucleotide () ? this.bottomFrame.alignPanel : this.topFrame.alignPanel;\r
  38 protein.updateConsensus (ap);\r
  39 this.adjustLayout ();\r
  40 });\r
  41 Clazz.defineMethod (c$, "constructSplit", \r
  42 function () {\r
  43 this.unsetMenuBar ();\r
  44 this.outermost =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.GridLayout (2, 1));\r
  45 var topPanel =  new awt2swing.Panel ();\r
  46 var bottomPanel =  new awt2swing.Panel ();\r
  47 this.outermost.add (topPanel);\r
  48 this.outermost.add (bottomPanel);\r
  49 this.addAlignFrameComponents (this.topFrame, topPanel);\r
  50 this.addAlignFrameComponents (this.bottomFrame, bottomPanel);\r
  51 });\r
  52 Clazz.defineMethod (c$, "adjustLayout", \r
  53 function () {\r
  54 var cdna = this.topFrame.getAlignViewport ().getAlignment ().isNucleotide () ? this.topFrame.viewport : this.bottomFrame.viewport;\r
  55 var protein = cdna === this.topFrame.viewport ? this.bottomFrame.viewport : this.topFrame.viewport;\r
  56 var w1 = this.topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth ();\r
  57 var w2 = this.bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth ();\r
  58 var w3 = Math.max (w1, w2);\r
  59 if (w1 != w3) {\r
  60 var d = this.topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize ();\r
  61 this.topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize ( new java.awt.Dimension (w3, d.height));\r
  62 }if (w2 != w3) {\r
  63 var d = this.bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize ();\r
  64 this.bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize ( new java.awt.Dimension (w3, d.height));\r
  65 }if (protein != null && cdna != null) {\r
  66 var vs = protein.getViewStyle ();\r
  67 var scale = vs.isScaleProteinAsCdna () ? 3 : 1;\r
  68 vs.setCharWidth (scale * cdna.getViewStyle ().getCharWidth ());\r
  69 protein.setViewStyle (vs);\r
  70 }});\r
  71 Clazz.defineMethod (c$, "addAlignFrameComponents", \r
  72 ($fz = function (af, panel) {\r
  73 panel.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
  74 var menuPanel = af.makeEmbeddedPopupMenu (af.getJMenuBar (), true, false);\r
  75 panel.add (menuPanel, "North");\r
  76 panel.add (af.statusBar, "South");\r
  77 panel.add (af.alignPanel, "Center");\r
  78 af.setSplitFrame (this);\r
  79 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.appletgui.AlignFrame,awt2swing.Panel");\r
  80 Clazz.defineMethod (c$, "addToDisplay", \r
  81 function (embedded, applet) {\r
  82 this.createSplitFrameWindow (embedded, applet);\r
  83 this.validate ();\r
  84 this.topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight ();\r
  85 this.topFrame.alignPanel.paintAlignment (true);\r
  86 this.bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight ();\r
  87 this.bottomFrame.alignPanel.paintAlignment (true);\r
  88 }, "~B,jalview.bin.JalviewLite");\r
  89 Clazz.defineMethod (c$, "createSplitFrameWindow", \r
  90 function (embed, applet) {\r
  91 if (embed) {\r
  92 applet.add (this.outermost);\r
  93 applet.validate ();\r
  94 } else {\r
  95 this.add (this.outermost);\r
  96 var width = Math.max (this.topFrame.frameWidth, this.bottomFrame.frameWidth);\r
  97 var height = this.topFrame.frameHeight + this.bottomFrame.frameHeight;\r
  98 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this, this.getTitle (), width, height);\r
  99 }}, "~B,jalview.bin.JalviewLite");\r
 100 Clazz.defineMethod (c$, "getComplement", \r
 101 function (af) {\r
 102 if (this.topFrame === af) {\r
 103 return this.bottomFrame;\r
 104 } else if (this.bottomFrame === af) {\r
 105 return this.topFrame;\r
 106 }return null;\r
 107 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");\r
 108 });\r