bin/jalview/appletgui/TreeCanvas.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.MouseListener", "$.MouseMotionListener", "java.util.Hashtable"], "jalview.appletgui.TreeCanvas", ["jalview.analysis.Conservation", "jalview.appletgui.PaintRefresher", "jalview.datamodel.SequenceGroup", "$.SequenceI", "$.SequenceNode", "jalview.schemes.ColourSchemeProperty", "$.ResidueProperties", "$.UserColourScheme", "jalview.util.Format", "$.MappingUtils", "java.awt.Color", "$.Dimension", "$.Point", "$.Rectangle", "java.util.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.tree = null;
   5 this.scrollPane = null;
   6 this.av = null;
   7 this.$font = null;
   8 this.fitToWindow = true;
   9 this.showDistances = false;
  10 this.showBootstrap = false;
  11 this.markPlaceholders = false;
  12 this.offx = 20;
  13 this.offy = 0;
  14 this.threshold = 0;
  15 this.longestName = null;
  16 this.labelLength = -1;
  17 this.nameHash = null;
  18 this.nodeHash = null;
  19 this.highlightNode = null;
  20 this.ap = null;
  21 Clazz.instantialize (this, arguments);
  22 }, jalview.appletgui, "TreeCanvas", awt2swing.Panel, [java.awt.event.MouseListener, java.awt.event.MouseMotionListener]);
  23 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  24 this.nameHash =  new java.util.Hashtable ();
  25 this.nodeHash =  new java.util.Hashtable ();
  26 });
  27 Clazz.makeConstructor (c$,
  28 function (ap, scroller) {
  29 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.TreeCanvas, []);
  30 this.ap = ap;
  31 this.av = ap.av;
  32 this.$font = this.av.getFont ();
  33 this.scrollPane = scroller;
  34 this.addMouseListener (this);
  35 this.addMouseMotionListener (this);
  36 this.setLayout (null);
  37 jalview.appletgui.PaintRefresher.Register (this, this.av.getSequenceSetId ());
  38 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,awt2swing.ScrollPane");
  39 Clazz.defineMethod (c$, "treeSelectionChanged",
  40 function (sequence) {
  41 var selected = this.av.getSelectionGroup ();
  42 if (selected == null) {
  43 selected =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();
  44 this.av.setSelectionGroup (selected);
  45 }selected.setEndRes (this.av.getAlignment ().getWidth () - 1);
  46 selected.addOrRemove (sequence, true);
  47 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
  48 Clazz.defineMethod (c$, "setTree",
  49 function (tree) {
  50 this.tree = tree;
  51 tree.findHeight (tree.getTopNode ());
  52 var leaves = tree.findLeaves (tree.getTopNode (),  new java.util.Vector ());
  53 var has_placeholders = false;
  54 this.longestName = "";
  55 for (var i = 0; i < leaves.size (); i++) {
  56 var lf = leaves.elementAt (i);
  57 if (lf.isPlaceholder ()) {
  58 has_placeholders = true;
  59 }if (this.longestName.length < (lf.element ()).getName ().length) {
  60 this.longestName = " * " + (lf.element ()).getName ();
  61 }}
  62 this.setMarkPlaceholders (has_placeholders);
  63 }, "jalview.analysis.NJTree");
  64 Clazz.defineMethod (c$, "drawNode",
  65 function (g, node, chunk, scale, width, offx, offy) {
  66 if (node == null) {
  67 return;
  68 }if (node.left () == null && node.right () == null) {
  69 var height = node.height;
  70 var dist = node.dist;
  71 var xstart = Clazz.floatToInt ((height - dist) * scale) + offx;
  72 var xend = Clazz.floatToInt (height * scale) + offx;
  73 var ypos = Clazz.floatToInt (node.ycount * chunk) + offy;
  74 if (Clazz.instanceOf (node.element (), jalview.datamodel.SequenceI)) {
  75 var seq = node.element ();
  76 if (this.av.getSequenceColour (seq) === java.awt.Color.white) {
  77 g.setColor (java.awt.Color.black);
  78 } else {
  79 g.setColor (this.av.getSequenceColour (seq).darker ());
  80 }} else {
  81 g.setColor (java.awt.Color.black);
  82 }g.drawLine (xstart, ypos, xend, ypos);
  83 var nodeLabel = "";
  84 if (this.showDistances && node.dist > 0) {
  85 nodeLabel =  new jalview.util.Format ("%-.2f").formDouble (node.dist);
  86 }if (this.showBootstrap) {
  87 var btstrap = node.getBootstrap ();
  88 if (btstrap > -1) {
  89 if (this.showDistances) {
  90 nodeLabel = nodeLabel + " : ";
  91 }nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf (node.getBootstrap ());
  92 }}if (!nodeLabel.equals ("")) {
  93 g.drawString (nodeLabel, xstart + 2, ypos - 2);
  94 }var name = (this.markPlaceholders && node.isPlaceholder ()) ? (" * " + node.getName ()) : node.getName ();
  95 var fm = g.getFontMetrics (this.$font);
  96 var charWidth = fm.stringWidth (name) + 3;
  97 var charHeight = fm.getHeight ();
  98 var rect =  new java.awt.Rectangle (xend + 10, ypos - charHeight, charWidth, charHeight);
  99 this.nameHash.put (node.element (), rect);
 100 var selected = this.av.getSelectionGroup ();
 101 if (selected != null && selected.getSequences (null).contains (node.element ())) {
 102 g.setColor (java.awt.Color.gray);
 103 g.fillRect (xend + 10, ypos - charHeight + 3, charWidth, charHeight);
 104 g.setColor (java.awt.Color.white);
 105 }g.drawString (name, xend + 10, ypos);
 106 g.setColor (java.awt.Color.black);
 107 } else {
 108 this.drawNode (g, node.left (), chunk, scale, width, offx, offy);
 109 this.drawNode (g, node.right (), chunk, scale, width, offx, offy);
 110 var height = node.height;
 111 var dist = node.dist;
 112 var xstart = Clazz.floatToInt ((height - dist) * scale) + offx;
 113 var xend = Clazz.floatToInt (height * scale) + offx;
 114 var ypos = Clazz.floatToInt (node.ycount * chunk) + offy;
 115 g.setColor (node.color.darker ());
 116 g.drawLine (xstart, ypos, xend, ypos);
 117 if (node === this.highlightNode) {
 118 g.fillRect (xend - 3, ypos - 3, 6, 6);
 119 } else {
 120 g.fillRect (xend - 2, ypos - 2, 4, 4);
 121 }var ystart = Clazz.floatToInt ((node.left ()).ycount * chunk) + offy;
 122 var yend = Clazz.floatToInt ((node.right ()).ycount * chunk) + offy;
 123 var pos =  new java.awt.Rectangle (xend - 2, ypos - 2, 5, 5);
 124 this.nodeHash.put (node, pos);
 125 g.drawLine (Clazz.floatToInt (height * scale) + offx, ystart, Clazz.floatToInt (height * scale) + offx, yend);
 126 var nodeLabel = "";
 127 if (this.showDistances && (node.dist > 0)) {
 128 nodeLabel =  new jalview.util.Format ("%-.2f").formDouble (node.dist);
 129 }if (this.showBootstrap) {
 130 var btstrap = node.getBootstrap ();
 131 if (btstrap > -1) {
 132 if (this.showDistances) {
 133 nodeLabel = nodeLabel + " : ";
 134 }nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf (node.getBootstrap ());
 135 }}if (!nodeLabel.equals ("")) {
 136 g.drawString (nodeLabel, xstart + 2, ypos - 2);
 137 }}}, "java.awt.Graphics,jalview.datamodel.SequenceNode,~N,~N,~N,~N,~N");
 138 Clazz.defineMethod (c$, "findElement",
 139 function (x, y) {
 140 var keys = this.nameHash.keys ();
 141 while (keys.hasMoreElements ()) {
 142 var ob = keys.nextElement ();
 143 var rect = this.nameHash.get (ob);
 144 if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) && y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {
 145 return ob;
 146 }}
 147 keys = this.nodeHash.keys ();
 148 while (keys.hasMoreElements ()) {
 149 var ob = keys.nextElement ();
 150 var rect = this.nodeHash.get (ob);
 151 if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) && y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {
 152 return ob;
 153 }}
 154 return null;
 155 }, "~N,~N");
 156 Clazz.defineMethod (c$, "pickNodes",
 157 function (pickBox) {
 158 var width = this.getSize ().width;
 159 var height = this.getSize ().height;
 160 var top = this.tree.getTopNode ();
 161 var wscale = (width * .8 - this.offx * 2) / this.tree.getMaxHeight ();
 162 if (top.count == 0) {
 163 top.count = (top.left ()).count + (top.right ()).count;
 164 }var chunk = (height - this.offy) / top.count;
 165 this.pickNode (pickBox, top, chunk, wscale, width, this.offx, this.offy);
 166 }, "java.awt.Rectangle");
 167 Clazz.defineMethod (c$, "pickNode",
 168 function (pickBox, node, chunk, scale, width, offx, offy) {
 169 if (node == null) {
 170 return;
 171 }if (node.left () == null && node.right () == null) {
 172 var height = node.height;
 173 var xend = Clazz.floatToInt (height * scale) + offx;
 174 var ypos = Clazz.floatToInt (node.ycount * chunk) + offy;
 175 if (pickBox.contains ( new java.awt.Point (xend, ypos))) {
 176 if (Clazz.instanceOf (node.element (), jalview.datamodel.SequenceI)) {
 177 var seq = node.element ();
 178 var sg = this.av.getSelectionGroup ();
 179 if (sg != null) {
 180 sg.addOrRemove (seq, true);
 181 }}}} else {
 182 this.pickNode (pickBox, node.left (), chunk, scale, width, offx, offy);
 183 this.pickNode (pickBox, node.right (), chunk, scale, width, offx, offy);
 184 }}, "java.awt.Rectangle,jalview.datamodel.SequenceNode,~N,~N,~N,~N,~N");
 185 Clazz.defineMethod (c$, "setColor",
 186 function (node, c) {
 187 if (node == null) {
 188 return;
 189 }if (node.left () == null && node.right () == null) {
 190 node.color = c;
 191 if (Clazz.instanceOf (node.element (), jalview.datamodel.SequenceI)) {
 192 this.av.setSequenceColour (node.element (), c);
 193 }} else {
 194 node.color = c;
 195 this.setColor (node.left (), c);
 196 this.setColor (node.right (), c);
 197 }}, "jalview.datamodel.SequenceNode,java.awt.Color");
 198 Clazz.overrideMethod (c$, "update",
 199 function (g) {
 200 this.paint (g);
 201 }, "java.awt.Graphics");
 202 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent",
 203 function (g) {
 204 if (this.tree == null) {
 205 return;
 206 }if (this.nameHash.size () == 0) {
 207 this.repaint ();
 208 }var width = this.scrollPane.getSize ().width;
 209 var height = this.scrollPane.getSize ().height;
 210 if (!this.fitToWindow) {
 211 height = g.getFontMetrics (this.$font).getHeight () * this.nameHash.size ();
 212 }if (this.getSize ().width > width) {
 213 this.setSize ( new java.awt.Dimension (width, height));
 214 this.scrollPane.validate ();
 215 return;
 216 }this.setSize ( new java.awt.Dimension (width, height));
 217 g.setFont (this.$font);
 218 this.draw (g, width, height);
 219 this.validate ();
 220 }, "java.awt.Graphics");
 221 Clazz.defineMethod (c$, "draw",
 222 function (g, width, height) {
 223 this.offy = this.$font.getSize () + 10;
 224 g.setColor (java.awt.Color.white);
 225 g.fillRect (0, 0, width, height);
 226 this.labelLength = g.getFontMetrics (this.$font).stringWidth (this.longestName) + 20;
 227 var wscale = (width - this.labelLength - this.offx * 2) / this.tree.getMaxHeight ();
 228 var top = this.tree.getTopNode ();
 229 if (top.count == 0) {
 230 top.count = (top.left ()).count + (top.right ()).count;
 231 }var chunk = (height - this.offy) / top.count;
 232 this.drawNode (g, this.tree.getTopNode (), chunk, wscale, width, this.offx, this.offy);
 233 if (this.threshold != 0) {
 234 if (this.av.getCurrentTree () === this.tree) {
 235 g.setColor (java.awt.Color.red);
 236 } else {
 237 g.setColor (java.awt.Color.gray);
 238 }var x = Clazz.floatToInt (this.threshold * (this.getSize ().width - this.labelLength - 2 * this.offx) + this.offx);
 239 g.drawLine (x, 0, x, this.getSize ().height);
 240 }}, "java.awt.Graphics,~N,~N");
 241 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
 242 function (e) {
 243 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 244 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
 245 function (e) {
 246 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 247 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
 248 function (e) {
 249 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 250 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
 251 function (evt) {
 252 if (this.highlightNode != null) {
 253 if (evt.getClickCount () > 1) {
 254 this.tree.swapNodes (this.highlightNode);
 255 this.tree.reCount (this.tree.getTopNode ());
 256 this.tree.findHeight (this.tree.getTopNode ());
 257 } else {
 258 var leaves =  new java.util.Vector ();
 259 this.tree.findLeaves (this.highlightNode, leaves);
 260 for (var i = 0; i < leaves.size (); i++) {
 261 var seq = (leaves.elementAt (i)).element ();
 262 this.treeSelectionChanged (seq);
 263 }
 264 }jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.av.getSequenceSetId ());
 265 this.repaint ();
 266 this.av.sendSelection ();
 267 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 268 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged",
 269 function (ect) {
 270 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 271 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved",
 272 function (evt) {
 273 this.av.setCurrentTree (this.tree);
 274 var ob = this.findElement (evt.getX (), evt.getY ());
 275 if (Clazz.instanceOf (ob, jalview.datamodel.SequenceNode)) {
 276 this.highlightNode = ob;
 277 this.repaint ();
 278 } else {
 279 if (this.highlightNode != null) {
 280 this.highlightNode = null;
 281 this.repaint ();
 282 }}}, "java.awt.event.MouseEvent");
 283 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 284 function (e) {
 285 this.av.setCurrentTree (this.tree);
 286 var x = e.getX ();
 287 var y = e.getY ();
 288 var ob = this.findElement (x, y);
 289 if (Clazz.instanceOf (ob, jalview.datamodel.SequenceI)) {
 290 this.treeSelectionChanged (ob);
 291 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.av.getSequenceSetId ());
 292 this.repaint ();
 293 this.av.sendSelection ();
 294 return;
 295 } else if (!(Clazz.instanceOf (ob, jalview.datamodel.SequenceNode))) {
 296 if (this.tree.getMaxHeight () != 0) {
 297 this.threshold = (x - this.offx) / (this.getSize ().width - this.labelLength - 2 * this.offx);
 298 this.tree.getGroups ().removeAllElements ();
 299 this.tree.groupNodes (this.tree.getTopNode (), this.threshold);
 300 this.setColor (this.tree.getTopNode (), java.awt.Color.black);
 301 this.av.setSelectionGroup (null);
 302 this.av.getAlignment ().deleteAllGroups ();
 303 this.av.clearSequenceColours ();
 304 var codingComplement = this.av.getCodingComplement ();
 305 if (codingComplement != null) {
 306 codingComplement.setSelectionGroup (null);
 307 codingComplement.getAlignment ().deleteAllGroups ();
 308 codingComplement.clearSequenceColours ();
 309 }this.colourGroups ();
 310 }}jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.av.getSequenceSetId ());
 311 this.repaint ();
 312 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 313 Clazz.defineMethod (c$, "colourGroups",
 314 function () {
 315 for (var i = 0; i < this.tree.getGroups ().size (); i++) {
 316 var col =  new java.awt.Color (Clazz.doubleToInt (Math.random () * 255), Clazz.doubleToInt (Math.random () * 255), Clazz.doubleToInt (Math.random () * 255));
 317 this.setColor (this.tree.getGroups ().elementAt (i), col.brighter ());
 318 var l = this.tree.findLeaves (this.tree.getGroups ().elementAt (i),  new java.util.Vector ());
 319 var sequences =  new java.util.Vector ();
 320 for (var j = 0; j < l.size (); j++) {
 321 var s1 = (l.elementAt (j)).element ();
 322 if (!sequences.contains (s1)) {
 323 sequences.addElement (s1);
 324 }}
 325 var cs = null;
 326 var sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (sequences, "", cs, true, true, false, 0, this.av.getAlignment ().getWidth () - 1);
 327 if (this.av.getGlobalColourScheme () != null) {
 328 if (Clazz.instanceOf (this.av.getGlobalColourScheme (), jalview.schemes.UserColourScheme)) {
 329 cs =  new jalview.schemes.UserColourScheme ((this.av.getGlobalColourScheme ()).getColours ());
 330 } else {
 331 cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour (sg, jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName (this.av.getGlobalColourScheme ()));
 332 }if (cs != null) {
 333 cs.setThreshold (this.av.getGlobalColourScheme ().getThreshold (), this.av.isIgnoreGapsConsensus ());
 334 }}sg.cs = cs;
 335 sg.setName ("JTreeGroup:" + sg.hashCode ());
 336 sg.setIdColour (col);
 337 if (this.av.getGlobalColourScheme () != null && this.av.getGlobalColourScheme ().conservationApplied ()) {
 338 var c =  new jalview.analysis.Conservation ("Group", jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences (null), sg.getStartRes (), sg.getEndRes ());
 339 c.calculate ();
 340 c.verdict (false, this.av.getConsPercGaps ());
 341 cs.setConservation (c);
 342 sg.cs = cs;
 343 }this.av.getAlignment ().addGroup (sg);
 344 this.av.getAlignment ().addGroup (sg);
 345 var codingComplement = this.av.getCodingComplement ();
 346 if (codingComplement != null) {
 347 var mappedGroup = jalview.util.MappingUtils.mapSequenceGroup (sg, this.av, codingComplement);
 348 if (mappedGroup.getSequences ().size () > 0) {
 349 codingComplement.getAlignment ().addGroup (mappedGroup);
 350 for (var seq, $seq = mappedGroup.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 351 codingComplement.setSequenceColour (seq, col);
 352 }
 353 }}}
 354 this.ap.updateAnnotation ();
 355 if (this.av.getCodingComplement () != null) {
 356 (this.av.getCodingComplement ()).firePropertyChange ("alignment", null, this.ap.av.getAlignment ().getSequences ());
 357 }});
 358 Clazz.defineMethod (c$, "setShowDistances",
 359 function (state) {
 360 this.showDistances = state;
 361 this.repaint ();
 362 }, "~B");
 363 Clazz.defineMethod (c$, "setShowBootstrap",
 364 function (state) {
 365 this.showBootstrap = state;
 366 this.repaint ();
 367 }, "~B");
 368 Clazz.defineMethod (c$, "setMarkPlaceholders",
 369 function (state) {
 370 this.markPlaceholders = state;
 371 this.repaint ();
 372 }, "~B");
 373 Clazz.defineStatics (c$,
 374 "PLACEHOLDER", " * ");
 375 });