bin/jalview/appletgui/TreeCanvas.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.MouseListener", "$.MouseMotionListener", "java.util.Hashtable"], "jalview.appletgui.TreeCanvas", ["jalview.analysis.Conservation", "jalview.appletgui.PaintRefresher", "jalview.datamodel.SequenceGroup", "$.SequenceI", "$.SequenceNode", "jalview.schemes.ColourSchemeProperty", "$.ResidueProperties", "$.UserColourScheme", "jalview.util.Format", "$.MappingUtils", "java.awt.Color", "$.Dimension", "$.Point", "$.Rectangle", "java.util.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.tree = null;\r
   5 this.scrollPane = null;\r
   6 this.av = null;\r
   7 this.$font = null;\r
   8 this.fitToWindow = true;\r
   9 this.showDistances = false;\r
  10 this.showBootstrap = false;\r
  11 this.markPlaceholders = false;\r
  12 this.offx = 20;\r
  13 this.offy = 0;\r
  14 this.threshold = 0;\r
  15 this.longestName = null;\r
  16 this.labelLength = -1;\r
  17 this.nameHash = null;\r
  18 this.nodeHash = null;\r
  19 this.highlightNode = null;\r
  20 this.ap = null;\r
  21 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  22 }, jalview.appletgui, "TreeCanvas", awt2swing.Panel, [java.awt.event.MouseListener, java.awt.event.MouseMotionListener]);\r
  23 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  24 this.nameHash =  new java.util.Hashtable ();\r
  25 this.nodeHash =  new java.util.Hashtable ();\r
  26 });\r
  27 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  28 function (ap, scroller) {\r
  29 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.TreeCanvas, []);\r
  30 this.ap = ap;\r
  31 this.av = ap.av;\r
  32 this.$font = this.av.getFont ();\r
  33 this.scrollPane = scroller;\r
  34 this.addMouseListener (this);\r
  35 this.addMouseMotionListener (this);\r
  36 this.setLayout (null);\r
  37 jalview.appletgui.PaintRefresher.Register (this, this.av.getSequenceSetId ());\r
  38 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,awt2swing.ScrollPane");\r
  39 Clazz.defineMethod (c$, "treeSelectionChanged", \r
  40 function (sequence) {\r
  41 var selected = this.av.getSelectionGroup ();\r
  42 if (selected == null) {\r
  43 selected =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();\r
  44 this.av.setSelectionGroup (selected);\r
  45 }selected.setEndRes (this.av.getAlignment ().getWidth () - 1);\r
  46 selected.addOrRemove (sequence, true);\r
  47 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
  48 Clazz.defineMethod (c$, "setTree", \r
  49 function (tree) {\r
  50 this.tree = tree;\r
  51 tree.findHeight (tree.getTopNode ());\r
  52 var leaves = tree.findLeaves (tree.getTopNode (),  new java.util.Vector ());\r
  53 var has_placeholders = false;\r
  54 this.longestName = "";\r
  55 for (var i = 0; i < leaves.size (); i++) {\r
  56 var lf = leaves.elementAt (i);\r
  57 if (lf.isPlaceholder ()) {\r
  58 has_placeholders = true;\r
  59 }if (this.longestName.length < (lf.element ()).getName ().length) {\r
  60 this.longestName = " * " + (lf.element ()).getName ();\r
  61 }}\r
  62 this.setMarkPlaceholders (has_placeholders);\r
  63 }, "jalview.analysis.NJTree");\r
  64 Clazz.defineMethod (c$, "drawNode", \r
  65 function (g, node, chunk, scale, width, offx, offy) {\r
  66 if (node == null) {\r
  67 return;\r
  68 }if (node.left () == null && node.right () == null) {\r
  69 var height = node.height;\r
  70 var dist = node.dist;\r
  71 var xstart = Clazz.floatToInt ((height - dist) * scale) + offx;\r
  72 var xend = Clazz.floatToInt (height * scale) + offx;\r
  73 var ypos = Clazz.floatToInt (node.ycount * chunk) + offy;\r
  74 if (Clazz.instanceOf (node.element (), jalview.datamodel.SequenceI)) {\r
  75 var seq = node.element ();\r
  76 if (this.av.getSequenceColour (seq) === java.awt.Color.white) {\r
  77 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
  78 } else {\r
  79 g.setColor (this.av.getSequenceColour (seq).darker ());\r
  80 }} else {\r
  81 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
  82 }g.drawLine (xstart, ypos, xend, ypos);\r
  83 var nodeLabel = "";\r
  84 if (this.showDistances && node.dist > 0) {\r
  85 nodeLabel =  new jalview.util.Format ("%-.2f").formDouble (node.dist);\r
  86 }if (this.showBootstrap) {\r
  87 var btstrap = node.getBootstrap ();\r
  88 if (btstrap > -1) {\r
  89 if (this.showDistances) {\r
  90 nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
  91 }nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf (node.getBootstrap ());\r
  92 }}if (!nodeLabel.equals ("")) {\r
  93 g.drawString (nodeLabel, xstart + 2, ypos - 2);\r
  94 }var name = (this.markPlaceholders && node.isPlaceholder ()) ? (" * " + node.getName ()) : node.getName ();\r
  95 var fm = g.getFontMetrics (this.$font);\r
  96 var charWidth = fm.stringWidth (name) + 3;\r
  97 var charHeight = fm.getHeight ();\r
  98 var rect =  new java.awt.Rectangle (xend + 10, ypos - charHeight, charWidth, charHeight);\r
  99 this.nameHash.put (node.element (), rect);\r
 100 var selected = this.av.getSelectionGroup ();\r
 101 if (selected != null && selected.getSequences (null).contains (node.element ())) {\r
 102 g.setColor (java.awt.Color.gray);\r
 103 g.fillRect (xend + 10, ypos - charHeight + 3, charWidth, charHeight);\r
 104 g.setColor (java.awt.Color.white);\r
 105 }g.drawString (name, xend + 10, ypos);\r
 106 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
 107 } else {\r
 108 this.drawNode (g, node.left (), chunk, scale, width, offx, offy);\r
 109 this.drawNode (g, node.right (), chunk, scale, width, offx, offy);\r
 110 var height = node.height;\r
 111 var dist = node.dist;\r
 112 var xstart = Clazz.floatToInt ((height - dist) * scale) + offx;\r
 113 var xend = Clazz.floatToInt (height * scale) + offx;\r
 114 var ypos = Clazz.floatToInt (node.ycount * chunk) + offy;\r
 115 g.setColor (node.color.darker ());\r
 116 g.drawLine (xstart, ypos, xend, ypos);\r
 117 if (node === this.highlightNode) {\r
 118 g.fillRect (xend - 3, ypos - 3, 6, 6);\r
 119 } else {\r
 120 g.fillRect (xend - 2, ypos - 2, 4, 4);\r
 121 }var ystart = Clazz.floatToInt ((node.left ()).ycount * chunk) + offy;\r
 122 var yend = Clazz.floatToInt ((node.right ()).ycount * chunk) + offy;\r
 123 var pos =  new java.awt.Rectangle (xend - 2, ypos - 2, 5, 5);\r
 124 this.nodeHash.put (node, pos);\r
 125 g.drawLine (Clazz.floatToInt (height * scale) + offx, ystart, Clazz.floatToInt (height * scale) + offx, yend);\r
 126 var nodeLabel = "";\r
 127 if (this.showDistances && (node.dist > 0)) {\r
 128 nodeLabel =  new jalview.util.Format ("%-.2f").formDouble (node.dist);\r
 129 }if (this.showBootstrap) {\r
 130 var btstrap = node.getBootstrap ();\r
 131 if (btstrap > -1) {\r
 132 if (this.showDistances) {\r
 133 nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
 134 }nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf (node.getBootstrap ());\r
 135 }}if (!nodeLabel.equals ("")) {\r
 136 g.drawString (nodeLabel, xstart + 2, ypos - 2);\r
 137 }}}, "java.awt.Graphics,jalview.datamodel.SequenceNode,~N,~N,~N,~N,~N");\r
 138 Clazz.defineMethod (c$, "findElement", \r
 139 function (x, y) {\r
 140 var keys = this.nameHash.keys ();\r
 141 while (keys.hasMoreElements ()) {\r
 142 var ob = keys.nextElement ();\r
 143 var rect = this.nameHash.get (ob);\r
 144 if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) && y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 145 return ob;\r
 146 }}\r
 147 keys = this.nodeHash.keys ();\r
 148 while (keys.hasMoreElements ()) {\r
 149 var ob = keys.nextElement ();\r
 150 var rect = this.nodeHash.get (ob);\r
 151 if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) && y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 152 return ob;\r
 153 }}\r
 154 return null;\r
 155 }, "~N,~N");\r
 156 Clazz.defineMethod (c$, "pickNodes", \r
 157 function (pickBox) {\r
 158 var width = this.getSize ().width;\r
 159 var height = this.getSize ().height;\r
 160 var top = this.tree.getTopNode ();\r
 161 var wscale = (width * .8 - this.offx * 2) / this.tree.getMaxHeight ();\r
 162 if (top.count == 0) {\r
 163 top.count = (top.left ()).count + (top.right ()).count;\r
 164 }var chunk = (height - this.offy) / top.count;\r
 165 this.pickNode (pickBox, top, chunk, wscale, width, this.offx, this.offy);\r
 166 }, "java.awt.Rectangle");\r
 167 Clazz.defineMethod (c$, "pickNode", \r
 168 function (pickBox, node, chunk, scale, width, offx, offy) {\r
 169 if (node == null) {\r
 170 return;\r
 171 }if (node.left () == null && node.right () == null) {\r
 172 var height = node.height;\r
 173 var xend = Clazz.floatToInt (height * scale) + offx;\r
 174 var ypos = Clazz.floatToInt (node.ycount * chunk) + offy;\r
 175 if (pickBox.contains ( new java.awt.Point (xend, ypos))) {\r
 176 if (Clazz.instanceOf (node.element (), jalview.datamodel.SequenceI)) {\r
 177 var seq = node.element ();\r
 178 var sg = this.av.getSelectionGroup ();\r
 179 if (sg != null) {\r
 180 sg.addOrRemove (seq, true);\r
 181 }}}} else {\r
 182 this.pickNode (pickBox, node.left (), chunk, scale, width, offx, offy);\r
 183 this.pickNode (pickBox, node.right (), chunk, scale, width, offx, offy);\r
 184 }}, "java.awt.Rectangle,jalview.datamodel.SequenceNode,~N,~N,~N,~N,~N");\r
 185 Clazz.defineMethod (c$, "setColor", \r
 186 function (node, c) {\r
 187 if (node == null) {\r
 188 return;\r
 189 }if (node.left () == null && node.right () == null) {\r
 190 node.color = c;\r
 191 if (Clazz.instanceOf (node.element (), jalview.datamodel.SequenceI)) {\r
 192 this.av.setSequenceColour (node.element (), c);\r
 193 }} else {\r
 194 node.color = c;\r
 195 this.setColor (node.left (), c);\r
 196 this.setColor (node.right (), c);\r
 197 }}, "jalview.datamodel.SequenceNode,java.awt.Color");\r
 198 Clazz.overrideMethod (c$, "update", \r
 199 function (g) {\r
 200 this.paint (g);\r
 201 }, "java.awt.Graphics");\r
 202 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent", \r
 203 function (g) {\r
 204 if (this.tree == null) {\r
 205 return;\r
 206 }if (this.nameHash.size () == 0) {\r
 207 this.repaint ();\r
 208 }var width = this.scrollPane.getSize ().width;\r
 209 var height = this.scrollPane.getSize ().height;\r
 210 if (!this.fitToWindow) {\r
 211 height = g.getFontMetrics (this.$font).getHeight () * this.nameHash.size ();\r
 212 }if (this.getSize ().width > width) {\r
 213 this.setSize ( new java.awt.Dimension (width, height));\r
 214 this.scrollPane.validate ();\r
 215 return;\r
 216 }this.setSize ( new java.awt.Dimension (width, height));\r
 217 g.setFont (this.$font);\r
 218 this.draw (g, width, height);\r
 219 this.validate ();\r
 220 }, "java.awt.Graphics");\r
 221 Clazz.defineMethod (c$, "draw", \r
 222 function (g, width, height) {\r
 223 this.offy = this.$font.getSize () + 10;\r
 224 g.setColor (java.awt.Color.white);\r
 225 g.fillRect (0, 0, width, height);\r
 226 this.labelLength = g.getFontMetrics (this.$font).stringWidth (this.longestName) + 20;\r
 227 var wscale = (width - this.labelLength - this.offx * 2) / this.tree.getMaxHeight ();\r
 228 var top = this.tree.getTopNode ();\r
 229 if (top.count == 0) {\r
 230 top.count = (top.left ()).count + (top.right ()).count;\r
 231 }var chunk = (height - this.offy) / top.count;\r
 232 this.drawNode (g, this.tree.getTopNode (), chunk, wscale, width, this.offx, this.offy);\r
 233 if (this.threshold != 0) {\r
 234 if (this.av.getCurrentTree () === this.tree) {\r
 235 g.setColor (java.awt.Color.red);\r
 236 } else {\r
 237 g.setColor (java.awt.Color.gray);\r
 238 }var x = Clazz.floatToInt (this.threshold * (this.getSize ().width - this.labelLength - 2 * this.offx) + this.offx);\r
 239 g.drawLine (x, 0, x, this.getSize ().height);\r
 240 }}, "java.awt.Graphics,~N,~N");\r
 241 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
 242 function (e) {\r
 243 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 244 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered", \r
 245 function (e) {\r
 246 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 247 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited", \r
 248 function (e) {\r
 249 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 250 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked", \r
 251 function (evt) {\r
 252 if (this.highlightNode != null) {\r
 253 if (evt.getClickCount () > 1) {\r
 254 this.tree.swapNodes (this.highlightNode);\r
 255 this.tree.reCount (this.tree.getTopNode ());\r
 256 this.tree.findHeight (this.tree.getTopNode ());\r
 257 } else {\r
 258 var leaves =  new java.util.Vector ();\r
 259 this.tree.findLeaves (this.highlightNode, leaves);\r
 260 for (var i = 0; i < leaves.size (); i++) {\r
 261 var seq = (leaves.elementAt (i)).element ();\r
 262 this.treeSelectionChanged (seq);\r
 263 }\r
 264 }jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.av.getSequenceSetId ());\r
 265 this.repaint ();\r
 266 this.av.sendSelection ();\r
 267 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 268 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged", \r
 269 function (ect) {\r
 270 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 271 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved", \r
 272 function (evt) {\r
 273 this.av.setCurrentTree (this.tree);\r
 274 var ob = this.findElement (evt.getX (), evt.getY ());\r
 275 if (Clazz.instanceOf (ob, jalview.datamodel.SequenceNode)) {\r
 276 this.highlightNode = ob;\r
 277 this.repaint ();\r
 278 } else {\r
 279 if (this.highlightNode != null) {\r
 280 this.highlightNode = null;\r
 281 this.repaint ();\r
 282 }}}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 283 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
 284 function (e) {\r
 285 this.av.setCurrentTree (this.tree);\r
 286 var x = e.getX ();\r
 287 var y = e.getY ();\r
 288 var ob = this.findElement (x, y);\r
 289 if (Clazz.instanceOf (ob, jalview.datamodel.SequenceI)) {\r
 290 this.treeSelectionChanged (ob);\r
 291 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.av.getSequenceSetId ());\r
 292 this.repaint ();\r
 293 this.av.sendSelection ();\r
 294 return;\r
 295 } else if (!(Clazz.instanceOf (ob, jalview.datamodel.SequenceNode))) {\r
 296 if (this.tree.getMaxHeight () != 0) {\r
 297 this.threshold = (x - this.offx) / (this.getSize ().width - this.labelLength - 2 * this.offx);\r
 298 this.tree.getGroups ().removeAllElements ();\r
 299 this.tree.groupNodes (this.tree.getTopNode (), this.threshold);\r
 300 this.setColor (this.tree.getTopNode (), java.awt.Color.black);\r
 301 this.av.setSelectionGroup (null);\r
 302 this.av.getAlignment ().deleteAllGroups ();\r
 303 this.av.clearSequenceColours ();\r
 304 var codingComplement = this.av.getCodingComplement ();\r
 305 if (codingComplement != null) {\r
 306 codingComplement.setSelectionGroup (null);\r
 307 codingComplement.getAlignment ().deleteAllGroups ();\r
 308 codingComplement.clearSequenceColours ();\r
 309 }this.colourGroups ();\r
 310 }}jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.av.getSequenceSetId ());\r
 311 this.repaint ();\r
 312 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 313 Clazz.defineMethod (c$, "colourGroups", \r
 314 function () {\r
 315 for (var i = 0; i < this.tree.getGroups ().size (); i++) {\r
 316 var col =  new java.awt.Color (Clazz.doubleToInt (Math.random () * 255), Clazz.doubleToInt (Math.random () * 255), Clazz.doubleToInt (Math.random () * 255));\r
 317 this.setColor (this.tree.getGroups ().elementAt (i), col.brighter ());\r
 318 var l = this.tree.findLeaves (this.tree.getGroups ().elementAt (i),  new java.util.Vector ());\r
 319 var sequences =  new java.util.Vector ();\r
 320 for (var j = 0; j < l.size (); j++) {\r
 321 var s1 = (l.elementAt (j)).element ();\r
 322 if (!sequences.contains (s1)) {\r
 323 sequences.addElement (s1);\r
 324 }}\r
 325 var cs = null;\r
 326 var sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (sequences, "", cs, true, true, false, 0, this.av.getAlignment ().getWidth () - 1);\r
 327 if (this.av.getGlobalColourScheme () != null) {\r
 328 if (Clazz.instanceOf (this.av.getGlobalColourScheme (), jalview.schemes.UserColourScheme)) {\r
 329 cs =  new jalview.schemes.UserColourScheme ((this.av.getGlobalColourScheme ()).getColours ());\r
 330 } else {\r
 331 cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour (sg, jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName (this.av.getGlobalColourScheme ()));\r
 332 }if (cs != null) {\r
 333 cs.setThreshold (this.av.getGlobalColourScheme ().getThreshold (), this.av.isIgnoreGapsConsensus ());\r
 334 }}sg.cs = cs;\r
 335 sg.setName ("JTreeGroup:" + sg.hashCode ());\r
 336 sg.setIdColour (col);\r
 337 if (this.av.getGlobalColourScheme () != null && this.av.getGlobalColourScheme ().conservationApplied ()) {\r
 338 var c =  new jalview.analysis.Conservation ("Group", jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences (null), sg.getStartRes (), sg.getEndRes ());\r
 339 c.calculate ();\r
 340 c.verdict (false, this.av.getConsPercGaps ());\r
 341 cs.setConservation (c);\r
 342 sg.cs = cs;\r
 343 }this.av.getAlignment ().addGroup (sg);\r
 344 this.av.getAlignment ().addGroup (sg);\r
 345 var codingComplement = this.av.getCodingComplement ();\r
 346 if (codingComplement != null) {\r
 347 var mappedGroup = jalview.util.MappingUtils.mapSequenceGroup (sg, this.av, codingComplement);\r
 348 if (mappedGroup.getSequences ().size () > 0) {\r
 349 codingComplement.getAlignment ().addGroup (mappedGroup);\r
 350 for (var seq, $seq = mappedGroup.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 351 codingComplement.setSequenceColour (seq, col);\r
 352 }\r
 353 }}}\r
 354 this.ap.updateAnnotation ();\r
 355 if (this.av.getCodingComplement () != null) {\r
 356 (this.av.getCodingComplement ()).firePropertyChange ("alignment", null, this.ap.av.getAlignment ().getSequences ());\r
 357 }});\r
 358 Clazz.defineMethod (c$, "setShowDistances", \r
 359 function (state) {\r
 360 this.showDistances = state;\r
 361 this.repaint ();\r
 362 }, "~B");\r
 363 Clazz.defineMethod (c$, "setShowBootstrap", \r
 364 function (state) {\r
 365 this.showBootstrap = state;\r
 366 this.repaint ();\r
 367 }, "~B");\r
 368 Clazz.defineMethod (c$, "setMarkPlaceholders", \r
 369 function (state) {\r
 370 this.markPlaceholders = state;\r
 371 this.repaint ();\r
 372 }, "~B");\r
 373 Clazz.defineStatics (c$,\r
 374 "PLACEHOLDER", " * ");\r
 375 });\r