bin/jalview/appletgui/TreePanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["jalview.appletgui.EmbmenuFrame", "java.awt.event.ActionListener", "$.ItemListener", "java.lang.Thread", "awt2swing.CheckboxMenuItem", "$.Menu", "$.MenuBar", "$.MenuItem", "$.ScrollPane", "java.awt.BorderLayout"], "jalview.appletgui.TreePanel", ["awt2swing.Frame", "jalview.analysis.NJTree", "jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI", "jalview.appletgui.AlignFrame", "$.CutAndPasteTransfer", "$.FontChooser", "$.TreeCanvas", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.Alignment", "jalview.io.NewickFile", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "$.Font"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.seq = null;\r
   5 this.$type = null;\r
   6 this.pwtype = null;\r
   7 this.start = 0;\r
   8 this.end = 0;\r
   9 this.treeCanvas = null;\r
  10 this.tree = null;\r
  11 this.ap = null;\r
  12 this.av = null;\r
  13 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.TreePanel.TreeLoader")) {\r
  14 jalview.appletgui.TreePanel.$TreePanel$TreeLoader$ ();\r
  15 }\r
  16 this.borderLayout1 = null;\r
  17 this.scrollPane = null;\r
  18 this.jMenuBar1 = null;\r
  19 this.jMenu2 = null;\r
  20 this.fontSize = null;\r
  21 this.bootstrapMenu = null;\r
  22 this.distanceMenu = null;\r
  23 this.placeholdersMenu = null;\r
  24 this.fitToWindow = null;\r
  25 this.fileMenu = null;\r
  26 this.newickOutput = null;\r
  27 this.inputData = null;\r
  28 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  29 }, jalview.appletgui, "TreePanel", jalview.appletgui.EmbmenuFrame, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.ItemListener]);\r
  30 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  31 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();\r
  32 this.scrollPane =  new awt2swing.ScrollPane ();\r
  33 this.jMenuBar1 =  new awt2swing.MenuBar ();\r
  34 this.jMenu2 =  new awt2swing.Menu ();\r
  35 this.fontSize =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  36 this.bootstrapMenu =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();\r
  37 this.distanceMenu =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();\r
  38 this.placeholdersMenu =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();\r
  39 this.fitToWindow =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();\r
  40 this.fileMenu =  new awt2swing.Menu ();\r
  41 this.newickOutput =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  42 this.inputData =  new awt2swing.MenuItem ();\r
  43 });\r
  44 Clazz.defineMethod (c$, "getTree", \r
  45 function () {\r
  46 return this.tree;\r
  47 });\r
  48 Clazz.defineMethod (c$, "finalize", \r
  49 function () {\r
  50 this.ap = null;\r
  51 this.av = null;\r
  52 Clazz.superCall (this, jalview.appletgui.TreePanel, "finalize", []);\r
  53 });\r
  54 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  55 function (ap, type, pwtype) {\r
  56 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.TreePanel, []);\r
  57 try {\r
  58 this.jbInit ();\r
  59 this.setMenuBar (this.jMenuBar1);\r
  60 } catch (ex) {\r
  61 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  62 ex.printStackTrace ();\r
  63 } else {\r
  64 throw ex;\r
  65 }\r
  66 }\r
  67 this.initTreePanel (ap, type, pwtype, null);\r
  68 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,~S,~S");\r
  69 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  70 function (ap, type, pwtype, newtree) {\r
  71 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.TreePanel, []);\r
  72 try {\r
  73 this.jbInit ();\r
  74 this.setMenuBar (this.jMenuBar1);\r
  75 } catch (e) {\r
  76 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  77 e.printStackTrace ();\r
  78 } else {\r
  79 throw e;\r
  80 }\r
  81 }\r
  82 this.initTreePanel (ap, type, pwtype, newtree);\r
  83 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,~S,~S,jalview.io.NewickFile");\r
  84 Clazz.defineMethod (c$, "initTreePanel", \r
  85 function (ap, type, pwtype, newTree) {\r
  86 this.ap = ap;\r
  87 this.av = ap.av;\r
  88 this.$type = type;\r
  89 this.pwtype = pwtype;\r
  90 this.treeCanvas =  new jalview.appletgui.TreeCanvas (ap, this.scrollPane);\r
  91 var tl = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.TreePanel.TreeLoader, this, null, newTree);\r
  92 tl.start ();\r
  93 this.embedMenuIfNeeded (this.treeCanvas);\r
  94 this.scrollPane.add (this.treeCanvas, "Center");\r
  95 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,~S,~S,jalview.io.NewickFile");\r
  96 Clazz.defineMethod (c$, "showOriginalData", \r
  97 function () {\r
  98 if (this.tree.seqData != null) {\r
  99 var gc = '-';\r
 100 try {\r
 101 gc = this.av.getGapCharacter ();\r
 102 } catch (ex) {\r
 103 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 104 } else {\r
 105 throw ex;\r
 106 }\r
 107 }\r
 108 ;var alAndColsel = this.tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection (gc);\r
 109 if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null) {\r
 110 var al =  new jalview.datamodel.Alignment (alAndColsel[0]);\r
 111 var af =  new jalview.appletgui.AlignFrame (al, this.av.applet, "Original Data for Tree", false);\r
 112 af.viewport.setHiddenColumns (alAndColsel[1]);\r
 113 }} else {\r
 114 System.out.println ("Original Tree Data not available");\r
 115 }});\r
 116 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 117 function (evt) {\r
 118 if (evt.getSource () === this.newickOutput) {\r
 119 this.newickOutput_actionPerformed ();\r
 120 } else if (evt.getSource () === this.fontSize) {\r
 121 this.fontSize_actionPerformed ();\r
 122 } else if (evt.getSource () === this.inputData) {\r
 123 this.showOriginalData ();\r
 124 }}, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 125 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 126 function (evt) {\r
 127 if (evt.getSource () === this.fitToWindow) {\r
 128 this.treeCanvas.fitToWindow = this.fitToWindow.getState ();\r
 129 } else if (evt.getSource () === this.distanceMenu) {\r
 130 this.treeCanvas.setShowDistances (this.distanceMenu.getState ());\r
 131 } else if (evt.getSource () === this.bootstrapMenu) {\r
 132 this.treeCanvas.setShowBootstrap (this.bootstrapMenu.getState ());\r
 133 } else if (evt.getSource () === this.placeholdersMenu) {\r
 134 this.treeCanvas.setMarkPlaceholders (this.placeholdersMenu.getState ());\r
 135 }this.treeCanvas.repaint ();\r
 136 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 137 Clazz.defineMethod (c$, "newickOutput_actionPerformed", \r
 138 function () {\r
 139 var fout =  new jalview.io.NewickFile (this.tree.getTopNode ());\r
 140 var output = fout.print (false, true);\r
 141 var cap =  new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer (false, null);\r
 142 cap.setText (output);\r
 143 var frame =  new awt2swing.Frame ();\r
 144 frame.add (cap);\r
 145 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (frame, this.$type + " " + this.pwtype, 500, 100);\r
 146 });\r
 147 Clazz.defineMethod (c$, "getTreeFont", \r
 148 function () {\r
 149 return this.treeCanvas.$font;\r
 150 });\r
 151 Clazz.defineMethod (c$, "setTreeFont", \r
 152 function (font) {\r
 153 this.treeCanvas.$font = font;\r
 154 this.treeCanvas.repaint ();\r
 155 }, "java.awt.Font");\r
 156 Clazz.defineMethod (c$, "fontSize_actionPerformed", \r
 157 function () {\r
 158 if (this.treeCanvas == null) {\r
 159 return;\r
 160 } new jalview.appletgui.FontChooser (this);\r
 161 });\r
 162 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit", \r
 163 ($fz = function () {\r
 164 this.setLayout (this.borderLayout1);\r
 165 this.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 166 this.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));\r
 167 this.jMenu2.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.view"));\r
 168 this.fontSize.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.font"));\r
 169 this.fontSize.addActionListener (this);\r
 170 this.bootstrapMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_bootstrap_values"));\r
 171 this.bootstrapMenu.addItemListener (this);\r
 172 this.distanceMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_distances"));\r
 173 this.distanceMenu.addItemListener (this);\r
 174 this.placeholdersMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.mark_unassociated_leaves"));\r
 175 this.placeholdersMenu.addItemListener (this);\r
 176 this.fitToWindow.setState (true);\r
 177 this.fitToWindow.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.fit_to_window"));\r
 178 this.fitToWindow.addItemListener (this);\r
 179 this.fileMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.file"));\r
 180 this.newickOutput.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.newick_format"));\r
 181 this.newickOutput.addActionListener (this);\r
 182 this.inputData.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.input_data"));\r
 183 this.add (this.scrollPane, "Center");\r
 184 this.jMenuBar1.add (this.fileMenu);\r
 185 this.jMenuBar1.add (this.jMenu2);\r
 186 this.jMenu2.add (this.fitToWindow);\r
 187 this.jMenu2.add (this.fontSize);\r
 188 this.jMenu2.add (this.distanceMenu);\r
 189 this.jMenu2.add (this.bootstrapMenu);\r
 190 this.jMenu2.add (this.placeholdersMenu);\r
 191 this.fileMenu.add (this.newickOutput);\r
 192 this.fileMenu.add (this.inputData);\r
 193 this.inputData.addActionListener (this);\r
 194 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 195 c$.$TreePanel$TreeLoader$ = function () {\r
 196 Clazz.pu$h ();\r
 197 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 198 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 199 this.newtree = null;\r
 200 this.odata = null;\r
 201 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 202 }, jalview.appletgui.TreePanel, "TreeLoader", Thread);\r
 203 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 204 function (a) {\r
 205 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.TreePanel.TreeLoader, []);\r
 206 this.newtree = a;\r
 207 }, "jalview.io.NewickFile");\r
 208 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
 209 function () {\r
 210 if (this.newtree != null) {\r
 211 if (this.odata == null) {\r
 212 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree =  new jalview.analysis.NJTree (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getAlignment ().getSequencesArray (), this.newtree);\r
 213 } else {\r
 214 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree =  new jalview.analysis.NJTree (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getAlignment ().getSequencesArray (), this.odata, this.newtree);\r
 215 }} else {\r
 216 var a;\r
 217 var b;\r
 218 var c;\r
 219 var d = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getSelectionGroup () != null && this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getSelectionGroup ().getSize () > 1;\r
 220 var e = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getAlignmentView (d);\r
 221 if (!d) {\r
 222 a = 0;\r
 223 b = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getAlignment ().getWidth ();\r
 224 c = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getAlignment ().getSequencesArray ();\r
 225 } else {\r
 226 a = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getSelectionGroup ().getStartRes ();\r
 227 b = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getSelectionGroup ().getEndRes () + 1;\r
 228 c = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getSelectionGroup ().getSequencesInOrder (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getAlignment ());\r
 229 }var f = jalview.schemes.ResidueProperties.getScoreModel (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].pwtype);\r
 230 if (Clazz.instanceOf (f, jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI)) {\r
 231 try {\r
 232 f = f.getClass ().newInstance ();\r
 233 (f).configureFromAlignmentView (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].treeCanvas.ap);\r
 234 } catch (q) {\r
 235 if (Clazz.exceptionOf (q, Exception)) {\r
 236 System.err.println ("Couldn't create a scoremodel instance for " + f.getName ());\r
 237 q.printStackTrace ();\r
 238 } else {\r
 239 throw q;\r
 240 }\r
 241 }\r
 242 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree =  new jalview.analysis.NJTree (c, e, this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].$type, this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].pwtype, f, a, b);\r
 243 } else {\r
 244 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree =  new jalview.analysis.NJTree (c, e, this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].$type, this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].pwtype, null, a, b);\r
 245 }}this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree.reCount (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree.getTopNode ());\r
 246 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree.findHeight (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree.getTopNode ());\r
 247 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].treeCanvas.setTree (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree);\r
 248 if (this.newtree != null) {\r
 249 var a = this.newtree.HasDistances () && this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.applet.getDefaultParameter ("showTreeDistances", this.newtree.HasDistances ());\r
 250 var b = this.newtree.HasBootstrap () && this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.applet.getDefaultParameter ("showTreeBootstraps", this.newtree.HasBootstrap ());\r
 251 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].distanceMenu.setState (a);\r
 252 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].bootstrapMenu.setState (b);\r
 253 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].treeCanvas.setShowBootstrap (b);\r
 254 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].treeCanvas.setShowDistances (a);\r
 255 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].treeCanvas.setMarkPlaceholders (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.applet.getDefaultParameter ("showUnlinkedTreeNodes", false));\r
 256 }this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].treeCanvas.repaint ();\r
 257 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.setCurrentTree (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree);\r
 258 });\r
 259 c$ = Clazz.p0p ();\r
 260 };\r
 261 });\r