bin/jalview/appletgui/TreePanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["jalview.appletgui.EmbmenuFrame", "java.awt.event.ActionListener", "$.ItemListener", "java.lang.Thread", "awt2swing.CheckboxMenuItem", "$.Menu", "$.MenuBar", "$.MenuItem", "$.ScrollPane", "java.awt.BorderLayout"], "jalview.appletgui.TreePanel", ["awt2swing.Frame", "jalview.analysis.NJTree", "jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI", "jalview.appletgui.AlignFrame", "$.CutAndPasteTransfer", "$.FontChooser", "$.TreeCanvas", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.Alignment", "jalview.io.NewickFile", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "$.Font"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.seq = null;
   5 this.$type = null;
   6 this.pwtype = null;
   7 this.start = 0;
   8 this.end = 0;
   9 this.treeCanvas = null;
  10 this.tree = null;
  11 this.ap = null;
  12 this.av = null;
  13 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.TreePanel.TreeLoader")) {
  14 jalview.appletgui.TreePanel.$TreePanel$TreeLoader$ ();
  15 }
  16 this.borderLayout1 = null;
  17 this.scrollPane = null;
  18 this.jMenuBar1 = null;
  19 this.jMenu2 = null;
  20 this.fontSize = null;
  21 this.bootstrapMenu = null;
  22 this.distanceMenu = null;
  23 this.placeholdersMenu = null;
  24 this.fitToWindow = null;
  25 this.fileMenu = null;
  26 this.newickOutput = null;
  27 this.inputData = null;
  28 Clazz.instantialize (this, arguments);
  29 }, jalview.appletgui, "TreePanel", jalview.appletgui.EmbmenuFrame, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.ItemListener]);
  30 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  31 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();
  32 this.scrollPane =  new awt2swing.ScrollPane ();
  33 this.jMenuBar1 =  new awt2swing.MenuBar ();
  34 this.jMenu2 =  new awt2swing.Menu ();
  35 this.fontSize =  new awt2swing.MenuItem ();
  36 this.bootstrapMenu =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();
  37 this.distanceMenu =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();
  38 this.placeholdersMenu =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();
  39 this.fitToWindow =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();
  40 this.fileMenu =  new awt2swing.Menu ();
  41 this.newickOutput =  new awt2swing.MenuItem ();
  42 this.inputData =  new awt2swing.MenuItem ();
  43 });
  44 Clazz.defineMethod (c$, "getTree",
  45 function () {
  46 return this.tree;
  47 });
  48 Clazz.defineMethod (c$, "finalize",
  49 function () {
  50 this.ap = null;
  51 this.av = null;
  52 Clazz.superCall (this, jalview.appletgui.TreePanel, "finalize", []);
  53 });
  54 Clazz.makeConstructor (c$,
  55 function (ap, type, pwtype) {
  56 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.TreePanel, []);
  57 try {
  58 this.jbInit ();
  59 this.setMenuBar (this.jMenuBar1);
  60 } catch (ex) {
  61 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  62 ex.printStackTrace ();
  63 } else {
  64 throw ex;
  65 }
  66 }
  67 this.initTreePanel (ap, type, pwtype, null);
  68 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,~S,~S");
  69 Clazz.makeConstructor (c$,
  70 function (ap, type, pwtype, newtree) {
  71 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.TreePanel, []);
  72 try {
  73 this.jbInit ();
  74 this.setMenuBar (this.jMenuBar1);
  75 } catch (e) {
  76 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  77 e.printStackTrace ();
  78 } else {
  79 throw e;
  80 }
  81 }
  82 this.initTreePanel (ap, type, pwtype, newtree);
  83 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,~S,~S,jalview.io.NewickFile");
  84 Clazz.defineMethod (c$, "initTreePanel",
  85 function (ap, type, pwtype, newTree) {
  86 this.ap = ap;
  87 this.av = ap.av;
  88 this.$type = type;
  89 this.pwtype = pwtype;
  90 this.treeCanvas =  new jalview.appletgui.TreeCanvas (ap, this.scrollPane);
  91 var tl = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.TreePanel.TreeLoader, this, null, newTree);
  92 tl.start ();
  93 this.embedMenuIfNeeded (this.treeCanvas);
  94 this.scrollPane.add (this.treeCanvas, "Center");
  95 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,~S,~S,jalview.io.NewickFile");
  96 Clazz.defineMethod (c$, "showOriginalData",
  97 function () {
  98 if (this.tree.seqData != null) {
  99 var gc = '-';
 100 try {
 101 gc = this.av.getGapCharacter ();
 102 } catch (ex) {
 103 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 104 } else {
 105 throw ex;
 106 }
 107 }
 108 ;var alAndColsel = this.tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection (gc);
 109 if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null) {
 110 var al =  new jalview.datamodel.Alignment (alAndColsel[0]);
 111 var af =  new jalview.appletgui.AlignFrame (al, this.av.applet, "Original Data for Tree", false);
 112 af.viewport.setHiddenColumns (alAndColsel[1]);
 113 }} else {
 114 System.out.println ("Original Tree Data not available");
 115 }});
 116 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 117 function (evt) {
 118 if (evt.getSource () === this.newickOutput) {
 119 this.newickOutput_actionPerformed ();
 120 } else if (evt.getSource () === this.fontSize) {
 121 this.fontSize_actionPerformed ();
 122 } else if (evt.getSource () === this.inputData) {
 123 this.showOriginalData ();
 124 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
 125 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 126 function (evt) {
 127 if (evt.getSource () === this.fitToWindow) {
 128 this.treeCanvas.fitToWindow = this.fitToWindow.getState ();
 129 } else if (evt.getSource () === this.distanceMenu) {
 130 this.treeCanvas.setShowDistances (this.distanceMenu.getState ());
 131 } else if (evt.getSource () === this.bootstrapMenu) {
 132 this.treeCanvas.setShowBootstrap (this.bootstrapMenu.getState ());
 133 } else if (evt.getSource () === this.placeholdersMenu) {
 134 this.treeCanvas.setMarkPlaceholders (this.placeholdersMenu.getState ());
 135 }this.treeCanvas.repaint ();
 136 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 137 Clazz.defineMethod (c$, "newickOutput_actionPerformed",
 138 function () {
 139 var fout =  new jalview.io.NewickFile (this.tree.getTopNode ());
 140 var output = fout.print (false, true);
 141 var cap =  new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer (false, null);
 142 cap.setText (output);
 143 var frame =  new awt2swing.Frame ();
 144 frame.add (cap);
 145 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (frame, this.$type + " " + this.pwtype, 500, 100);
 146 });
 147 Clazz.defineMethod (c$, "getTreeFont",
 148 function () {
 149 return this.treeCanvas.$font;
 150 });
 151 Clazz.defineMethod (c$, "setTreeFont",
 152 function (font) {
 153 this.treeCanvas.$font = font;
 154 this.treeCanvas.repaint ();
 155 }, "java.awt.Font");
 156 Clazz.defineMethod (c$, "fontSize_actionPerformed",
 157 function () {
 158 if (this.treeCanvas == null) {
 159 return;
 160 } new jalview.appletgui.FontChooser (this);
 161 });
 162 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit",
 163 ($fz = function () {
 164 this.setLayout (this.borderLayout1);
 165 this.setBackground (java.awt.Color.white);
 166 this.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));
 167 this.jMenu2.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.view"));
 168 this.fontSize.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.font"));
 169 this.fontSize.addActionListener (this);
 170 this.bootstrapMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_bootstrap_values"));
 171 this.bootstrapMenu.addItemListener (this);
 172 this.distanceMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_distances"));
 173 this.distanceMenu.addItemListener (this);
 174 this.placeholdersMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.mark_unassociated_leaves"));
 175 this.placeholdersMenu.addItemListener (this);
 176 this.fitToWindow.setState (true);
 177 this.fitToWindow.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.fit_to_window"));
 178 this.fitToWindow.addItemListener (this);
 179 this.fileMenu.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.file"));
 180 this.newickOutput.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.newick_format"));
 181 this.newickOutput.addActionListener (this);
 182 this.inputData.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.input_data"));
 183 this.add (this.scrollPane, "Center");
 184 this.jMenuBar1.add (this.fileMenu);
 185 this.jMenuBar1.add (this.jMenu2);
 186 this.jMenu2.add (this.fitToWindow);
 187 this.jMenu2.add (this.fontSize);
 188 this.jMenu2.add (this.distanceMenu);
 189 this.jMenu2.add (this.bootstrapMenu);
 190 this.jMenu2.add (this.placeholdersMenu);
 191 this.fileMenu.add (this.newickOutput);
 192 this.fileMenu.add (this.inputData);
 193 this.inputData.addActionListener (this);
 194 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 195 c$.$TreePanel$TreeLoader$ = function () {
 196 Clazz.pu$h ();
 197 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 198 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 199 this.newtree = null;
 200 this.odata = null;
 201 Clazz.instantialize (this, arguments);
 202 }, jalview.appletgui.TreePanel, "TreeLoader", Thread);
 203 Clazz.makeConstructor (c$,
 204 function (a) {
 205 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.TreePanel.TreeLoader, []);
 206 this.newtree = a;
 207 }, "jalview.io.NewickFile");
 208 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
 209 function () {
 210 if (this.newtree != null) {
 211 if (this.odata == null) {
 212 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree =  new jalview.analysis.NJTree (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getAlignment ().getSequencesArray (), this.newtree);
 213 } else {
 214 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree =  new jalview.analysis.NJTree (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getAlignment ().getSequencesArray (), this.odata, this.newtree);
 215 }} else {
 216 var a;
 217 var b;
 218 var c;
 219 var d = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getSelectionGroup () != null && this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getSelectionGroup ().getSize () > 1;
 220 var e = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getAlignmentView (d);
 221 if (!d) {
 222 a = 0;
 223 b = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getAlignment ().getWidth ();
 224 c = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getAlignment ().getSequencesArray ();
 225 } else {
 226 a = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getSelectionGroup ().getStartRes ();
 227 b = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getSelectionGroup ().getEndRes () + 1;
 228 c = this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getSelectionGroup ().getSequencesInOrder (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.getAlignment ());
 229 }var f = jalview.schemes.ResidueProperties.getScoreModel (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].pwtype);
 230 if (Clazz.instanceOf (f, jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI)) {
 231 try {
 232 f = f.getClass ().newInstance ();
 233 (f).configureFromAlignmentView (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].treeCanvas.ap);
 234 } catch (q) {
 235 if (Clazz.exceptionOf (q, Exception)) {
 236 System.err.println ("Couldn't create a scoremodel instance for " + f.getName ());
 237 q.printStackTrace ();
 238 } else {
 239 throw q;
 240 }
 241 }
 242 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree =  new jalview.analysis.NJTree (c, e, this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].$type, this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].pwtype, f, a, b);
 243 } else {
 244 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree =  new jalview.analysis.NJTree (c, e, this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].$type, this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].pwtype, null, a, b);
 245 }}this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree.reCount (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree.getTopNode ());
 246 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree.findHeight (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree.getTopNode ());
 247 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].treeCanvas.setTree (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree);
 248 if (this.newtree != null) {
 249 var a = this.newtree.HasDistances () && this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.applet.getDefaultParameter ("showTreeDistances", this.newtree.HasDistances ());
 250 var b = this.newtree.HasBootstrap () && this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.applet.getDefaultParameter ("showTreeBootstraps", this.newtree.HasBootstrap ());
 251 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].distanceMenu.setState (a);
 252 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].bootstrapMenu.setState (b);
 253 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].treeCanvas.setShowBootstrap (b);
 254 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].treeCanvas.setShowDistances (a);
 255 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].treeCanvas.setMarkPlaceholders (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.applet.getDefaultParameter ("showUnlinkedTreeNodes", false));
 256 }this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].treeCanvas.repaint ();
 257 this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].av.setCurrentTree (this.b$["jalview.appletgui.TreePanel"].tree);
 258 });
 259 c$ = Clazz.p0p ();
 260 };
 261 });