bin/jalview/bin/JalviewLite.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.bin");
   2 Clazz.load (["jalview.api.StructureSelectionManagerProvider", "jalview.javascript.JalviewLiteJsApi", "java.lang.Thread", "javax.swing.JApplet", "jalview.util.MessageManager", "java.util.Hashtable", "$.Vector", "javax.swing.JButton"], "jalview.bin.JalviewLite", ["jalview.analysis.SequenceIdMatcher", "jalview.appletgui.AlignFrame", "$.EmbmenuFrame", "$.FeatureSettings", "$.SplitFrame", "jalview.datamodel.Alignment", "$.AlignmentOrder", "$.ColumnSelection", "$.PDBEntry", "$.SequenceGroup", "jalview.io.AnnotationFile", "$.AppletFormatAdapter", "$.FileParse", "$.IdentifyFile", "$.JnetAnnotationMaker", "$.NewickFile", "jalview.javascript.JSFunctionExec", "$.JsSelectionSender", "$.MouseOverListener", "$.MouseOverStructureListener", "jalview.jsdev.GenericFileAdapter", "jalview.schemes.ColourSchemeProperty", "$.UserColourScheme", "jalview.structure.SelectionListener", "$.StructureSelectionManager", "java.awt.Color", "$.EventQueue", "$.Font", "java.awt.event.ActionListener", "$.WindowAdapter", "java.io.BufferedReader", "$.InputStreamReader", "java.lang.Error", "$.StringBuffer", "java.net.URL", "java.util.StringTokenizer", "netscape.javascript.JSObject"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.embedded = false;
   5 this.enableSplitFrame = false;
   6 this.showButton = true;
   7 this.checkForJmol = true;
   8 this.jalviewServletURL = null;
   9 this.startupFile = "No file";
  10 this.helpUrl = null;
  11 this.externalstructureviewer = null;
  12 this.sep = null;
  13 this.rgb = null;
  14 this.labelColour = null;
  15 this.initjscallback = null;
  16 this.pdbFile = null;
  17 this.sequence = null;
  18 this.jnetFile = null;
  19 this.annotations = null;
  20 this.hideFeatureGroups = null;
  21 this.showFeatureGroups = null;
  22 this.features = null;
  23 this.showFeatureSettings = null;
  24 this.scoreFile = null;
  25 this.treeFile = null;
  26 this.windowWidth = null;
  27 this.windowHeight = null;
  28 this.defaultColour = null;
  29 this.sortBy = null;
  30 this.wrap = null;
  31 this.centrecolumnlabels = null;
  32 this.userDefinedColour = null;
  33 this.widthScale = null;
  34 this.heightScale = null;
  35 this.upperCase = null;
  36 this.file2 = null;
  37 this.javascriptListeners = null;
  38 this.jsFunctionExec = null;
  39 this.fileFound = true;
  40 this.launcher = null;
  41 this.currentAlignFrame = null;
  42 this.initialAlignFrame = null;
  43 this.checkedForJmol = false;
  44 this.jmolAvailable = false;
  45 this.alignPdbStructures = false;
  46 this.useXtrnalSviewer = false;
  47 this.haveShownLoadMessage = false;
  48 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite.LoadJmolThread")) {
  49 jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$LoadJmolThread$ ();
  50 }
  51 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite.LoadingThread")) {
  52 jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$LoadingThread$ ();
  53 }
  54 this.separator = "\u00ac";
  55 this.jsfallbackEnabled = false;
  56 this.jshashes = null;
  57 this.jsmessages = null;
  58 this.jsExecQueue = null;
  59 Clazz.instantialize (this, arguments);
  60 }, jalview.bin, "JalviewLite", javax.swing.JApplet, [jalview.api.StructureSelectionManagerProvider, jalview.javascript.JalviewLiteJsApi]);
  61 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  62 this.javascriptListeners =  new java.util.Vector ();
  63 this.launcher =  new javax.swing.JButton (jalview.util.MessageManager.getString ("label.start_jalview"));
  64 this.jshashes =  new java.util.Hashtable ();
  65 this.jsmessages =  new java.util.Hashtable ();
  66 this.jsExecQueue =  new java.util.Vector ();
  67 });
  68 Clazz.defineMethod (c$, "setParams",
  69 ($fz = function () {
  70 jalview.bin.JalviewLite.debug = "true".equalsIgnoreCase (this.getParameter ("debug"));
  71 this.enableSplitFrame = "true".equalsIgnoreCase (this.getParameter ("enableSplitFrame"));
  72 this.embedded = "true".equalsIgnoreCase (this.getParameter ("embedded"));
  73 this.showButton = !"false".equalsIgnoreCase (this.getParameter ("showbutton"));
  74 this.jalviewServletURL = this.getParameter ("APPLICATION_URL");
  75 this.startupFile = this.getParameter ("file");
  76 this.helpUrl = this.getParameter ("jalviewhelpurl");
  77 this.externalstructureviewer = this.getParameter ("externalstructureviewer");
  78 this.checkForJmol = !"true".equals (this.getParameter ("nojmol"));
  79 this.sep = this.getParameter ("separator");
  80 this.rgb = this.getParameter ("RGB");
  81 this.labelColour = this.getParameter ("label");
  82 this.initjscallback = this.getParameter ("oninit");
  83 this.pdbFile = this.getParameter ("PDBFILE");
  84 this.sequence = this.getParameter ("PDBSEQ");
  85 this.jnetFile = this.getParameter ("jnetfile");
  86 this.annotations = this.getParameter ("annotations");
  87 this.hideFeatureGroups = this.getParameter ("hidefeaturegroups");
  88 this.showFeatureGroups = this.getParameter ("showfeaturegroups");
  89 this.features = this.getParameter ("features");
  90 this.showFeatureSettings = this.getParameter ("showFeatureSettings");
  91 this.scoreFile = this.getParameter ("scoreFile");
  92 this.treeFile = this.getParameter ("tree");
  93 if (this.treeFile == null) this.treeFile = this.getParameter ("treeFile");
  94 this.windowWidth = this.getParameter ("windowWidth");
  95 this.windowHeight = this.getParameter ("windowHeight");
  96 this.defaultColour = this.getParameter ("defaultColour");
  97 this.sortBy = this.getParameter ("sortBy");
  98 this.wrap = this.getParameter ("wrap");
  99 this.centrecolumnlabels = this.getParameter ("centrecolumnlabels");
 100 this.userDefinedColour = this.getParameter ("userDefinedColour");
 101 this.widthScale = this.getParameter ("widthScale");
 102 this.heightScale = this.getParameter ("heightScale");
 103 this.upperCase = this.getParameter ("upperCase");
 104 this.file2 = this.getParameter ("file2");
 105 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 106 Clazz.defineMethod (c$, "getDefaultParameter",
 107 function (name, def) {
 108 var stn;
 109 if ((stn = this.getParameter (name)) == null) {
 110 return def;
 111 }if (stn.toLowerCase ().equals ("true")) {
 112 return true;
 113 }return false;
 114 }, "~S,~B");
 115 Clazz.defineMethod (c$, "getLinkParams",
 116 function (links) {
 117 var label;
 118 var url;
 119 for (var i = 1; i < 10; i++) {
 120 label = this.getParameter ("linkLabel_" + i);
 121 url = this.getParameter ("linkURL_" + i);
 122 if (label != null && url != null) {
 123 links.addElement (label + "|" + url);
 124 }}
 125 }, "java.util.Vector");
 126 Clazz.defineMethod (c$, "getStructureSelectionManager",
 127 function () {
 128 return jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this);
 129 });
 130 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectedSequences",
 131 function () {
 132 return this.getSelectedSequencesFrom (this.getDefaultTargetFrame ());
 133 });
 134 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectedSequences",
 135 function (sep) {
 136 return this.getSelectedSequencesFrom (this.getDefaultTargetFrame (), sep);
 137 }, "~S");
 138 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectedSequencesFrom",
 139 function (alf) {
 140 return this.getSelectedSequencesFrom (alf, this.separator);
 141 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");
 142 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectedSequencesFrom",
 143 function (alf, sep) {
 144 var result =  new StringBuffer ("");
 145 if (sep == null || sep.length == 0) {
 146 sep = this.separator;
 147 }if (alf.viewport.getSelectionGroup () != null) {
 148 var seqs = alf.viewport.getSelectionGroup ().getSequencesInOrder (alf.viewport.getAlignment ());
 149 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {
 150 result.append (seqs[i].getName ());
 151 result.append (sep);
 152 }
 153 }return result.toString ();
 154 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");
 155 Clazz.overrideMethod (c$, "highlight",
 156 function (sequenceId, position, alignedPosition) {
 157 this.highlightIn (this.getDefaultTargetFrame (), sequenceId, position, alignedPosition);
 158 }, "~S,~S,~S");
 159 Clazz.overrideMethod (c$, "highlightIn",
 160 function (alf, sequenceId, position, alignedPosition) {
 161 var matcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (alf.viewport.getAlignment ().getSequencesArray ());
 162 var sq = matcher.findIdMatch (sequenceId);
 163 if (sq != null) {
 164 var apos = -1;
 165 try {
 166 apos =  new Integer (position).intValue ();
 167 apos--;
 168 } catch (ex) {
 169 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 170 return;
 171 } else {
 172 throw ex;
 173 }
 174 }
 175 var me = this;
 176 var pos = apos;
 177 if (alignedPosition != null && (alignedPosition.trim ().length == 0 || alignedPosition.toLowerCase ().indexOf ("false") > -1)) {
 178 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$1") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$1, this, Clazz.cloneFinals ("me", me, "sq", sq, "pos", pos))));
 179 } else {
 180 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$2") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$2, this, Clazz.cloneFinals ("me", me, "sq", sq, "pos", pos))));
 181 }}}, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S,~S");
 182 Clazz.defineMethod (c$, "select",
 183 function (sequenceIds, columns) {
 184 this.selectIn (this.getDefaultTargetFrame (), sequenceIds, columns, this.separator);
 185 }, "~S,~S");
 186 Clazz.defineMethod (c$, "select",
 187 function (sequenceIds, columns, sep) {
 188 this.selectIn (this.getDefaultTargetFrame (), sequenceIds, columns, sep);
 189 }, "~S,~S,~S");
 190 Clazz.defineMethod (c$, "selectIn",
 191 function (alf, sequenceIds, columns) {
 192 this.selectIn (alf, sequenceIds, columns, this.separator);
 193 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S");
 194 Clazz.defineMethod (c$, "selectIn",
 195 function (alf, sequenceIds, columns, sep) {
 196 if (sep == null || sep.length == 0) {
 197 sep = this.separator;
 198 } else {
 199 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 200 System.err.println ("Selecting region using separator string '" + this.separator + "'");
 201 }}var ids = this.separatorListToArray (sequenceIds, sep);
 202 var cols = this.separatorListToArray (columns, sep);
 203 var sel =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();
 204 var csel =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();
 205 var al = alf.viewport.getAlignment ();
 206 var matcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (alf.viewport.getAlignment ().getSequencesArray ());
 207 var start = 0;
 208 var end = al.getWidth ();
 209 var alw = al.getWidth ();
 210 var seqsfound = true;
 211 if (ids != null && ids.length > 0) {
 212 seqsfound = false;
 213 for (var i = 0; i < ids.length; i++) {
 214 if (ids[i].trim ().length == 0) {
 215 continue;
 216 }var sq = matcher.findIdMatch (ids[i]);
 217 if (sq != null) {
 218 seqsfound = true;
 219 sel.addSequence (sq, false);
 220 }}
 221 }var inseqpos = false;
 222 if (cols != null && cols.length > 0) {
 223 var seset = false;
 224 for (var i = 0; i < cols.length; i++) {
 225 var cl = cols[i].trim ();
 226 if (cl.length == 0) {
 227 continue;
 228 }var p;
 229 if ((p = cl.indexOf ("-")) > -1) {
 230 var from = -1;
 231 var to = -1;
 232 try {
 233 from =  new Integer (cl.substring (0, p)).intValue ();
 234 from--;
 235 } catch (ex) {
 236 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 237 System.err.println ("ERROR: Couldn't parse first integer in range element column selection string '" + cl + "' - format is 'from-to'");
 238 return;
 239 } else {
 240 throw ex;
 241 }
 242 }
 243 try {
 244 to =  new Integer (cl.substring (p + 1)).intValue ();
 245 to--;
 246 } catch (ex) {
 247 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 248 System.err.println ("ERROR: Couldn't parse second integer in range element column selection string '" + cl + "' - format is 'from-to'");
 249 return;
 250 } else {
 251 throw ex;
 252 }
 253 }
 254 if (from >= 0 && to >= 0) {
 255 if (from < to) {
 256 var t = to;
 257 to = from;
 258 to = t;
 259 }if (!seset) {
 260 start = from;
 261 end = to;
 262 seset = true;
 263 } else {
 264 if (start > from) {
 265 start = from;
 266 }if (end < to) {
 267 end = to;
 268 }}for (var r = from; r <= to; r++) {
 269 if (r >= 0 && r < alw) {
 270 csel.addElement (r);
 271 }}
 272 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 273 System.err.println ("Range '" + cl + "' deparsed as [" + from + "," + to + "]");
 274 }} else {
 275 System.err.println ("ERROR: Invalid Range '" + cl + "' deparsed as [" + from + "," + to + "]");
 276 }} else {
 277 var r = -1;
 278 try {
 279 r =  new Integer (cl).intValue ();
 280 r--;
 281 } catch (ex) {
 282 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 283 if (cl.toLowerCase ().equals ("sequence")) {
 284 inseqpos = true;
 285 } else {
 286 System.err.println ("ERROR: Couldn't parse integer from point selection element of column selection string '" + cl + "'");
 287 return;
 288 }} else {
 289 throw ex;
 290 }
 291 }
 292 if (r >= 0 && r <= alw) {
 293 if (!seset) {
 294 start = r;
 295 end = r;
 296 seset = true;
 297 } else {
 298 if (start > r) {
 299 start = r;
 300 }if (end < r) {
 301 end = r;
 302 }}csel.addElement (r);
 303 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 304 System.err.println ("Point selection '" + cl + "' deparsed as [" + r + "]");
 305 }} else {
 306 System.err.println ("ERROR: Invalid Point selection '" + cl + "' deparsed as [" + r + "]");
 307 }}}
 308 }if (seqsfound) {
 309 if (inseqpos && sel.getSize () > 0) {
 310 var rs = sel.getSequenceAt (0);
 311 start = rs.findIndex (start);
 312 end = rs.findIndex (end);
 313 if (csel != null) {
 314 var cs = csel.getSelected ();
 315 csel.clear ();
 316 for (var selectedCol, $selectedCol = cs.iterator (); $selectedCol.hasNext () && ((selectedCol = $selectedCol.next ()) || true);) {
 317 csel.addElement (rs.findIndex ((selectedCol).intValue ()));
 318 }
 319 }}sel.setStartRes (start);
 320 sel.setEndRes (end);
 321 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$3") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$3, this, Clazz.cloneFinals ("alf", alf, "sel", sel, "csel", csel))));
 322 }}, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S,~S");
 323 Clazz.overrideMethod (c$, "getSelectedSequencesAsAlignment",
 324 function (format, suffix) {
 325 return this.getSelectedSequencesAsAlignmentFrom (this.getDefaultTargetFrame (), format, suffix);
 326 }, "~S,~S");
 327 Clazz.overrideMethod (c$, "getSelectedSequencesAsAlignmentFrom",
 328 function (alf, format, suffix) {
 329 try {
 330 var seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase ("true");
 331 if (alf.viewport.getSelectionGroup () != null) {
 332 var reply =  new jalview.io.AppletFormatAdapter ().formatSequences (format,  new jalview.datamodel.Alignment (alf.viewport.getSelectionAsNewSequence ()), seqlimits);
 333 return reply;
 334 }} catch (ex) {
 335 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 336 ex.printStackTrace ();
 337 return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";
 338 } else {
 339 throw ex;
 340 }
 341 }
 342 return "";
 343 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S");
 344 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentOrder",
 345 function () {
 346 return this.getAlignmentOrderFrom (this.getDefaultTargetFrame ());
 347 });
 348 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentOrderFrom",
 349 function (alf) {
 350 return this.getAlignmentOrderFrom (alf, this.separator);
 351 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");
 352 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentOrderFrom",
 353 function (alf, sep) {
 354 var alorder = alf.getAlignViewport ().getAlignment ();
 355 var order =  new Array (alorder.getHeight ());
 356 for (var i = 0; i < order.length; i++) {
 357 order[i] = alorder.getSequenceAt (i).getName ();
 358 }
 359 return this.arrayToSeparatorList (order);
 360 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");
 361 Clazz.defineMethod (c$, "orderBy",
 362 function (order, undoName) {
 363 return this.orderBy (order, undoName, this.separator);
 364 }, "~S,~S");
 365 Clazz.defineMethod (c$, "orderBy",
 366 function (order, undoName, sep) {
 367 return this.orderAlignmentBy (this.getDefaultTargetFrame (), order, undoName, sep);
 368 }, "~S,~S,~S");
 369 Clazz.overrideMethod (c$, "orderAlignmentBy",
 370 function (alf, order, undoName, sep) {
 371 var ids = this.separatorListToArray (order, sep);
 372 var sqs = null;
 373 if (ids != null && ids.length > 0) {
 374 var matcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (alf.viewport.getAlignment ().getSequencesArray ());
 375 var s = 0;
 376 sqs =  new Array (ids.length);
 377 for (var i = 0; i < ids.length; i++) {
 378 if (ids[i].trim ().length == 0) {
 379 continue;
 380 }var sq = matcher.findIdMatch (ids[i]);
 381 if (sq != null) {
 382 sqs[s++] = sq;
 383 }}
 384 if (s > 0) {
 385 var sqq =  new Array (s);
 386 System.arraycopy (sqs, 0, sqq, 0, s);
 387 sqs = sqq;
 388 } else {
 389 sqs = null;
 390 }}if (sqs == null) {
 391 return "";
 392 };var aorder =  new jalview.datamodel.AlignmentOrder (sqs);
 393 if (undoName != null && undoName.trim ().length == 0) {
 394 undoName = null;
 395 }var _undoName = undoName;
 396 return alf.sortBy (aorder, _undoName) ? "true" : "";
 397 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S,~S");
 398 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignment",
 399 function (format) {
 400 return this.getAlignmentFrom (this.getDefaultTargetFrame (), format, "true");
 401 }, "~S");
 402 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentFrom",
 403 function (alf, format) {
 404 return this.getAlignmentFrom (alf, format, "true");
 405 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");
 406 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignment",
 407 function (format, suffix) {
 408 return this.getAlignmentFrom (this.getDefaultTargetFrame (), format, suffix);
 409 }, "~S,~S");
 410 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentFrom",
 411 function (alf, format, suffix) {
 412 try {
 413 var seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase ("true");
 414 var reply =  new jalview.io.AppletFormatAdapter ().formatSequences (format, alf.viewport.getAlignment (), seqlimits);
 415 return reply;
 416 } catch (ex) {
 417 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 418 ex.printStackTrace ();
 419 return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";
 420 } else {
 421 throw ex;
 422 }
 423 }
 424 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S");
 425 Clazz.overrideMethod (c$, "loadAnnotation",
 426 function (annotation) {
 427 this.loadAnnotationFrom (this.getDefaultTargetFrame (), annotation);
 428 }, "~S");
 429 Clazz.overrideMethod (c$, "loadAnnotationFrom",
 430 function (alf, annotation) {
 431 if ( new jalview.io.AnnotationFile ().annotateAlignmentView (alf.getAlignViewport (), annotation, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)) {
 432 alf.alignPanel.fontChanged ();
 433 alf.alignPanel.setScrollValues (0, 0);
 434 } else {
 435 alf.parseFeaturesFile (annotation, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 436 }}, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");
 437 Clazz.overrideMethod (c$, "loadFeatures",
 438 function (features, autoenabledisplay) {
 439 this.loadFeaturesFrom (this.getDefaultTargetFrame (), features, autoenabledisplay);
 440 }, "~S,~B");
 441 Clazz.overrideMethod (c$, "loadFeaturesFrom",
 442 function (alf, features, autoenabledisplay) {
 443 return alf.parseFeaturesFile (features, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE, autoenabledisplay);
 444 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~B");
 445 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatures",
 446 function (format) {
 447 return this.getFeaturesFrom (this.getDefaultTargetFrame (), format);
 448 }, "~S");
 449 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeaturesFrom",
 450 function (alf, format) {
 451 return alf.outputFeatures (false, format);
 452 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");
 453 Clazz.overrideMethod (c$, "getAnnotation",
 454 function () {
 455 return this.getAnnotationFrom (this.getDefaultTargetFrame ());
 456 });
 457 Clazz.overrideMethod (c$, "getAnnotationFrom",
 458 function (alf) {
 459 return alf.outputAnnotations (false);
 460 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");
 461 Clazz.defineMethod (c$, "newView",
 462 function () {
 463 return this.newViewFrom (this.getDefaultTargetFrame ());
 464 });
 465 Clazz.defineMethod (c$, "newView",
 466 function (name) {
 467 return this.newViewFrom (this.getDefaultTargetFrame (), name);
 468 }, "~S");
 469 Clazz.defineMethod (c$, "newViewFrom",
 470 function (alf) {
 471 return alf.newView (null);
 472 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");
 473 Clazz.defineMethod (c$, "newViewFrom",
 474 function (alf, name) {
 475 return alf.newView (name);
 476 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");
 477 Clazz.overrideMethod (c$, "loadAlignment",
 478 function (text, title) {
 479 var al = null;
 480 var format =  new jalview.io.IdentifyFile ().Identify (text, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 481 try {
 482 al =  new jalview.io.AppletFormatAdapter ().readFile (text, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 483 if (al.getHeight () > 0) {
 484 return  new jalview.appletgui.AlignFrame (al, this, title, false);
 485 }} catch (ex) {
 486 if (Clazz.exceptionOf (ex, java.io.IOException)) {
 487 ex.printStackTrace ();
 488 } else {
 489 throw ex;
 490 }
 491 }
 492 return null;
 493 }, "~S,~S");
 494 Clazz.defineMethod (c$, "setMouseoverListener",
 495 function (listener) {
 496 this.setMouseoverListener (this.currentAlignFrame, listener);
 497 }, "~S");
 498 Clazz.defineMethod (c$, "setMouseoverListener",
 499 function (af, listener) {
 500 if (listener != null) {
 501 listener = listener.trim ();
 502 if (listener.length == 0) {
 503 System.err.println ("jalview Javascript error: Ignoring empty function for mouseover listener.");
 504 return;
 505 }}var mol =  new jalview.javascript.MouseOverListener (this, af, listener);
 506 this.javascriptListeners.addElement (mol);
 507 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).addStructureViewerListener (mol);
 508 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 509 System.err.println ("Added a mouseover listener for " + ((af == null) ? "All frames" : "Just views for " + af.getAlignViewport ().getSequenceSetId ()));
 510 System.err.println ("There are now " + this.javascriptListeners.size () + " listeners in total.");
 511 }}, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");
 512 Clazz.defineMethod (c$, "setSelectionListener",
 513 function (listener) {
 514 this.setSelectionListener (null, listener);
 515 }, "~S");
 516 Clazz.defineMethod (c$, "setSelectionListener",
 517 function (af, listener) {
 518 if (listener != null) {
 519 listener = listener.trim ();
 520 if (listener.length == 0) {
 521 System.err.println ("jalview Javascript error: Ignoring empty function for selection listener.");
 522 return;
 523 }}var mol =  new jalview.javascript.JsSelectionSender (this, af, listener);
 524 this.javascriptListeners.addElement (mol);
 525 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).addSelectionListener (mol);
 526 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 527 System.err.println ("Added a selection listener for " + ((af == null) ? "All frames" : "Just views for " + af.getAlignViewport ().getSequenceSetId ()));
 528 System.err.println ("There are now " + this.javascriptListeners.size () + " listeners in total.");
 529 }}, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");
 530 Clazz.overrideMethod (c$, "setStructureListener",
 531 function (listener, modelSet) {
 532 if (listener != null) {
 533 listener = listener.trim ();
 534 if (listener.length == 0) {
 535 System.err.println ("jalview Javascript error: Ignoring empty function for selection listener.");
 536 return;
 537 }}var mol =  new jalview.javascript.MouseOverStructureListener (this, listener, this.separatorListToArray (modelSet));
 538 this.javascriptListeners.addElement (mol);
 539 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).addStructureViewerListener (mol);
 540 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 541 System.err.println ("Added a javascript structure viewer listener '" + listener + "'");
 542 System.err.println ("There are now " + this.javascriptListeners.size () + " listeners in total.");
 543 }}, "~S,~S");
 544 Clazz.overrideMethod (c$, "removeJavascriptListener",
 545 function (af, listener) {
 546 if (listener != null) {
 547 listener = listener.trim ();
 548 if (listener.length == 0) {
 549 listener = null;
 550 }}var rprt = false;
 551 for (var ms = 0, msSize = this.javascriptListeners.size (); ms < msSize; ) {
 552 var lstn = this.javascriptListeners.elementAt (ms);
 553 var lstner = lstn;
 554 if ((af == null || lstner.getAlignFrame () === af) && (listener == null || lstner.getListenerFunction ().equals (listener))) {
 555 this.javascriptListeners.removeElement (lstner);
 556 msSize--;
 557 if (Clazz.instanceOf (lstner, jalview.structure.SelectionListener)) {
 558 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).removeSelectionListener (lstner);
 559 } else {
 560 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).removeStructureViewerListener (lstner, null);
 561 }rprt = jalview.bin.JalviewLite.debug;
 562 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 563 System.err.println ("Removed listener '" + listener + "'");
 564 }} else {
 565 ms++;
 566 }}
 567 if (rprt) {
 568 System.err.println ("There are now " + this.javascriptListeners.size () + " listeners in total.");
 569 }}, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");
 570 Clazz.overrideMethod (c$, "stop",
 571 function () {
 572 System.err.println ("Applet " + this.getName () + " stop().");
 573 this.tidyUp ();
 574 });
 575 Clazz.overrideMethod (c$, "destroy",
 576 function () {
 577 System.err.println ("Applet " + this.getName () + " destroy().");
 578 this.tidyUp ();
 579 });
 580 Clazz.defineMethod (c$, "tidyUp",
 581 ($fz = function () {
 582 this.removeAll ();
 583 if (this.currentAlignFrame != null && this.currentAlignFrame.viewport != null && this.currentAlignFrame.viewport.applet != null) {
 584 var av = this.currentAlignFrame.viewport;
 585 this.currentAlignFrame.closeMenuItem_actionPerformed ();
 586 av.applet = null;
 587 this.currentAlignFrame = null;
 588 }if (this.javascriptListeners != null) {
 589 while (this.javascriptListeners.size () > 0) {
 590 var mol = this.javascriptListeners.elementAt (0);
 591 this.javascriptListeners.removeElement (mol);
 592 if (Clazz.instanceOf (mol, jalview.structure.SelectionListener)) {
 593 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).removeSelectionListener (mol);
 594 } else {
 595 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).removeStructureViewerListener (mol, null);
 596 }mol.jvlite = null;
 597 }
 598 }if (this.jsFunctionExec != null) {
 599 this.jsFunctionExec.stopQueue ();
 600 this.jsFunctionExec.jvlite = null;
 601 }this.initialAlignFrame = null;
 602 this.jsFunctionExec = null;
 603 this.javascriptListeners = null;
 604 jalview.structure.StructureSelectionManager.release (this);
 605 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 606 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseOverStructure",
 607 function (pdbResNum, chain, pdbfile) {
 608 var me = this;
 609 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$4") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$4$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$4, this, Clazz.cloneFinals ("me", me, "pdbResNum", pdbResNum, "chain", chain, "pdbfile", pdbfile))));
 610 }, "~S,~S,~S");
 611 Clazz.overrideMethod (c$, "scrollViewToIn",
 612 function (alf, topRow, leftHandColumn) {
 613 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$5") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$5$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$5, this, Clazz.cloneFinals ("alf", alf, "topRow", topRow, "leftHandColumn", leftHandColumn))));
 614 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S");
 615 Clazz.overrideMethod (c$, "scrollViewToRowIn",
 616 function (alf, topRow) {
 617 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$6") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$6$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$6, this, Clazz.cloneFinals ("alf", alf, "topRow", topRow))));
 618 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");
 619 Clazz.overrideMethod (c$, "scrollViewToColumnIn",
 620 function (alf, leftHandColumn) {
 621 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$7") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$7$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$7, this, Clazz.cloneFinals ("alf", alf, "leftHandColumn", leftHandColumn))));
 622 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");
 623 c$.initBuildDetails = Clazz.defineMethod (c$, "initBuildDetails",
 624 ($fz = function () {
 625 if (jalview.bin.JalviewLite.builddate == null) {
 626 jalview.bin.JalviewLite.builddate = "unknown";
 627 jalview.bin.JalviewLite.version = "test";
 628 jalview.bin.JalviewLite.installation = "Webstart";
 629 var url = jalview.bin.JalviewLite.getResource ("/.build_properties");
 630 if (url != null) {
 631 try {
 632 var reader =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.InputStreamReader (url.openStream ()));
 633 var line;
 634 while ((line = reader.readLine ()) != null) {
 635 if (line.indexOf ("VERSION") > -1) {
 636 jalview.bin.JalviewLite.version = line.substring (line.indexOf ("=") + 1);
 637 }if (line.indexOf ("BUILD_DATE") > -1) {
 638 jalview.bin.JalviewLite.builddate = line.substring (line.indexOf ("=") + 1);
 639 }if (line.indexOf ("INSTALLATION") > -1) {
 640 jalview.bin.JalviewLite.installation = line.substring (line.indexOf ("=") + 1);
 641 }}
 642 } catch (ex) {
 643 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 644 ex.printStackTrace ();
 645 } else {
 646 throw ex;
 647 }
 648 }
 649 }}}, $fz.isPrivate = true, $fz));
 650 c$.getBuildDate = Clazz.defineMethod (c$, "getBuildDate",
 651 function () {
 652 jalview.bin.JalviewLite.initBuildDetails ();
 653 return jalview.bin.JalviewLite.builddate;
 654 });
 655 c$.getInstallation = Clazz.defineMethod (c$, "getInstallation",
 656 function () {
 657 jalview.bin.JalviewLite.initBuildDetails ();
 658 return jalview.bin.JalviewLite.installation;
 659 });
 660 c$.getVersion = Clazz.defineMethod (c$, "getVersion",
 661 function () {
 662 jalview.bin.JalviewLite.initBuildDetails ();
 663 return jalview.bin.JalviewLite.version;
 664 });
 665 Clazz.overrideMethod (c$, "init",
 666 function () {
 667 this.setParams ();
 668 try {
 669 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 670 System.err.println ("Applet context is '" + this.getAppletContext ().getClass ().toString () + "'");
 671 }var scriptObject = netscape.javascript.JSObject.getWindow (this);
 672 if (jalview.bin.JalviewLite.debug && scriptObject != null) {
 673 System.err.println ("Applet has Javascript callback support.");
 674 }} catch (ex) {
 675 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 676 System.err.println ("Warning: No JalviewLite javascript callbacks available.");
 677 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 678 ex.printStackTrace ();
 679 }} else {
 680 throw ex;
 681 }
 682 }
 683 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 684 System.err.println ("JalviewLite Version " + jalview.bin.JalviewLite.getVersion ());
 685 System.err.println ("Build Date : " + jalview.bin.JalviewLite.getBuildDate ());
 686 System.err.println ("Installation : " + jalview.bin.JalviewLite.getInstallation ());
 687 }if (this.externalstructureviewer != null) {
 688 this.useXtrnalSviewer = this.externalstructureviewer.trim ().toLowerCase ().equals ("true");
 689 }if (this.sep != null) {
 690 if (this.sep.length > 0) {
 691 this.separator = this.sep;
 692 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 693 System.err.println ("Separator set to '" + this.separator + "'");
 694 }} else {
 695 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.invalid_separator_parameter"));
 696 }}var r = 255;
 697 var g = 255;
 698 var b = 255;
 699 if (this.rgb != null) {
 700 try {
 701 r = Integer.parseInt (this.rgb.substring (0, 2), 16);
 702 g = Integer.parseInt (this.rgb.substring (2, 4), 16);
 703 b = Integer.parseInt (this.rgb.substring (4, 6), 16);
 704 } catch (ex) {
 705 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 706 r = 255;
 707 g = 255;
 708 b = 255;
 709 } else {
 710 throw ex;
 711 }
 712 }
 713 }this.rgb = this.labelColour;
 714 if (this.rgb != null) {
 715 this.launcher.setLabel (this.rgb);
 716 }this.setBackground ( new java.awt.Color (r, g, b));
 717 if (this.startupFile == null) {
 718 var data =  new StringBuffer ("PASTE");
 719 var i = 1;
 720 while ((this.startupFile = this.getParameter ("sequence" + i)) != null) {
 721 data.append (this.startupFile.toString () + "\n");
 722 i++;
 723 }
 724 if (data.length () > 5) {
 725 this.startupFile = data.toString ();
 726 }}if (!this.enableSplitFrame) {
 727 this.file2 = null;
 728 }if (this.embedded) {
 729 var loader = Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite.LoadingThread, this, null, this.startupFile, this.file2, this);
 730 {
 731 loader.run();
 732 }} else if (this.startupFile != null) {
 733 if (!this.showButton) {
 734 var loader = Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite.LoadingThread, this, null, this.startupFile, this.file2, this);
 735 loader.start ();
 736 } else {
 737 this.add (this.launcher);
 738 this.launcher.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$8") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$8$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$8, this, null)));
 739 }} else {
 740 this.startupFile = "NO FILE";
 741 this.fileFound = false;
 742 this.callInitCallback ();
 743 }});
 744 Clazz.defineMethod (c$, "initLiveConnect",
 745 ($fz = function () {
 746 var notFailed = false;
 747 var tries = 0;
 748 while (!notFailed && tries < 10) {
 749 if (tries > 0) {
 750 System.err.println ("LiveConnect request thread going to sleep.");
 751 }try {
 752 Thread.sleep (700 * (1 + tries));
 753 } catch (q) {
 754 if (Clazz.exceptionOf (q, InterruptedException)) {
 755 } else {
 756 throw q;
 757 }
 758 }
 759 ;if (tries++ > 0) {
 760 System.err.println ("LiveConnect request thread woken up.");
 761 }try {
 762 var scriptObject = netscape.javascript.JSObject.getWindow (this);
 763 if (scriptObject.eval ("navigator") != null) {
 764 notFailed = true;
 765 }} catch (jsex) {
 766 if (Clazz.exceptionOf (jsex, Exception)) {
 767 System.err.println ("Attempt " + tries + " to access LiveConnect javascript failed.");
 768 } else {
 769 throw jsex;
 770 }
 771 }
 772 }
 773 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 774 Clazz.defineMethod (c$, "callInitCallback",
 775 ($fz = function () {
 776 if (this.initjscallback == null) {
 777 return;
 778 }this.initjscallback = this.initjscallback.trim ();
 779 if (this.initjscallback.length > 0) {
 780 var scriptObject = null;
 781 try {
 782 scriptObject = netscape.javascript.JSObject.getWindow (this);
 783 } catch (ex) {
 784 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 785 } else {
 786 throw ex;
 787 }
 788 }
 789 ;this.initLiveConnect ();
 790 if (scriptObject != null) {
 791 try {
 792  new jalview.javascript.JSFunctionExec (this).executeJavascriptFunction (true, this.initjscallback, null, "Calling oninit callback '" + this.initjscallback + "'.");
 793 } catch (e) {
 794 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 795 System.err.println ("Exception when executing _oninit callback '" + this.initjscallback + "'.");
 796 e.printStackTrace ();
 797 } else {
 798 throw e;
 799 }
 800 }
 801 } else {
 802 System.err.println ("Not executing _oninit callback '" + this.initjscallback + "' - no scripting allowed.");
 803 }}}, $fz.isPrivate = true, $fz));
 804 c$.addFrame = Clazz.defineMethod (c$, "addFrame",
 805 function (frame, title, width, height) {
 806 frame.setLocation (jalview.bin.JalviewLite.lastFrameX, jalview.bin.JalviewLite.lastFrameY);
 807 jalview.bin.JalviewLite.lastFrameX += 40;
 808 jalview.bin.JalviewLite.lastFrameY += 40;
 809 frame.setSize (width, height);
 810 frame.setTitle (title);
 811 frame.addWindowListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$9") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$9$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$9, this, Clazz.cloneFinals ("frame", frame))));
 812 frame.setVisible (true);
 813 }, "javax.swing.JFrame,~S,~N,~N");
 814 Clazz.defineMethod (c$, "paintComponent",
 815 function (g) {
 816 if (!this.fileFound) {
 817 g.setColor ( new java.awt.Color (200, 200, 200));
 818 g.setColor (java.awt.Color.cyan);
 819 g.fillRect (0, 0, this.getSize ().width, this.getSize ().height);
 820 g.setColor (java.awt.Color.red);
 821 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.jalview_cannot_open_file"), 5, 15);
 822 g.drawString ("\"" + this.startupFile + "\"", 5, 30);
 823 } else if (this.embedded && !this.haveShownLoadMessage) {
 824 g.setColor (java.awt.Color.black);
 825 g.setFont ( new java.awt.Font ("Arial", 1, 24));
 826 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.jalview_applet"), 50, Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2) - 30);
 827 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.loading_data") + "...", 50, Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2));
 828 this.haveShownLoadMessage = true;
 829 }}, "java.awt.Graphics");
 830 Clazz.defineMethod (c$, "getAppletWindow",
 831 function (class1) {
 832 var wnds =  new java.util.Vector ();
 833 var cmp = this.getComponents ();
 834 if (cmp != null) {
 835 for (var i = 0; i < cmp.length; i++) {
 836 if (class1.isAssignableFrom (cmp[i].getClass ())) {
 837 wnds.addElement (cmp);
 838 }}
 839 }return wnds;
 840 }, "Class");
 841 Clazz.defineMethod (c$, "getDefaultTargetFrame",
 842 function () {
 843 if (this.currentAlignFrame != null) {
 844 return this.currentAlignFrame;
 845 }if (this.initialAlignFrame != null) {
 846 return this.initialAlignFrame;
 847 }System.err.println ("Implementation error: Jalview Applet API cannot work out which AlignFrame to use.");
 848 return null;
 849 });
 850 Clazz.defineMethod (c$, "separatorListToArray",
 851 function (list) {
 852 return this.separatorListToArray (list, this.separator);
 853 }, "~S");
 854 Clazz.defineMethod (c$, "separatorListToArray",
 855 function (list, separator) {
 856 var seplen = separator.length;
 857 if (list == null || list.equals ("") || list.equals (separator)) {
 858 return null;
 859 }var jv =  new java.util.Vector ();
 860 var cp = 0;
 861 var pos;
 862 while ((pos = list.indexOf (separator, cp)) > cp) {
 863 jv.addElement (list.substring (cp, pos));
 864 cp = pos + seplen;
 865 }
 866 if (cp < list.length) {
 867 var c = list.substring (cp);
 868 if (!c.equals (separator)) {
 869 jv.addElement (c);
 870 }}if (jv.size () > 0) {
 871 var v =  new Array (jv.size ());
 872 for (var i = 0; i < v.length; i++) {
 873 v[i] = jv.elementAt (i);
 874 }
 875 jv.removeAllElements ();
 876 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 877 System.err.println ("Array from '" + separator + "' separated List:\n" + v.length);
 878 for (var i = 0; i < v.length; i++) {
 879 System.err.println ("item " + i + " '" + v[i] + "'");
 880 }
 881 }return v;
 882 }if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 883 System.err.println ("Empty Array from '" + separator + "' separated List");
 884 }return null;
 885 }, "~S,~S");
 886 Clazz.defineMethod (c$, "arrayToSeparatorList",
 887 function (list) {
 888 return this.arrayToSeparatorList (list, this.separator);
 889 }, "~A");
 890 Clazz.defineMethod (c$, "arrayToSeparatorList",
 891 function (list, separator) {
 892 var v =  new StringBuffer ();
 893 if (list != null && list.length > 0) {
 894 for (var i = 0, iSize = list.length; i < iSize; i++) {
 895 if (list[i] != null) {
 896 if (i > 0) {
 897 v.append (separator);
 898 }v.append (list[i]);
 899 }}
 900 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 901 System.err.println ("Returning '" + separator + "' separated List:\n");
 902 System.err.println (v);
 903 }return v.toString ();
 904 }if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 905 System.err.println ("Returning empty '" + separator + "' separated List\n");
 906 }return "" + separator;
 907 }, "~A,~S");
 908 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureGroups",
 909 function () {
 910 var lst = this.arrayToSeparatorList (this.getDefaultTargetFrame ().getFeatureGroups ());
 911 return lst;
 912 });
 913 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureGroupsOn",
 914 function (alf) {
 915 var lst = this.arrayToSeparatorList (alf.getFeatureGroups ());
 916 return lst;
 917 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");
 918 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureGroupsOfState",
 919 function (visible) {
 920 return this.arrayToSeparatorList (this.getDefaultTargetFrame ().getFeatureGroupsOfState (visible));
 921 }, "~B");
 922 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureGroupsOfStateOn",
 923 function (alf, visible) {
 924 return this.arrayToSeparatorList (alf.getFeatureGroupsOfState (visible));
 925 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~B");
 926 Clazz.overrideMethod (c$, "setFeatureGroupStateOn",
 927 function (alf, groups, state) {
 928 var st = state;
 929 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$10") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$10$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$10, this, Clazz.cloneFinals ("alf", alf, "groups", groups, "st", st))));
 930 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~B");
 931 Clazz.overrideMethod (c$, "setFeatureGroupState",
 932 function (groups, state) {
 933 this.setFeatureGroupStateOn (this.getDefaultTargetFrame (), groups, state);
 934 }, "~S,~B");
 935 Clazz.overrideMethod (c$, "getSeparator",
 936 function () {
 937 return this.separator;
 938 });
 939 Clazz.overrideMethod (c$, "setSeparator",
 940 function (separator) {
 941 if (separator == null || separator.length < 1) {
 942 separator = "\u00ac";
 943 }this.separator = separator;
 944 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 945 System.err.println ("Default Separator now: '" + separator + "'");
 946 }}, "~S");
 947 Clazz.overrideMethod (c$, "addPdbFile",
 948 function (alFrame, sequenceId, pdbEntryString, pdbFile) {
 949 return alFrame.addPdbFile (sequenceId, pdbEntryString, pdbFile);
 950 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S,~S");
 951 Clazz.defineMethod (c$, "setAlignPdbStructures",
 952 function (alignPdbStructures) {
 953 this.alignPdbStructures = alignPdbStructures;
 954 }, "~B");
 955 Clazz.defineMethod (c$, "isAlignPdbStructures",
 956 function () {
 957 return this.alignPdbStructures;
 958 });
 959 Clazz.overrideMethod (c$, "start",
 960 function () {
 961 });
 962 Clazz.defineMethod (c$, "setJsMessageSet",
 963 function (messageclass, viewId, colcommands) {
 964 var msgset = this.jsmessages.get (messageclass);
 965 if (msgset == null) {
 966 msgset =  new java.util.Hashtable ();
 967 this.jsmessages.put (messageclass, msgset);
 968 }msgset.put (viewId, colcommands);
 969 var l =  Clazz.newLongArray (colcommands.length, 0);
 970 for (var i = 0; i < colcommands.length; i++) {
 971 l[i] = colcommands[i].hashCode ();
 972 }
 973 this.jshashes.put (messageclass + "|" + viewId, l);
 974 }, "~S,~S,~A");
 975 Clazz.overrideMethod (c$, "getJsMessage",
 976 function (messageclass, viewId) {
 977 var msgset = this.jsmessages.get (messageclass);
 978 if (msgset != null) {
 979 var msgs = msgset.get (viewId);
 980 if (msgs != null) {
 981 for (var i = 0; i < msgs.length; i++) {
 982 if (msgs[i] != null) {
 983 var m = msgs[i];
 984 msgs[i] = null;
 985 return m;
 986 }}
 987 }}return "";
 988 }, "~S,~S");
 989 Clazz.defineMethod (c$, "isJsMessageSetChanged",
 990 function (string, string2, colcommands) {
 991 var l = this.jshashes.get (string + "|" + string2);
 992 if (l == null && colcommands != null) {
 993 return true;
 994 }for (var i = 0; i < colcommands.length; i++) {
 995 if (l[i] != colcommands[i].hashCode ()) {
 996 return true;
 997 }}
 998 return false;
 999 }, "~S,~S,~A");
1000 Clazz.defineMethod (c$, "getJsExecQueue",
1001 function () {
1002 return this.jsExecQueue;
1003 });
1004 Clazz.defineMethod (c$, "setExecutor",
1005 function (jsFunctionExec2) {
1006 this.jsFunctionExec = jsFunctionExec2;
1007 }, "jalview.javascript.JSFunctionExec");
1008 Clazz.defineMethod (c$, "getDefaultColourParameter",
1009 function (colparam, defcolour) {
1010 var colprop = this.getParameter (colparam);
1011 if (colprop == null || colprop.trim ().length == 0) {
1012 return defcolour;
1013 }var col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName (colprop);
1014 if (col == null) {
1015 try {
1016 col =  new jalview.schemes.UserColourScheme (colprop).findColour ('A');
1017 } catch (ex) {
1018 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
1019 System.err.println ("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for " + colparam);
1020 col = null;
1021 } else {
1022 throw ex;
1023 }
1024 }
1025 }return (col == null) ? defcolour : col;
1026 }, "~S,java.awt.Color");
1027 Clazz.defineMethod (c$, "openJalviewHelpUrl",
1028 function () {
1029 if (this.helpUrl == null || this.helpUrl.trim ().length < 5) {
1030 this.helpUrl = "http://www.jalview.org/help.html";
1031 }this.showURL (this.helpUrl, "HELP");
1032 });
1033 Clazz.defineMethod (c$, "resolveUrlForLocalOrAbsolute",
1034 ($fz = function (url, localref) {
1035 var codebase = localref.toString ();
1036 var pt = codebase.indexOf ("?");
1037 if (pt < 0) pt = codebase.length;
1038 codebase = codebase.substring (0, pt);
1039 codebase = codebase.substring (0, codebase.lastIndexOf ("/") + 1);
1040 if (url.indexOf ("/") == 0 && !localref.getProtocol ().equals ("file")) {
1041 pt = codebase.indexOf ("/", 8);
1042 return codebase.substring (0, pt) + url;
1043 }return codebase + url;
1044 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S,java.net.URL");
1045 Clazz.defineMethod (c$, "showURL",
1046 function (url, target) {
1047 try {
1048 if (url.indexOf (":") == -1) {
1049 var prepend;
1050 url = this.resolveUrlForLocalOrAbsolute (url, prepend = this.getDefaultParameter ("resolvetocodebase", false) ? this.getDocumentBase () : this.getCodeBase ());
1051 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
1052 System.err.println ("Show url (prepended " + prepend + " - toggle resolvetocodebase if code/docbase resolution is wrong): " + url);
1053 }} else {
1054 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
1055 System.err.println ("Show url: " + url);
1056 }}if (url.indexOf ("javascript:") == 0) {
1057 this.getAppletContext ().showDocument ( new java.net.URL (url));
1058 } else {
1059 this.getAppletContext ().showDocument ( new java.net.URL (url), target);
1060 }} catch (ex) {
1061 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
1062 ex.printStackTrace ();
1063 } else {
1064 throw ex;
1065 }
1066 }
1067 }, "~S,~S");
1068 c$.$JalviewLite$LoadJmolThread$ = function () {
1069 Clazz.pu$h ();
1070 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
1071 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
1072 this.running = false;
1073 Clazz.instantialize (this, arguments);
1074 }, jalview.bin.JalviewLite, "LoadJmolThread", Thread);
1075 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
1076 function () {
1077 if (this.running || this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].checkedForJmol) {
1078 return;
1079 }this.running = true;
1080 if (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].checkForJmol) {
1081 try {
1082 if (!System.getProperty ("java.version").startsWith ("1.1")) {
1083 Class.forName ("org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter");
1084 this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].jmolAvailable = true;
1085 }if (!this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].jmolAvailable) {
1086 System.out.println ("Jmol not available - Using MCview for structures");
1087 }} catch (ex) {
1088 if (Clazz.exceptionOf (ex, ClassNotFoundException)) {
1089 } else {
1090 throw ex;
1091 }
1092 }
1093 } else {
1094 this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].jmolAvailable = false;
1095 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
1096 System.err.println ("Skipping Jmol check. Will use MCView (probably)");
1097 }}this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].checkedForJmol = true;
1098 this.running = false;
1099 });
1100 Clazz.defineMethod (c$, "notFinished",
1101 function () {
1102 return this.running || !this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].checkedForJmol;
1103 });
1104 c$ = Clazz.p0p ();
1105 };
1106 c$.$JalviewLite$LoadingThread$ = function () {
1107 Clazz.pu$h ();
1108 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
1109 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
1110 this.protocol = null;
1111 this._file = null;
1112 this._file2 = null;
1113 this.applet = null;
1114 Clazz.instantialize (this, arguments);
1115 }, jalview.bin.JalviewLite, "LoadingThread", Thread);
1116 Clazz.defineMethod (c$, "dbgMsg",
1117 ($fz = function (a) {
1118 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
1119 System.err.println (a);
1120 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");
1121 Clazz.defineMethod (c$, "setProtocolState",
1122 function (a) {
1123 if (a.startsWith ("PASTE")) {
1124 a = a.substring (5);
1125 this.protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE;
1126 } else if (this.inArchive (a)) {
1127 this.protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
1128 } else {
1129 a = this.addProtocol (a);
1130 this.protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.URL;
1131 }this.dbgMsg ("Protocol identified as '" + this.protocol + "'");
1132 return a;
1133 }, "~S");
1134 Clazz.makeConstructor (c$,
1135 function (a, b, c) {
1136 Clazz.superConstructor (this, jalview.bin.JalviewLite.LoadingThread, []);
1137 this._file = a;
1138 this._file2 = b;
1139 this.applet = c;
1140 }, "~S,~S,jalview.bin.JalviewLite");
1141 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
1142 function () {
1143 {
1144 System.out.println("BYPASSING JMOL LOADING FOR NOW. THIS WILL BE DONE ANOTHER WAY")
1145 }this.startLoading ();
1146 });
1147 Clazz.defineMethod (c$, "startLoading",
1148 ($fz = function () {
1149 this.dbgMsg ("Loading thread started with:\n>>file\n" + this._file + ">>endfile");
1150 this.dbgMsg ("Loading started.");
1151 var a = this.readAlignment (this._file);
1152 var b = this.readAlignment (this._file2);
1153 if (a != null) {
1154 this.addToDisplay (a, b);
1155 this.loadTree (a);
1156 this.loadScoreFile (a);
1157 this.loadFeatures (a);
1158 this.loadAnnotations (a);
1159 this.loadJnetFile (a);
1160 this.loadPdbFiles (a);
1161 } else {
1162 this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].fileFound = false;
1163 this.applet.remove (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].launcher);
1164 this.applet.repaint ();
1165 }this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].callInitCallback ();
1166 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
1167 Clazz.defineMethod (c$, "addToDisplay",
1168 function (a, b) {
1169 if (b == null) {
1170 a.addToDisplay (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].embedded);
1171 } else {
1172 var c =  new jalview.appletgui.SplitFrame (a, b);
1173 c.addToDisplay (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].embedded, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"]);
1174 }}, "jalview.appletgui.AlignFrame,jalview.appletgui.AlignFrame");
1175 Clazz.defineMethod (c$, "readAlignment",
1176 function (a) {
1177 if (a == null) {
1178 return null;
1179 }var b = this.setProtocolState (a);
1180 var c =  new jalview.io.IdentifyFile ().Identify (b, this.protocol);
1181 this.dbgMsg ("File identified as '" + c + "'");
1182 var d = null;
1183 try {
1184 d =  new jalview.io.AppletFormatAdapter ().readFile (b, this.protocol, c);
1185 if ((d != null) && (d.getHeight () > 0)) {
1186 this.dbgMsg ("Successfully loaded file.");
1187 d.setDataset (null);
1188 var e =  new jalview.appletgui.AlignFrame (d, this.applet, b, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].embedded, false);
1189 e.setTitle (b);
1190 if (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].initialAlignFrame == null) {
1191 this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].initialAlignFrame = e;
1192 }this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].currentAlignFrame = e;
1193 if (this.protocol === jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE) {
1194 e.setTitle (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.sequences_from",  Clazz.newArray (-1, [this.applet.getDocumentBase ().toString ()])));
1195 }e.setStatus (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.successfully_loaded_file",  Clazz.newArray (-1, [b])));
1196 return e;
1197 }} catch (ex) {
1198 if (Clazz.exceptionOf (ex, java.io.IOException)) {
1199 this.dbgMsg ("File load exception.");
1200 ex.printStackTrace ();
1201 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
1202 try {
1203 var e =  new jalview.io.FileParse (b, this.protocol);
1204 var f = null;
1205 this.dbgMsg (">>>Dumping contents of '" + b + "' " + "(" + this.protocol + ")");
1206 while ((f = e.nextLine ()) != null) {
1207 this.dbgMsg (f);
1208 }
1209 this.dbgMsg (">>>Dump finished.");
1210 } catch (e) {
1211 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
1212 System.err.println ("Exception when trying to dump the content of the file parameter.");
1213 e.printStackTrace ();
1214 } else {
1215 throw e;
1216 }
1217 }
1218 }} else {
1219 throw ex;
1220 }
1221 }
1222 return null;
1223 }, "~S");
1224 Clazz.defineMethod (c$, "loadPdbFiles",
1225 function (a) {
1226 var b = false;
1227 this.applet.setAlignPdbStructures (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].getDefaultParameter ("alignpdbfiles", false));
1228 var c = 0;
1229 var d =  new java.util.Vector ();
1230 var e = (this.applet.getDefaultParameter ("relaxedidmatch", false)) ?  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (a.getAlignViewport ().getAlignment ().getSequencesArray ()) : null;
1231 var f;
1232 do {
1233 if (c > 0) {
1234 f = this.applet.getParameter ("PDBFILE" + c);
1235 } else {
1236 f = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].pdbFile;
1237 }if (f != null) {
1238 var g =  new jalview.datamodel.PDBEntry ();
1239 var h;
1240 var i = null;
1241 var j = null;
1242 var k =  new java.util.StringTokenizer (f, " ");
1243 if (k.countTokens () < 2) {
1244 if (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].sequence != null) {
1245 i =  Clazz.newArray (-1, [e == null ? a.getAlignViewport ().getAlignment ().findName (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].sequence) : e.findIdMatch (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].sequence)]);
1246 }} else {
1247 f = k.nextToken ();
1248 var l =  new java.util.Vector ();
1249 var m =  new java.util.Vector ();
1250 while (k.hasMoreTokens ()) {
1251 h = k.nextToken ();
1252 var n =  new java.util.StringTokenizer (h, "=");
1253 if (n.countTokens () > 1) {
1254 m.addElement (n.nextToken ());
1255 h = n.nextToken ();
1256 }l.addElement (e == null ? a.getAlignViewport ().getAlignment ().findName (h) : e.findIdMatch (h));
1257 }
1258 i =  new Array (l.size ());
1259 l.copyInto (i);
1260 if (m.size () == l.size ()) {
1261 j =  new Array (m.size ());
1262 m.copyInto (j);
1263 }}f = this.setProtocolState (f);
1264 if (this.protocol === jalview.io.AppletFormatAdapter.CLASSLOADER && !this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].useXtrnalSviewer) {
1265 this.protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.URL;
1266 f = this.addProtocol (f);
1267 }g.setFile (f);
1268 if (i != null) {
1269 for (var l = 0; l < i.length; l++) {
1270 if (i[l] != null) {
1271 (i[l]).addPDBId (g);
1272 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.applet).registerPDBEntry (g);
1273 } else {
1274 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
1275 System.err.println ("Warning: Possible input parsing error: Null sequence for attachment of PDB (sequence " + l + ")");
1276 }}}
1277 if (!this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].alignPdbStructures) {
1278 a.newStructureView (this.applet, g, i, j, this.protocol);
1279 } else {
1280 d.addElement ( Clazz.newArray (-1, [g, i, j,  String.instantialize (this.protocol)]));
1281 }}}c++;
1282 } while (f != null || c < 10);
1283 if (d.size () > 0) {
1284 var g =  new Array (d.size ());
1285 var h =  new Array (d.size ());
1286 var i =  new Array (d.size ());
1287 var j =  new Array (d.size ());
1288 for (var k = 0, l = d.size (); k < l; k++) {
1289 var m = d.elementAt (k);
1290 h[k] = m[0];
1291 g[k] = m[1];
1292 i[k] = m[2];
1293 j[k] = m[3];
1294 }
1295 a.alignedStructureView (this.applet, h, g, i, j);
1296 b = true;
1297 }return b;
1298 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");
1299 Clazz.defineMethod (c$, "loadJnetFile",
1300 function (a) {
1301 var b = false;
1302 var c = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].jnetFile;
1303 if (c != null) {
1304 try {
1305 c = this.setProtocolState (c);
1306 var d = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("JPredFile", [c, this.protocol]);
1307 jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation (d, a.viewport.getAlignment (), 0, false);
1308 var e = a.viewport.getAlignment ().getSequenceAt (0);
1309 a.viewport.getAlignment ().setSeqrep (e);
1310 var f =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();
1311 f.hideInsertionsFor (e);
1312 a.viewport.setColumnSelection (f);
1313 a.alignPanel.fontChanged ();
1314 a.alignPanel.setScrollValues (0, 0);
1315 b = true;
1316 } catch (ex) {
1317 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
1318 ex.printStackTrace ();
1319 } else {
1320 throw ex;
1321 }
1322 }
1323 }return b;
1324 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");
1325 Clazz.defineMethod (c$, "loadAnnotations",
1326 function (a) {
1327 var b = false;
1328 var c = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].annotations;
1329 if (c != null) {
1330 c = this.setProtocolState (c);
1331 if ( new jalview.io.AnnotationFile ().annotateAlignmentView (a.viewport, c, this.protocol)) {
1332 a.alignPanel.fontChanged ();
1333 a.alignPanel.setScrollValues (0, 0);
1334 b = true;
1335 } else {
1336 System.err.println ("Annotations were not added from annotation file '" + c + "'");
1337 }}return b;
1338 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");
1339 Clazz.defineMethod (c$, "loadFeatures",
1340 function (a) {
1341 var b = false;
1342 var c = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].hideFeatureGroups;
1343 if (c != null) {
1344 a.setFeatureGroupState (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].separatorListToArray (c), false);
1345 }c = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].showFeatureGroups;
1346 if (c != null) {
1347 a.setFeatureGroupState (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].separatorListToArray (c), true);
1348 }c = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].features;
1349 if (c != null) {
1350 c = this.setProtocolState (c);
1351 b = a.parseFeaturesFile (c, this.protocol);
1352 }c = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].showFeatureSettings;
1353 if (c != null && c.equalsIgnoreCase ("true")) {
1354 a.viewport.setShowSequenceFeatures (true);
1355  new jalview.appletgui.FeatureSettings (a.alignPanel);
1356 }return b;
1357 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");
1358 Clazz.defineMethod (c$, "loadScoreFile",
1359 function (a) {
1360 var b = false;
1361 if (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].scoreFile != null && !"".equals (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].scoreFile)) {
1362 try {
1363 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
1364 System.err.println ("Attempting to load T-COFFEE score file from the scoreFile parameter");
1365 }b = a.loadScoreFile (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].scoreFile);
1366 if (!b) {
1367 System.err.println ("Failed to parse T-COFFEE parameter as a valid score file ('" + this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].scoreFile + "')");
1368 }} catch (e) {
1369 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
1370 System.err.printf ("Cannot read score file: '%s'. Cause: %s \n", [this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].scoreFile, e.getMessage ()]);
1371 } else {
1372 throw e;
1373 }
1374 }
1375 }return b;
1376 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");
1377 Clazz.defineMethod (c$, "loadTree",
1378 function (a) {
1379 var b = false;
1380 if (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile == null) {
1381 this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile = this.applet.getParameter ("treeFile");
1382 }if (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile != null) {
1383 try {
1384 this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile = this.setProtocolState (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile);
1385 var c =  new jalview.io.NewickFile (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile, this.protocol);
1386 c.parse ();
1387 if (c.getTree () != null) {
1388 a.loadTree (c, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile);
1389 b = true;
1390 this.dbgMsg ("Successfully imported tree.");
1391 } else {
1392 this.dbgMsg ("Tree parameter did not resolve to a valid tree.");
1393 }} catch (ex) {
1394 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
1395 ex.printStackTrace ();
1396 } else {
1397 throw ex;
1398 }
1399 }
1400 }return b;
1401 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");
1402 Clazz.defineMethod (c$, "inArchive",
1403 function (a) {
1404 try {
1405 var b = (this.getClass ().getResourceAsStream ("/" + a) != null);
1406 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
1407 System.err.println ("Resource '" + a + "' was " + (b ? "" : "not") + " located by classloader.");
1408 }return b;
1409 } catch (ex) {
1410 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
1411 System.out.println ("Exception checking resources: " + a + " " + ex);
1412 return false;
1413 } else {
1414 throw ex;
1415 }
1416 }
1417 }, "~S");
1418 Clazz.defineMethod (c$, "addProtocol",
1419 function (a) {
1420 if (a.indexOf ("://") == -1) {
1421 var b = this.applet.resolveUrlForLocalOrAbsolute (a, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].getDocumentBase ());
1422 if (this.urlExists (b)) {
1423 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
1424 System.err.println ("Prepended document base for resource: '" + a + "'");
1425 }return b;
1426 }b = this.applet.resolveUrlForLocalOrAbsolute (a, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].getCodeBase ());
1427 if (this.urlExists (b)) {
1428 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
1429 System.err.println ("Prepended codebase for resource: '" + a + "'");
1430 }return b;
1431 }}return a;
1432 }, "~S");
1433 Clazz.defineMethod (c$, "urlExists",
1434 ($fz = function (a) {
1435 var b = null;
1436 try {
1437 b =  new java.net.URL (a).openStream ();
1438 if (b != null) {
1439 return true;
1440 }} catch (x) {
1441 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {
1442 } else {
1443 throw x;
1444 }
1445 } finally {
1446 if (b != null) {
1447 try {
1448 b.close ();
1449 } catch (e) {
1450 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {
1451 } else {
1452 throw e;
1453 }
1454 }
1455 }}
1456 return false;
1457 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");
1458 c$ = Clazz.p0p ();
1459 };
1460 c$.$JalviewLite$1$ = function () {
1461 Clazz.pu$h ();
1462 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$1", null, Runnable);
1463 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
1464 function () {
1465 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.f$.me).mouseOverVamsasSequence (this.f$.sq, this.f$.sq.findIndex (this.f$.pos), null);
1466 });
1467 c$ = Clazz.p0p ();
1468 };
1469 c$.$JalviewLite$2$ = function () {
1470 Clazz.pu$h ();
1471 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$2", null, Runnable);
1472 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
1473 function () {
1474 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.f$.me).mouseOverVamsasSequence (this.f$.sq, this.f$.pos, null);
1475 });
1476 c$ = Clazz.p0p ();
1477 };
1478 c$.$JalviewLite$3$ = function () {
1479 Clazz.pu$h ();
1480 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$3", null, Runnable);
1481 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
1482 function () {
1483 this.f$.alf.select (this.f$.sel, this.f$.csel);
1484 });
1485 c$ = Clazz.p0p ();
1486 };
1487 c$.$JalviewLite$4$ = function () {
1488 Clazz.pu$h ();
1489 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$4", null, Runnable);
1490 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
1491 function () {
1492 try {
1493 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.f$.me).mouseOverStructure ( new Integer (this.f$.pdbResNum).intValue (), this.f$.chain, this.f$.pdbfile);
1494 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
1495 System.err.println ("mouseOver for '" + this.f$.pdbResNum + "' in chain '" + this.f$.chain + "' in structure '" + this.f$.pdbfile + "'");
1496 }} catch (e) {
1497 if (Clazz.exceptionOf (e, NumberFormatException)) {
1498 System.err.println ("Ignoring invalid residue number string '" + this.f$.pdbResNum + "'");
1499 } else {
1500 throw e;
1501 }
1502 }
1503 });
1504 c$ = Clazz.p0p ();
1505 };
1506 c$.$JalviewLite$5$ = function () {
1507 Clazz.pu$h ();
1508 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$5", null, Runnable);
1509 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
1510 function () {
1511 try {
1512 this.f$.alf.scrollTo ( new Integer (this.f$.topRow).intValue (),  new Integer (this.f$.leftHandColumn).intValue ());
1513 } catch (ex) {
1514 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
1515 System.err.println ("Couldn't parse integer arguments (topRow='" + this.f$.topRow + "' and leftHandColumn='" + this.f$.leftHandColumn + "')");
1516 ex.printStackTrace ();
1517 } else {
1518 throw ex;
1519 }
1520 }
1521 });
1522 c$ = Clazz.p0p ();
1523 };
1524 c$.$JalviewLite$6$ = function () {
1525 Clazz.pu$h ();
1526 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$6", null, Runnable);
1527 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
1528 function () {
1529 try {
1530 this.f$.alf.scrollToRow ( new Integer (this.f$.topRow).intValue ());
1531 } catch (ex) {
1532 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
1533 System.err.println ("Couldn't parse integer arguments (topRow='" + this.f$.topRow + "')");
1534 ex.printStackTrace ();
1535 } else {
1536 throw ex;
1537 }
1538 }
1539 });
1540 c$ = Clazz.p0p ();
1541 };
1542 c$.$JalviewLite$7$ = function () {
1543 Clazz.pu$h ();
1544 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$7", null, Runnable);
1545 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
1546 function () {
1547 try {
1548 this.f$.alf.scrollToColumn ( new Integer (this.f$.leftHandColumn).intValue ());
1549 } catch (ex) {
1550 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
1551 System.err.println ("Couldn't parse integer arguments (leftHandColumn='" + this.f$.leftHandColumn + "')");
1552 ex.printStackTrace ();
1553 } else {
1554 throw ex;
1555 }
1556 }
1557 });
1558 c$ = Clazz.p0p ();
1559 };
1560 c$.$JalviewLite$8$ = function () {
1561 Clazz.pu$h ();
1562 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$8", null, java.awt.event.ActionListener);
1563 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
1564 function (e) {
1565 var loader = Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite.LoadingThread, this, null, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].startupFile, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].file2, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"]);
1566 loader.start ();
1567 }, "java.awt.event.ActionEvent");
1568 c$ = Clazz.p0p ();
1569 };
1570 c$.$JalviewLite$9$ = function () {
1571 Clazz.pu$h ();
1572 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$9", java.awt.event.WindowAdapter);
1573 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosing",
1574 function (e) {
1575 if (Clazz.instanceOf (this.f$.frame, jalview.appletgui.AlignFrame)) {
1576 var vp = (this.f$.frame).viewport;
1577 (this.f$.frame).closeMenuItem_actionPerformed ();
1578 if (vp.applet.currentAlignFrame === this.f$.frame) {
1579 vp.applet.currentAlignFrame = null;
1580 }vp.applet = null;
1581 vp = null;
1582 }jalview.bin.JalviewLite.lastFrameX -= 40;
1583 jalview.bin.JalviewLite.lastFrameY -= 40;
1584 if (Clazz.instanceOf (this.f$.frame, jalview.appletgui.EmbmenuFrame)) {
1585 (this.f$.frame).destroyMenus ();
1586 }this.f$.frame.setMenuBar (null);
1587 this.f$.frame.dispose ();
1588 }, "java.awt.event.WindowEvent");
1589 Clazz.defineMethod (c$, "windowActivated",
1590 function (e) {
1591 if (Clazz.instanceOf (this.f$.frame, jalview.appletgui.AlignFrame)) {
1592 (this.f$.frame).viewport.applet.currentAlignFrame = this.f$.frame;
1593 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
1594 System.err.println ("Activated window " + this.f$.frame);
1595 }}Clazz.superCall (this, jalview.bin.JalviewLite$9, "windowActivated", [e]);
1596 }, "java.awt.event.WindowEvent");
1597 c$ = Clazz.p0p ();
1598 };
1599 c$.$JalviewLite$10$ = function () {
1600 Clazz.pu$h ();
1601 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$10", null, Runnable);
1602 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
1603 function () {
1604 this.f$.alf.setFeatureGroupState (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].separatorListToArray (this.f$.groups), this.f$.st);
1605 });
1606 c$ = Clazz.p0p ();
1607 };
1608 Clazz.defineStatics (c$,
1609 "TRUE", "true",
1610 "FALSE", "false",
1611 "debug", false,
1612 "lastFrameX", 200,
1613 "lastFrameY", 200,
1614 "builddate", null,
1615 "version", null,
1616 "installation", null);
1617 });