bin/jalview/bin/JalviewLite.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.bin");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.StructureSelectionManagerProvider", "jalview.javascript.JalviewLiteJsApi", "java.lang.Thread", "javax.swing.JApplet", "jalview.util.MessageManager", "java.util.Hashtable", "$.Vector", "javax.swing.JButton"], "jalview.bin.JalviewLite", ["jalview.analysis.SequenceIdMatcher", "jalview.appletgui.AlignFrame", "$.EmbmenuFrame", "$.FeatureSettings", "$.SplitFrame", "jalview.datamodel.Alignment", "$.AlignmentOrder", "$.ColumnSelection", "$.PDBEntry", "$.SequenceGroup", "jalview.io.AnnotationFile", "$.AppletFormatAdapter", "$.FileParse", "$.IdentifyFile", "$.JnetAnnotationMaker", "$.NewickFile", "jalview.javascript.JSFunctionExec", "$.JsSelectionSender", "$.MouseOverListener", "$.MouseOverStructureListener", "jalview.jsdev.GenericFileAdapter", "jalview.schemes.ColourSchemeProperty", "$.UserColourScheme", "jalview.structure.SelectionListener", "$.StructureSelectionManager", "java.awt.Color", "$.EventQueue", "$.Font", "java.awt.event.ActionListener", "$.WindowAdapter", "java.io.BufferedReader", "$.InputStreamReader", "java.lang.Error", "$.StringBuffer", "java.net.URL", "java.util.StringTokenizer", "netscape.javascript.JSObject"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.embedded = false;\r
   5 this.enableSplitFrame = false;\r
   6 this.showButton = true;\r
   7 this.checkForJmol = true;\r
   8 this.jalviewServletURL = null;\r
   9 this.startupFile = "No file";\r
  10 this.helpUrl = null;\r
  11 this.externalstructureviewer = null;\r
  12 this.sep = null;\r
  13 this.rgb = null;\r
  14 this.labelColour = null;\r
  15 this.initjscallback = null;\r
  16 this.pdbFile = null;\r
  17 this.sequence = null;\r
  18 this.jnetFile = null;\r
  19 this.annotations = null;\r
  20 this.hideFeatureGroups = null;\r
  21 this.showFeatureGroups = null;\r
  22 this.features = null;\r
  23 this.showFeatureSettings = null;\r
  24 this.scoreFile = null;\r
  25 this.treeFile = null;\r
  26 this.windowWidth = null;\r
  27 this.windowHeight = null;\r
  28 this.defaultColour = null;\r
  29 this.sortBy = null;\r
  30 this.wrap = null;\r
  31 this.centrecolumnlabels = null;\r
  32 this.userDefinedColour = null;\r
  33 this.widthScale = null;\r
  34 this.heightScale = null;\r
  35 this.upperCase = null;\r
  36 this.file2 = null;\r
  37 this.javascriptListeners = null;\r
  38 this.jsFunctionExec = null;\r
  39 this.fileFound = true;\r
  40 this.launcher = null;\r
  41 this.currentAlignFrame = null;\r
  42 this.initialAlignFrame = null;\r
  43 this.checkedForJmol = false;\r
  44 this.jmolAvailable = false;\r
  45 this.alignPdbStructures = false;\r
  46 this.useXtrnalSviewer = false;\r
  47 this.haveShownLoadMessage = false;\r
  48 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite.LoadJmolThread")) {\r
  49 jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$LoadJmolThread$ ();\r
  50 }\r
  51 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite.LoadingThread")) {\r
  52 jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$LoadingThread$ ();\r
  53 }\r
  54 this.separator = "\u00ac";\r
  55 this.jsfallbackEnabled = false;\r
  56 this.jshashes = null;\r
  57 this.jsmessages = null;\r
  58 this.jsExecQueue = null;\r
  59 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  60 }, jalview.bin, "JalviewLite", javax.swing.JApplet, [jalview.api.StructureSelectionManagerProvider, jalview.javascript.JalviewLiteJsApi]);\r
  61 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  62 this.javascriptListeners =  new java.util.Vector ();\r
  63 this.launcher =  new javax.swing.JButton (jalview.util.MessageManager.getString ("label.start_jalview"));\r
  64 this.jshashes =  new java.util.Hashtable ();\r
  65 this.jsmessages =  new java.util.Hashtable ();\r
  66 this.jsExecQueue =  new java.util.Vector ();\r
  67 });\r
  68 Clazz.defineMethod (c$, "setParams", \r
  69 ($fz = function () {\r
  70 jalview.bin.JalviewLite.debug = "true".equalsIgnoreCase (this.getParameter ("debug"));\r
  71 this.enableSplitFrame = "true".equalsIgnoreCase (this.getParameter ("enableSplitFrame"));\r
  72 this.embedded = "true".equalsIgnoreCase (this.getParameter ("embedded"));\r
  73 this.showButton = !"false".equalsIgnoreCase (this.getParameter ("showbutton"));\r
  74 this.jalviewServletURL = this.getParameter ("APPLICATION_URL");\r
  75 this.startupFile = this.getParameter ("file");\r
  76 this.helpUrl = this.getParameter ("jalviewhelpurl");\r
  77 this.externalstructureviewer = this.getParameter ("externalstructureviewer");\r
  78 this.checkForJmol = !"true".equals (this.getParameter ("nojmol"));\r
  79 this.sep = this.getParameter ("separator");\r
  80 this.rgb = this.getParameter ("RGB");\r
  81 this.labelColour = this.getParameter ("label");\r
  82 this.initjscallback = this.getParameter ("oninit");\r
  83 this.pdbFile = this.getParameter ("PDBFILE");\r
  84 this.sequence = this.getParameter ("PDBSEQ");\r
  85 this.jnetFile = this.getParameter ("jnetfile");\r
  86 this.annotations = this.getParameter ("annotations");\r
  87 this.hideFeatureGroups = this.getParameter ("hidefeaturegroups");\r
  88 this.showFeatureGroups = this.getParameter ("showfeaturegroups");\r
  89 this.features = this.getParameter ("features");\r
  90 this.showFeatureSettings = this.getParameter ("showFeatureSettings");\r
  91 this.scoreFile = this.getParameter ("scoreFile");\r
  92 this.treeFile = this.getParameter ("tree");\r
  93 if (this.treeFile == null) this.treeFile = this.getParameter ("treeFile");\r
  94 this.windowWidth = this.getParameter ("windowWidth");\r
  95 this.windowHeight = this.getParameter ("windowHeight");\r
  96 this.defaultColour = this.getParameter ("defaultColour");\r
  97 this.sortBy = this.getParameter ("sortBy");\r
  98 this.wrap = this.getParameter ("wrap");\r
  99 this.centrecolumnlabels = this.getParameter ("centrecolumnlabels");\r
 100 this.userDefinedColour = this.getParameter ("userDefinedColour");\r
 101 this.widthScale = this.getParameter ("widthScale");\r
 102 this.heightScale = this.getParameter ("heightScale");\r
 103 this.upperCase = this.getParameter ("upperCase");\r
 104 this.file2 = this.getParameter ("file2");\r
 105 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 106 Clazz.defineMethod (c$, "getDefaultParameter", \r
 107 function (name, def) {\r
 108 var stn;\r
 109 if ((stn = this.getParameter (name)) == null) {\r
 110 return def;\r
 111 }if (stn.toLowerCase ().equals ("true")) {\r
 112 return true;\r
 113 }return false;\r
 114 }, "~S,~B");\r
 115 Clazz.defineMethod (c$, "getLinkParams", \r
 116 function (links) {\r
 117 var label;\r
 118 var url;\r
 119 for (var i = 1; i < 10; i++) {\r
 120 label = this.getParameter ("linkLabel_" + i);\r
 121 url = this.getParameter ("linkURL_" + i);\r
 122 if (label != null && url != null) {\r
 123 links.addElement (label + "|" + url);\r
 124 }}\r
 125 }, "java.util.Vector");\r
 126 Clazz.defineMethod (c$, "getStructureSelectionManager", \r
 127 function () {\r
 128 return jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this);\r
 129 });\r
 130 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectedSequences", \r
 131 function () {\r
 132 return this.getSelectedSequencesFrom (this.getDefaultTargetFrame ());\r
 133 });\r
 134 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectedSequences", \r
 135 function (sep) {\r
 136 return this.getSelectedSequencesFrom (this.getDefaultTargetFrame (), sep);\r
 137 }, "~S");\r
 138 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectedSequencesFrom", \r
 139 function (alf) {\r
 140 return this.getSelectedSequencesFrom (alf, this.separator);\r
 141 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");\r
 142 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectedSequencesFrom", \r
 143 function (alf, sep) {\r
 144 var result =  new StringBuffer ("");\r
 145 if (sep == null || sep.length == 0) {\r
 146 sep = this.separator;\r
 147 }if (alf.viewport.getSelectionGroup () != null) {\r
 148 var seqs = alf.viewport.getSelectionGroup ().getSequencesInOrder (alf.viewport.getAlignment ());\r
 149 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {\r
 150 result.append (seqs[i].getName ());\r
 151 result.append (sep);\r
 152 }\r
 153 }return result.toString ();\r
 154 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");\r
 155 Clazz.overrideMethod (c$, "highlight", \r
 156 function (sequenceId, position, alignedPosition) {\r
 157 this.highlightIn (this.getDefaultTargetFrame (), sequenceId, position, alignedPosition);\r
 158 }, "~S,~S,~S");\r
 159 Clazz.overrideMethod (c$, "highlightIn", \r
 160 function (alf, sequenceId, position, alignedPosition) {\r
 161 var matcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (alf.viewport.getAlignment ().getSequencesArray ());\r
 162 var sq = matcher.findIdMatch (sequenceId);\r
 163 if (sq != null) {\r
 164 var apos = -1;\r
 165 try {\r
 166 apos =  new Integer (position).intValue ();\r
 167 apos--;\r
 168 } catch (ex) {\r
 169 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 170 return;\r
 171 } else {\r
 172 throw ex;\r
 173 }\r
 174 }\r
 175 var me = this;\r
 176 var pos = apos;\r
 177 if (alignedPosition != null && (alignedPosition.trim ().length == 0 || alignedPosition.toLowerCase ().indexOf ("false") > -1)) {\r
 178 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$1") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$1, this, Clazz.cloneFinals ("me", me, "sq", sq, "pos", pos))));\r
 179 } else {\r
 180 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$2") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$2, this, Clazz.cloneFinals ("me", me, "sq", sq, "pos", pos))));\r
 181 }}}, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S,~S");\r
 182 Clazz.defineMethod (c$, "select", \r
 183 function (sequenceIds, columns) {\r
 184 this.selectIn (this.getDefaultTargetFrame (), sequenceIds, columns, this.separator);\r
 185 }, "~S,~S");\r
 186 Clazz.defineMethod (c$, "select", \r
 187 function (sequenceIds, columns, sep) {\r
 188 this.selectIn (this.getDefaultTargetFrame (), sequenceIds, columns, sep);\r
 189 }, "~S,~S,~S");\r
 190 Clazz.defineMethod (c$, "selectIn", \r
 191 function (alf, sequenceIds, columns) {\r
 192 this.selectIn (alf, sequenceIds, columns, this.separator);\r
 193 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S");\r
 194 Clazz.defineMethod (c$, "selectIn", \r
 195 function (alf, sequenceIds, columns, sep) {\r
 196 if (sep == null || sep.length == 0) {\r
 197 sep = this.separator;\r
 198 } else {\r
 199 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 200 System.err.println ("Selecting region using separator string '" + this.separator + "'");\r
 201 }}var ids = this.separatorListToArray (sequenceIds, sep);\r
 202 var cols = this.separatorListToArray (columns, sep);\r
 203 var sel =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();\r
 204 var csel =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();\r
 205 var al = alf.viewport.getAlignment ();\r
 206 var matcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (alf.viewport.getAlignment ().getSequencesArray ());\r
 207 var start = 0;\r
 208 var end = al.getWidth ();\r
 209 var alw = al.getWidth ();\r
 210 var seqsfound = true;\r
 211 if (ids != null && ids.length > 0) {\r
 212 seqsfound = false;\r
 213 for (var i = 0; i < ids.length; i++) {\r
 214 if (ids[i].trim ().length == 0) {\r
 215 continue;\r
 216 }var sq = matcher.findIdMatch (ids[i]);\r
 217 if (sq != null) {\r
 218 seqsfound = true;\r
 219 sel.addSequence (sq, false);\r
 220 }}\r
 221 }var inseqpos = false;\r
 222 if (cols != null && cols.length > 0) {\r
 223 var seset = false;\r
 224 for (var i = 0; i < cols.length; i++) {\r
 225 var cl = cols[i].trim ();\r
 226 if (cl.length == 0) {\r
 227 continue;\r
 228 }var p;\r
 229 if ((p = cl.indexOf ("-")) > -1) {\r
 230 var from = -1;\r
 231 var to = -1;\r
 232 try {\r
 233 from =  new Integer (cl.substring (0, p)).intValue ();\r
 234 from--;\r
 235 } catch (ex) {\r
 236 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 237 System.err.println ("ERROR: Couldn't parse first integer in range element column selection string '" + cl + "' - format is 'from-to'");\r
 238 return;\r
 239 } else {\r
 240 throw ex;\r
 241 }\r
 242 }\r
 243 try {\r
 244 to =  new Integer (cl.substring (p + 1)).intValue ();\r
 245 to--;\r
 246 } catch (ex) {\r
 247 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 248 System.err.println ("ERROR: Couldn't parse second integer in range element column selection string '" + cl + "' - format is 'from-to'");\r
 249 return;\r
 250 } else {\r
 251 throw ex;\r
 252 }\r
 253 }\r
 254 if (from >= 0 && to >= 0) {\r
 255 if (from < to) {\r
 256 var t = to;\r
 257 to = from;\r
 258 to = t;\r
 259 }if (!seset) {\r
 260 start = from;\r
 261 end = to;\r
 262 seset = true;\r
 263 } else {\r
 264 if (start > from) {\r
 265 start = from;\r
 266 }if (end < to) {\r
 267 end = to;\r
 268 }}for (var r = from; r <= to; r++) {\r
 269 if (r >= 0 && r < alw) {\r
 270 csel.addElement (r);\r
 271 }}\r
 272 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 273 System.err.println ("Range '" + cl + "' deparsed as [" + from + "," + to + "]");\r
 274 }} else {\r
 275 System.err.println ("ERROR: Invalid Range '" + cl + "' deparsed as [" + from + "," + to + "]");\r
 276 }} else {\r
 277 var r = -1;\r
 278 try {\r
 279 r =  new Integer (cl).intValue ();\r
 280 r--;\r
 281 } catch (ex) {\r
 282 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 283 if (cl.toLowerCase ().equals ("sequence")) {\r
 284 inseqpos = true;\r
 285 } else {\r
 286 System.err.println ("ERROR: Couldn't parse integer from point selection element of column selection string '" + cl + "'");\r
 287 return;\r
 288 }} else {\r
 289 throw ex;\r
 290 }\r
 291 }\r
 292 if (r >= 0 && r <= alw) {\r
 293 if (!seset) {\r
 294 start = r;\r
 295 end = r;\r
 296 seset = true;\r
 297 } else {\r
 298 if (start > r) {\r
 299 start = r;\r
 300 }if (end < r) {\r
 301 end = r;\r
 302 }}csel.addElement (r);\r
 303 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 304 System.err.println ("Point selection '" + cl + "' deparsed as [" + r + "]");\r
 305 }} else {\r
 306 System.err.println ("ERROR: Invalid Point selection '" + cl + "' deparsed as [" + r + "]");\r
 307 }}}\r
 308 }if (seqsfound) {\r
 309 if (inseqpos && sel.getSize () > 0) {\r
 310 var rs = sel.getSequenceAt (0);\r
 311 start = rs.findIndex (start);\r
 312 end = rs.findIndex (end);\r
 313 if (csel != null) {\r
 314 var cs = csel.getSelected ();\r
 315 csel.clear ();\r
 316 for (var selectedCol, $selectedCol = cs.iterator (); $selectedCol.hasNext () && ((selectedCol = $selectedCol.next ()) || true);) {\r
 317 csel.addElement (rs.findIndex ((selectedCol).intValue ()));\r
 318 }\r
 319 }}sel.setStartRes (start);\r
 320 sel.setEndRes (end);\r
 321 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$3") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$3, this, Clazz.cloneFinals ("alf", alf, "sel", sel, "csel", csel))));\r
 322 }}, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S,~S");\r
 323 Clazz.overrideMethod (c$, "getSelectedSequencesAsAlignment", \r
 324 function (format, suffix) {\r
 325 return this.getSelectedSequencesAsAlignmentFrom (this.getDefaultTargetFrame (), format, suffix);\r
 326 }, "~S,~S");\r
 327 Clazz.overrideMethod (c$, "getSelectedSequencesAsAlignmentFrom", \r
 328 function (alf, format, suffix) {\r
 329 try {\r
 330 var seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase ("true");\r
 331 if (alf.viewport.getSelectionGroup () != null) {\r
 332 var reply =  new jalview.io.AppletFormatAdapter ().formatSequences (format,  new jalview.datamodel.Alignment (alf.viewport.getSelectionAsNewSequence ()), seqlimits);\r
 333 return reply;\r
 334 }} catch (ex) {\r
 335 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 336 ex.printStackTrace ();\r
 337 return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";\r
 338 } else {\r
 339 throw ex;\r
 340 }\r
 341 }\r
 342 return "";\r
 343 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S");\r
 344 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentOrder", \r
 345 function () {\r
 346 return this.getAlignmentOrderFrom (this.getDefaultTargetFrame ());\r
 347 });\r
 348 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentOrderFrom", \r
 349 function (alf) {\r
 350 return this.getAlignmentOrderFrom (alf, this.separator);\r
 351 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");\r
 352 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentOrderFrom", \r
 353 function (alf, sep) {\r
 354 var alorder = alf.getAlignViewport ().getAlignment ();\r
 355 var order =  new Array (alorder.getHeight ());\r
 356 for (var i = 0; i < order.length; i++) {\r
 357 order[i] = alorder.getSequenceAt (i).getName ();\r
 358 }\r
 359 return this.arrayToSeparatorList (order);\r
 360 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");\r
 361 Clazz.defineMethod (c$, "orderBy", \r
 362 function (order, undoName) {\r
 363 return this.orderBy (order, undoName, this.separator);\r
 364 }, "~S,~S");\r
 365 Clazz.defineMethod (c$, "orderBy", \r
 366 function (order, undoName, sep) {\r
 367 return this.orderAlignmentBy (this.getDefaultTargetFrame (), order, undoName, sep);\r
 368 }, "~S,~S,~S");\r
 369 Clazz.overrideMethod (c$, "orderAlignmentBy", \r
 370 function (alf, order, undoName, sep) {\r
 371 var ids = this.separatorListToArray (order, sep);\r
 372 var sqs = null;\r
 373 if (ids != null && ids.length > 0) {\r
 374 var matcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (alf.viewport.getAlignment ().getSequencesArray ());\r
 375 var s = 0;\r
 376 sqs =  new Array (ids.length);\r
 377 for (var i = 0; i < ids.length; i++) {\r
 378 if (ids[i].trim ().length == 0) {\r
 379 continue;\r
 380 }var sq = matcher.findIdMatch (ids[i]);\r
 381 if (sq != null) {\r
 382 sqs[s++] = sq;\r
 383 }}\r
 384 if (s > 0) {\r
 385 var sqq =  new Array (s);\r
 386 System.arraycopy (sqs, 0, sqq, 0, s);\r
 387 sqs = sqq;\r
 388 } else {\r
 389 sqs = null;\r
 390 }}if (sqs == null) {\r
 391 return "";\r
 392 };var aorder =  new jalview.datamodel.AlignmentOrder (sqs);\r
 393 if (undoName != null && undoName.trim ().length == 0) {\r
 394 undoName = null;\r
 395 }var _undoName = undoName;\r
 396 return alf.sortBy (aorder, _undoName) ? "true" : "";\r
 397 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S,~S");\r
 398 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignment", \r
 399 function (format) {\r
 400 return this.getAlignmentFrom (this.getDefaultTargetFrame (), format, "true");\r
 401 }, "~S");\r
 402 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentFrom", \r
 403 function (alf, format) {\r
 404 return this.getAlignmentFrom (alf, format, "true");\r
 405 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");\r
 406 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignment", \r
 407 function (format, suffix) {\r
 408 return this.getAlignmentFrom (this.getDefaultTargetFrame (), format, suffix);\r
 409 }, "~S,~S");\r
 410 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentFrom", \r
 411 function (alf, format, suffix) {\r
 412 try {\r
 413 var seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase ("true");\r
 414 var reply =  new jalview.io.AppletFormatAdapter ().formatSequences (format, alf.viewport.getAlignment (), seqlimits);\r
 415 return reply;\r
 416 } catch (ex) {\r
 417 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 418 ex.printStackTrace ();\r
 419 return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";\r
 420 } else {\r
 421 throw ex;\r
 422 }\r
 423 }\r
 424 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S");\r
 425 Clazz.overrideMethod (c$, "loadAnnotation", \r
 426 function (annotation) {\r
 427 this.loadAnnotationFrom (this.getDefaultTargetFrame (), annotation);\r
 428 }, "~S");\r
 429 Clazz.overrideMethod (c$, "loadAnnotationFrom", \r
 430 function (alf, annotation) {\r
 431 if ( new jalview.io.AnnotationFile ().annotateAlignmentView (alf.getAlignViewport (), annotation, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)) {\r
 432 alf.alignPanel.fontChanged ();\r
 433 alf.alignPanel.setScrollValues (0, 0);\r
 434 } else {\r
 435 alf.parseFeaturesFile (annotation, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 436 }}, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");\r
 437 Clazz.overrideMethod (c$, "loadFeatures", \r
 438 function (features, autoenabledisplay) {\r
 439 this.loadFeaturesFrom (this.getDefaultTargetFrame (), features, autoenabledisplay);\r
 440 }, "~S,~B");\r
 441 Clazz.overrideMethod (c$, "loadFeaturesFrom", \r
 442 function (alf, features, autoenabledisplay) {\r
 443 return alf.parseFeaturesFile (features, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE, autoenabledisplay);\r
 444 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~B");\r
 445 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatures", \r
 446 function (format) {\r
 447 return this.getFeaturesFrom (this.getDefaultTargetFrame (), format);\r
 448 }, "~S");\r
 449 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeaturesFrom", \r
 450 function (alf, format) {\r
 451 return alf.outputFeatures (false, format);\r
 452 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");\r
 453 Clazz.overrideMethod (c$, "getAnnotation", \r
 454 function () {\r
 455 return this.getAnnotationFrom (this.getDefaultTargetFrame ());\r
 456 });\r
 457 Clazz.overrideMethod (c$, "getAnnotationFrom", \r
 458 function (alf) {\r
 459 return alf.outputAnnotations (false);\r
 460 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");\r
 461 Clazz.defineMethod (c$, "newView", \r
 462 function () {\r
 463 return this.newViewFrom (this.getDefaultTargetFrame ());\r
 464 });\r
 465 Clazz.defineMethod (c$, "newView", \r
 466 function (name) {\r
 467 return this.newViewFrom (this.getDefaultTargetFrame (), name);\r
 468 }, "~S");\r
 469 Clazz.defineMethod (c$, "newViewFrom", \r
 470 function (alf) {\r
 471 return alf.newView (null);\r
 472 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");\r
 473 Clazz.defineMethod (c$, "newViewFrom", \r
 474 function (alf, name) {\r
 475 return alf.newView (name);\r
 476 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");\r
 477 Clazz.overrideMethod (c$, "loadAlignment", \r
 478 function (text, title) {\r
 479 var al = null;\r
 480 var format =  new jalview.io.IdentifyFile ().Identify (text, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 481 try {\r
 482 al =  new jalview.io.AppletFormatAdapter ().readFile (text, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE, format);\r
 483 if (al.getHeight () > 0) {\r
 484 return  new jalview.appletgui.AlignFrame (al, this, title, false);\r
 485 }} catch (ex) {\r
 486 if (Clazz.exceptionOf (ex, java.io.IOException)) {\r
 487 ex.printStackTrace ();\r
 488 } else {\r
 489 throw ex;\r
 490 }\r
 491 }\r
 492 return null;\r
 493 }, "~S,~S");\r
 494 Clazz.defineMethod (c$, "setMouseoverListener", \r
 495 function (listener) {\r
 496 this.setMouseoverListener (this.currentAlignFrame, listener);\r
 497 }, "~S");\r
 498 Clazz.defineMethod (c$, "setMouseoverListener", \r
 499 function (af, listener) {\r
 500 if (listener != null) {\r
 501 listener = listener.trim ();\r
 502 if (listener.length == 0) {\r
 503 System.err.println ("jalview Javascript error: Ignoring empty function for mouseover listener.");\r
 504 return;\r
 505 }}var mol =  new jalview.javascript.MouseOverListener (this, af, listener);\r
 506 this.javascriptListeners.addElement (mol);\r
 507 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).addStructureViewerListener (mol);\r
 508 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 509 System.err.println ("Added a mouseover listener for " + ((af == null) ? "All frames" : "Just views for " + af.getAlignViewport ().getSequenceSetId ()));\r
 510 System.err.println ("There are now " + this.javascriptListeners.size () + " listeners in total.");\r
 511 }}, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");\r
 512 Clazz.defineMethod (c$, "setSelectionListener", \r
 513 function (listener) {\r
 514 this.setSelectionListener (null, listener);\r
 515 }, "~S");\r
 516 Clazz.defineMethod (c$, "setSelectionListener", \r
 517 function (af, listener) {\r
 518 if (listener != null) {\r
 519 listener = listener.trim ();\r
 520 if (listener.length == 0) {\r
 521 System.err.println ("jalview Javascript error: Ignoring empty function for selection listener.");\r
 522 return;\r
 523 }}var mol =  new jalview.javascript.JsSelectionSender (this, af, listener);\r
 524 this.javascriptListeners.addElement (mol);\r
 525 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).addSelectionListener (mol);\r
 526 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 527 System.err.println ("Added a selection listener for " + ((af == null) ? "All frames" : "Just views for " + af.getAlignViewport ().getSequenceSetId ()));\r
 528 System.err.println ("There are now " + this.javascriptListeners.size () + " listeners in total.");\r
 529 }}, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");\r
 530 Clazz.overrideMethod (c$, "setStructureListener", \r
 531 function (listener, modelSet) {\r
 532 if (listener != null) {\r
 533 listener = listener.trim ();\r
 534 if (listener.length == 0) {\r
 535 System.err.println ("jalview Javascript error: Ignoring empty function for selection listener.");\r
 536 return;\r
 537 }}var mol =  new jalview.javascript.MouseOverStructureListener (this, listener, this.separatorListToArray (modelSet));\r
 538 this.javascriptListeners.addElement (mol);\r
 539 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).addStructureViewerListener (mol);\r
 540 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 541 System.err.println ("Added a javascript structure viewer listener '" + listener + "'");\r
 542 System.err.println ("There are now " + this.javascriptListeners.size () + " listeners in total.");\r
 543 }}, "~S,~S");\r
 544 Clazz.overrideMethod (c$, "removeJavascriptListener", \r
 545 function (af, listener) {\r
 546 if (listener != null) {\r
 547 listener = listener.trim ();\r
 548 if (listener.length == 0) {\r
 549 listener = null;\r
 550 }}var rprt = false;\r
 551 for (var ms = 0, msSize = this.javascriptListeners.size (); ms < msSize; ) {\r
 552 var lstn = this.javascriptListeners.elementAt (ms);\r
 553 var lstner = lstn;\r
 554 if ((af == null || lstner.getAlignFrame () === af) && (listener == null || lstner.getListenerFunction ().equals (listener))) {\r
 555 this.javascriptListeners.removeElement (lstner);\r
 556 msSize--;\r
 557 if (Clazz.instanceOf (lstner, jalview.structure.SelectionListener)) {\r
 558 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).removeSelectionListener (lstner);\r
 559 } else {\r
 560 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).removeStructureViewerListener (lstner, null);\r
 561 }rprt = jalview.bin.JalviewLite.debug;\r
 562 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 563 System.err.println ("Removed listener '" + listener + "'");\r
 564 }} else {\r
 565 ms++;\r
 566 }}\r
 567 if (rprt) {\r
 568 System.err.println ("There are now " + this.javascriptListeners.size () + " listeners in total.");\r
 569 }}, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");\r
 570 Clazz.overrideMethod (c$, "stop", \r
 571 function () {\r
 572 System.err.println ("Applet " + this.getName () + " stop().");\r
 573 this.tidyUp ();\r
 574 });\r
 575 Clazz.overrideMethod (c$, "destroy", \r
 576 function () {\r
 577 System.err.println ("Applet " + this.getName () + " destroy().");\r
 578 this.tidyUp ();\r
 579 });\r
 580 Clazz.defineMethod (c$, "tidyUp", \r
 581 ($fz = function () {\r
 582 this.removeAll ();\r
 583 if (this.currentAlignFrame != null && this.currentAlignFrame.viewport != null && this.currentAlignFrame.viewport.applet != null) {\r
 584 var av = this.currentAlignFrame.viewport;\r
 585 this.currentAlignFrame.closeMenuItem_actionPerformed ();\r
 586 av.applet = null;\r
 587 this.currentAlignFrame = null;\r
 588 }if (this.javascriptListeners != null) {\r
 589 while (this.javascriptListeners.size () > 0) {\r
 590 var mol = this.javascriptListeners.elementAt (0);\r
 591 this.javascriptListeners.removeElement (mol);\r
 592 if (Clazz.instanceOf (mol, jalview.structure.SelectionListener)) {\r
 593 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).removeSelectionListener (mol);\r
 594 } else {\r
 595 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this).removeStructureViewerListener (mol, null);\r
 596 }mol.jvlite = null;\r
 597 }\r
 598 }if (this.jsFunctionExec != null) {\r
 599 this.jsFunctionExec.stopQueue ();\r
 600 this.jsFunctionExec.jvlite = null;\r
 601 }this.initialAlignFrame = null;\r
 602 this.jsFunctionExec = null;\r
 603 this.javascriptListeners = null;\r
 604 jalview.structure.StructureSelectionManager.release (this);\r
 605 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 606 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseOverStructure", \r
 607 function (pdbResNum, chain, pdbfile) {\r
 608 var me = this;\r
 609 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$4") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$4$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$4, this, Clazz.cloneFinals ("me", me, "pdbResNum", pdbResNum, "chain", chain, "pdbfile", pdbfile))));\r
 610 }, "~S,~S,~S");\r
 611 Clazz.overrideMethod (c$, "scrollViewToIn", \r
 612 function (alf, topRow, leftHandColumn) {\r
 613 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$5") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$5$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$5, this, Clazz.cloneFinals ("alf", alf, "topRow", topRow, "leftHandColumn", leftHandColumn))));\r
 614 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S");\r
 615 Clazz.overrideMethod (c$, "scrollViewToRowIn", \r
 616 function (alf, topRow) {\r
 617 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$6") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$6$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$6, this, Clazz.cloneFinals ("alf", alf, "topRow", topRow))));\r
 618 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");\r
 619 Clazz.overrideMethod (c$, "scrollViewToColumnIn", \r
 620 function (alf, leftHandColumn) {\r
 621 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$7") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$7$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$7, this, Clazz.cloneFinals ("alf", alf, "leftHandColumn", leftHandColumn))));\r
 622 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");\r
 623 c$.initBuildDetails = Clazz.defineMethod (c$, "initBuildDetails", \r
 624 ($fz = function () {\r
 625 if (jalview.bin.JalviewLite.builddate == null) {\r
 626 jalview.bin.JalviewLite.builddate = "unknown";\r
 627 jalview.bin.JalviewLite.version = "test";\r
 628 jalview.bin.JalviewLite.installation = "Webstart";\r
 629 var url = jalview.bin.JalviewLite.getResource ("/.build_properties");\r
 630 if (url != null) {\r
 631 try {\r
 632 var reader =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.InputStreamReader (url.openStream ()));\r
 633 var line;\r
 634 while ((line = reader.readLine ()) != null) {\r
 635 if (line.indexOf ("VERSION") > -1) {\r
 636 jalview.bin.JalviewLite.version = line.substring (line.indexOf ("=") + 1);\r
 637 }if (line.indexOf ("BUILD_DATE") > -1) {\r
 638 jalview.bin.JalviewLite.builddate = line.substring (line.indexOf ("=") + 1);\r
 639 }if (line.indexOf ("INSTALLATION") > -1) {\r
 640 jalview.bin.JalviewLite.installation = line.substring (line.indexOf ("=") + 1);\r
 641 }}\r
 642 } catch (ex) {\r
 643 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 644 ex.printStackTrace ();\r
 645 } else {\r
 646 throw ex;\r
 647 }\r
 648 }\r
 649 }}}, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 650 c$.getBuildDate = Clazz.defineMethod (c$, "getBuildDate", \r
 651 function () {\r
 652 jalview.bin.JalviewLite.initBuildDetails ();\r
 653 return jalview.bin.JalviewLite.builddate;\r
 654 });\r
 655 c$.getInstallation = Clazz.defineMethod (c$, "getInstallation", \r
 656 function () {\r
 657 jalview.bin.JalviewLite.initBuildDetails ();\r
 658 return jalview.bin.JalviewLite.installation;\r
 659 });\r
 660 c$.getVersion = Clazz.defineMethod (c$, "getVersion", \r
 661 function () {\r
 662 jalview.bin.JalviewLite.initBuildDetails ();\r
 663 return jalview.bin.JalviewLite.version;\r
 664 });\r
 665 Clazz.overrideMethod (c$, "init", \r
 666 function () {\r
 667 this.setParams ();\r
 668 try {\r
 669 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 670 System.err.println ("Applet context is '" + this.getAppletContext ().getClass ().toString () + "'");\r
 671 }var scriptObject = netscape.javascript.JSObject.getWindow (this);\r
 672 if (jalview.bin.JalviewLite.debug && scriptObject != null) {\r
 673 System.err.println ("Applet has Javascript callback support.");\r
 674 }} catch (ex) {\r
 675 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 676 System.err.println ("Warning: No JalviewLite javascript callbacks available.");\r
 677 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 678 ex.printStackTrace ();\r
 679 }} else {\r
 680 throw ex;\r
 681 }\r
 682 }\r
 683 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 684 System.err.println ("JalviewLite Version " + jalview.bin.JalviewLite.getVersion ());\r
 685 System.err.println ("Build Date : " + jalview.bin.JalviewLite.getBuildDate ());\r
 686 System.err.println ("Installation : " + jalview.bin.JalviewLite.getInstallation ());\r
 687 }if (this.externalstructureviewer != null) {\r
 688 this.useXtrnalSviewer = this.externalstructureviewer.trim ().toLowerCase ().equals ("true");\r
 689 }if (this.sep != null) {\r
 690 if (this.sep.length > 0) {\r
 691 this.separator = this.sep;\r
 692 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 693 System.err.println ("Separator set to '" + this.separator + "'");\r
 694 }} else {\r
 695 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.invalid_separator_parameter"));\r
 696 }}var r = 255;\r
 697 var g = 255;\r
 698 var b = 255;\r
 699 if (this.rgb != null) {\r
 700 try {\r
 701 r = Integer.parseInt (this.rgb.substring (0, 2), 16);\r
 702 g = Integer.parseInt (this.rgb.substring (2, 4), 16);\r
 703 b = Integer.parseInt (this.rgb.substring (4, 6), 16);\r
 704 } catch (ex) {\r
 705 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 706 r = 255;\r
 707 g = 255;\r
 708 b = 255;\r
 709 } else {\r
 710 throw ex;\r
 711 }\r
 712 }\r
 713 }this.rgb = this.labelColour;\r
 714 if (this.rgb != null) {\r
 715 this.launcher.setLabel (this.rgb);\r
 716 }this.setBackground ( new java.awt.Color (r, g, b));\r
 717 if (this.startupFile == null) {\r
 718 var data =  new StringBuffer ("PASTE");\r
 719 var i = 1;\r
 720 while ((this.startupFile = this.getParameter ("sequence" + i)) != null) {\r
 721 data.append (this.startupFile.toString () + "\n");\r
 722 i++;\r
 723 }\r
 724 if (data.length () > 5) {\r
 725 this.startupFile = data.toString ();\r
 726 }}if (!this.enableSplitFrame) {\r
 727 this.file2 = null;\r
 728 }if (this.embedded) {\r
 729 var loader = Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite.LoadingThread, this, null, this.startupFile, this.file2, this);\r
 730 {\r
 731 loader.run();\r
 732 }} else if (this.startupFile != null) {\r
 733 if (!this.showButton) {\r
 734 var loader = Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite.LoadingThread, this, null, this.startupFile, this.file2, this);\r
 735 loader.start ();\r
 736 } else {\r
 737 this.add (this.launcher);\r
 738 this.launcher.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$8") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$8$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$8, this, null)));\r
 739 }} else {\r
 740 this.startupFile = "NO FILE";\r
 741 this.fileFound = false;\r
 742 this.callInitCallback ();\r
 743 }});\r
 744 Clazz.defineMethod (c$, "initLiveConnect", \r
 745 ($fz = function () {\r
 746 var notFailed = false;\r
 747 var tries = 0;\r
 748 while (!notFailed && tries < 10) {\r
 749 if (tries > 0) {\r
 750 System.err.println ("LiveConnect request thread going to sleep.");\r
 751 }try {\r
 752 Thread.sleep (700 * (1 + tries));\r
 753 } catch (q) {\r
 754 if (Clazz.exceptionOf (q, InterruptedException)) {\r
 755 } else {\r
 756 throw q;\r
 757 }\r
 758 }\r
 759 ;if (tries++ > 0) {\r
 760 System.err.println ("LiveConnect request thread woken up.");\r
 761 }try {\r
 762 var scriptObject = netscape.javascript.JSObject.getWindow (this);\r
 763 if (scriptObject.eval ("navigator") != null) {\r
 764 notFailed = true;\r
 765 }} catch (jsex) {\r
 766 if (Clazz.exceptionOf (jsex, Exception)) {\r
 767 System.err.println ("Attempt " + tries + " to access LiveConnect javascript failed.");\r
 768 } else {\r
 769 throw jsex;\r
 770 }\r
 771 }\r
 772 }\r
 773 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 774 Clazz.defineMethod (c$, "callInitCallback", \r
 775 ($fz = function () {\r
 776 if (this.initjscallback == null) {\r
 777 return;\r
 778 }this.initjscallback = this.initjscallback.trim ();\r
 779 if (this.initjscallback.length > 0) {\r
 780 var scriptObject = null;\r
 781 try {\r
 782 scriptObject = netscape.javascript.JSObject.getWindow (this);\r
 783 } catch (ex) {\r
 784 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 785 } else {\r
 786 throw ex;\r
 787 }\r
 788 }\r
 789 ;this.initLiveConnect ();\r
 790 if (scriptObject != null) {\r
 791 try {\r
 792  new jalview.javascript.JSFunctionExec (this).executeJavascriptFunction (true, this.initjscallback, null, "Calling oninit callback '" + this.initjscallback + "'.");\r
 793 } catch (e) {\r
 794 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 795 System.err.println ("Exception when executing _oninit callback '" + this.initjscallback + "'.");\r
 796 e.printStackTrace ();\r
 797 } else {\r
 798 throw e;\r
 799 }\r
 800 }\r
 801 } else {\r
 802 System.err.println ("Not executing _oninit callback '" + this.initjscallback + "' - no scripting allowed.");\r
 803 }}}, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 804 c$.addFrame = Clazz.defineMethod (c$, "addFrame", \r
 805 function (frame, title, width, height) {\r
 806 frame.setLocation (jalview.bin.JalviewLite.lastFrameX, jalview.bin.JalviewLite.lastFrameY);\r
 807 jalview.bin.JalviewLite.lastFrameX += 40;\r
 808 jalview.bin.JalviewLite.lastFrameY += 40;\r
 809 frame.setSize (width, height);\r
 810 frame.setTitle (title);\r
 811 frame.addWindowListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$9") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$9$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$9, this, Clazz.cloneFinals ("frame", frame))));\r
 812 frame.setVisible (true);\r
 813 }, "javax.swing.JFrame,~S,~N,~N");\r
 814 Clazz.defineMethod (c$, "paintComponent", \r
 815 function (g) {\r
 816 if (!this.fileFound) {\r
 817 g.setColor ( new java.awt.Color (200, 200, 200));\r
 818 g.setColor (java.awt.Color.cyan);\r
 819 g.fillRect (0, 0, this.getSize ().width, this.getSize ().height);\r
 820 g.setColor (java.awt.Color.red);\r
 821 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.jalview_cannot_open_file"), 5, 15);\r
 822 g.drawString ("\"" + this.startupFile + "\"", 5, 30);\r
 823 } else if (this.embedded && !this.haveShownLoadMessage) {\r
 824 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
 825 g.setFont ( new java.awt.Font ("Arial", 1, 24));\r
 826 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.jalview_applet"), 50, Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2) - 30);\r
 827 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.loading_data") + "...", 50, Clazz.doubleToInt (this.getSize ().height / 2));\r
 828 this.haveShownLoadMessage = true;\r
 829 }}, "java.awt.Graphics");\r
 830 Clazz.defineMethod (c$, "getAppletWindow", \r
 831 function (class1) {\r
 832 var wnds =  new java.util.Vector ();\r
 833 var cmp = this.getComponents ();\r
 834 if (cmp != null) {\r
 835 for (var i = 0; i < cmp.length; i++) {\r
 836 if (class1.isAssignableFrom (cmp[i].getClass ())) {\r
 837 wnds.addElement (cmp);\r
 838 }}\r
 839 }return wnds;\r
 840 }, "Class");\r
 841 Clazz.defineMethod (c$, "getDefaultTargetFrame", \r
 842 function () {\r
 843 if (this.currentAlignFrame != null) {\r
 844 return this.currentAlignFrame;\r
 845 }if (this.initialAlignFrame != null) {\r
 846 return this.initialAlignFrame;\r
 847 }System.err.println ("Implementation error: Jalview Applet API cannot work out which AlignFrame to use.");\r
 848 return null;\r
 849 });\r
 850 Clazz.defineMethod (c$, "separatorListToArray", \r
 851 function (list) {\r
 852 return this.separatorListToArray (list, this.separator);\r
 853 }, "~S");\r
 854 Clazz.defineMethod (c$, "separatorListToArray", \r
 855 function (list, separator) {\r
 856 var seplen = separator.length;\r
 857 if (list == null || list.equals ("") || list.equals (separator)) {\r
 858 return null;\r
 859 }var jv =  new java.util.Vector ();\r
 860 var cp = 0;\r
 861 var pos;\r
 862 while ((pos = list.indexOf (separator, cp)) > cp) {\r
 863 jv.addElement (list.substring (cp, pos));\r
 864 cp = pos + seplen;\r
 865 }\r
 866 if (cp < list.length) {\r
 867 var c = list.substring (cp);\r
 868 if (!c.equals (separator)) {\r
 869 jv.addElement (c);\r
 870 }}if (jv.size () > 0) {\r
 871 var v =  new Array (jv.size ());\r
 872 for (var i = 0; i < v.length; i++) {\r
 873 v[i] = jv.elementAt (i);\r
 874 }\r
 875 jv.removeAllElements ();\r
 876 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 877 System.err.println ("Array from '" + separator + "' separated List:\n" + v.length);\r
 878 for (var i = 0; i < v.length; i++) {\r
 879 System.err.println ("item " + i + " '" + v[i] + "'");\r
 880 }\r
 881 }return v;\r
 882 }if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 883 System.err.println ("Empty Array from '" + separator + "' separated List");\r
 884 }return null;\r
 885 }, "~S,~S");\r
 886 Clazz.defineMethod (c$, "arrayToSeparatorList", \r
 887 function (list) {\r
 888 return this.arrayToSeparatorList (list, this.separator);\r
 889 }, "~A");\r
 890 Clazz.defineMethod (c$, "arrayToSeparatorList", \r
 891 function (list, separator) {\r
 892 var v =  new StringBuffer ();\r
 893 if (list != null && list.length > 0) {\r
 894 for (var i = 0, iSize = list.length; i < iSize; i++) {\r
 895 if (list[i] != null) {\r
 896 if (i > 0) {\r
 897 v.append (separator);\r
 898 }v.append (list[i]);\r
 899 }}\r
 900 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 901 System.err.println ("Returning '" + separator + "' separated List:\n");\r
 902 System.err.println (v);\r
 903 }return v.toString ();\r
 904 }if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 905 System.err.println ("Returning empty '" + separator + "' separated List\n");\r
 906 }return "" + separator;\r
 907 }, "~A,~S");\r
 908 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureGroups", \r
 909 function () {\r
 910 var lst = this.arrayToSeparatorList (this.getDefaultTargetFrame ().getFeatureGroups ());\r
 911 return lst;\r
 912 });\r
 913 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureGroupsOn", \r
 914 function (alf) {\r
 915 var lst = this.arrayToSeparatorList (alf.getFeatureGroups ());\r
 916 return lst;\r
 917 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");\r
 918 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureGroupsOfState", \r
 919 function (visible) {\r
 920 return this.arrayToSeparatorList (this.getDefaultTargetFrame ().getFeatureGroupsOfState (visible));\r
 921 }, "~B");\r
 922 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureGroupsOfStateOn", \r
 923 function (alf, visible) {\r
 924 return this.arrayToSeparatorList (alf.getFeatureGroupsOfState (visible));\r
 925 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~B");\r
 926 Clazz.overrideMethod (c$, "setFeatureGroupStateOn", \r
 927 function (alf, groups, state) {\r
 928 var st = state;\r
 929 java.awt.EventQueue.invokeLater (((Clazz.isClassDefined ("jalview.bin.JalviewLite$10") ? 0 : jalview.bin.JalviewLite.$JalviewLite$10$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite$10, this, Clazz.cloneFinals ("alf", alf, "groups", groups, "st", st))));\r
 930 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~B");\r
 931 Clazz.overrideMethod (c$, "setFeatureGroupState", \r
 932 function (groups, state) {\r
 933 this.setFeatureGroupStateOn (this.getDefaultTargetFrame (), groups, state);\r
 934 }, "~S,~B");\r
 935 Clazz.overrideMethod (c$, "getSeparator", \r
 936 function () {\r
 937 return this.separator;\r
 938 });\r
 939 Clazz.overrideMethod (c$, "setSeparator", \r
 940 function (separator) {\r
 941 if (separator == null || separator.length < 1) {\r
 942 separator = "\u00ac";\r
 943 }this.separator = separator;\r
 944 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 945 System.err.println ("Default Separator now: '" + separator + "'");\r
 946 }}, "~S");\r
 947 Clazz.overrideMethod (c$, "addPdbFile", \r
 948 function (alFrame, sequenceId, pdbEntryString, pdbFile) {\r
 949 return alFrame.addPdbFile (sequenceId, pdbEntryString, pdbFile);\r
 950 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S,~S,~S");\r
 951 Clazz.defineMethod (c$, "setAlignPdbStructures", \r
 952 function (alignPdbStructures) {\r
 953 this.alignPdbStructures = alignPdbStructures;\r
 954 }, "~B");\r
 955 Clazz.defineMethod (c$, "isAlignPdbStructures", \r
 956 function () {\r
 957 return this.alignPdbStructures;\r
 958 });\r
 959 Clazz.overrideMethod (c$, "start", \r
 960 function () {\r
 961 });\r
 962 Clazz.defineMethod (c$, "setJsMessageSet", \r
 963 function (messageclass, viewId, colcommands) {\r
 964 var msgset = this.jsmessages.get (messageclass);\r
 965 if (msgset == null) {\r
 966 msgset =  new java.util.Hashtable ();\r
 967 this.jsmessages.put (messageclass, msgset);\r
 968 }msgset.put (viewId, colcommands);\r
 969 var l =  Clazz.newLongArray (colcommands.length, 0);\r
 970 for (var i = 0; i < colcommands.length; i++) {\r
 971 l[i] = colcommands[i].hashCode ();\r
 972 }\r
 973 this.jshashes.put (messageclass + "|" + viewId, l);\r
 974 }, "~S,~S,~A");\r
 975 Clazz.overrideMethod (c$, "getJsMessage", \r
 976 function (messageclass, viewId) {\r
 977 var msgset = this.jsmessages.get (messageclass);\r
 978 if (msgset != null) {\r
 979 var msgs = msgset.get (viewId);\r
 980 if (msgs != null) {\r
 981 for (var i = 0; i < msgs.length; i++) {\r
 982 if (msgs[i] != null) {\r
 983 var m = msgs[i];\r
 984 msgs[i] = null;\r
 985 return m;\r
 986 }}\r
 987 }}return "";\r
 988 }, "~S,~S");\r
 989 Clazz.defineMethod (c$, "isJsMessageSetChanged", \r
 990 function (string, string2, colcommands) {\r
 991 var l = this.jshashes.get (string + "|" + string2);\r
 992 if (l == null && colcommands != null) {\r
 993 return true;\r
 994 }for (var i = 0; i < colcommands.length; i++) {\r
 995 if (l[i] != colcommands[i].hashCode ()) {\r
 996 return true;\r
 997 }}\r
 998 return false;\r
 999 }, "~S,~S,~A");\r
1000 Clazz.defineMethod (c$, "getJsExecQueue", \r
1001 function () {\r
1002 return this.jsExecQueue;\r
1003 });\r
1004 Clazz.defineMethod (c$, "setExecutor", \r
1005 function (jsFunctionExec2) {\r
1006 this.jsFunctionExec = jsFunctionExec2;\r
1007 }, "jalview.javascript.JSFunctionExec");\r
1008 Clazz.defineMethod (c$, "getDefaultColourParameter", \r
1009 function (colparam, defcolour) {\r
1010 var colprop = this.getParameter (colparam);\r
1011 if (colprop == null || colprop.trim ().length == 0) {\r
1012 return defcolour;\r
1013 }var col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName (colprop);\r
1014 if (col == null) {\r
1015 try {\r
1016 col =  new jalview.schemes.UserColourScheme (colprop).findColour ('A');\r
1017 } catch (ex) {\r
1018 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
1019 System.err.println ("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for " + colparam);\r
1020 col = null;\r
1021 } else {\r
1022 throw ex;\r
1023 }\r
1024 }\r
1025 }return (col == null) ? defcolour : col;\r
1026 }, "~S,java.awt.Color");\r
1027 Clazz.defineMethod (c$, "openJalviewHelpUrl", \r
1028 function () {\r
1029 if (this.helpUrl == null || this.helpUrl.trim ().length < 5) {\r
1030 this.helpUrl = "http://www.jalview.org/help.html";\r
1031 }this.showURL (this.helpUrl, "HELP");\r
1032 });\r
1033 Clazz.defineMethod (c$, "resolveUrlForLocalOrAbsolute", \r
1034 ($fz = function (url, localref) {\r
1035 var codebase = localref.toString ();\r
1036 var pt = codebase.indexOf ("?");\r
1037 if (pt < 0) pt = codebase.length;\r
1038 codebase = codebase.substring (0, pt);\r
1039 codebase = codebase.substring (0, codebase.lastIndexOf ("/") + 1);\r
1040 if (url.indexOf ("/") == 0 && !localref.getProtocol ().equals ("file")) {\r
1041 pt = codebase.indexOf ("/", 8);\r
1042 return codebase.substring (0, pt) + url;\r
1043 }return codebase + url;\r
1044 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S,java.net.URL");\r
1045 Clazz.defineMethod (c$, "showURL", \r
1046 function (url, target) {\r
1047 try {\r
1048 if (url.indexOf (":") == -1) {\r
1049 var prepend;\r
1050 url = this.resolveUrlForLocalOrAbsolute (url, prepend = this.getDefaultParameter ("resolvetocodebase", false) ? this.getDocumentBase () : this.getCodeBase ());\r
1051 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
1052 System.err.println ("Show url (prepended " + prepend + " - toggle resolvetocodebase if code/docbase resolution is wrong): " + url);\r
1053 }} else {\r
1054 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
1055 System.err.println ("Show url: " + url);\r
1056 }}if (url.indexOf ("javascript:") == 0) {\r
1057 this.getAppletContext ().showDocument ( new java.net.URL (url));\r
1058 } else {\r
1059 this.getAppletContext ().showDocument ( new java.net.URL (url), target);\r
1060 }} catch (ex) {\r
1061 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
1062 ex.printStackTrace ();\r
1063 } else {\r
1064 throw ex;\r
1065 }\r
1066 }\r
1067 }, "~S,~S");\r
1068 c$.$JalviewLite$LoadJmolThread$ = function () {\r
1069 Clazz.pu$h ();\r
1070 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
1071 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
1072 this.running = false;\r
1073 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
1074 }, jalview.bin.JalviewLite, "LoadJmolThread", Thread);\r
1075 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
1076 function () {\r
1077 if (this.running || this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].checkedForJmol) {\r
1078 return;\r
1079 }this.running = true;\r
1080 if (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].checkForJmol) {\r
1081 try {\r
1082 if (!System.getProperty ("java.version").startsWith ("1.1")) {\r
1083 Class.forName ("org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter");\r
1084 this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].jmolAvailable = true;\r
1085 }if (!this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].jmolAvailable) {\r
1086 System.out.println ("Jmol not available - Using MCview for structures");\r
1087 }} catch (ex) {\r
1088 if (Clazz.exceptionOf (ex, ClassNotFoundException)) {\r
1089 } else {\r
1090 throw ex;\r
1091 }\r
1092 }\r
1093 } else {\r
1094 this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].jmolAvailable = false;\r
1095 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
1096 System.err.println ("Skipping Jmol check. Will use MCView (probably)");\r
1097 }}this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].checkedForJmol = true;\r
1098 this.running = false;\r
1099 });\r
1100 Clazz.defineMethod (c$, "notFinished", \r
1101 function () {\r
1102 return this.running || !this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].checkedForJmol;\r
1103 });\r
1104 c$ = Clazz.p0p ();\r
1105 };\r
1106 c$.$JalviewLite$LoadingThread$ = function () {\r
1107 Clazz.pu$h ();\r
1108 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
1109 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
1110 this.protocol = null;\r
1111 this._file = null;\r
1112 this._file2 = null;\r
1113 this.applet = null;\r
1114 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
1115 }, jalview.bin.JalviewLite, "LoadingThread", Thread);\r
1116 Clazz.defineMethod (c$, "dbgMsg", \r
1117 ($fz = function (a) {\r
1118 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
1119 System.err.println (a);\r
1120 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");\r
1121 Clazz.defineMethod (c$, "setProtocolState", \r
1122 function (a) {\r
1123 if (a.startsWith ("PASTE")) {\r
1124 a = a.substring (5);\r
1125 this.protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE;\r
1126 } else if (this.inArchive (a)) {\r
1127 this.protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
1128 } else {\r
1129 a = this.addProtocol (a);\r
1130 this.protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.URL;\r
1131 }this.dbgMsg ("Protocol identified as '" + this.protocol + "'");\r
1132 return a;\r
1133 }, "~S");\r
1134 Clazz.makeConstructor (c$, \r
1135 function (a, b, c) {\r
1136 Clazz.superConstructor (this, jalview.bin.JalviewLite.LoadingThread, []);\r
1137 this._file = a;\r
1138 this._file2 = b;\r
1139 this.applet = c;\r
1140 }, "~S,~S,jalview.bin.JalviewLite");\r
1141 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
1142 function () {\r
1143 {\r
1144 System.out.println("BYPASSING JMOL LOADING FOR NOW. THIS WILL BE DONE ANOTHER WAY")\r
1145 }this.startLoading ();\r
1146 });\r
1147 Clazz.defineMethod (c$, "startLoading", \r
1148 ($fz = function () {\r
1149 this.dbgMsg ("Loading thread started with:\n>>file\n" + this._file + ">>endfile");\r
1150 this.dbgMsg ("Loading started.");\r
1151 var a = this.readAlignment (this._file);\r
1152 var b = this.readAlignment (this._file2);\r
1153 if (a != null) {\r
1154 this.addToDisplay (a, b);\r
1155 this.loadTree (a);\r
1156 this.loadScoreFile (a);\r
1157 this.loadFeatures (a);\r
1158 this.loadAnnotations (a);\r
1159 this.loadJnetFile (a);\r
1160 this.loadPdbFiles (a);\r
1161 } else {\r
1162 this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].fileFound = false;\r
1163 this.applet.remove (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].launcher);\r
1164 this.applet.repaint ();\r
1165 }this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].callInitCallback ();\r
1166 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
1167 Clazz.defineMethod (c$, "addToDisplay", \r
1168 function (a, b) {\r
1169 if (b == null) {\r
1170 a.addToDisplay (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].embedded);\r
1171 } else {\r
1172 var c =  new jalview.appletgui.SplitFrame (a, b);\r
1173 c.addToDisplay (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].embedded, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"]);\r
1174 }}, "jalview.appletgui.AlignFrame,jalview.appletgui.AlignFrame");\r
1175 Clazz.defineMethod (c$, "readAlignment", \r
1176 function (a) {\r
1177 if (a == null) {\r
1178 return null;\r
1179 }var b = this.setProtocolState (a);\r
1180 var c =  new jalview.io.IdentifyFile ().Identify (b, this.protocol);\r
1181 this.dbgMsg ("File identified as '" + c + "'");\r
1182 var d = null;\r
1183 try {\r
1184 d =  new jalview.io.AppletFormatAdapter ().readFile (b, this.protocol, c);\r
1185 if ((d != null) && (d.getHeight () > 0)) {\r
1186 this.dbgMsg ("Successfully loaded file.");\r
1187 d.setDataset (null);\r
1188 var e =  new jalview.appletgui.AlignFrame (d, this.applet, b, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].embedded, false);\r
1189 e.setTitle (b);\r
1190 if (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].initialAlignFrame == null) {\r
1191 this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].initialAlignFrame = e;\r
1192 }this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].currentAlignFrame = e;\r
1193 if (this.protocol === jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE) {\r
1194 e.setTitle (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.sequences_from",  Clazz.newArray (-1, [this.applet.getDocumentBase ().toString ()])));\r
1195 }e.setStatus (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.successfully_loaded_file",  Clazz.newArray (-1, [b])));\r
1196 return e;\r
1197 }} catch (ex) {\r
1198 if (Clazz.exceptionOf (ex, java.io.IOException)) {\r
1199 this.dbgMsg ("File load exception.");\r
1200 ex.printStackTrace ();\r
1201 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
1202 try {\r
1203 var e =  new jalview.io.FileParse (b, this.protocol);\r
1204 var f = null;\r
1205 this.dbgMsg (">>>Dumping contents of '" + b + "' " + "(" + this.protocol + ")");\r
1206 while ((f = e.nextLine ()) != null) {\r
1207 this.dbgMsg (f);\r
1208 }\r
1209 this.dbgMsg (">>>Dump finished.");\r
1210 } catch (e) {\r
1211 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
1212 System.err.println ("Exception when trying to dump the content of the file parameter.");\r
1213 e.printStackTrace ();\r
1214 } else {\r
1215 throw e;\r
1216 }\r
1217 }\r
1218 }} else {\r
1219 throw ex;\r
1220 }\r
1221 }\r
1222 return null;\r
1223 }, "~S");\r
1224 Clazz.defineMethod (c$, "loadPdbFiles", \r
1225 function (a) {\r
1226 var b = false;\r
1227 this.applet.setAlignPdbStructures (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].getDefaultParameter ("alignpdbfiles", false));\r
1228 var c = 0;\r
1229 var d =  new java.util.Vector ();\r
1230 var e = (this.applet.getDefaultParameter ("relaxedidmatch", false)) ?  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (a.getAlignViewport ().getAlignment ().getSequencesArray ()) : null;\r
1231 var f;\r
1232 do {\r
1233 if (c > 0) {\r
1234 f = this.applet.getParameter ("PDBFILE" + c);\r
1235 } else {\r
1236 f = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].pdbFile;\r
1237 }if (f != null) {\r
1238 var g =  new jalview.datamodel.PDBEntry ();\r
1239 var h;\r
1240 var i = null;\r
1241 var j = null;\r
1242 var k =  new java.util.StringTokenizer (f, " ");\r
1243 if (k.countTokens () < 2) {\r
1244 if (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].sequence != null) {\r
1245 i =  Clazz.newArray (-1, [e == null ? a.getAlignViewport ().getAlignment ().findName (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].sequence) : e.findIdMatch (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].sequence)]);\r
1246 }} else {\r
1247 f = k.nextToken ();\r
1248 var l =  new java.util.Vector ();\r
1249 var m =  new java.util.Vector ();\r
1250 while (k.hasMoreTokens ()) {\r
1251 h = k.nextToken ();\r
1252 var n =  new java.util.StringTokenizer (h, "=");\r
1253 if (n.countTokens () > 1) {\r
1254 m.addElement (n.nextToken ());\r
1255 h = n.nextToken ();\r
1256 }l.addElement (e == null ? a.getAlignViewport ().getAlignment ().findName (h) : e.findIdMatch (h));\r
1257 }\r
1258 i =  new Array (l.size ());\r
1259 l.copyInto (i);\r
1260 if (m.size () == l.size ()) {\r
1261 j =  new Array (m.size ());\r
1262 m.copyInto (j);\r
1263 }}f = this.setProtocolState (f);\r
1264 if (this.protocol === jalview.io.AppletFormatAdapter.CLASSLOADER && !this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].useXtrnalSviewer) {\r
1265 this.protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.URL;\r
1266 f = this.addProtocol (f);\r
1267 }g.setFile (f);\r
1268 if (i != null) {\r
1269 for (var l = 0; l < i.length; l++) {\r
1270 if (i[l] != null) {\r
1271 (i[l]).addPDBId (g);\r
1272 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.applet).registerPDBEntry (g);\r
1273 } else {\r
1274 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
1275 System.err.println ("Warning: Possible input parsing error: Null sequence for attachment of PDB (sequence " + l + ")");\r
1276 }}}\r
1277 if (!this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].alignPdbStructures) {\r
1278 a.newStructureView (this.applet, g, i, j, this.protocol);\r
1279 } else {\r
1280 d.addElement ( Clazz.newArray (-1, [g, i, j,  String.instantialize (this.protocol)]));\r
1281 }}}c++;\r
1282 } while (f != null || c < 10);\r
1283 if (d.size () > 0) {\r
1284 var g =  new Array (d.size ());\r
1285 var h =  new Array (d.size ());\r
1286 var i =  new Array (d.size ());\r
1287 var j =  new Array (d.size ());\r
1288 for (var k = 0, l = d.size (); k < l; k++) {\r
1289 var m = d.elementAt (k);\r
1290 h[k] = m[0];\r
1291 g[k] = m[1];\r
1292 i[k] = m[2];\r
1293 j[k] = m[3];\r
1294 }\r
1295 a.alignedStructureView (this.applet, h, g, i, j);\r
1296 b = true;\r
1297 }return b;\r
1298 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");\r
1299 Clazz.defineMethod (c$, "loadJnetFile", \r
1300 function (a) {\r
1301 var b = false;\r
1302 var c = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].jnetFile;\r
1303 if (c != null) {\r
1304 try {\r
1305 c = this.setProtocolState (c);\r
1306 var d = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("JPredFile", [c, this.protocol]);\r
1307 jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation (d, a.viewport.getAlignment (), 0, false);\r
1308 var e = a.viewport.getAlignment ().getSequenceAt (0);\r
1309 a.viewport.getAlignment ().setSeqrep (e);\r
1310 var f =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();\r
1311 f.hideInsertionsFor (e);\r
1312 a.viewport.setColumnSelection (f);\r
1313 a.alignPanel.fontChanged ();\r
1314 a.alignPanel.setScrollValues (0, 0);\r
1315 b = true;\r
1316 } catch (ex) {\r
1317 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
1318 ex.printStackTrace ();\r
1319 } else {\r
1320 throw ex;\r
1321 }\r
1322 }\r
1323 }return b;\r
1324 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");\r
1325 Clazz.defineMethod (c$, "loadAnnotations", \r
1326 function (a) {\r
1327 var b = false;\r
1328 var c = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].annotations;\r
1329 if (c != null) {\r
1330 c = this.setProtocolState (c);\r
1331 if ( new jalview.io.AnnotationFile ().annotateAlignmentView (a.viewport, c, this.protocol)) {\r
1332 a.alignPanel.fontChanged ();\r
1333 a.alignPanel.setScrollValues (0, 0);\r
1334 b = true;\r
1335 } else {\r
1336 System.err.println ("Annotations were not added from annotation file '" + c + "'");\r
1337 }}return b;\r
1338 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");\r
1339 Clazz.defineMethod (c$, "loadFeatures", \r
1340 function (a) {\r
1341 var b = false;\r
1342 var c = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].hideFeatureGroups;\r
1343 if (c != null) {\r
1344 a.setFeatureGroupState (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].separatorListToArray (c), false);\r
1345 }c = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].showFeatureGroups;\r
1346 if (c != null) {\r
1347 a.setFeatureGroupState (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].separatorListToArray (c), true);\r
1348 }c = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].features;\r
1349 if (c != null) {\r
1350 c = this.setProtocolState (c);\r
1351 b = a.parseFeaturesFile (c, this.protocol);\r
1352 }c = this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].showFeatureSettings;\r
1353 if (c != null && c.equalsIgnoreCase ("true")) {\r
1354 a.viewport.setShowSequenceFeatures (true);\r
1355  new jalview.appletgui.FeatureSettings (a.alignPanel);\r
1356 }return b;\r
1357 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");\r
1358 Clazz.defineMethod (c$, "loadScoreFile", \r
1359 function (a) {\r
1360 var b = false;\r
1361 if (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].scoreFile != null && !"".equals (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].scoreFile)) {\r
1362 try {\r
1363 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
1364 System.err.println ("Attempting to load T-COFFEE score file from the scoreFile parameter");\r
1365 }b = a.loadScoreFile (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].scoreFile);\r
1366 if (!b) {\r
1367 System.err.println ("Failed to parse T-COFFEE parameter as a valid score file ('" + this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].scoreFile + "')");\r
1368 }} catch (e) {\r
1369 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
1370 System.err.printf ("Cannot read score file: '%s'. Cause: %s \n", [this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].scoreFile, e.getMessage ()]);\r
1371 } else {\r
1372 throw e;\r
1373 }\r
1374 }\r
1375 }return b;\r
1376 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");\r
1377 Clazz.defineMethod (c$, "loadTree", \r
1378 function (a) {\r
1379 var b = false;\r
1380 if (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile == null) {\r
1381 this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile = this.applet.getParameter ("treeFile");\r
1382 }if (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile != null) {\r
1383 try {\r
1384 this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile = this.setProtocolState (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile);\r
1385 var c =  new jalview.io.NewickFile (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile, this.protocol);\r
1386 c.parse ();\r
1387 if (c.getTree () != null) {\r
1388 a.loadTree (c, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].treeFile);\r
1389 b = true;\r
1390 this.dbgMsg ("Successfully imported tree.");\r
1391 } else {\r
1392 this.dbgMsg ("Tree parameter did not resolve to a valid tree.");\r
1393 }} catch (ex) {\r
1394 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
1395 ex.printStackTrace ();\r
1396 } else {\r
1397 throw ex;\r
1398 }\r
1399 }\r
1400 }return b;\r
1401 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");\r
1402 Clazz.defineMethod (c$, "inArchive", \r
1403 function (a) {\r
1404 try {\r
1405 var b = (this.getClass ().getResourceAsStream ("/" + a) != null);\r
1406 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
1407 System.err.println ("Resource '" + a + "' was " + (b ? "" : "not") + " located by classloader.");\r
1408 }return b;\r
1409 } catch (ex) {\r
1410 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
1411 System.out.println ("Exception checking resources: " + a + " " + ex);\r
1412 return false;\r
1413 } else {\r
1414 throw ex;\r
1415 }\r
1416 }\r
1417 }, "~S");\r
1418 Clazz.defineMethod (c$, "addProtocol", \r
1419 function (a) {\r
1420 if (a.indexOf ("://") == -1) {\r
1421 var b = this.applet.resolveUrlForLocalOrAbsolute (a, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].getDocumentBase ());\r
1422 if (this.urlExists (b)) {\r
1423 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
1424 System.err.println ("Prepended document base for resource: '" + a + "'");\r
1425 }return b;\r
1426 }b = this.applet.resolveUrlForLocalOrAbsolute (a, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].getCodeBase ());\r
1427 if (this.urlExists (b)) {\r
1428 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
1429 System.err.println ("Prepended codebase for resource: '" + a + "'");\r
1430 }return b;\r
1431 }}return a;\r
1432 }, "~S");\r
1433 Clazz.defineMethod (c$, "urlExists", \r
1434 ($fz = function (a) {\r
1435 var b = null;\r
1436 try {\r
1437 b =  new java.net.URL (a).openStream ();\r
1438 if (b != null) {\r
1439 return true;\r
1440 }} catch (x) {\r
1441 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {\r
1442 } else {\r
1443 throw x;\r
1444 }\r
1445 } finally {\r
1446 if (b != null) {\r
1447 try {\r
1448 b.close ();\r
1449 } catch (e) {\r
1450 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {\r
1451 } else {\r
1452 throw e;\r
1453 }\r
1454 }\r
1455 }}\r
1456 return false;\r
1457 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");\r
1458 c$ = Clazz.p0p ();\r
1459 };\r
1460 c$.$JalviewLite$1$ = function () {\r
1461 Clazz.pu$h ();\r
1462 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$1", null, Runnable);\r
1463 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
1464 function () {\r
1465 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.f$.me).mouseOverVamsasSequence (this.f$.sq, this.f$.sq.findIndex (this.f$.pos), null);\r
1466 });\r
1467 c$ = Clazz.p0p ();\r
1468 };\r
1469 c$.$JalviewLite$2$ = function () {\r
1470 Clazz.pu$h ();\r
1471 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$2", null, Runnable);\r
1472 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
1473 function () {\r
1474 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.f$.me).mouseOverVamsasSequence (this.f$.sq, this.f$.pos, null);\r
1475 });\r
1476 c$ = Clazz.p0p ();\r
1477 };\r
1478 c$.$JalviewLite$3$ = function () {\r
1479 Clazz.pu$h ();\r
1480 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$3", null, Runnable);\r
1481 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
1482 function () {\r
1483 this.f$.alf.select (this.f$.sel, this.f$.csel);\r
1484 });\r
1485 c$ = Clazz.p0p ();\r
1486 };\r
1487 c$.$JalviewLite$4$ = function () {\r
1488 Clazz.pu$h ();\r
1489 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$4", null, Runnable);\r
1490 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
1491 function () {\r
1492 try {\r
1493 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.f$.me).mouseOverStructure ( new Integer (this.f$.pdbResNum).intValue (), this.f$.chain, this.f$.pdbfile);\r
1494 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
1495 System.err.println ("mouseOver for '" + this.f$.pdbResNum + "' in chain '" + this.f$.chain + "' in structure '" + this.f$.pdbfile + "'");\r
1496 }} catch (e) {\r
1497 if (Clazz.exceptionOf (e, NumberFormatException)) {\r
1498 System.err.println ("Ignoring invalid residue number string '" + this.f$.pdbResNum + "'");\r
1499 } else {\r
1500 throw e;\r
1501 }\r
1502 }\r
1503 });\r
1504 c$ = Clazz.p0p ();\r
1505 };\r
1506 c$.$JalviewLite$5$ = function () {\r
1507 Clazz.pu$h ();\r
1508 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$5", null, Runnable);\r
1509 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
1510 function () {\r
1511 try {\r
1512 this.f$.alf.scrollTo ( new Integer (this.f$.topRow).intValue (),  new Integer (this.f$.leftHandColumn).intValue ());\r
1513 } catch (ex) {\r
1514 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
1515 System.err.println ("Couldn't parse integer arguments (topRow='" + this.f$.topRow + "' and leftHandColumn='" + this.f$.leftHandColumn + "')");\r
1516 ex.printStackTrace ();\r
1517 } else {\r
1518 throw ex;\r
1519 }\r
1520 }\r
1521 });\r
1522 c$ = Clazz.p0p ();\r
1523 };\r
1524 c$.$JalviewLite$6$ = function () {\r
1525 Clazz.pu$h ();\r
1526 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$6", null, Runnable);\r
1527 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
1528 function () {\r
1529 try {\r
1530 this.f$.alf.scrollToRow ( new Integer (this.f$.topRow).intValue ());\r
1531 } catch (ex) {\r
1532 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
1533 System.err.println ("Couldn't parse integer arguments (topRow='" + this.f$.topRow + "')");\r
1534 ex.printStackTrace ();\r
1535 } else {\r
1536 throw ex;\r
1537 }\r
1538 }\r
1539 });\r
1540 c$ = Clazz.p0p ();\r
1541 };\r
1542 c$.$JalviewLite$7$ = function () {\r
1543 Clazz.pu$h ();\r
1544 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$7", null, Runnable);\r
1545 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
1546 function () {\r
1547 try {\r
1548 this.f$.alf.scrollToColumn ( new Integer (this.f$.leftHandColumn).intValue ());\r
1549 } catch (ex) {\r
1550 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
1551 System.err.println ("Couldn't parse integer arguments (leftHandColumn='" + this.f$.leftHandColumn + "')");\r
1552 ex.printStackTrace ();\r
1553 } else {\r
1554 throw ex;\r
1555 }\r
1556 }\r
1557 });\r
1558 c$ = Clazz.p0p ();\r
1559 };\r
1560 c$.$JalviewLite$8$ = function () {\r
1561 Clazz.pu$h ();\r
1562 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$8", null, java.awt.event.ActionListener);\r
1563 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
1564 function (e) {\r
1565 var loader = Clazz.innerTypeInstance (jalview.bin.JalviewLite.LoadingThread, this, null, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].startupFile, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].file2, this.b$["jalview.bin.JalviewLite"]);\r
1566 loader.start ();\r
1567 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
1568 c$ = Clazz.p0p ();\r
1569 };\r
1570 c$.$JalviewLite$9$ = function () {\r
1571 Clazz.pu$h ();\r
1572 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$9", java.awt.event.WindowAdapter);\r
1573 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosing", \r
1574 function (e) {\r
1575 if (Clazz.instanceOf (this.f$.frame, jalview.appletgui.AlignFrame)) {\r
1576 var vp = (this.f$.frame).viewport;\r
1577 (this.f$.frame).closeMenuItem_actionPerformed ();\r
1578 if (vp.applet.currentAlignFrame === this.f$.frame) {\r
1579 vp.applet.currentAlignFrame = null;\r
1580 }vp.applet = null;\r
1581 vp = null;\r
1582 }jalview.bin.JalviewLite.lastFrameX -= 40;\r
1583 jalview.bin.JalviewLite.lastFrameY -= 40;\r
1584 if (Clazz.instanceOf (this.f$.frame, jalview.appletgui.EmbmenuFrame)) {\r
1585 (this.f$.frame).destroyMenus ();\r
1586 }this.f$.frame.setMenuBar (null);\r
1587 this.f$.frame.dispose ();\r
1588 }, "java.awt.event.WindowEvent");\r
1589 Clazz.defineMethod (c$, "windowActivated", \r
1590 function (e) {\r
1591 if (Clazz.instanceOf (this.f$.frame, jalview.appletgui.AlignFrame)) {\r
1592 (this.f$.frame).viewport.applet.currentAlignFrame = this.f$.frame;\r
1593 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
1594 System.err.println ("Activated window " + this.f$.frame);\r
1595 }}Clazz.superCall (this, jalview.bin.JalviewLite$9, "windowActivated", [e]);\r
1596 }, "java.awt.event.WindowEvent");\r
1597 c$ = Clazz.p0p ();\r
1598 };\r
1599 c$.$JalviewLite$10$ = function () {\r
1600 Clazz.pu$h ();\r
1601 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.bin, "JalviewLite$10", null, Runnable);\r
1602 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
1603 function () {\r
1604 this.f$.alf.setFeatureGroupState (this.b$["jalview.bin.JalviewLite"].separatorListToArray (this.f$.groups), this.f$.st);\r
1605 });\r
1606 c$ = Clazz.p0p ();\r
1607 };\r
1608 Clazz.defineStatics (c$,\r
1609 "TRUE", "true",\r
1610 "FALSE", "false",\r
1611 "debug", false,\r
1612 "lastFrameX", 200,\r
1613 "lastFrameY", 200,\r
1614 "builddate", null,\r
1615 "version", null,\r
1616 "installation", null);\r
1617 });\r