bin/jalview/commands/ChangeCaseCommand.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.commands");
   2 Clazz.load (["jalview.commands.CommandI"], "jalview.commands.ChangeCaseCommand", ["java.lang.StringBuffer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.description = null;
   5 this.caseChange = -1;
   6 this.seqs = null;
   7 this.regions = null;
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);
   9 }, jalview.commands, "ChangeCaseCommand", null, jalview.commands.CommandI);
  10 Clazz.makeConstructor (c$,
  11 function (description, seqs, regions, caseChange) {
  12 this.description = description;
  13 this.seqs = seqs;
  14 this.regions = regions;
  15 this.caseChange = caseChange;
  16 this.doCommand (null);
  17 }, "~S,~A,java.util.List,~N");
  18 Clazz.overrideMethod (c$, "getDescription",
  19 function () {
  20 return this.description;
  21 });
  22 Clazz.overrideMethod (c$, "getSize",
  23 function () {
  24 return 1;
  25 });
  26 Clazz.overrideMethod (c$, "doCommand",
  27 function (views) {
  28 this.changeCase (true);
  29 }, "~A");
  30 Clazz.overrideMethod (c$, "undoCommand",
  31 function (views) {
  32 this.changeCase (false);
  33 }, "~A");
  34 Clazz.defineMethod (c$, "changeCase",
  35 function (doCommand) {
  36 var sequence;
  37 var start;
  38 var end;
  39 var nextChar;
  40 for (var r, $r = this.regions.iterator (); $r.hasNext () && ((r = $r.next ()) || true);) {
  41 start = r[0];
  42 for (var s = 0; s < this.seqs.length; s++) {
  43 sequence = this.seqs[s].getSequenceAsString ();
  44 var newSeq =  new StringBuffer ();
  45 if (r[1] > sequence.length) {
  46 end = sequence.length;
  47 } else {
  48 end = r[1];
  49 }if (start > 0) {
  50 newSeq.append (sequence.substring (0, start));
  51 }if ((this.caseChange == jalview.commands.ChangeCaseCommand.TO_UPPER && doCommand) || (this.caseChange == jalview.commands.ChangeCaseCommand.TO_LOWER && !doCommand)) {
  52 newSeq.append (sequence.substring (start, end).toUpperCase ());
  53 } else if ((this.caseChange == jalview.commands.ChangeCaseCommand.TO_LOWER && doCommand) || (this.caseChange == jalview.commands.ChangeCaseCommand.TO_UPPER && !doCommand)) {
  54 newSeq.append (sequence.substring (start, end).toLowerCase ());
  55 } else {
  56 for (var c = start; c < end; c++) {
  57 nextChar = sequence.charAt (c);
  58 if ('a' <= nextChar && nextChar <= 'z') {
  59 nextChar = String.fromCharCode (nextChar.charCodeAt (0) - (32));
  60 } else if ('A' <= nextChar && nextChar <= 'Z') {
  61 nextChar = String.fromCharCode (nextChar.charCodeAt (0) + (32));
  62 }newSeq.append (nextChar);
  63 }
  64 }if (end < sequence.length) {
  65 newSeq.append (sequence.substring (end));
  66 }this.seqs[s].setSequence (newSeq.toString ());
  67 }
  68 }
  69 }, "~B");
  70 Clazz.defineStatics (c$,
  71 "TO_LOWER", 0,
  72 "TO_UPPER", 1,
  73 "TOGGLE_CASE", 2);
  74 });