bin/jalview/commands/OrderCommand.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.commands");
   2 Clazz.load (["jalview.commands.CommandI"], "jalview.commands.OrderCommand", ["jalview.analysis.AlignmentSorter"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.description = null;
   5 this.seqs = null;
   6 this.seqs2 = null;
   7 this.al = null;
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);
   9 }, jalview.commands, "OrderCommand", null, jalview.commands.CommandI);
  10 Clazz.makeConstructor (c$,
  11 function (description, seqs, al) {
  12 this.description = description;
  13 this.seqs = seqs;
  14 this.seqs2 = al.getSequencesArray ();
  15 this.al = al;
  16 this.doCommand (null);
  17 }, "~S,~A,jalview.datamodel.AlignmentI");
  18 Clazz.overrideMethod (c$, "getDescription",
  19 function () {
  20 return this.description;
  21 });
  22 Clazz.overrideMethod (c$, "getSize",
  23 function () {
  24 return 1;
  25 });
  26 Clazz.overrideMethod (c$, "doCommand",
  27 function (views) {
  28 jalview.analysis.AlignmentSorter.setOrder (this.al, this.seqs2);
  29 }, "~A");
  30 Clazz.overrideMethod (c$, "undoCommand",
  31 function (views) {
  32 jalview.analysis.AlignmentSorter.setOrder (this.al, this.seqs);
  33 }, "~A");
  34 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceOrder",
  35 function (undo) {
  36 return undo ? this.seqs : this.seqs2;
  37 }, "~B");
  38 });