bin/jalview/commands/TrimRegionCommand.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.commands");
   2 Clazz.load (["jalview.commands.EditCommand"], "jalview.commands.TrimRegionCommand", null, function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.colSel = null;
   5 this.start = null;
   6 this.shiftList = null;
   7 this.selectionGroup = null;
   8 this.deletedHiddenColumns = null;
   9 this.columnsDeleted = 0;
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);
  11 }, jalview.commands, "TrimRegionCommand", jalview.commands.EditCommand);
  12 Clazz.makeConstructor (c$,
  13 function (description, command, seqs, column, al, colSel, selectedRegion) {
  14 Clazz.superConstructor (this, jalview.commands.TrimRegionCommand, []);
  15 this.description = description;
  16 this.selectionGroup = selectedRegion;
  17 this.colSel = colSel;
  18 if (command.equalsIgnoreCase (jalview.commands.TrimRegionCommand.TRIM_LEFT)) {
  19 if (column == 0) {
  20 return;
  21 }this.columnsDeleted = column;
  22 this.setEdit (Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, jalview.commands.EditCommand.Action.CUT, seqs, 0, column, al));
  23 } else if (command.equalsIgnoreCase (jalview.commands.TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT)) {
  24 var width = al.getWidth () - column - 1;
  25 if (width < 2) {
  26 return;
  27 }this.columnsDeleted = width - 1;
  28 this.setEdit (Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, jalview.commands.EditCommand.Action.CUT, seqs, column + 1, width, al));
  29 }var i;
  30 var isize = this.getEdit (0).seqs.length;
  31 this.start =  Clazz.newIntArray (isize, 0);
  32 for (i = 0; i < isize; i++) {
  33 this.start[i] = this.getEdit (0).seqs[i].getStart ();
  34 }
  35 this.performEdit (0, null);
  36 }, "~S,~S,~A,~N,jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.datamodel.SequenceGroup");
  37 Clazz.defineMethod (c$, "cut",
  38 function (command) {
  39 var column;
  40 var j;
  41 var jSize = command.seqs.length;
  42 for (j = 0; j < jSize; j++) {
  43 if (command.position == 0) {
  44 column = command.seqs[j].findPosition (command.number);
  45 command.seqs[j].setStart (column);
  46 } else {
  47 column = command.seqs[j].findPosition (command.position) - 1;
  48 command.seqs[j].setEnd (column);
  49 }}
  50 Clazz.superCall (this, jalview.commands.TrimRegionCommand, "cut", [command, null]);
  51 if (command.position == 0) {
  52 this.deletedHiddenColumns = this.colSel.compensateForEdit (0, command.number);
  53 if (this.selectionGroup != null) {
  54 this.selectionGroup.adjustForRemoveLeft (command.number);
  55 }} else {
  56 this.deletedHiddenColumns = this.colSel.compensateForEdit (command.position, command.number);
  57 if (this.selectionGroup != null) {
  58 this.selectionGroup.adjustForRemoveRight (command.position);
  59 }}}, "jalview.commands.EditCommand.Edit");
  60 Clazz.defineMethod (c$, "paste",
  61 function (command) {
  62 Clazz.superCall (this, jalview.commands.TrimRegionCommand, "paste", [command, null]);
  63 var column;
  64 var j;
  65 var jSize = command.seqs.length;
  66 for (j = 0; j < jSize; j++) {
  67 if (command.position == 0) {
  68 command.seqs[j].setStart (this.start[j]);
  69 } else {
  70 column = command.seqs[j].findPosition (command.number + command.position) - 1;
  71 command.seqs[j].setEnd (column);
  72 }}
  73 if (command.position == 0) {
  74 this.colSel.compensateForEdit (0, -command.number);
  75 if (this.selectionGroup != null) {
  76 this.selectionGroup.adjustForRemoveLeft (-command.number);
  77 }}if (this.deletedHiddenColumns != null) {
  78 var region;
  79 for (var i = 0; i < this.deletedHiddenColumns.size (); i++) {
  80 region = this.deletedHiddenColumns.get (i);
  81 this.colSel.hideColumns (region[0], region[1]);
  82 }
  83 }}, "jalview.commands.EditCommand.Edit");
  84 Clazz.overrideMethod (c$, "getSize",
  85 function () {
  86 return this.columnsDeleted;
  87 });
  88 Clazz.defineStatics (c$,
  89 "TRIM_LEFT", "TrimLeft",
  90 "TRIM_RIGHT", "TrimRight");
  91 });