bin/jalview/commands/TrimRegionCommand.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.commands");\r
   2 Clazz.load (["jalview.commands.EditCommand"], "jalview.commands.TrimRegionCommand", null, function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.colSel = null;\r
   5 this.start = null;\r
   6 this.shiftList = null;\r
   7 this.selectionGroup = null;\r
   8 this.deletedHiddenColumns = null;\r
   9 this.columnsDeleted = 0;\r
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  11 }, jalview.commands, "TrimRegionCommand", jalview.commands.EditCommand);\r
  12 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  13 function (description, command, seqs, column, al, colSel, selectedRegion) {\r
  14 Clazz.superConstructor (this, jalview.commands.TrimRegionCommand, []);\r
  15 this.description = description;\r
  16 this.selectionGroup = selectedRegion;\r
  17 this.colSel = colSel;\r
  18 if (command.equalsIgnoreCase (jalview.commands.TrimRegionCommand.TRIM_LEFT)) {\r
  19 if (column == 0) {\r
  20 return;\r
  21 }this.columnsDeleted = column;\r
  22 this.setEdit (Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, jalview.commands.EditCommand.Action.CUT, seqs, 0, column, al));\r
  23 } else if (command.equalsIgnoreCase (jalview.commands.TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT)) {\r
  24 var width = al.getWidth () - column - 1;\r
  25 if (width < 2) {\r
  26 return;\r
  27 }this.columnsDeleted = width - 1;\r
  28 this.setEdit (Clazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, jalview.commands.EditCommand.Action.CUT, seqs, column + 1, width, al));\r
  29 }var i;\r
  30 var isize = this.getEdit (0).seqs.length;\r
  31 this.start =  Clazz.newIntArray (isize, 0);\r
  32 for (i = 0; i < isize; i++) {\r
  33 this.start[i] = this.getEdit (0).seqs[i].getStart ();\r
  34 }\r
  35 this.performEdit (0, null);\r
  36 }, "~S,~S,~A,~N,jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
  37 Clazz.defineMethod (c$, "cut", \r
  38 function (command) {\r
  39 var column;\r
  40 var j;\r
  41 var jSize = command.seqs.length;\r
  42 for (j = 0; j < jSize; j++) {\r
  43 if (command.position == 0) {\r
  44 column = command.seqs[j].findPosition (command.number);\r
  45 command.seqs[j].setStart (column);\r
  46 } else {\r
  47 column = command.seqs[j].findPosition (command.position) - 1;\r
  48 command.seqs[j].setEnd (column);\r
  49 }}\r
  50 Clazz.superCall (this, jalview.commands.TrimRegionCommand, "cut", [command, null]);\r
  51 if (command.position == 0) {\r
  52 this.deletedHiddenColumns = this.colSel.compensateForEdit (0, command.number);\r
  53 if (this.selectionGroup != null) {\r
  54 this.selectionGroup.adjustForRemoveLeft (command.number);\r
  55 }} else {\r
  56 this.deletedHiddenColumns = this.colSel.compensateForEdit (command.position, command.number);\r
  57 if (this.selectionGroup != null) {\r
  58 this.selectionGroup.adjustForRemoveRight (command.position);\r
  59 }}}, "jalview.commands.EditCommand.Edit");\r
  60 Clazz.defineMethod (c$, "paste", \r
  61 function (command) {\r
  62 Clazz.superCall (this, jalview.commands.TrimRegionCommand, "paste", [command, null]);\r
  63 var column;\r
  64 var j;\r
  65 var jSize = command.seqs.length;\r
  66 for (j = 0; j < jSize; j++) {\r
  67 if (command.position == 0) {\r
  68 command.seqs[j].setStart (this.start[j]);\r
  69 } else {\r
  70 column = command.seqs[j].findPosition (command.number + command.position) - 1;\r
  71 command.seqs[j].setEnd (column);\r
  72 }}\r
  73 if (command.position == 0) {\r
  74 this.colSel.compensateForEdit (0, -command.number);\r
  75 if (this.selectionGroup != null) {\r
  76 this.selectionGroup.adjustForRemoveLeft (-command.number);\r
  77 }}if (this.deletedHiddenColumns != null) {\r
  78 var region;\r
  79 for (var i = 0; i < this.deletedHiddenColumns.size (); i++) {\r
  80 region = this.deletedHiddenColumns.get (i);\r
  81 this.colSel.hideColumns (region[0], region[1]);\r
  82 }\r
  83 }}, "jalview.commands.EditCommand.Edit");\r
  84 Clazz.overrideMethod (c$, "getSize", \r
  85 function () {\r
  86 return this.columnsDeleted;\r
  87 });\r
  88 Clazz.defineStatics (c$,\r
  89 "TRIM_LEFT", "TrimLeft",\r
  90 "TRIM_RIGHT", "TrimRight");\r
  91 });\r