bin/jalview/controller/AlignViewController.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.controller");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignViewControllerI"], "jalview.controller.AlignViewController", ["jalview.analysis.AlignmentSorter", "$.Grouping", "jalview.commands.OrderCommand", "jalview.datamodel.ColumnSelection", "jalview.io.FeaturesFile", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "java.util.ArrayList", "$.BitSet"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.viewport = null;\r
   5 this.alignPanel = null;\r
   6 this.avcg = null;\r
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   8 }, jalview.controller, "AlignViewController", null, jalview.api.AlignViewControllerI);\r
   9 Clazz.overrideMethod (c$, "finalize", \r
  10 function () {\r
  11 this.viewport = null;\r
  12 this.alignPanel = null;\r
  13 this.avcg = null;\r
  14 });\r
  15 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  16 function (alignFrame, viewport, alignPanel) {\r
  17 this.avcg = alignFrame;\r
  18 this.viewport = viewport;\r
  19 this.alignPanel = alignPanel;\r
  20 }, "jalview.api.AlignViewControllerGuiI,jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignmentViewPanel");\r
  21 Clazz.overrideMethod (c$, "setViewportAndAlignmentPanel", \r
  22 function (viewport, alignPanel) {\r
  23 this.alignPanel = alignPanel;\r
  24 this.viewport = viewport;\r
  25 }, "jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignmentViewPanel");\r
  26 Clazz.overrideMethod (c$, "makeGroupsFromSelection", \r
  27 function () {\r
  28 var sg = this.viewport.getSelectionGroup ();\r
  29 var cs = this.viewport.getColumnSelection ();\r
  30 var gps = null;\r
  31 if (sg != null && (cs == null || cs.getSelected () == null || cs.size () == 0)) {\r
  32 gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom (this.viewport.getSequenceSelection (), this.viewport.getAlignmentView (true).getSequenceStrings (this.viewport.getGapCharacter ()), this.viewport.getAlignment ().getGroups ());\r
  33 } else {\r
  34 if (cs != null) {\r
  35 gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFromCols ((sg == null) ? this.viewport.getAlignment ().getSequencesArray () : sg.getSequences ().toArray ( new Array (0)), cs, this.viewport.getAlignment ().getGroups ());\r
  36 }}if (gps != null) {\r
  37 this.viewport.getAlignment ().deleteAllGroups ();\r
  38 this.viewport.clearSequenceColours ();\r
  39 this.viewport.setSelectionGroup (null);\r
  40 for (var g = 0; g < gps.length; g++) {\r
  41 gps[g].setshowSequenceLogo (this.viewport.isShowSequenceLogo ());\r
  42 this.viewport.getAlignment ().addGroup (gps[g]);\r
  43 var col =  new java.awt.Color (Clazz.doubleToInt (Math.random () * 255), Clazz.doubleToInt (Math.random () * 255), Clazz.doubleToInt (Math.random () * 255));\r
  44 col = col.brighter ();\r
  45 for (var sq, $sq = gps[g].getSequences (null).iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {\r
  46 this.viewport.setSequenceColour (sq, col);\r
  47 }\r
  48 }\r
  49 return true;\r
  50 }return false;\r
  51 });\r
  52 Clazz.overrideMethod (c$, "createGroup", \r
  53 function () {\r
  54 var sg = this.viewport.getSelectionGroup ();\r
  55 if (sg != null) {\r
  56 this.viewport.getAlignment ().addGroup (sg);\r
  57 return true;\r
  58 }return false;\r
  59 });\r
  60 Clazz.overrideMethod (c$, "unGroup", \r
  61 function () {\r
  62 var sg = this.viewport.getSelectionGroup ();\r
  63 if (sg != null) {\r
  64 this.viewport.getAlignment ().deleteGroup (sg);\r
  65 return true;\r
  66 }return false;\r
  67 });\r
  68 Clazz.overrideMethod (c$, "deleteGroups", \r
  69 function () {\r
  70 if (this.viewport.getAlignment ().getGroups () != null && this.viewport.getAlignment ().getGroups ().size () > 0) {\r
  71 this.viewport.getAlignment ().deleteAllGroups ();\r
  72 this.viewport.clearSequenceColours ();\r
  73 this.viewport.setSelectionGroup (null);\r
  74 return true;\r
  75 }return false;\r
  76 });\r
  77 Clazz.overrideMethod (c$, "markColumnsContainingFeatures", \r
  78 function (invert, extendCurrent, toggle, featureType) {\r
  79 var bs =  new java.util.BitSet ();\r
  80 var alw;\r
  81 var alStart;\r
  82 var sqcol = (this.viewport.getSelectionGroup () == null ? this.viewport.getAlignment () : this.viewport.getSelectionGroup ());\r
  83 alStart = sqcol.getStartRes ();\r
  84 alw = sqcol.getEndRes () + 1;\r
  85 var seqs = sqcol.getSequences ();\r
  86 var nseq = 0;\r
  87 for (var sq, $sq = seqs.iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {\r
  88 var tfeat = 0;\r
  89 if (sq != null) {\r
  90 var sf = sq.getSequenceFeatures ();\r
  91 if (sf != null) {\r
  92 var ist = sq.findIndex (sq.getStart ());\r
  93 var iend = sq.findIndex (sq.getEnd ());\r
  94 if (iend < alStart || ist > alw) {\r
  95 continue;\r
  96 }for (var sfpos, $sfpos = 0, $$sfpos = sf; $sfpos < $$sfpos.length && ((sfpos = $$sfpos[$sfpos]) || true); $sfpos++) {\r
  97 if (sfpos != null && (featureType.equals (sfpos.getType ()))) {\r
  98 tfeat++;\r
  99 var i = sq.findIndex (sfpos.getBegin ());\r
 100 var j = sq.findIndex (sfpos.getEnd ());\r
 101 if (j < alStart || i > alw) {\r
 102 continue;\r
 103 }if (i < alStart) {\r
 104 i = alStart;\r
 105 }if (i < ist) {\r
 106 i = ist;\r
 107 }if (j > alw) {\r
 108 j = alw;\r
 109 }for (; i <= j; i++) {\r
 110 bs.set (i - 1);\r
 111 }\r
 112 }}\r
 113 }if (tfeat > 0) {\r
 114 nseq++;\r
 115 }}}\r
 116 var cs = this.viewport.getColumnSelection ();\r
 117 if (bs.cardinality () > 0 || invert) {\r
 118 if (cs == null) {\r
 119 cs =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();\r
 120 } else {\r
 121 if (!extendCurrent) {\r
 122 cs.clear ();\r
 123 }}if (invert) {\r
 124 for (var i = bs.nextClearBit (alStart), ibs = bs.nextSetBit (alStart); i >= alStart && i < (alw); ) {\r
 125 if (ibs < 0 || i < ibs) {\r
 126 if (toggle && cs.contains (i)) {\r
 127 cs.removeElement (i++);\r
 128 } else {\r
 129 cs.addElement (i++);\r
 130 }} else {\r
 131 i = bs.nextClearBit (ibs);\r
 132 ibs = bs.nextSetBit (i);\r
 133 }}\r
 134 } else {\r
 135 for (var i = bs.nextSetBit (alStart); i >= alStart; i = bs.nextSetBit (i + 1)) {\r
 136 if (toggle && cs.contains (i)) {\r
 137 cs.removeElement (i);\r
 138 } else {\r
 139 cs.addElement (i);\r
 140 }}\r
 141 }this.viewport.setColumnSelection (cs);\r
 142 this.alignPanel.paintAlignment (true);\r
 143 this.avcg.setStatus (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.view_controller_toggled_marked",  Clazz.newArray (-1, [(toggle ? jalview.util.MessageManager.getString ("label.toggled") : jalview.util.MessageManager.getString ("label.marked")), (invert ? (Integer.$valueOf ((alw - alStart) - bs.cardinality ()).toString ()) : (Integer.$valueOf (bs.cardinality ()).toString ())), featureType, Integer.$valueOf (nseq).toString ()])));\r
 144 return true;\r
 145 } else {\r
 146 this.avcg.setStatus (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.no_feature_of_type_found",  Clazz.newArray (-1, [featureType])));\r
 147 if (!extendCurrent && cs != null) {\r
 148 cs.clear ();\r
 149 this.alignPanel.paintAlignment (true);\r
 150 }return false;\r
 151 }}, "~B,~B,~B,~S");\r
 152 Clazz.overrideMethod (c$, "sortAlignmentByFeatureDensity", \r
 153 function (typ) {\r
 154 this.sortBy (typ, "Sort by Density", jalview.analysis.AlignmentSorter.FEATURE_DENSITY);\r
 155 }, "~A");\r
 156 Clazz.defineMethod (c$, "sortBy", \r
 157 function (typ, methodText, method) {\r
 158 var fr = this.alignPanel.getFeatureRenderer ();\r
 159 if (typ == null) {\r
 160 typ = fr == null ? null : fr.getDisplayedFeatureTypes ();\r
 161 }var gps = null;\r
 162 gps = fr == null ? null : fr.getDisplayedFeatureGroups ();\r
 163 if (typ != null) {\r
 164 var types =  new java.util.ArrayList ();\r
 165 for (var i = 0; i < typ.length; i++) {\r
 166 if (typ[i] != null) {\r
 167 types.add (typ[i]);\r
 168 }typ =  new Array (types.size ());\r
 169 types.toArray (typ);\r
 170 }\r
 171 }if (gps != null) {\r
 172 var grps =  new java.util.ArrayList ();\r
 173 for (var i = 0; i < gps.length; i++) {\r
 174 if (gps[i] != null) {\r
 175 grps.add (gps[i]);\r
 176 }}\r
 177 gps =  new Array (grps.size ());\r
 178 grps.toArray (gps);\r
 179 }var al = this.viewport.getAlignment ();\r
 180 var start;\r
 181 var stop;\r
 182 var sg = this.viewport.getSelectionGroup ();\r
 183 if (sg != null) {\r
 184 start = sg.getStartRes ();\r
 185 stop = sg.getEndRes ();\r
 186 } else {\r
 187 start = 0;\r
 188 stop = al.getWidth ();\r
 189 }var oldOrder = al.getSequencesArray ();\r
 190 jalview.analysis.AlignmentSorter.sortByFeature (typ, gps, start, stop, al, method);\r
 191 this.avcg.addHistoryItem ( new jalview.commands.OrderCommand (methodText, oldOrder, this.viewport.getAlignment ()));\r
 192 this.alignPanel.paintAlignment (true);\r
 193 }, "~A,~S,~S");\r
 194 Clazz.overrideMethod (c$, "sortAlignmentByFeatureScore", \r
 195 function (typ) {\r
 196 this.sortBy (typ, "Sort by Feature Score", jalview.analysis.AlignmentSorter.FEATURE_SCORE);\r
 197 }, "~A");\r
 198 Clazz.overrideMethod (c$, "parseFeaturesFile", \r
 199 function (file, protocol, relaxedIdMatching) {\r
 200 var featuresFile = false;\r
 201 try {\r
 202 featuresFile =  new jalview.io.FeaturesFile (file, protocol).parse (this.viewport.getAlignment ().getDataset (), this.alignPanel.getFeatureRenderer ().getFeatureColours (), false, relaxedIdMatching);\r
 203 } catch (ex) {\r
 204 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 205 ex.printStackTrace ();\r
 206 } else {\r
 207 throw ex;\r
 208 }\r
 209 }\r
 210 if (featuresFile) {\r
 211 this.avcg.refreshFeatureUI (true);\r
 212 if (this.alignPanel.getFeatureRenderer () != null) {\r
 213 this.alignPanel.getFeatureRenderer ().findAllFeatures (true);\r
 214 }if (this.avcg.getFeatureSettingsUI () != null) {\r
 215 this.avcg.getFeatureSettingsUI ().discoverAllFeatureData ();\r
 216 }this.alignPanel.paintAlignment (true);\r
 217 }return featuresFile;\r
 218 }, "~S,~S,~B");\r
 219 });\r