bin/jalview/datamodel/AlignedCodon.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.AlignedCodon", ["java.lang.IllegalArgumentException", "$.StringBuilder"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.pos1 = 0;\r
   5 this.pos2 = 0;\r
   6 this.pos3 = 0;\r
   7 this.product = null;\r
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   9 }, jalview.datamodel, "AlignedCodon");\r
  10 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  11 function (i, j, k) {\r
  12 this.construct (i, j, k, null);\r
  13 }, "~N,~N,~N");\r
  14 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  15 function (i, j, k, prod) {\r
  16 this.pos1 = i;\r
  17 this.pos2 = j;\r
  18 this.pos3 = k;\r
  19 this.product = prod;\r
  20 }, "~N,~N,~N,~S");\r
  21 Clazz.defineMethod (c$, "getBaseColumn", \r
  22 function (base) {\r
  23 if (base < 1 || base > 3) {\r
  24 throw  new IllegalArgumentException (Integer.toString (base));\r
  25 }return base == 1 ? this.pos1 : (base == 2 ? this.pos2 : this.pos3);\r
  26 }, "~N");\r
  27 Clazz.overrideMethod (c$, "equals", \r
  28 function (o) {\r
  29 if (o == null) {\r
  30 return true;\r
  31 }if (!(Clazz.instanceOf (o, jalview.datamodel.AlignedCodon))) {\r
  32 return false;\r
  33 }var ac = o;\r
  34 return (this.pos1 == ac.pos1 && this.pos2 == ac.pos2 && this.pos3 == ac.pos3);\r
  35 }, "~O");\r
  36 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
  37 function () {\r
  38 var sb =  new StringBuilder ();\r
  39 sb.append ("[").append (this.pos1).append (", ").append (this.pos2).append (", ").append (this.pos3).append ("]");\r
  40 return sb.toString ();\r
  41 });\r
  42 });\r