bin/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame", ["jalview.datamodel.Mapping", "jalview.util.MappingUtils", "java.util.ArrayList"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.dnaSeqs = null;
   5 this.dnaToProt = null;
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);
   7 }, jalview.datamodel, "AlignedCodonFrame");
   8 Clazz.makeConstructor (c$,
   9 function () {
  10 });
  11 Clazz.defineMethod (c$, "addMap",
  12 function (dnaseq, aaseq, map) {
  13 var nlen = 1;
  14 if (this.dnaSeqs != null) {
  15 nlen = this.dnaSeqs.length + 1;
  16 }var ndna =  new Array (nlen);
  17 var ndtp =  new Array (nlen);
  18 if (this.dnaSeqs != null) {
  19 System.arraycopy (this.dnaSeqs, 0, ndna, 0, this.dnaSeqs.length);
  20 System.arraycopy (this.dnaToProt, 0, ndtp, 0, this.dnaSeqs.length);
  21 }this.dnaSeqs = ndna;
  22 this.dnaToProt = ndtp;
  23 nlen--;
  24 this.dnaSeqs[nlen] = (dnaseq.getDatasetSequence () == null) ? dnaseq : dnaseq.getDatasetSequence ();
  25 var mp =  new jalview.datamodel.Mapping (map);
  26 mp.to = (aaseq.getDatasetSequence () == null) ? aaseq : aaseq.getDatasetSequence ();
  27 this.dnaToProt[nlen] = mp;
  28 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.util.MapList");
  29 Clazz.defineMethod (c$, "getdnaSeqs",
  30 function () {
  31 return this.dnaSeqs;
  32 });
  33 Clazz.defineMethod (c$, "getAaSeqs",
  34 function () {
  35 if (this.dnaToProt == null) {
  36 return null;
  37 }var sqs =  new Array (this.dnaToProt.length);
  38 for (var sz = 0; sz < this.dnaToProt.length; sz++) {
  39 sqs[sz] = this.dnaToProt[sz].to;
  40 }
  41 return sqs;
  42 });
  43 Clazz.defineMethod (c$, "getdnaToProt",
  44 function () {
  45 if (this.dnaToProt == null) {
  46 return null;
  47 }var sqs =  new Array (this.dnaToProt.length);
  48 for (var sz = 0; sz < this.dnaToProt.length; sz++) {
  49 sqs[sz] = this.dnaToProt[sz].map;
  50 }
  51 return sqs;
  52 });
  53 Clazz.defineMethod (c$, "getProtMappings",
  54 function () {
  55 return this.dnaToProt;
  56 });
  57 Clazz.defineMethod (c$, "getMappingForSequence",
  58 function (seq) {
  59 if (this.dnaSeqs == null) {
  60 return null;
  61 }var seqDs = seq.getDatasetSequence ();
  62 seqDs = seqDs != null ? seqDs : seq;
  63 for (var ds = 0; ds < this.dnaSeqs.length; ds++) {
  64 if (this.dnaSeqs[ds] === seqDs || this.dnaToProt[ds].to === seqDs) {
  65 return this.dnaToProt[ds];
  66 }}
  67 return null;
  68 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
  69 Clazz.defineMethod (c$, "getAaForDnaSeq",
  70 function (dnaSeqRef) {
  71 if (this.dnaSeqs == null) {
  72 return null;
  73 }var dnads = dnaSeqRef.getDatasetSequence ();
  74 for (var ds = 0; ds < this.dnaSeqs.length; ds++) {
  75 if (this.dnaSeqs[ds] === dnaSeqRef || this.dnaSeqs[ds] === dnads) {
  76 return this.dnaToProt[ds].to;
  77 }}
  78 return null;
  79 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
  80 Clazz.defineMethod (c$, "getDnaForAaSeq",
  81 function (aaSeqRef) {
  82 if (this.dnaToProt == null) {
  83 return null;
  84 }var aads = aaSeqRef.getDatasetSequence ();
  85 for (var as = 0; as < this.dnaToProt.length; as++) {
  86 if (this.dnaToProt[as].to === aaSeqRef || this.dnaToProt[as].to === aads) {
  87 return this.dnaSeqs[as];
  88 }}
  89 return null;
  90 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
  91 Clazz.defineMethod (c$, "involvesSequence",
  92 function (seq) {
  93 return this.getAaForDnaSeq (seq) != null || this.getDnaForAaSeq (seq) != null;
  94 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
  95 Clazz.defineMethod (c$, "markMappedRegion",
  96 function (seq, index, results) {
  97 if (this.dnaToProt == null) {
  98 return;
  99 }var codon;
 100 var ds = seq.getDatasetSequence ();
 101 for (var mi = 0; mi < this.dnaToProt.length; mi++) {
 102 if (this.dnaSeqs[mi] === seq || this.dnaSeqs[mi] === ds) {
 103 codon = this.dnaToProt[mi].map.locateInTo (index, index);
 104 if (codon != null) {
 105 for (var i = 0; i < codon.length; i += 2) {
 106 results.addResult (this.dnaToProt[mi].to, codon[i], codon[i + 1]);
 107 }
 108 }} else if (this.dnaToProt[mi].to === seq || this.dnaToProt[mi].to === ds) {
 109 {
 110 codon = this.dnaToProt[mi].map.locateInFrom (index, index);
 111 if (codon != null) {
 112 for (var i = 0; i < codon.length; i += 2) {
 113 results.addResult (this.dnaSeqs[mi], codon[i], codon[i + 1]);
 114 }
 115 }}}}
 116 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,jalview.datamodel.SearchResults");
 117 Clazz.defineMethod (c$, "getDnaPosition",
 118 function (seq, aaPos) {
 119 var ml = null;
 120 for (var i = 0; i < this.dnaToProt.length; i++) {
 121 if (this.dnaSeqs[i] === seq) {
 122 ml = this.getdnaToProt ()[i];
 123 break;
 124 }}
 125 return ml == null ? null : ml.locateInFrom (aaPos, aaPos);
 126 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");
 127 Clazz.defineMethod (c$, "findAlignedSequence",
 128 function (seq, al) {
 129 if (this.dnaToProt != null) {
 130 for (var i = 0; i < this.dnaToProt.length; i++) {
 131 if (this.dnaSeqs[i] === seq) {
 132 for (var sourceAligned, $sourceAligned = al.getSequences ().iterator (); $sourceAligned.hasNext () && ((sourceAligned = $sourceAligned.next ()) || true);) {
 133 if (this.dnaToProt[i].to === sourceAligned.getDatasetSequence ()) {
 134 return sourceAligned;
 135 }}
 136 }}
 137 }if (this.dnaToProt != null) {
 138 for (var i = 0; i < this.dnaToProt.length; i++) {
 139 if (this.dnaToProt[i].to === seq) {
 140 for (var sourceAligned, $sourceAligned = al.getSequences ().iterator (); $sourceAligned.hasNext () && ((sourceAligned = $sourceAligned.next ()) || true);) {
 141 if (this.dnaSeqs[i] === sourceAligned.getDatasetSequence ()) {
 142 return sourceAligned;
 143 }}
 144 }}
 145 }return null;
 146 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.AlignmentI");
 147 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedRegion",
 148 function (mappedFrom, mappedTo, pos) {
 149 var targetDs = mappedFrom.getDatasetSequence () == null ? mappedFrom : mappedFrom.getDatasetSequence ();
 150 var sourceDs = mappedTo.getDatasetSequence () == null ? mappedTo : mappedTo.getDatasetSequence ();
 151 if (targetDs == null || sourceDs == null || this.dnaToProt == null) {
 152 return null;
 153 }for (var mi = 0; mi < this.dnaToProt.length; mi++) {
 154 if (this.dnaSeqs[mi] === targetDs && this.dnaToProt[mi].to === sourceDs) {
 155 var codon = this.dnaToProt[mi].map.locateInFrom (pos, pos);
 156 if (codon != null) {
 157 return codon;
 158 }}}
 159 return null;
 160 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,~N");
 161 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedCodon",
 162 function (protein, aaPos) {
 163 if (this.dnaToProt == null) {
 164 return null;
 165 }var ml = null;
 166 var dnaSeq = null;
 167 for (var i = 0; i < this.dnaToProt.length; i++) {
 168 if (this.dnaToProt[i].to === protein) {
 169 ml = this.getdnaToProt ()[i];
 170 dnaSeq = this.dnaSeqs[i].getSequence ();
 171 break;
 172 }}
 173 if (ml == null) {
 174 return null;
 175 }var codonPos = ml.locateInFrom (aaPos, aaPos);
 176 if (codonPos == null) {
 177 return null;
 178 }codonPos = jalview.util.MappingUtils.flattenRanges (codonPos);
 179 return  Clazz.newCharArray (-1, [dnaSeq[codonPos[0] - 1], dnaSeq[codonPos[1] - 1], dnaSeq[codonPos[2] - 1]]);
 180 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");
 181 Clazz.defineMethod (c$, "getMappingsForSequence",
 182 function (seq) {
 183 var result =  new java.util.ArrayList ();
 184 if (this.dnaSeqs == null) {
 185 return result;
 186 }var related =  new java.util.ArrayList ();
 187 var seqDs = seq.getDatasetSequence ();
 188 seqDs = seqDs != null ? seqDs : seq;
 189 for (var ds = 0; ds < this.dnaSeqs.length; ds++) {
 190 var mapping = this.dnaToProt[ds];
 191 if (this.dnaSeqs[ds] === seqDs || mapping.to === seqDs) {
 192 if (!related.contains (mapping.to)) {
 193 result.add (mapping);
 194 related.add (mapping.to);
 195 }}}
 196 return result;
 197 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 198 });