bin/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame", ["jalview.datamodel.Mapping", "jalview.util.MappingUtils", "java.util.ArrayList"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.dnaSeqs = null;\r
   5 this.dnaToProt = null;\r
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   7 }, jalview.datamodel, "AlignedCodonFrame");\r
   8 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   9 function () {\r
  10 });\r
  11 Clazz.defineMethod (c$, "addMap", \r
  12 function (dnaseq, aaseq, map) {\r
  13 var nlen = 1;\r
  14 if (this.dnaSeqs != null) {\r
  15 nlen = this.dnaSeqs.length + 1;\r
  16 }var ndna =  new Array (nlen);\r
  17 var ndtp =  new Array (nlen);\r
  18 if (this.dnaSeqs != null) {\r
  19 System.arraycopy (this.dnaSeqs, 0, ndna, 0, this.dnaSeqs.length);\r
  20 System.arraycopy (this.dnaToProt, 0, ndtp, 0, this.dnaSeqs.length);\r
  21 }this.dnaSeqs = ndna;\r
  22 this.dnaToProt = ndtp;\r
  23 nlen--;\r
  24 this.dnaSeqs[nlen] = (dnaseq.getDatasetSequence () == null) ? dnaseq : dnaseq.getDatasetSequence ();\r
  25 var mp =  new jalview.datamodel.Mapping (map);\r
  26 mp.to = (aaseq.getDatasetSequence () == null) ? aaseq : aaseq.getDatasetSequence ();\r
  27 this.dnaToProt[nlen] = mp;\r
  28 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.util.MapList");\r
  29 Clazz.defineMethod (c$, "getdnaSeqs", \r
  30 function () {\r
  31 return this.dnaSeqs;\r
  32 });\r
  33 Clazz.defineMethod (c$, "getAaSeqs", \r
  34 function () {\r
  35 if (this.dnaToProt == null) {\r
  36 return null;\r
  37 }var sqs =  new Array (this.dnaToProt.length);\r
  38 for (var sz = 0; sz < this.dnaToProt.length; sz++) {\r
  39 sqs[sz] = this.dnaToProt[sz].to;\r
  40 }\r
  41 return sqs;\r
  42 });\r
  43 Clazz.defineMethod (c$, "getdnaToProt", \r
  44 function () {\r
  45 if (this.dnaToProt == null) {\r
  46 return null;\r
  47 }var sqs =  new Array (this.dnaToProt.length);\r
  48 for (var sz = 0; sz < this.dnaToProt.length; sz++) {\r
  49 sqs[sz] = this.dnaToProt[sz].map;\r
  50 }\r
  51 return sqs;\r
  52 });\r
  53 Clazz.defineMethod (c$, "getProtMappings", \r
  54 function () {\r
  55 return this.dnaToProt;\r
  56 });\r
  57 Clazz.defineMethod (c$, "getMappingForSequence", \r
  58 function (seq) {\r
  59 if (this.dnaSeqs == null) {\r
  60 return null;\r
  61 }var seqDs = seq.getDatasetSequence ();\r
  62 seqDs = seqDs != null ? seqDs : seq;\r
  63 for (var ds = 0; ds < this.dnaSeqs.length; ds++) {\r
  64 if (this.dnaSeqs[ds] === seqDs || this.dnaToProt[ds].to === seqDs) {\r
  65 return this.dnaToProt[ds];\r
  66 }}\r
  67 return null;\r
  68 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
  69 Clazz.defineMethod (c$, "getAaForDnaSeq", \r
  70 function (dnaSeqRef) {\r
  71 if (this.dnaSeqs == null) {\r
  72 return null;\r
  73 }var dnads = dnaSeqRef.getDatasetSequence ();\r
  74 for (var ds = 0; ds < this.dnaSeqs.length; ds++) {\r
  75 if (this.dnaSeqs[ds] === dnaSeqRef || this.dnaSeqs[ds] === dnads) {\r
  76 return this.dnaToProt[ds].to;\r
  77 }}\r
  78 return null;\r
  79 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
  80 Clazz.defineMethod (c$, "getDnaForAaSeq", \r
  81 function (aaSeqRef) {\r
  82 if (this.dnaToProt == null) {\r
  83 return null;\r
  84 }var aads = aaSeqRef.getDatasetSequence ();\r
  85 for (var as = 0; as < this.dnaToProt.length; as++) {\r
  86 if (this.dnaToProt[as].to === aaSeqRef || this.dnaToProt[as].to === aads) {\r
  87 return this.dnaSeqs[as];\r
  88 }}\r
  89 return null;\r
  90 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
  91 Clazz.defineMethod (c$, "involvesSequence", \r
  92 function (seq) {\r
  93 return this.getAaForDnaSeq (seq) != null || this.getDnaForAaSeq (seq) != null;\r
  94 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
  95 Clazz.defineMethod (c$, "markMappedRegion", \r
  96 function (seq, index, results) {\r
  97 if (this.dnaToProt == null) {\r
  98 return;\r
  99 }var codon;\r
 100 var ds = seq.getDatasetSequence ();\r
 101 for (var mi = 0; mi < this.dnaToProt.length; mi++) {\r
 102 if (this.dnaSeqs[mi] === seq || this.dnaSeqs[mi] === ds) {\r
 103 codon = this.dnaToProt[mi].map.locateInTo (index, index);\r
 104 if (codon != null) {\r
 105 for (var i = 0; i < codon.length; i += 2) {\r
 106 results.addResult (this.dnaToProt[mi].to, codon[i], codon[i + 1]);\r
 107 }\r
 108 }} else if (this.dnaToProt[mi].to === seq || this.dnaToProt[mi].to === ds) {\r
 109 {\r
 110 codon = this.dnaToProt[mi].map.locateInFrom (index, index);\r
 111 if (codon != null) {\r
 112 for (var i = 0; i < codon.length; i += 2) {\r
 113 results.addResult (this.dnaSeqs[mi], codon[i], codon[i + 1]);\r
 114 }\r
 115 }}}}\r
 116 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,jalview.datamodel.SearchResults");\r
 117 Clazz.defineMethod (c$, "getDnaPosition", \r
 118 function (seq, aaPos) {\r
 119 var ml = null;\r
 120 for (var i = 0; i < this.dnaToProt.length; i++) {\r
 121 if (this.dnaSeqs[i] === seq) {\r
 122 ml = this.getdnaToProt ()[i];\r
 123 break;\r
 124 }}\r
 125 return ml == null ? null : ml.locateInFrom (aaPos, aaPos);\r
 126 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");\r
 127 Clazz.defineMethod (c$, "findAlignedSequence", \r
 128 function (seq, al) {\r
 129 if (this.dnaToProt != null) {\r
 130 for (var i = 0; i < this.dnaToProt.length; i++) {\r
 131 if (this.dnaSeqs[i] === seq) {\r
 132 for (var sourceAligned, $sourceAligned = al.getSequences ().iterator (); $sourceAligned.hasNext () && ((sourceAligned = $sourceAligned.next ()) || true);) {\r
 133 if (this.dnaToProt[i].to === sourceAligned.getDatasetSequence ()) {\r
 134 return sourceAligned;\r
 135 }}\r
 136 }}\r
 137 }if (this.dnaToProt != null) {\r
 138 for (var i = 0; i < this.dnaToProt.length; i++) {\r
 139 if (this.dnaToProt[i].to === seq) {\r
 140 for (var sourceAligned, $sourceAligned = al.getSequences ().iterator (); $sourceAligned.hasNext () && ((sourceAligned = $sourceAligned.next ()) || true);) {\r
 141 if (this.dnaSeqs[i] === sourceAligned.getDatasetSequence ()) {\r
 142 return sourceAligned;\r
 143 }}\r
 144 }}\r
 145 }return null;\r
 146 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
 147 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedRegion", \r
 148 function (mappedFrom, mappedTo, pos) {\r
 149 var targetDs = mappedFrom.getDatasetSequence () == null ? mappedFrom : mappedFrom.getDatasetSequence ();\r
 150 var sourceDs = mappedTo.getDatasetSequence () == null ? mappedTo : mappedTo.getDatasetSequence ();\r
 151 if (targetDs == null || sourceDs == null || this.dnaToProt == null) {\r
 152 return null;\r
 153 }for (var mi = 0; mi < this.dnaToProt.length; mi++) {\r
 154 if (this.dnaSeqs[mi] === targetDs && this.dnaToProt[mi].to === sourceDs) {\r
 155 var codon = this.dnaToProt[mi].map.locateInFrom (pos, pos);\r
 156 if (codon != null) {\r
 157 return codon;\r
 158 }}}\r
 159 return null;\r
 160 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,~N");\r
 161 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedCodon", \r
 162 function (protein, aaPos) {\r
 163 if (this.dnaToProt == null) {\r
 164 return null;\r
 165 }var ml = null;\r
 166 var dnaSeq = null;\r
 167 for (var i = 0; i < this.dnaToProt.length; i++) {\r
 168 if (this.dnaToProt[i].to === protein) {\r
 169 ml = this.getdnaToProt ()[i];\r
 170 dnaSeq = this.dnaSeqs[i].getSequence ();\r
 171 break;\r
 172 }}\r
 173 if (ml == null) {\r
 174 return null;\r
 175 }var codonPos = ml.locateInFrom (aaPos, aaPos);\r
 176 if (codonPos == null) {\r
 177 return null;\r
 178 }codonPos = jalview.util.MappingUtils.flattenRanges (codonPos);\r
 179 return  Clazz.newCharArray (-1, [dnaSeq[codonPos[0] - 1], dnaSeq[codonPos[1] - 1], dnaSeq[codonPos[2] - 1]]);\r
 180 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");\r
 181 Clazz.defineMethod (c$, "getMappingsForSequence", \r
 182 function (seq) {\r
 183 var result =  new java.util.ArrayList ();\r
 184 if (this.dnaSeqs == null) {\r
 185 return result;\r
 186 }var related =  new java.util.ArrayList ();\r
 187 var seqDs = seq.getDatasetSequence ();\r
 188 seqDs = seqDs != null ? seqDs : seq;\r
 189 for (var ds = 0; ds < this.dnaSeqs.length; ds++) {\r
 190 var mapping = this.dnaToProt[ds];\r
 191 if (this.dnaSeqs[ds] === seqDs || mapping.to === seqDs) {\r
 192 if (!related.contains (mapping.to)) {\r
 193 result.add (mapping);\r
 194 related.add (mapping.to);\r
 195 }}}\r
 196 return result;\r
 197 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 198 });\r