bin/jalview/datamodel/AlignmentOrder.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.AlignmentOrder", ["java.lang.Error", "java.util.ArrayList", "$.Arrays"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.Type = 0;\r
   5 this.Name = null;\r
   6 this.Order = null;\r
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   8 }, jalview.datamodel, "AlignmentOrder");\r
   9 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  10 function () {\r
  11 });\r
  12 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  13 function (anOrder) {\r
  14 this.Order = anOrder;\r
  15 }, "java.util.List");\r
  16 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  17 function (orderFrom) {\r
  18 this.Order =  new java.util.ArrayList ();\r
  19 for (var seq, $seq = orderFrom.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
  20 this.Order.add (seq);\r
  21 }\r
  22 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  23 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  24 function (orderFrom) {\r
  25 this.Order =  new java.util.ArrayList (java.util.Arrays.asList (orderFrom));\r
  26 }, "~A");\r
  27 Clazz.defineMethod (c$, "setType", \r
  28 function (Type) {\r
  29 this.Type = Type;\r
  30 }, "~N");\r
  31 Clazz.defineMethod (c$, "getType", \r
  32 function () {\r
  33 return this.Type;\r
  34 });\r
  35 Clazz.defineMethod (c$, "setName", \r
  36 function (Name) {\r
  37 this.Name = Name;\r
  38 }, "~S");\r
  39 Clazz.defineMethod (c$, "getName", \r
  40 function () {\r
  41 return this.Name;\r
  42 });\r
  43 Clazz.defineMethod (c$, "setOrder", \r
  44 function (Order) {\r
  45 this.Order = Order;\r
  46 }, "java.util.List");\r
  47 Clazz.defineMethod (c$, "getOrder", \r
  48 function () {\r
  49 return this.Order;\r
  50 });\r
  51 Clazz.defineMethod (c$, "updateSequence", \r
  52 function (oldref, newref) {\r
  53 var found = this.Order.indexOf (oldref);\r
  54 if (found > -1) {\r
  55 this.Order.set (found, newref);\r
  56 }return found > -1;\r
  57 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");\r
  58 Clazz.defineMethod (c$, "equals", \r
  59 function (o) {\r
  60 if (o == null || !(Clazz.instanceOf (o, jalview.datamodel.AlignmentOrder))) {\r
  61 return false;\r
  62 }return this.equals (o, true);\r
  63 }, "~O");\r
  64 Clazz.defineMethod (c$, "equals", \r
  65 function (o, identity) {\r
  66 if (o !== this) {\r
  67 if (o == null) {\r
  68 return false;\r
  69 }if (this.Order != null && o.Order != null && this.Order.size () == o.Order.size ()) {\r
  70 if (!identity) {\r
  71 throw  new Error ("Weak sequenceI equivalence not yet implemented.");\r
  72 } else {\r
  73 for (var i = 0, j = o.Order.size (); i < j; i++) {\r
  74 if (this.Order.get (i) !== o.Order.get (i)) {\r
  75 return false;\r
  76 }}\r
  77 }} else {\r
  78 return false;\r
  79 }}return true;\r
  80 }, "jalview.datamodel.AlignmentOrder,~B");\r
  81 Clazz.defineMethod (c$, "isConsistent", \r
  82 function (o) {\r
  83 return this.isConsistent (o, true);\r
  84 }, "jalview.datamodel.AlignmentOrder");\r
  85 Clazz.defineMethod (c$, "isConsistent", \r
  86 function (o, identity) {\r
  87 if (o !== this) {\r
  88 if (o == null) {\r
  89 return false;\r
  90 }if (this.Order != null && o.Order != null) {\r
  91 var c;\r
  92 var s;\r
  93 if (o.Order.size () > this.Order.size ()) {\r
  94 c = o.Order;\r
  95 s = this.Order;\r
  96 } else {\r
  97 c = this.Order;\r
  98 s = o.Order;\r
  99 }if (!identity) {\r
 100 throw  new Error ("Weak sequenceI equivalence not yet implemented.");\r
 101 } else {\r
 102 var last = -1;\r
 103 for (var i = 0, j = s.size (); i < j; i++) {\r
 104 var pos = c.indexOf (s.get (i));\r
 105 if (pos > last) {\r
 106 last = pos;\r
 107 } else {\r
 108 return false;\r
 109 }}\r
 110 }} else {\r
 111 return false;\r
 112 }}return true;\r
 113 }, "jalview.datamodel.AlignmentOrder,~B");\r
 114 Clazz.defineStatics (c$,\r
 115 "FILE", 0,\r
 116 "MSA", 1,\r
 117 "USER", 2);\r
 118 });\r