bin/jalview/datamodel/CigarBase.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.CigarBase", ["jalview.util.MessageManager", "java.lang.Error", "$.Exception", "$.StringBuffer", "java.util.Vector", "javajs.util.AU"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.length = 0;
   5 this._inc_length = 10;
   6 this.operation = null;
   7 this.range = null;
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);
   9 }, jalview.datamodel, "CigarBase");
  10 Clazz.makeConstructor (c$,
  11 function () {
  12 });
  13 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceAndDeletions",
  14 function (reference, GapChar) {
  15 var rlength = 0;
  16 var deletions = javajs.util.AU.newInt2 (this.length);
  17 var trunc_deletions = null;
  18 var sq =  new StringBuffer ();
  19 var cursor = 0;
  20 var alcursor = 0;
  21 var start = 0;
  22 var startpos = 0;
  23 var end = 0;
  24 var endpos = 0;
  25 var delcount = -1;
  26 var consecutive_del = false;
  27 if (this.length == 0) {
  28 return null;
  29 }if (reference != null) {
  30 rlength = reference.length;
  31 }var modstart = true;
  32 for (var i = 0; i < this.length; i++) {
  33 switch (this.operation[i]) {
  34 case 'D':
  35 if (!consecutive_del) {
  36 deletions[++delcount] =  Clazz.newIntArray (-1, [cursor, 0, alcursor]);
  37 }cursor += this.range[i];
  38 deletions[delcount][1] = cursor - 1;
  39 consecutive_del = true;
  40 break;
  41 case 'I':
  42 consecutive_del = false;
  43 for (var r = 0; r < this.range[i]; r++) {
  44 sq.append (GapChar);
  45 alcursor++;
  46 }
  47 break;
  48 case 'M':
  49 consecutive_del = false;
  50 if (modstart) {
  51 start = cursor;
  52 startpos = alcursor;
  53 modstart = false;
  54 }if (reference != null) {
  55 var sbend = cursor + this.range[i];
  56 if (sbend > rlength) {
  57 sq.append (reference.substring (cursor, rlength));
  58 while (sbend-- >= rlength) {
  59 sq.append (GapChar);
  60 }
  61 } else {
  62 sq.append (reference.substring (cursor, sbend));
  63 }}alcursor += this.range[i];
  64 cursor += this.range[i];
  65 end = cursor - 1;
  66 endpos = alcursor;
  67 break;
  68 default:
  69 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.unknown_seq_cigar_operation",  Clazz.newArray (-1, [ new StringBuffer (this.operation[i].charCodeAt (0)).toString ()])));
  70 }
  71 }
  72 if (++delcount > 0) {
  73 trunc_deletions =  Clazz.newIntArray (delcount, 0);
  74 System.arraycopy (deletions, 0, trunc_deletions, 0, delcount);
  75 }deletions = null;
  76 return  Clazz.newArray (-1, [((reference != null) ? sq.toString () : null),  Clazz.newIntArray (-1, [start, startpos, end, endpos]), trunc_deletions]);
  77 }, "~S,~S");
  78 Clazz.defineMethod (c$, "compact_operations",
  79 function () {
  80 var i = 1;
  81 if (this.operation == null) {
  82 return;
  83 }var last = this.operation[0];
  84 while (i < this.length) {
  85 if (last == this.operation[i]) {
  86 this.range[i - 1] += this.range[i];
  87 var r = this.length - i;
  88 if (r > 0) {
  89 System.arraycopy (this.range, i + 1, this.range, i, r);
  90 System.arraycopy (this.operation, i + 1, this.operation, i, r);
  91 }this.length--;
  92 } else {
  93 last = this.operation[i++];
  94 }}
  95 });
  96 c$.parseCigarString = Clazz.defineMethod (c$, "parseCigarString",
  97 function (cigarString) {
  98 var ops = 0;
  99 for (var i = 0, l = cigarString.length; i < l; i++) {
 100 var c = cigarString.charAt (i);
 101 if (c == 'M' || c.charCodeAt (0) == (45) || c == 'I' || c.charCodeAt (0) == (41) || c == 'D' || c.charCodeAt (0) == (36)) {
 102 ops++;
 103 }}
 104 var operation =  Clazz.newCharArray (ops, '\0');
 105 var range =  Clazz.newIntArray (ops, 0);
 106 var op = 0;
 107 var i = 0;
 108 var l = cigarString.length;
 109 while (i < l) {
 110 var c;
 111 var j = i;
 112 do {
 113 c = cigarString.charAt (j++);
 114 } while (c >= '0' && c <= '9' && j < l);
 115 if (j >= l && c >= '0' && c <= '9') {
 116 throw  new Exception (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.unterminated_cigar_string"));
 117 }try {
 118 var rangeint = cigarString.substring (i, j - 1);
 119 range[op] = Integer.parseInt (rangeint);
 120 i = j;
 121 } catch (e) {
 122 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 123 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_bug_parse_cigar_string"));
 124 } else {
 125 throw e;
 126 }
 127 }
 128 if (c >= 'a' && c <= 'z') {
 129 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) - 32);
 130 }if ((c == 'M' || c == 'I' || c == 'D')) {
 131 operation[op++] = c;
 132 } else {
 133 throw  new Exception (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.unexpected_operation_cigar_string_pos",  Clazz.newArray (-1, [ new StringBuffer (c.charCodeAt (0)).toString (), Integer.$valueOf (i).toString (), cigarString])));
 134 }}
 135 return  Clazz.newArray (-1, [operation, range]);
 136 }, "~S");
 137 Clazz.defineMethod (c$, "addOperation",
 138 function (op, range) {
 139 if (op >= 'a' && op <= 'z') {
 140 op = String.fromCharCode (op.charCodeAt (0) - 32);
 141 }if (op != 'M' && op != 'D' && op != 'I') {
 142 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_invalid_operation_string"));
 143 }if (range == 0) {
 144 return;
 145 }if (range < 0) {
 146 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.invalid_range_string"));
 147 }var lngth = 0;
 148 if (this.operation == null) {
 149 this.operation =  Clazz.newCharArray (this._inc_length, '\0');
 150 this.range =  Clazz.newIntArray (this._inc_length, 0);
 151 }if (this.length + 1 == this.operation.length) {
 152 var ops = this.operation;
 153 this.operation =  Clazz.newCharArray (this.length + 1 + this._inc_length, '\0');
 154 System.arraycopy (ops, 0, this.operation, 0, this.length);
 155 ops = null;
 156 var rng = this.range;
 157 this.range =  Clazz.newIntArray (this.length + 1 + this._inc_length, 0);
 158 System.arraycopy (rng, 0, this.range, 0, this.length);
 159 rng = null;
 160 }if ((this.length > 0) && (this.operation[this.length - 1] == op)) {
 161 this.length--;
 162 } else {
 163 this.range[this.length] = 0;
 164 }this.operation[this.length] = op;
 165 this.range[this.length++] += range;
 166 }, "~S,~N");
 167 Clazz.defineMethod (c$, "deleteRange",
 168 function (start, end) {
 169 var deleted = 0;
 170 if (this.length == 0) {
 171 return deleted;
 172 }if (start < 0 || start > end) {
 173 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds"));
 174 }var cursor = 0;
 175 var rlength = 1 + end - start;
 176 var oldlen = this.length;
 177 var o = 0;
 178 var editing = false;
 179 var oldops = this.operation;
 180 var oldrange = this.range;
 181 this.length = 0;
 182 this.operation = null;
 183 this.range = null;
 184 this.compact_operations ();
 185 while (o < oldlen && cursor <= end && rlength > 0) {
 186 if (oldops[o] == 'D') {
 187 this.addDeleted (oldrange[o++]);
 188 continue;
 189 }var remain = oldrange[o];
 190 if (!editing) {
 191 if ((cursor + remain) <= start) {
 192 this.addOperation (oldops[o], oldrange[o]);
 193 cursor += oldrange[o++];
 194 continue;
 195 }editing = true;
 196 if (start - cursor > 0) {
 197 this.addOperation (oldops[o], start - cursor);
 198 remain -= start - cursor;
 199 }}if (o < oldlen && editing && rlength > 0 && remain > 0) {
 200 switch (oldops[o]) {
 201 case 'M':
 202 if (rlength > remain) {
 203 this.addDeleted (remain);
 204 deleted += remain;
 205 } else {
 206 deleted += rlength;
 207 this.addDeleted (rlength);
 208 if (remain - rlength > 0) {
 209 this.addOperation ('M', remain - rlength);
 210 }rlength = 0;
 211 remain = 0;
 212 }break;
 213 case 'I':
 214 if (remain - rlength > 0) {
 215 this.addInsertion (remain - rlength);
 216 rlength = 0;
 217 }break;
 218 case 'D':
 219 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error"));
 220 default:
 221 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.implementation_error_unknown_operation",  Clazz.newArray (-1, [ new StringBuffer (oldops[o].charCodeAt (0)).toString ()])));
 222 }
 223 rlength -= remain;
 224 remain = oldrange[++o];
 225 }}
 226 while (o < oldlen) {
 227 this.addOperation (oldops[o], oldrange[o++]);
 228 }
 229 return deleted;
 230 }, "~N,~N");
 231 Clazz.defineMethod (c$, "hasDeletedRegions",
 232 function () {
 233 for (var i = 0; i < this.length; i++) {
 234 if (this.operation[i] == 'D') {
 235 return true;
 236 }}
 237 return false;
 238 });
 239 Clazz.defineMethod (c$, "getDeletedRegions",
 240 function () {
 241 if (this.length == 0) {
 242 return null;
 243 }var dr =  new java.util.Vector ();
 244 var cursor = 0;
 245 var vcursor = 0;
 246 for (var i = 0; i < this.length; i++) {
 247 switch (this.operation[i]) {
 248 case 'M':
 249 cursor += this.range[i];
 250 case 'I':
 251 vcursor += this.range[i];
 252 break;
 253 case 'D':
 254 dr.addElement ( Clazz.newIntArray (-1, [vcursor, cursor, this.range[i]]));
 255 cursor += this.range[i];
 256 }
 257 }
 258 if (dr.size () == 0) {
 259 return null;
 260 }var delregions =  Clazz.newIntArray (dr.size () * 3, 0);
 261 for (var i = 0, l = dr.size (); i < l; i++) {
 262 var reg = dr.elementAt (i);
 263 delregions[i * 3] = reg[0];
 264 delregions[i * 3 + 1] = reg[1];
 265 delregions[i * 3 + 2] = reg[2];
 266 }
 267 return delregions;
 268 });
 269 Clazz.defineMethod (c$, "getFullWidth",
 270 function () {
 271 var w = 0;
 272 if (this.range != null) {
 273 for (var i = 0; i < this.length; i++) {
 274 w += this.range[i];
 275 }
 276 }return w;
 277 });
 278 Clazz.defineMethod (c$, "getWidth",
 279 function () {
 280 var w = 0;
 281 if (this.range != null) {
 282 for (var i = 0; i < this.length; i++) {
 283 if (this.operation[i] == 'M' || this.operation[i] == 'I') {
 284 w += this.range[i];
 285 }}
 286 }return w;
 287 });
 288 Clazz.defineMethod (c$, "addInsertion",
 289 function (range) {
 290 this.addOperation ('I', range);
 291 }, "~N");
 292 Clazz.defineMethod (c$, "addDeleted",
 293 function (range) {
 294 this.addOperation ('D', range);
 295 }, "~N");
 296 Clazz.defineMethod (c$, "getCigarstring",
 297 function () {
 298 var cigarString =  new StringBuffer ();
 299 for (var i = 0; i < this.length; i++) {
 300 cigarString.append ("" + this.range[i]);
 301 cigarString.append (this.operation[i]);
 302 }
 303 return cigarString.toString ();
 304 });
 305 Clazz.defineStatics (c$,
 306 "D", 'D',
 307 "I", 'I',
 308 "M", 'M',
 309 "_case_shift", String.fromCharCode (32));
 310 });