bin/jalview/datamodel/CigarCigar.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.CigarSimple"], "jalview.datamodel.CigarCigar", null, function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.refCigar = null;\r
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   6 }, jalview.datamodel, "CigarCigar", jalview.datamodel.CigarSimple);\r
   7 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   8 function (cigar) {\r
   9 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.CigarCigar);\r
  10 this.refCigar = cigar;\r
  11 }, "jalview.datamodel.SeqCigar");\r
  12 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceString", \r
  13 function (GapChar) {\r
  14 if (this.length == 0) {\r
  15 return "";\r
  16 }var refString = this.refCigar.getSequenceString (GapChar);\r
  17 if (refString != null) {\r
  18 return (this.length == 0) ? "" : this.getSequenceAndDeletions (refString, GapChar)[0];\r
  19 } else {\r
  20 return null;\r
  21 }}, "~S");\r
  22 });\r